BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-298N05
Chromosome11 (Build37)
Map Location 12,414,087 - 12,546,841
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene4930415F15Rik, Ikzf1, Fignl1, Ddc, Grb10, Cobl
Downstream geneLOC627244
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-298N05.bB6Ng01-298N05.g
ACCGA093835GA093836
length1,1021,158
definitionB6Ng01-298N05.b B6Ng01-298N05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,545,743 - 12,546,841)(12,414,087 - 12,415,235)
sequence
gaattcagtttaacttttggaattttattttatgcaggccaacctcattt
actcacttaatgaaatggggataatatctactttatagaggtcttgtgaa
aatgtattataatataatgtcaaatatctgaaaaacaataaaaattccta
ctgcttgttatattaatcctggagcaggatcctagctgaacaacccagag
aaaccaatccttgaataccatttcatgaaatgactttttaaaaaagaatc
tccatcacatagccttcaacctgacactctcaactacaatgcaccgggtt
tcaatatatgcaaaatctctccttgtggaccactctgtgctcatcttccc
cagagatggctcatttttcctctggcaagtgtgtgctacaactcaaagtt
ggatgtataaatgtgtctggtgatagggtggcccctgtggctcctgggac
attctatgagctgtaaatactcagcaggatggcattggaattattaccaa
atgtcagcatgaatacatgaaggtaggacttccctgagtcagaaaaaatg
aaactataaatcaaagaccctggagtaaaattattgaaattgctctgccc
ttcacatgtgggggtggtcagccattgtgataataaattgatccacttga
aatcccaaagaaggagtttttacctcaaaggacataaattcagttacacc
tcctgcctttctaaatagcattccaatggcaatgtgcaaataaactttta
gaaattaggcacttaatgactgaatttgaatcaagatgttcctataagct
ccacatccattggctttaattcatctcgagaaatctgaatttagaaacac
atagctggagccttctctggcatacaaataattcaatttacatctttttt
atcacagctacagttgtacattatttttctctcattcaccagggacaaga
cataggagctacaattgaaaggcagtttgtctaaacactattactagttc
aggaaggtcactatgtgcttagcatcattgggttcacagatgaagaactg
ggagtacccctcagtggtactacaccatgcttaggcatgccagattctgc
gt

gaattcataccaagtttagacggcttcccaaatgtatcaaatttatacaa
attgaaacaagttgtagtggagccacaaattggagcctcaactctacctc
gaatacaaactcattgaaaaattaaagacatataaatgtaatgaaagaga
gagcaagcagataaagtctcattttgttaatttgtctacttgtttaaaca
aatgttttaatctccaagtacttattctctctgttatttaattggatcaa
tgctggtttactaattctatttattaattaccaatacatttattgagtgc
ccactattccagaaaatgtgtctgagcccaggatatgctgcattagattt
taaatagtttctttgagggagggtcttctagtatttatgaaacttatatg
actcgtctctttggaatttgacattccattttttaaaaaagaaattggtc
ttatttgtttagtaacaattttatttttctttacaaactccattcaacat
ccaattaaattctttaatttttgatgtttgatatatgctatacttactgg
caaggctctgttattgagatgcacagtttcctaatcttccaaattatgta
tttttatgctattaagctgaaaggcaagatatttctaggatgtctgatgt
tgcttccctgtgtttgcagttaaaggaaaagaaatgtatcctaatgtggc
ttttgtggccataaactctgactatgaacttgcatggctagctgtttgct
ctgcatattctattgcatgaaaacatactatcttatttttcaagccaagt
agtgattcacatatgagttgtccaaatttttgctaatctaagggaaagat
cctatgtccattctagtgtgtgctagtgtggaactgtataactgctcccc
tttagcgttcttatccaggaagtggattgcagcatcatagggaaggcacc
tgctcagctttggatgcttctgatagggtcccaaagtgtacatgcccaat
taaagtcccaccaattggattgtgaactgctacttattttctgatgaaac
agagctagaaatacagggaattgtagagggacatatccattagtaggaaa
tgagccattacccttgggattcttgttttgctggttgagatccaaggata
tccaatac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_12545743_12546841
seq2: B6Ng01-298N05.b_47_1148 (reverse)

seq1  ACGCAGAATCTGGGCATG-CTAAGCAT-GTGTAGTACCACTGAGGGGTAC  48
      ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCAGAATCT-GGCATGCCTAAGCATGGTGTAGTACCACTGAGGGGTAC  49

seq1  TCCCAGTTCTCATTCTGTGAACCCAATGATGCTAAGCACATAGTGACCTT  98
      ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTTCTTCATCTGTGAACCCAATGATGCTAAGCACATAGTGACCTT  99

seq1  CCTG-ACTAGTAATAGTGTTTAGACAAACTGCCTTTCAATTGTAGCT-CT  146
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCTGAACTAGTAATAGTGTTTAGACAAACTGCCTTTCAATTGTAGCTCCT  149

