BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-310O01
Chromosome11 (Build37)
Map Location 34,876,889 - 35,013,547
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlit3
Upstream geneLcp2, Foxi1, Dock2, EG574403, Dock2, Ccdc99, LOC100038976
Downstream geneLOC100039006, Pank3, LOC666733, AI595406, Rars, Wwc1, LOC636532, Odz2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-310O01.bB6Ng01-310O01.g
ACCGA102737GA102738
length1,1531,113
definitionB6Ng01-310O01.b B6Ng01-310O01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,012,395 - 35,013,547)(34,876,889 - 34,878,013)
sequence
gaattcctactgtcatcccacttggccactccaagctgggaggcctgagg
tgccttggcctgcaggtctgtggcaaaccttgttgctcttatggagcaac
ggtgagcaaagggcagcaggcaggcttgtataggggagcaatcccacttg
cgttgagaaataaaatcaggtggttcacaggtcgccacatgcaatggcag
ataaggacaaggtatctcattagtttcagtgtgaagcctctattttgcag
gccagggggaagttatgacctcctcagtcccatttctcatcctgtcacca
tctacagagcagacagtgagtggctcagtctcagaagagatttactttaa
tttttggctacaatctagacataggtttcctcagacatcttacagtacgg
gatgctggagcaaaggcattttacatggtgcaaaggtgaatgcccaacaa
gacccagtcagtcttctgcctctacggattctacgtcagcacattcaaga
aaatttagaacagaagtgcttagttaagggggaaagatatatgagtttgc
caaaccacttccagacatttctcttatcattattccatgagcagtagagt
atagcaaccgtttacaggtcattgcctttgcactgtcattataagtaatc
tccagaagatgtaacatgtggtagaagatgctcacgagtccagatgaata
ctacaccagtctatctcagggactggggcagatgcagatcttagcatctg
cagaggtcctggaaccaaccctcggtggatgctgaagcccatgaacacta
agcccgggccagcagtggaccaccagtgttgtttcctgacccctactttc
tttgactacttcttcaagcttagaagagtggactcacttggacaaggttg
tcccagatgttagtaaatgtacaagaccatgggtaaatggtaggtatgga
ggtcccacaagggatgatgagagccatcctagatggcctctggctcaatg
tagatgtacagagcagagtacttatgagctacagatagcccgaacagtcc
ttctgacctgtatggtgcctaaagtttgggcagcgatttcctcttactaa
attacgcattgaatcttgataacctagaacgaatggtgcaatttagggct
atg
gaattctaaactttatataacccaccaatactgacttcgacttcccagtt
ttaccccttgtatatctgtgccattcaatgtgggtgtgtgctgaattgtg
ggtaattccattggttggtgtattcaccacagtcatgacacacagctctc
tgtcaattcgaaggttctcacaaaggcagcagctgtctccctccccactc
ctcatctcactttctcttttcccctgttcaccatcagtctcacatttggt
gactttacggctgacttgactttgtcatactaattctgatcttcaccacc
ccttactgctgtcctttgcttcctcccagtcccatattaggtttagaatt
cactcttatctcttggtctgtcttcttctctttcctctgtggttatttta
acaagcacatggaattcaggagaaaagtcaagaactaagtcgtggatgca
gagtcttggtaaacgtgtggatgcactccagcctcagatgctgctcatca
cacatcatggccctttgggactcaggcaggtagaaccagtccgttggaca
tggtctgcagagacaaacccacagacgctgtcatcttttcctggccttcg
ttttcacatgaacaggctaagggctgttagggaacctgcagccaagatag
agaggctaagggcagctggaagagcatctaaagcacctaatctggataag
tgagttcttagaactgagaatacaagacaaagatgagatgaaaaatggcc
ctgcattctgatagttagatggctacagaaatgctttgtatctgtgctga
acgtgtgagcagaagagagctgtcaagagagatctgctaataaaacttta
aaaacaaagcaaaacagttcttcccttgaagactcccctgcattaataag
tgagaatgaagacagaggaccttcaccttcaaaggttttaactacatgat
ttaagagctccctctctcgctttttctgtctctcgtcaaatcatgcttac
cacagtcaagcccatcagctttgtgggattgaaagaatacatgtagcact
ggagagaaattacagcagtaacggacgtgttgtcttgttccgaccttccc
ctgaagaggtgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_35012395_35013547
seq2: B6Ng01-310O01.b_45_1197 (reverse)

