BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-298B19
Chromosome11 (Build37)
Map Location 82,109,355 - 82,274,761
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem132e
Upstream geneAccn1, 1700071K01Rik, 5530401A14Rik, Ccl2, Ccl7, Ccl11, Ccl12, Ccl8, Ccl1
Downstream geneCct6b, Ccdc16, Lig3, Rffl, Rad51l3, Fndc8, Nle1, Unc45b, Slfn5, Set8-ps, Slfn9, Slfn8, LOC668706, Slfn10, Slfn2, Slfn1, Slfn4, Slfn3, LOC100043636, LOC435271, Slfn14, Pex12, Ap2b1, Rasl10b, OTTMUSG00000000934, 1700020L24Rik, Mmp28
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-298B19.bB6Ng01-298B19.g
ACCGA093307GA093308
length1,1271,123
definitionB6Ng01-298B19.b B6Ng01-298B19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,109,355 - 82,110,458)(82,273,634 - 82,274,761)
sequence
gaattccacattgtcacaagaaggcttaggggctctcattcagagaaaga
tcagccctgagtcaactaagccctcttgctccaaatggcaagatacccag
gtcacttcaacctaaacacccaatcccagcaggtcttgagcacaatcctg
gccacaggttagggacagagttgcctttttcctgtgggttatctagctct
cttggcttccactgtctcctctgtttctccctactgtctttccttacaag
tatactacacagatctcccaagagtggaaacactacaagcccttctgtgt
ctatctgggcaagtgaaactggctgcaggtcttccactgtgtatgggtgc
aaggtctgcattgtgccacggccattactaagtgcccaggtcaagctatg
tgcacaagcagcaggggagacctacacttctccactgattactgtgtgac
attggatcagcccctttctatctcagagacttggaaagctagacaagaag
gtgtagtgggttcctctgaacactgacaaaatgtcagggtaggagagagg
gtaggagagagagagagttcttccctttagacaggactgctggggttcaa
ggtgtgagggtggggattttctggaatccagagtaaggggccaggctttc
attcttaaaggtccagctcttgagtttcttttttaagagtgagcatgctc
taacaatggtgggaaacagaagccaccaatggcgggacgttccccagcta
gatacctactggtggcgatgcttaggagccttttgcaaggcaggatggct
agcaatggttatgactttcaactgtgagcactgcagcggctacagaggct
ccgagaaactggggtgccttgtcaaggccacacagtcaacaacaaaacag
agcccaatccagaatcccagaccaccctgtcctctcatcctccatcctgg
tagcaggaccattccaccttgccacctgatccacgtcaggctagagtcct
ccagcctggctcctcacaccagtcccagaagggcaggatagctacccagg
gtctctcccatttcatattaacaaggttctctagttccactatatcccac
atctgtcctctaagagaacatgctgct
gaattcccacaatcccacactcatctcttaaagagcacagctggtactga
atcttcatttttcctctggttccggtgtcctggatggtgatgggaatggg
caggaggccaaggggagctaggccccttgtctgaccaggagcccaaccca
tctgtggtcagtgtggatgtaagtagcactgtgcgatgcgggagatgtgt
acccctggagccatggttacggggggcttttttgttttattttgtttcta
tatctgtatcctcccttaactacatcattctttgtatttggcacatggtg
gtactggagattatagtcatagctcttttttggctcactctgtgtgccat
tccagggatgggaagacaccaatttagagggactgtggcaggtgggcagg
acagagagaccagcagactttctccgtgaggacaatggcctcagggacat
gttcaatctgaggcttcctaaccaggctccataattcagccaggaacaat
ctacgggcctcaggaaaacggagacaaatggagcctcggttgaatgaaag
aggggacagatgtgcctcatgctcaggctgagaaccttaaaaatgaggga
caggattgtctctgaagttttcagcggaatccctataaaatgtcccccag
agaaagcaggacaggggaagttagcagagaggtcaaacatggagggctgt
tgagagctggggacccacccaggccagggacaaatgactcccacctgccc
ctgccgctcctgcagagaaagctgagccacagcctaaaggggcttctgat
cgtggagccggagctagcaagatgagctgtcgctgcttgaggacaaatct
cttttaattttgttctctcgaggcgagagtgggggtggggtccgcatgag
agcaagagattggctcaataagtaatggtccttgctggttccactagacc
ccggctggaggatgagagcaagcctctctacagcttactaatgccaggcc
tagctgcatggggaaaggtagggaccagttgccttttcccacgttgcctc
tcatggacctgccaatgtgaaatgatcttagagcattccataggatgtgt
aatgtggcctgttgagctttaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_82109355_82110458
seq2: B6Ng01-298B19.b_47_1173

seq1  GAATTCCACATTGTCACAAGAAGGCTTAGGGGCTCTCATTCAGAGAAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACATTGTCACAAGAAGGCTTAGGGGCTCTCATTCAGAGAAAGA  50

seq1  TCAGCCCTGAGTCAACTAAGCCCTCTTGCTCCAAATGGCAAGATACCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCCTGAGTCAACTAAGCCCTCTTGCTCCAAATGGCAAGATACCCAG  100

seq1  GTCACTTCAACCTAAACACCCAATCCCAGCAGGTCTTGAGCACAATCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTTCAACCTAAACACCCAATCCCAGCAGGTCTTGAGCACAATCCTG  150

seq1  GCCACAGGTTAGGGACAGAGTTGCCTTTTTCCTGTGGGTTATCTAGCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAGGTTAGGGACAGAGTTGCCTTTTTCCTGTGGGTTATCTAGCTCT  200

seq1  CTTGGCTTCCACTGTCTCCTCTGTTTCTCCCTACTGTCTTTCCTTACAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCTTCCACTGTCTCCTCTGTTTCTCCCTACTGTCTTTCCTTACAAG  250

seq1  TATACTACACAGATCTCCCAAGAGTGGAAACACTACAAGCCCTTCTGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTACACAGATCTCCCAAGAGTGGAAACACTACAAGCCCTTCTGTGT  300

seq1  CTATCTGGGCAAGTGAAACTGGCTGCAGGTCTTCCACTGTGTATGGGTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTGGGCAAGTGAAACTGGCTGCAGGTCTTCCACTGTGTATGGGTGC  350

seq1  AAGGTCTGCATTGTGCCACGGCCATTACTAAGTGCCCAGGTCAAGCTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCTGCATTGTGCCACGGCCATTACTAAGTGCCCAGGTCAAGCTATG  400

seq1  TGCACAAGCAGCAGGGGAGACCTACACTTCTCCACTGATTACTGTGTGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAAGCAGCAGGGGAGACCTACACTTCTCCACTGATTACTGTGTGAC  450

seq1  ATTGGATCAGCCCCTTTCTATCTCAGAGACTTGGAAAGCTAGACAAGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGATCAGCCCCTTTCTATCTCAGAGACTTGGAAAGCTAGACAAGAAG  500

seq1  GTGTAGTGGGTTCCTCTGAACACTGACAAAATGTCAGGGTAGGAGAGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGTGGGTTCCTCTGAACACTGACAAAATGTCAGGGTAGGAGAGAGG  550

seq1  GTAGGAGAGAGAGAGAGTTCTTCCCTTTAGACAGGACTGCTGGGGTTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAGAGAGAGAGAGTTCTTCCCTTTAGACAGGACTGCTGGGGTTCAA  600

seq1  GGTGTGAGGGTGGGGATTTTCTGGAATCCAGAGTAAGGGGCCAGGCTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGAGGGTGGGGATTTTCTGGAATCCAGAGTAAGGGGCCAGGCTTTC  650

seq1  ATTCTTAAAGGTCCAGCTCTTGAGTTTC-TTTTTAAGAGTGAGCATGCTC  699
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTAAAGGTCCAGCTCTTGAGTTTCTTTTTTAAGAGTGAGCATGCTC  700

seq1  TAACAATGGT-GGAAACAGAAGCCACCAATGGC-GGACGTTCCCCAGCTA  747
      |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TAACAATGGTGGGAAACAGAAGCCACCAATGGCGGGACGTTCCCCAGCTA  750

seq1  GATACCTACTGGTGGCGATGC-TAGGAGCCTTTTGCAAGGCAGGATGGCT  796
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACCTACTGGTGGCGATGCTTAGGAGCCTTTTGCAAGGCAGGATGGCT  800

seq1  AGC-ATGGTTATGACTTTC-ACTGTGAGCACTGCAGCGGCTACAGAGGCT  844
      ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGGTTATGACTTTCAACTGTGAGCACTGCAGCGGCTACAGAGGCT  850

seq1  CCGAGAAACT-GGGTGCCTGGTCCAAGGCCACACAGTCAACAAC-AAACA  892
      |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCGAGAAACTGGGGTGCCTTGT-CAAGGCCACACAGTCAACAACAAAACA  899

seq1  GAGCCCAATCCAGAATCCCAGACCACCCTGTCCTCTCCATCCTCCATCCT  942
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GAGCCCAATCCAGAATCCCAGACCACCCTGTCCTCT-CATCCTCCATCCT  948

seq1  -GTAGCAGGACCA-TCCACCTTGCCA-CTGATCCACGCCAGGCTAGAGTC  989
       |||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
seq2  GGTAGCAGGACCATTCCACCTTGCCACCTGATCCACGTCAGGCTAGAGTC  998

seq1  CTCCAGCCT-GCTCCTCAACACAGTCCCAGA--GGCAGGAAGGCTACCCA  1036
      ||||||||| ||||||||   ||||||||||  |||||||  ||||||||
seq2  CTCCAGCCTGGCTCCTCACACCAGTCCCAGAAGGGCAGGATAGCTACCCA  1048

seq1  GGG--TCTCCCA-TTCATA-TAACAA-GTTCTC-AGTTCCAC-ATAT-CC  1078
      |||  ||||||| |||||| |||||| |||||| |||||||| |||| ||
seq2  GGGTCTCTCCCATTTCATATTAACAAGGTTCTCTAGTTCCACTATATCCC  1098

seq1  ACATCTGTCCTCT--GAGAAC-TGCTGCT  1104
      |||||||||||||  |||||| |||||||
seq2  ACATCTGTCCTCTAAGAGAACATGCTGCT  1127

seq1: chr11_82273634_82274761
seq2: B6Ng01-298B19.g_68_1190 (reverse)

seq1  CTTAAAGCTCCACAGAGGCCACATT-CACATTCCCTATGGGATGGCTCTT  49
      |||||||||| ||  |||||||||| |||||  ||||||| || |||| |
seq2  CTTAAAGCTCAAC--AGGCCACATTACACAT--CCTATGGAAT-GCTC-T  44

seq1  AAGATCCTTTTCACATT-GCAGGTCCCATGAGAGGGCACGTGGGAAAA-G  97
      ||||| | ||||||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||| |
seq2  AAGAT-CATTTCACATTGGCAGGT-CCATGAGAGGCAACGTGGGAAAAGG  92

seq1  CAACTGGTCCTTCCCTGTCCCCATGCAGCTAGGCCTGGCATTAGTAAGCT  147
      |||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGGTCCCTACCTTTCCCCATGCAGCTAGGCCTGGCATTAGTAAGCT  142

seq1  GTAGAGAGGCTTTGCTCTCATCCCTCAGCCGGGGTCTTAGTGGAACCAGC  197
      |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTAGAGAGGC-TTGCTCTCATCCTCCAGCCGGGGTC-TAGTGGAACCAGC  190

seq1  -AGGACCATTACTTATTGAGCCAATCTCTTGCTCTCATGCGGA-CCCACC  245
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAGGACCATTACTTATTGAGCCAATCTCTTGCTCTCATGCGGACCCCACC  240

seq1  CCCACTCTCGCCTCGAGAGAACAAAATTAAAAGAGATTTGTCCTCAAGCA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTCTCGCCTCGAGAGAACAAAATTAAAAGAGATTTGTCCTCAAGCA  290

seq1  GCGACAGCTCATCTTGCTAGCTCCGGCTCCACGATCAGCAGCCCCCTTAG  345
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  GCGACAGCTCATCTTGCTAGCTCCGGCTCCACGATCAGAAGCCCCTTTAG  340

seq1  GCTGTGGCTCAGCTTTCTCTGCAGGAGCGGCAGGGGCAGGTGGGAGTCAT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGCTCAGCTTTCTCTGCAGGAGCGGCAGGGGCAGGTGGGAGTCAT  390

seq1  TTGTCCCTGGCCTGGGTGGGTCCCCAGCTCTCAACAGCCCTCCATGTTTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCCTGGCCTGGGTGGGTCCCCAGCTCTCAACAGCCCTCCATGTTTG  440

seq1  ACCTCTCTGCTAACTTCCCCTGTCCTGCTTTCTCTGGGGGACATTTTATA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTCTGCTAACTTCCCCTGTCCTGCTTTCTCTGGGGGACATTTTATA  490

seq1  GGGATTCCGCTGAAAACTTCAGAGACAATCCTGTCCCTCATTTTTAAGGT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTCCGCTGAAAACTTCAGAGACAATCCTGTCCCTCATTTTTAAGGT  540

seq1  TCTCAGCCTGAGCATGAGGCACATCTGTCCCCTCTTTCATTCAACCGAGG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCCTGAGCATGAGGCACATCTGTCCCCTCTTTCATTCAACCGAGG  590

seq1  CTCCATTTGTCTCCGTTTTCCTGAGGCCCGTAGATTGTTCCTGGCTGAAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTTGTCTCCGTTTTCCTGAGGCCCGTAGATTGTTCCTGGCTGAAT  640

seq1  TATGGAGCCTGGTTAGGAAGCCTCAGATTGAACATGTCCCTGAGGCCATT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAGCCTGGTTAGGAAGCCTCAGATTGAACATGTCCCTGAGGCCATT  690

seq1  GTCCTCACGGAGAAAGTCTGCTGGTCTCTCTGTCCTGCCCACCTGCCACA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCACGGAGAAAGTCTGCTGGTCTCTCTGTCCTGCCCACCTGCCACA  740

seq1  GTCCCTCTAAATTGGTGTCTTCCCATCCCTGGAATGGCACACAGAGTGAG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTCTAAATTGGTGTCTTCCCATCCCTGGAATGGCACACAGAGTGAG  790

seq1  CCAAAAAAGAGCTATGACTATAATCTCCAGTACCACCATGTGCCAAATAC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAAAGAGCTATGACTATAATCTCCAGTACCACCATGTGCCAAATAC  840

seq1  AAAGAATGATGTAGTTAAGGGAGGATACAGATATAGAAACAAAATAAAAC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATGATGTAGTTAAGGGAGGATACAGATATAGAAACAAAATAAAAC  890

seq1  AAAAAAGCCCCCCGTAACCATGGCTCCAGGGGTACACATCTCCCGCATCG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGCCCCCCGTAACCATGGCTCCAGGGGTACACATCTCCCGCATCG  940

seq1  CACAGTGCTACTTACATCCACACTGACCACAGATGGGTTGGGCTCCTGGT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGCTACTTACATCCACACTGACCACAGATGGGTTGGGCTCCTGGT  990

seq1  CAGACAAGGGGCCTAGCTCCCCTTGGCCTCCTGCCCATTCCCATCACCAT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAAGGGGCCTAGCTCCCCTTGGCCTCCTGCCCATTCCCATCACCAT  1040

seq1  CCAGGACACCGGAACCAGAGGAAAAATGAAGATTCAGTACCAGCTGTGCT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGACACCGGAACCAGAGGAAAAATGAAGATTCAGTACCAGCTGTGCT  1090

seq1  CTTTAAGAGATGAGTGTGGGATTGTGGGAATTC  1128
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAGAGATGAGTGTGGGATTGTGGGAATTC  1123