seq1  ATGTCTTGTCCTTGGTGAATGAGAGAAAAATAATGTACAACTGTAGCTGT  196
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTGTCCCTGGTGAATGAGAGAAAAATAATGTACAACTGTAGCTGT  199

seq1  GATAAAAAAGATGTAAATTGAATTATTTGTATGCCAGAGAAGGCTCCAGC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAAAAGATGTAAATTGAATTATTTGTATGCCAGAGAAGGCTCCAGC  249

seq1  TATGTGTTTCTAAATTCAGATTTCTCGAGATGAATTAAAGCCAATGGATG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTTTCTAAATTCAGATTTCTCGAGATGAATTAAAGCCAATGGATG  299

seq1  TGGAGCTTATAGGAACATCTTGATTCAAATTCAGTCATTAAGTGCCTAAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCTTATAGGAACATCTTGATTCAAATTCAGTCATTAAGTGCCTAAT  349

seq1  TTCTAAAAGTTTATTTGCACATTGCCATTGGAATGCTATTTAGAAAGGCA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAAAGTTTATTTGCACATTGCCATTGGAATGCTATTTAGAAAGGCA  399

seq1  GGAGGTGTAACTGAATTTATGTCCTTTGAGGTAAAAACTCCTTCTTTGGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTGTAACTGAATTTATGTCCTTTGAGGTAAAAACTCCTTCTTTGGG  449

seq1  ATTTCAAGTGGATCAATTTATTATCACAATGGCTGACCACCCCCACATGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAAGTGGATCAATTTATTATCACAATGGCTGACCACCCCCACATGT  499

seq1  GAAGGGCAGAGCAATTTCAATAATTTTACTCCAGGGTCTTTGATTTATAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGCAGAGCAATTTCAATAATTTTACTCCAGGGTCTTTGATTTATAG  549

seq1  TTTCATTTTTTCTGACTCAGGGAAGTCCTACCTTCATGTATTCATGCTGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTTTTTCTGACTCAGGGAAGTCCTACCTTCATGTATTCATGCTGA  599

seq1  CATTTGGTAATAATTCCAATGCCATCCTGCTGAGTATTTACAGCTCATAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGGTAATAATTCCAATGCCATCCTGCTGAGTATTTACAGCTCATAG  649

seq1  AATGTCCCAGGAGCCACAGGGGCCACCCTATCACCAGACACATTTATACA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCCCAGGAGCCACAGGGGCCACCCTATCACCAGACACATTTATACA  699

seq1  TCCAACTTTGAGTTGTAGCACACACTTGCCAGAGGAAAAATGAGCCATCT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACTTTGAGTTGTAGCACACACTTGCCAGAGGAAAAATGAGCCATCT  749

seq1  CTGGGGAAGATGAGCACAGAGTGGTCCACAAGGAGAGATTTTGCATATAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGAAGATGAGCACAGAGTGGTCCACAAGGAGAGATTTTGCATATAT  799

seq1  TGAAACCCGGTGCATTGTAGTTGAGAGTGTCAGGTTGAAGGCTATGTGAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACCCGGTGCATTGTAGTTGAGAGTGTCAGGTTGAAGGCTATGTGAT  849

seq1  GGAGATTCTTTTTTAAAAAGTCATTTCATGAAATGGTATTCAAGGATTGG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATTCTTTTTTAAAAAGTCATTTCATGAAATGGTATTCAAGGATTGG  899

seq1  TTTCTCTGGGTTGTTCAGCTAGGATCCTGCTCCAGGATTAATATAACAAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTGGGTTGTTCAGCTAGGATCCTGCTCCAGGATTAATATAACAAG  949

seq1  CAGTAGGAATTTTTATTGTTTTTCAGATATTTGACATTATATTATAATAC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGGAATTTTTATTGTTTTTCAGATATTTGACATTATATTATAATAC  999

seq1  ATTTTCACAAGACCTCTATAAAGTAGATATTATCCCCATTTCATTAAGTG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCACAAGACCTCTATAAAGTAGATATTATCCCCATTTCATTAAGTG  1049

seq1  AGTAAATGAGGTTGGCCTGCATAAAATAAAATTCCAAAAGTTAAACTGAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAATGAGGTTGGCCTGCATAAAATAAAATTCCAAAAGTTAAACTGAA  1099

seq1  TTC  1099
      |||
seq2  TTC  1102


seq1: chr11_12414087_12415235
seq2: B6Ng01-298N05.g_68_1225

seq1  GAATTCATACCAAGTTTAGACGGCTTCCCAAATGTATCAAATTTATACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATACCAAGTTTAGACGGCTTCCCAAATGTATCAAATTTATACAA  50

seq1  ATTGAAACAAGTTGTAGTGGAGCCACAAATTGGAGCCTCAACTCTACCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAACAAGTTGTAGTGGAGCCACAAATTGGAGCCTCAACTCTACCTC  100