seq1  CATAGCACATAAATTGCACCA-TCGTTCTA-GTTATCAGATTTAAATGCC  48
      |||||| | |||||||||||| |||||||| |||||||   || |||| |
seq2  CATAGC-CCTAAATTGCACCATTCGTTCTAGGTTATCAAGATTCAATG-C  48

seq1  GTAATTTAGT-AGAGGGAATCGCTGCCAAAACTTTAAGCA-CATACAGGT  96
      |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||| |||||||||
seq2  GTAATTTAGTAAGAGGAAATCGCTGCCCAAACTTTAGGCACCATACAGGT  98

seq1  CAAGAAGGAACTGTTC-GGCTATCCTGTAGCTCATAAGTACTCTGCTCTG  145
      | |||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-AGAAGG-ACTGTTCGGGCTAT-CTGTAGCTCATAAGTACTCTGCTCTG  145

seq1  TACATCTTACA-TGGGCCAGAGGCCATCTAGGATGGCTCTCATCATCCCT  194
      |||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATC-TACATTGAGCCAGAGGCCATCTAGGATGGCTCTCATCATCCCT  194

seq1  TGTGGGACCTCCATACCTACCATTTACCCATGGTCTTGTACATTTACTAA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGACCTCCATACCTACCATTTACCCATGGTCTTGTACATTTACTAA  244

seq1  CATCTGGGACAACCTTGTCCAAGTGAGTCCACTCTTCTAAGCTTGAAGAA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGGGACAACCTTGTCCAAGTGAGTCCACTCTTCTAAGCTTGAAGAA  294

seq1  GTAGTCAAAGAAAGTAGGGGTCAGGAAACAACACTGGTGGTCCACTGCTG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCAAAGAAAGTAGGGGTCAGGAAACAACACTGGTGGTCCACTGCTG  344

seq1  GCCCGGGCTTAGTGTTCATGGGCTTCAGCATCCACCGAGGGTTGGTTCCA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCGGGCTTAGTGTTCATGGGCTTCAGCATCCACCGAGGGTTGGTTCCA  394

seq1  GGACCTCTGCAGATGCTAAGATCTGCATCTGCCCCAGTCCCTGAGATAGA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTCTGCAGATGCTAAGATCTGCATCTGCCCCAGTCCCTGAGATAGA  444

seq1  CTGGTGTAGTATTCATCTGGACTCGTGAGCATCTTCTACCACATGTTACA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGTAGTATTCATCTGGACTCGTGAGCATCTTCTACCACATGTTACA  494

seq1  TCTTCTGGAGATTACTTATAATGACAGTGCAAAGGCAATGACCTGTAAAC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGGAGATTACTTATAATGACAGTGCAAAGGCAATGACCTGTAAAC  544

seq1  GGTTGCTATACTCTACTGCTCATGGAATAATGATAAGAGAAATGTCTGGA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCTATACTCTACTGCTCATGGAATAATGATAAGAGAAATGTCTGGA  594

seq1  AGTGGTTTGGCAAACTCATATATCTTTCCCCCTTAACTAAGCACTTCTGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTTGGCAAACTCATATATCTTTCCCCCTTAACTAAGCACTTCTGT  644

seq1  TCTAAATTTTCTTGAATGTGCTGACGTAGAATCCGTAGAGGCAGAAGACT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAATTTTCTTGAATGTGCTGACGTAGAATCCGTAGAGGCAGAAGACT  694

seq1  GACTGGGTCTTGTTGGGCATTCACCTTTGCACCATGTAAAATGCCTTTGC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGGTCTTGTTGGGCATTCACCTTTGCACCATGTAAAATGCCTTTGC  744

seq1  TCCAGCATCCCGTACTGTAAGATGTCTGAGGAAACCTATGTCTAGATTGT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCATCCCGTACTGTAAGATGTCTGAGGAAACCTATGTCTAGATTGT  794

seq1  AGCCAAAAATTAAAGTAAATCTCTTCTGAGACTGAGCCACTCACTGTCTG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAAAATTAAAGTAAATCTCTTCTGAGACTGAGCCACTCACTGTCTG  844

seq1  CTCTGTAGATGGTGACAGGATGAGAAATGGGACTGAGGAGGTCATAACTT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTAGATGGTGACAGGATGAGAAATGGGACTGAGGAGGTCATAACTT  894

seq1  CCCCCTGGCCTGCAAAATAGAGGCTTCACACTGAAACTAATGAGATACCT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTGGCCTGCAAAATAGAGGCTTCACACTGAAACTAATGAGATACCT  944

seq1  TGTCCTTATCTGCCATTGCATGTGGCGACCTGTGAACCACCTGATTTTAT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTATCTGCCATTGCATGTGGCGACCTGTGAACCACCTGATTTTAT  994

seq1  TTCTCAACGCAAGTGGGATTGCTCCCCTATACAAGCCTGCCTGCTGCCCT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAACGCAAGTGGGATTGCTCCCCTATACAAGCCTGCCTGCTGCCCT  1044

seq1  TTGCTCACCGTTGCTCCATAAGAGCAACAAGGTTTGCCACAGACCTGCAG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCACCGTTGCTCCATAAGAGCAACAAGGTTTGCCACAGACCTGCAG  1094

seq1  GCCAAGGCACCTCAGGCCTCCCAGCTTGGAGTGGCCAAGTGGGATGACAG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGGCACCTCAGGCCTCCCAGCTTGGAGTGGCCAAGTGGGATGACAG  1144

seq1  TAGGAATTC  1153
      |||||||||
seq2  TAGGAATTC  1153

seq1: chr11_34876889_34878013
seq2: B6Ng01-310O01.g_67_1179

seq1  GAATTCTAAACTTTATATAACCCACCAATACTGACTTCGACTTCCCAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAACTTTATATAACCCACCAATACTGACTTCGACTTCCCAGTT  50

seq1  TTACCCCTTGTATATCTGTGCCATTCAATGTGGGTGTGTGCTGAATTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCCTTGTATATCTGTGCCATTCAATGTGGGTGTGTGCTGAATTGTG  100

seq1  GGTAATTCCATTGGTTGGTGTATTCACCACAGTCATGACACACAGCTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATTCCATTGGTTGGTGTATTCACCACAGTCATGACACACAGCTCTC  150

seq1  TGTCAATTCGAAGGTTCTCACAAAGGCAGCAGCTGTCTCCCTCCCCACTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAATTCGAAGGTTCTCACAAAGGCAGCAGCTGTCTCCCTCCCCACTC  200

seq1  CTCATCTCACTTTCTCTTTTCCCCTGTTCACCATCAGTCTCACATTTGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTCACTTTCTCTTTTCCCCTGTTCACCATCAGTCTCACATTTGGT  250

seq1  GACTTTACGGCTGACTTGACTTTGTCATACTAATTCTGATCTTCACCACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTACGGCTGACTTGACTTTGTCATACTAATTCTGATCTTCACCACC  300

seq1  CCTTACTGCTGTCCTTTGCTTCCTCCCAGTCCCATATTAGGTTTAGAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACTGCTGTCCTTTGCTTCCTCCCAGTCCCATATTAGGTTTAGAATT  350

seq1  CACTCTTATCTCTTGGTCTGTCTTCTTCTCTTTCCTCTGTGGTTATTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTTATCTCTTGGTCTGTCTTCTTCTCTTTCCTCTGTGGTTATTTTA  400

seq1  ACAAGCACATGGAATTCAGGAGAAAAGTCAAGAACTAAGTCGTGGATGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCACATGGAATTCAGGAGAAAAGTCAAGAACTAAGTCGTGGATGCA  450

seq1  GAGTCTTGGTAAACGTGTGGATGCACTCCAGCCTCAGATGCTGCTCATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTTGGTAAACGTGTGGATGCACTCCAGCCTCAGATGCTGCTCATCA  500

seq1  CACATCATGGCCCTTTGGGACTCAGGCAGGTAGAACCAGTCCGTTGGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCATGGCCCTTTGGGACTCAGGCAGGTAGAACCAGTCCGTTGGACA  550

seq1  TGGTCTGCAGAGACAAACCCACAGACGCTGTCATCTTTTCCTGGCCTTCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTGCAGAGACAAACCCACAGACGCTGTCATCTTTTCCTGGCCTTCG  600

seq1  TTTTCACATGAACAGGCTAAGGGCTGTTAGGGAACCTGCAGCCAAGATAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCACATGAACAGGCTAAGGGCTGTTAGGGAACCTGCAGCCAAGATAG  650

seq1  AGAGGCTAAGGGCAGCTGGAAGAGCATCTAAAGCACCTAATCTGGATAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTAAGGGCAGCTGGAAGAGCATCTAAAGCACCTAATCTGGATAAG  700

seq1  TGAGTTCTTAGAACTGAGAATACAAGACAAAGATGAGATGAAAAATGGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCTTAGAACTGAGAATACAAGACAAAGATGAGATGAAAAATGGCC  750

seq1  CTGCATTCTGATAGTTAGATGGCTACAGAAATGCTTTGTATCTGTGCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATTCTGATAGTTAGATGGCTACAGAAATGCTTTGTATCTGTGCTGA  800

seq1  ACGTGTGAGCAGAAGAGAGCTGTCAAGAGAGATCTGCTAATAAAACTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGTGAGCAGAAGAGAGCTGTCAAGAGAGATCTGCTAATAAAACTTTA  850

seq1  AAAACAAAGCAAAACAGTTCTTCCCTTGAAGACTCCCCTGCATTAATAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAGCAAAACAGTTCTTCCCTTGAAGACTCCCCTGCATTAATAAG  900

seq1  TGAGAATGAAGACAGAGGACCTTCACC-TCCAAGGTTTTAACTACATGAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATGAAGACAGAGGACCTTCACCTTCAAAGGTTTTAACTACATGAT  950

seq1  TTAAGAGCTCCCTCTCTCGCTTTTTCTGTCTCCTCGTCAAATCATGCTTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  TTAAGAGCTCCCTCTCTCGCTTTTTCTGTCT-CTCGTCAAATCATGCTT-  998

seq1  AACCACAAGTCAAAGCCCATCCGGCTTTGTGGGATTGAAAG-ATACAATG  1048
       ||||| |||| |||||||| | |||||||||||||||||| |||| |||
seq2  -ACCAC-AGTC-AAGCCCAT-CAGCTTTGTGGGATTGAAAGAATAC-ATG  1043

seq1  TAGCACTGGAGAGAAATTACAAGCAGTAAAACGAAGGGTGTTGTCTTGTT  1098
      |||||||||||||||||||| ||||||  |||| |  |||||||||||||
seq2  TAGCACTGGAGAGAAATTAC-AGCAGT--AACGGA-CGTGTTGTCTTGTT  1089

seq1  CCCGGACC-TCCCCTGAGAAGAGGTGAG  1125
      ||  |||| ||||||  |||||||||||
seq2  CC--GACCTTCCCCT--GAAGAGGTGAG  1113