BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-298G13
Chromosome11 (Build37)
Map Location 29,883,146 - 30,002,215
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC230094A16Rik, Spnb2
Upstream genePnpt1, A630052C17Rik, Smek2, LOC100042972, Ccdc104, LOC672637, LOC100042985, A430106J12Rik, 2010316F05Rik, LOC100042990, Mtif2, Rps27a, 1700034F02Rik, LOC628830, LOC666403, Rtn4, 4931440F15Rik
Downstream geneEG666427, LOC666432, 4930505A04Rik, Acyp2, LOC654445, LOC666452, LOC666470, LOC631243, Psme4, Gpr75, LOC100042469, 4933407N01Rik, Asb3, Chac2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-298G13.bB6Ng01-298G13.g
ACCGA093522GA093523
length3121,150
definitionB6Ng01-298G13.b B6Ng01-298G13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,001,904 - 30,002,215)(29,883,146 - 29,884,284)
sequence
atttctggtcagaaattaagaatccaagtggtattggccataacaaagcc
agacctttcagaggttgaatttttttttgatccttctgttggattaaagc
accagattgcctgtgtatattggatttatctggtgaatgtgtgacttcat
aatgaccaggggccattgtcgggccagtgcacatctccaggcctggtcat
caacccatggagagctctattgacatctctgaggtaaacccatggcctgc
ttgtgacccaccctagataaggggatcatggggttttgtttggttggttt
ggtttgggtttg
gaattcctcatttataatttggagggcatggtatcttctgagcaattaag
aaggagaggtcattgctgggatttgctcaatggaaagcaggtctcaagag
acgcattagagttatagaacatatgtattcaagaatttttggatgtactt
tggaaagataattatttcatttcccttgaatgtcagtcaaattcttctga
gttgaggtagttgtgttgagatggaaaaccatgaccttattttcagctta
ctgtctacagtacagacacacccttgaacagcaactatatctgaaaattg
taggcctgcattccagcactttccgagtatgagggaccctagaagtaggg
aaggggataaagagagaggacattataaagatcataatggacttgaatag
gagggctctgtttcattctccctgtggatggcatccaccttttggctctc
cccttacatactgttctacaggatatggatatgtttttatgaagtataaa
tctgactaaagttggagtatttttgtgttacactgttatcactcttaagc
tgtatctctttcttggggaggtccagcagcctgctattatcttctaccac
cactgttaccattataatttctcataggttctaataaatctgttttgaat
aagaaaaaaaattaatttaaaggacaagtaccaagaactagattatattt
actttgcttataattaaaattctcataagaatttcataaaatgtgtattg
atcatatagatactctcaaaccttcccatatttactcccttcccccttac
actcatctctgtaacctcattctctttaaatcccaggaatctaatttgtg
ctgcccacaaacttgtgtctgtgtggtcattcactgggagcattgttgac
gtaatggtagttgacctttaaataaaacagactttccatctcccagcagc
tatgagtggacattagcttctcagataggaatagacctcagtgcccacca
ccccctgccatgctgggattcttgtctgacttgagctccttcgggtctaa
tgtaccactgtcatgcactatgcactgtcctttcttgttggctcagaaaa
acctgtccttggcaatcatcttaactgcctctggaattccttacaatatt

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_30001904_30002215
seq2: B6Ng01-298G13.b_53_364 (reverse)

seq1  CAAACCCAAACCAAACCAACCAAACAAAACCCCATGATCCCCTTATCTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCCAAACCAAACCAACCAAACAAAACCCCATGATCCCCTTATCTAG  50

seq1  GGTGGGTCACAAGCAGGCCATGGGTTTACCTCAGAGATGTCAATAGAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGTCACAAGCAGGCCATGGGTTTACCTCAGAGATGTCAATAGAGCT  100

seq1  CTCCATGGGTTGATGACCAGGCCTGGAGATGTGCACTGGCCCGACAATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGGGTTGATGACCAGGCCTGGAGATGTGCACTGGCCCGACAATGG  150

seq1  CCCCTGGTCATTATGAAGTCACACATTCACCAGATAAATCCAATATACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGGTCATTATGAAGTCACACATTCACCAGATAAATCCAATATACAC  200

seq1  AGGCAATCTGGTGCTTTAATCCAACAGAAGGATCAAAAAAAAATTCAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAATCTGGTGCTTTAATCCAACAGAAGGATCAAAAAAAAATTCAACC  250

seq1  TCTGAAAGGTCTGGCTTTGTTATGGCCAATACCACTTGGATTCTTAATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAAGGTCTGGCTTTGTTATGGCCAATACCACTTGGATTCTTAATTT  300

seq1  CTGACCAGAAAT  312
      ||||||||||||
seq2  CTGACCAGAAAT  312

seq1: chr11_29883146_29884284
seq2: B6Ng01-298G13.g_66_1215

seq1  GAATTCCTCATTTATAATTTGGAGGGCATGGTATCTTCTGAGCAATTAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCATTTATAATTTGGAGGGCATGGTATCTTCTGAGCAATTAAG  50

seq1  AAGGAGAGGTCATTGCTGGGATTTGCTCAATGGAAAGCAGGTCTCAAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGAGGTCATTGCTGGGATTTGCTCAATGGAAAGCAGGTCTCAAGAG  100

seq1  ACGCATTAGAGTTATAGAACATATGTATTCAAGAATTTTTGGATGTACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCATTAGAGTTATAGAACATATGTATTCAAGAATTTTTGGATGTACTT  150

seq1  TGGAAAGATAATTATTTCATTTCCCTTGAATGTCAGTCAAATTCTTCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGATAATTATTTCATTTCCCTTGAATGTCAGTCAAATTCTTCTGA  200

seq1  GTTGAGGTAGTTGTGTTGAGATGGAAAACCATGACCTTATTTTCAGCTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGGTAGTTGTGTTGAGATGGAAAACCATGACCTTATTTTCAGCTTA  250

seq1  CTGTCTACAGTACAGACACACCCTTGAACAGCAACTATATCTGAAAATTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTACAGTACAGACACACCCTTGAACAGCAACTATATCTGAAAATTG  300

seq1  TAGGCCTGCATTCCAGCACTTTCCGAGTATGAGGGACCCTAGAAGTAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCTGCATTCCAGCACTTTCCGAGTATGAGGGACCCTAGAAGTAGGG  350

seq1  AAGGGGATAAAGAGAGAGGACATTATAAAGATCATAATGGACTTGAATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGATAAAGAGAGAGGACATTATAAAGATCATAATGGACTTGAATAG  400

seq1  GAGGGCTCTGTTTCATTCTCCCTGTGGATGGCATCCACCTTTTGGCTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCTCTGTTTCATTCTCCCTGTGGATGGCATCCACCTTTTGGCTCTC  450

seq1  CCCTTACATACTGTTCTACAGGATATGGATATGTTTTTATGAAGTATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTACATACTGTTCTACAGGATATGGATATGTTTTTATGAAGTATAAA  500

seq1  TCTGACTAAAGTTGGAGTATTTTTGTGTTACACTGTTATCACTCTTAAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTAAAGTTGGAGTATTTTTGTGTTACACTGTTATCACTCTTAAGC  550

seq1  TGTATCTCTTTCTTGGGGAGGTCCAGCAGCCTGCTATTATCTTCTACCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTCTTTCTTGGGGAGGTCCAGCAGCCTGCTATTATCTTCTACCAC  600

seq1  CACTGTTACCATTATAATTTCTCATAGGTTCTAATAAATCTGTTTTGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTTACCATTATAATTTCTCATAGGTTCTAATAAATCTGTTTTGAAT  650

seq1  AAGAAAAAAAATTAATTTAAAGGACAAGTACCAAGAACTAGATTATATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAAAAATTAATTTAAAGGACAAGTACCAAGAACTAGATTATATTT  700

seq1  ACTTTGCTTATAATTAAAATTCTCATAAGAATTTCATAAAATGTGTATTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGCTTATAATTAAAATTCTCATAAGAATTTCATAAAATGTGTATTG  750

seq1  ATCATATAGATACTCTCAAACCTTCCCATATTTACTCCCTTCCCCCTTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATATAGATACTCTCAAACCTTCCCATATTTACTCCCTTCCCCCTTAC  800

seq1  ACTCATCTCTGTAACCTCATTCTCTTTAAATCCCAGGAATCTAATTTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATCTCTGTAACCTCATTCTCTTTAAATCCCAGGAATCTAATTTGTG  850

seq1  CTGCCCACAAACTTGTGTCTGTGTGGTCATTCACT-GGAGCATTGTTGAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTGCCCACAAACTTGTGTCTGTGTGGTCATTCACTGGGAGCATTGTTGAC  900

seq1  GTAATGGTAGTTGACCTTTAAATAAAACAGACTTTCCATCTCCCAGCAGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGGTAGTTGACCTTTAAATAAAACAGACTTTCCATCTCCCAGCAGC  950

seq1  TATGAGTGGACATTAGCTTCTCAGATAGGAATAGACCTCAGTGCCCACCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGTGGACATTAGCTTCTCAGATAGGAATAGACCTCAGTGCCCACCA  1000

seq1  -CCCCTGCCATGCTGGGATTC-TGTCTGACTTGAGCTCCTTCGGGTCTAA  1047
       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTGCCATGCTGGGATTCTTGTCTGACTTGAGCTCCTTCGGGTCTAA  1050

seq1  TGTA-CACTGTCATTGCCACTATGCAACTGTCCTT--CTGT--GCTCAGA  1092
      |||| |||||||||   |||||||| |||||||||   |||  |||||||
seq2  TGTACCACTGTCAT--GCACTATGC-ACTGTCCTTTCTTGTTGGCTCAGA  1097

seq1  AAA--CTGTTCCCTTGGC-ATCATCT--ACTGCCTCTG--ATT-CTTACA  1134
      |||  ||||  ||||||| |||||||  ||||||||||  ||| ||||||
seq2  AAAACCTGT--CCTTGGCAATCATCTTAACTGCCTCTGGAATTCCTTACA  1145

seq1  ATATT  1139
      |||||
seq2  ATATT  1150