seq1  GAATACAAACTCATTGAAAAATTAAAGACATATAAATGTAATGAAAGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACAAACTCATTGAAAAATTAAAGACATATAAATGTAATGAAAGAGA  150

seq1  GAGCAAGCAGATAAAGTCTCATTTTGTTAATTTGTCTACTTGTTTAAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGCAGATAAAGTCTCATTTTGTTAATTTGTCTACTTGTTTAAACA  200

seq1  AATGTTTTAATCTCCAAGTACTTATTCTCTCTGTTATTTAATTGGATCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTTAATCTCCAAGTACTTATTCTCTCTGTTATTTAATTGGATCAA  250

seq1  TGCTGGTTTACTAATTCTATTTATTAATTACCAATACATTTATTGAGTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGTTTACTAATTCTATTTATTAATTACCAATACATTTATTGAGTGC  300

seq1  CCACTATTCCAGAAAATGTGTCTGAGCCCAGGATATGCTGCATTAGATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTATTCCAGAAAATGTGTCTGAGCCCAGGATATGCTGCATTAGATTT  350

seq1  TAAATAGTTTCTTTGAGGGAGGGTCTTCTAGTATTTATGAAACTTATATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAGTTTCTTTGAGGGAGGGTCTTCTAGTATTTATGAAACTTATATG  400

seq1  ACTCGTCTCTTTGGAATTTGACATTCCATTTTTTAAAAAAGAAATTGGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGTCTCTTTGGAATTTGACATTCCATTTTTTAAAAAAGAAATTGGTC  450

seq1  TTATTTGTTTAGTAACAATTTTATTTTTCTTTACAAACTCCATTCAACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGTTTAGTAACAATTTTATTTTTCTTTACAAACTCCATTCAACAT  500

seq1  CCAATTAAATTCTTTAATTTTTGATGTTTGATATATGCTATACTTACTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTAAATTCTTTAATTTTTGATGTTTGATATATGCTATACTTACTGG  550

seq1  CAAGGCTCTGTTATTGAGATGCACAGTTTCCTAATCTTCCAAATTATGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCTCTGTTATTGAGATGCACAGTTTCCTAATCTTCCAAATTATGTA  600

seq1  TTTTTATGCTATTAAGCTGAAAGGCAAGATATTTCTAGGATGTCTGATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATGCTATTAAGCTGAAAGGCAAGATATTTCTAGGATGTCTGATGT  650

seq1  TGCTTCCCTGTGTTTGCAGTTAAAGGAAAAGAAATGTATCCTAATGTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCCTGTGTTTGCAGTTAAAGGAAAAGAAATGTATCCTAATGTGGC  700

seq1  TTTTGTGGCCATAAACTCTGACTATGAACTTGCATGGCTAGCTGTTTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGGCCATAAACTCTGACTATGAACTTGCATGGCTAGCTGTTTGCT  750

seq1  CTGCATATTCTATTGCATGAAAACATACTATCTTATTTTTCAAGCCAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATATTCTATTGCATGAAAACATACTATCTTATTTTTCAAGCCAAGT  800

seq1  AGTGATTCACATATGAGTTGTCCAAATTTTTGCTAATCTAAGGG-AAGAT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGTGATTCACATATGAGTTGTCCAAATTTTTGCTAATCTAAGGGAAAGAT  850

seq1  CCTATGTCCATTCTAGTGTGTGCTAGTGTGGAACTGTATAACTGCTCCCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGTCCATTCTAGTGTGTGCTAGTGTGGAACTGTATAACTGCTCCCC  900

seq1  -TTAGCGTTC-TATCCAGGAAGTGGATTGCAGCATCATAGGGAAGGCACC  947
       ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCGTTCTTATCCAGGAAGTGGATTGCAGCATCATAGGGAAGGCACC  950

seq1  TGCTCAGCTTTGAATGCTTCTGATAGGGTCCCAAAGTGTACATGCCAATT  997
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
seq2  TGCTCAGCTTTGGATGCTTCTGATAGGGTCCCAAAGTGTACATGCCCAAT  1000

seq1  TAAAGTCCCACCAA-TGGATTGTGAACTGCTACTTA-TTTCTGATGAAAC  1045
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TAAAGTCCCACCAATTGGATTGTGAACTGCTACTTATTTTCTGATGAAAC  1050

seq1  AGAGC-AGAAATACAGGAAAATGTAAGAGGACATA--CA-TAGTAAGGGA  1091
      ||||| ||||||||||| || ||||   |||||||  || |||||  |||
seq2  AGAGCTAGAAATACAGGGAATTGTAGAGGGACATATCCATTAGTA--GGA  1098

seq1  AATGAGCCATTA-CCTTGGGA-TCTTGTTTTGCTGGTTGAGATTCAAGGA  1139
      |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AATGAGCCATTACCCTTGGGATTCTTGTTTTGCTGGTTGAGATCCAAGGA  1148

seq1  TATCAAATAC  1149
      |||| |||||
seq2  TATCCAATAC  1158


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |