BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-306D23
Chromosome11 (Build37)
Map Location 107,623,037 - 107,798,458
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCacng4, Cacng5
Upstream geneGm885, Polg2, Ddx5, Ccdc45, Smurf2, LOC666873, Kpna2, 1810010H24Rik, Bptf, LOC100042899, Nol11, LOC671692, Pitpnc1, Psmd12, A830035A12Rik, Helz, Cacng1
Downstream genePrkca, Apoh, LOC100041381, Ccdc46, Olfr1397-ps1, LOC629945, Axin2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-306D23.bB6Ng01-306D23.g
ACCGA099334GA099335
length1,121624
definitionB6Ng01-306D23.b B6Ng01-306D23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,797,327 - 107,798,458)(107,623,037 - 107,623,660)
sequence
gaattctggacttcagacctcaaaaagtggggaagggtgtcatatatgga
tctcagaagtcaagttcaccatcttggtaacctagccttatcaaaaacac
tgtactcagtccaactgtaaaggaactggcttatcaatgagccttggaag
tgaaagcattgctcttcccaggtgggacagcaacaggaagctgaacctct
caaagtgggggaaaccacagagaaggagcacagggttcgtagacaatcca
ccctgaggtgccaagctgcctgactctcatgccagtagcaggcttgggtt
cttccttaaaccgccagcatccagctccgagtgattcaacttctctagaa
aatgtgtgcggttccttggatggcttgtacgcttagagaatacccaccaa
cattctcacactggaggagggaaataacagagccacagaccagcaattgc
ctaaggaacagaacactggagaacaaacttaggagagatgataaaaattt
aaggacgtgttcatgatgctgcctattctatacactgctgagggttaaat
tcagatgaaggctagtactttaaagatctggacagcagagacaacttttg
ctacaaaactaactcacctggataaccactagcagctgttaggcaggatc
aattgatactattctacatccttgtcccacttcacagaccttgtatgaaa
cagggctacagggaaacatctgccatttgaactgaagcaaccaagcagga
ggccagaaccaggagggtgccttgaagggtttaatccccaggggcagggg
tgggaactatttagaatgtacctgctctcaggctgtgcctgcattggcag
ggtctgtggaggagaacctagcacaatccaagtctccacagggacccatc
aggccgtgacccagaaaatccattgaaataattttgtattatattcccct
tggaaggtggccatttccaggagcagctcttccttgttccaccacaagcc
gtgggctgctagctctgctcagtgtgccatctaagttacctggtgcttgg
atgatgtaagagctggagtatgctgccaggtgcagtccaaggagtatggg
agctttaccaggcagcagcta
gaattctccagaagaggaaggaggtagagggggcagtgttggagggaggg
cacatacctgccaagtcactggcaccttccggcagtcaggcaaaactgag
atagctcagatctgctcaccgagtacacctggggctggggcagcaatttc
agccaaatagaaaccaaattcaaacttgatgttcaatccctgcccccgac
acctgtggtccagagtgccaagtaaacacagttatcagctggagcctggc
tgcctacctgtcctttggaggagagccaccagcttcatagacttggatga
gacctcagagctctgggctcatcagccacacctgatgcccatgtcctctg
tcctggcctcctgggaaccccacgtcctgacagtgtctgcccgttggccg
ttttccaggaagagagtcactattttgggcccttgcacgatccattccct
acagcagcagcagagacaaatgtccccttatcttgcccaggatgggactc
ccaacacggaagaacagatgtccattcagtcacgaactcaggcttgaatt
caagtcaatatttacatggctacagcctgtcatgcaccgggtgcctggcc
atgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_107797327_107798458
seq2: B6Ng01-306D23.b_47_1167 (reverse)

seq1  TAGCTGCTGCCTGGGGTAAGCCTCCCATTAACTCCTGGGGCTGCACCTGG  50
      ||||||||||||  |||||  |||||||  |||||| || ||||||||||
seq2  TAGCTGCTGCCT--GGTAAAGCTCCCAT--ACTCCTTGGACTGCACCTGG  46

seq1  CAGCATACTCCAGCTCTTTCCATTCAACCCAAGCACCAGGTAACTTTAGA  100
      |||||||||||||||| || |||   | |||||||||||||||| |||||
seq2  CAGCATACTCCAGCTC-TTACAT--CATCCAAGCACCAGGTAAC-TTAGA  92

seq1  TGCCACACTGAAGGCAGAGCTAGCAGCCCACCGGCCTGTGGTGGAACAGG  150
      || ||||||||  ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |
seq2  TGGCACACTGA--GCAGAGCTAGCAGCCCA-CGGCTTGTGGTGGAACAAG  139

seq1  GAAGAGCTGCTCCTGGGAAATGGCCACCTTCC-AGGGGAATATAATACAA  199
      |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAAGAGCTGCTCCT-GGAAATGGCCACCTTCCAAGGGGAATATAATACAA  188

seq1  AATTATTTCAATGGATTTTCTGGGTCACGGCCTGATGGGTCCCTGTGGAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTTCAATGGATTTTCTGGGTCACGGCCTGATGGGTCCCTGTGGAG  238

seq1  ACTTGGATTGTGCTAGGTTCTCCTCCACAGACCCTGCCAATGCAGGCACA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGATTGTGCTAGGTTCTCCTCCACAGACCCTGCCAATGCAGGCACA  288

seq1  GCCTGAGAGCAGGTACATTCTAAATAGTTCCCACCCCTGCCCCTGGGGAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAGAGCAGGTACATTCTAAATAGTTCCCACCCCTGCCCCTGGGGAT  338

seq1  TAAACCCTTCAAGGCACCCTCCTGGTTCTGGCCTCCTGCTTGGTTGCTTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCCTTCAAGGCACCCTCCTGGTTCTGGCCTCCTGCTTGGTTGCTTC  388

seq1  AGTTCAAATGGCAGATGTTTCCCTGTAGCCCTGTTTCATACAAGGTCTGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAAATGGCAGATGTTTCCCTGTAGCCCTGTTTCATACAAGGTCTGT  438

seq1  GAAGTGGGACAAGGATGTAGAATAGTATCAATTGATCCTGCCTAACAGCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGGACAAGGATGTAGAATAGTATCAATTGATCCTGCCTAACAGCT  488

seq1  GCTAGTGGTTATCCAGGTGAGTTAGTTTTGTAGCAAAAGTTGTCTCTGCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTGGTTATCCAGGTGAGTTAGTTTTGTAGCAAAAGTTGTCTCTGCT  538

seq1  GTCCAGATCTTTAAAGTACTAGCCTTCATCTGAATTTAACCCTCAGCAGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGATCTTTAAAGTACTAGCCTTCATCTGAATTTAACCCTCAGCAGT  588

seq1  GTATAGAATAGGCAGCATCATGAACACGTCCTTAAATTTTTATCATCTCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGAATAGGCAGCATCATGAACACGTCCTTAAATTTTTATCATCTCT  638

seq1  CCTAAGTTTGTTCTCCAGTGTTCTGTTCCTTAGGCAATTGCTGGTCTGTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGTTTGTTCTCCAGTGTTCTGTTCCTTAGGCAATTGCTGGTCTGTG  688

seq1  GCTCTGTTATTTCCCTCCTCCAGTGTGAGAATGTTGGTGGGTATTCTCTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTTATTTCCCTCCTCCAGTGTGAGAATGTTGGTGGGTATTCTCTA  738

seq1  AGCGTACAAGCCATCCAAGGAACCGCACACATTTTCTAGAGAAGTTGAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTACAAGCCATCCAAGGAACCGCACACATTTTCTAGAGAAGTTGAAT  788

seq1  CACTCGGAGCTGGATGCTGGCGGTTTAAGGAAGAACCCAAGCCTGCTACT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCGGAGCTGGATGCTGGCGGTTTAAGGAAGAACCCAAGCCTGCTACT  838

seq1  GGCATGAGAGTCAGGCAGCTTGGCACCTCAGGGTGGATTGTCTACGAACC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGAGAGTCAGGCAGCTTGGCACCTCAGGGTGGATTGTCTACGAACC  888

seq1  CTGTGCTCCTTCTCTGTGGTTTCCCCCACTTTGAGAGGTTCAGCTTCCTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTCCTTCTCTGTGGTTTCCCCCACTTTGAGAGGTTCAGCTTCCTG  938

seq1  TTGCTGTCCCACCTGGGAAGAGCAATGCTTTCACTTCCAAGGCTCATTGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGTCCCACCTGGGAAGAGCAATGCTTTCACTTCCAAGGCTCATTGA  988

seq1  TAAGCCAGTTCCTTTACAGTTGGACTGAGTACAGTGTTTTTGATAAGGCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCAGTTCCTTTACAGTTGGACTGAGTACAGTGTTTTTGATAAGGCT  1038

seq1  AGGTTACCAAGATGGTGAACTTGACTTCTGAGATCCATATATGACACCCT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTACCAAGATGGTGAACTTGACTTCTGAGATCCATATATGACACCCT  1088

seq1  TCCCCACTTTTTGAGGTCTGAAGTCCAGAATTC  1132
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACTTTTTGAGGTCTGAAGTCCAGAATTC  1121

seq1: chr11_107623037_107623660
seq2: B6Ng01-306D23.g_69_692

seq1  GAATTCTCCAGAAGAGGAAGGAGGTAGAGGGGGCAGTGTTGGAGGGAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAGAAGAGGAAGGAGGTAGAGGGGGCAGTGTTGGAGGGAGGG  50

seq1  CACATACCTGCCAAGTCACTGGCACCTTCCGGCAGTCAGGCAAAACTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACCTGCCAAGTCACTGGCACCTTCCGGCAGTCAGGCAAAACTGAG  100

seq1  ATAGCTCAGATCTGCTCACCGAGTACACCTGGGGCTGGGGCAGCAATTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTCAGATCTGCTCACCGAGTACACCTGGGGCTGGGGCAGCAATTTC  150

seq1  AGCCAAATAGAAACCAAATTCAAACTTGATGTTCAATCCCTGCCCCCGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAATAGAAACCAAATTCAAACTTGATGTTCAATCCCTGCCCCCGAC  200

seq1  ACCTGTGGTCCAGAGTGCCAAGTAAACACAGTTATCAGCTGGAGCCTGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTGGTCCAGAGTGCCAAGTAAACACAGTTATCAGCTGGAGCCTGGC  250

seq1  TGCCTACCTGTCCTTTGGAGGAGAGCCACCAGCTTCATAGACTTGGATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTACCTGTCCTTTGGAGGAGAGCCACCAGCTTCATAGACTTGGATGA  300

seq1  GACCTCAGAGCTCTGGGCTCATCAGCCACACCTGATGCCCATGTCCTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCAGAGCTCTGGGCTCATCAGCCACACCTGATGCCCATGTCCTCTG  350

seq1  TCCTGGCCTCCTGGGAACCCCACGTCCTGACAGTGTCTGCCCGTTGGCCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGCCTCCTGGGAACCCCACGTCCTGACAGTGTCTGCCCGTTGGCCG  400

seq1  TTTTCCAGGAAGAGAGTCACTATTTTGGGCCCTTGCACGATCCATTCCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCAGGAAGAGAGTCACTATTTTGGGCCCTTGCACGATCCATTCCCT  450

seq1  ACAGCAGCAGCAGAGACAAATGTCCCCTTATCTTGCCCAGGATGGGACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGCAGCAGAGACAAATGTCCCCTTATCTTGCCCAGGATGGGACTC  500

seq1  CCAACACGGAAGAACAGATGTCCATTCAGTCACGAACTCAGGCTTGAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACACGGAAGAACAGATGTCCATTCAGTCACGAACTCAGGCTTGAATT  550

seq1  CAAGTCAATATTTACATGGCTACAGCCTGTCATGCACCGGGTGCCTGGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCAATATTTACATGGCTACAGCCTGTCATGCACCGGGTGCCTGGCC  600

seq1  ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  624
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  624