BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-313I18
Chromosome11 (Build37)
Map Location 6,506,849 - 6,684,362
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTbrg4, Wap, LOC100041311, Ramp3, LOC665314, LOC626419, LOC665339
Upstream geneAnkrd36, LOC665181, Mrps24, 2010005J08Rik, 2210015D19Rik, Dbnl, Pgam2, Polm, Aebp1, Pold2, Myl7, Gck, Ykt6, Camk2b, LOC100042156, Nudcd3, LOC100042173, Npc1l1, LOC100041242, LOC665250, Ddx56, Tmed4, Ogdh, LOC100042227, Zmiz2, Ppia, H2afv, LOC665277, LOC665283, LOC626342, Purb, Myo1g, LOC100041286, Ccm2, LOC665327, AB182283
Downstream geneLOC665343, LOC100041332, Adcy1, LOC100041347, Igfbp1, Igfbp3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-313I18.bB6Ng01-313I18.g
ACCGA104730GA104731
length1,096637
definitionB6Ng01-313I18.b B6Ng01-313I18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,683,260 - 6,684,362)(6,506,849 - 6,507,477)
sequence
gaattccacaccagcctagtgacctacaaaccagaatcttctcactttta
ttaattaacccaaagtttccatttcaagaatttccctctctgctcattag
ctcttaacaaaggaaaagatcttaagagaggtccacagagcaagctcctt
cctttacatttgcattctactggcttcccccccctcacaaacacacacac
tagccaaacgatgcactctgggttcagtaagagactttgtttttaaaaat
aaagtggacaggctcaagagcggctcggtggttaagagcactgactgctc
ttgcagagagcctgggttccatcctcagcacctatgtggtagctcataac
cgtctatcactcggttccagagggtaccagttcccaactggcttctgcag
gcactgcatgcatgtgttgtacagacatacatgcaagcaaaacactcatg
catataaaataaaaattagcaaacttgtttctaaaagttaaggtaaagaa
tgactgaagacacacatgtacatacacatcacagaagtctacctctgtgc
atgtacacacacatgtgcatgtacatacatatcacagaagtctacctctg
tgcatgtgcacacacatgtacatgtacatacacatcacagaagtctacct
ctgtgcatgtacacacacatgtgcttgtacatacatatcacagaagtcta
cctctgtgcatgtgcacacacatgtacatgtacatacacatcacagaagt
ctacctctgtgcatgtgcacacacatgtgcatttacatgcatatcacaga
agtctacctctgtgcatgtgcacacacatgtacatgtacatacatatcac
agaagtctacctctatgcacgtgcacacacatgtacatgtacatacatat
ctcacacacactggattttgttatctgatcctgattttttttctgtaatg
tgccatttattttcctgacccagactgataagacaaattaagtattagtc
aaaaataatagttgcacaatttggtcataaaagcaattgtccctaaataa
atgaggttatggctacaaaatcatactagcctaaacctaaataaaa
gaattcccagagatcatctgcctgtgcctctggagtgctgggaccaaaga
aaggtgtgtgccaccacccagcccctagttgccttttttgttcctggtgt
ttatcacggcaacaggaagcaaattaatcaatccagcaactggtaccaga
aaatgagtttgtggctgtggtgatctgaccatgttttgtgggaagattgt
ggaagtatctggagctttgggctggaaaagaccattggctgctgagagct
taatgagctgttgtaggggtttggagacaggaaagttgagagagatacag
atgatggagaccaggcttgttaaagcagcaactttacggggggcttttgt
ataattttcttttgaatctgtggtttctggttagctggagctgaagggtc
agctgtgtttttgtttgtttttcgagacagggtttctttgtatagccctg
gctgtcctggaactcactttgtagaccaggctggcctcaaactcgcctgt
ctctgcctcccgagttgctgggtctaaaggcgtgcgccaccacgcccggc
ttcagctgtggtttttaacaagagaccagcaccactgaaatgaaaccttt
gctttcctcagagactttgacaaatggttagctagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_6683260_6684362
seq2: B6Ng01-313I18.b_48_1143 (reverse)

seq1  TTTTAATTTTAGTTTA-GCTAGTATGATTTTTGTAGCCATAACTTCAATT  49
       ||| ||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||  |
seq2  -TTTTATTTAGGTTTAGGCTAGTATGA-TTTTGTAGCCATAACCTCA--T  46

seq1  TAATTTAGGGACAATTGCCTTTTAATGACCAAATTGTTGCAACTATTATT  99
      | ||||||||||||||||  ||| |||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTATTTAGGGACAATTGC--TTTTATGACCAAATTG-TGCAACTATTATT  93

seq1  TTTGACTAATACTTTAATTTGTCTTATCAGTCTGGGTCAGGAAAATAAAT  149
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACTAATAC-TTAATTTGTCTTATCAGTCTGGGTCAGGAAAATAAAT  142

seq1  GGCACATTACAGAAAAAAAATCAGGATCAGATAACAAAATCCAGTGTGTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACATTACAGAAAAAAAATCAGGATCAGATAACAAAATCCAGTGTGTG  192

seq1  TGAGATATGTATGTACATGTACATGTGTGTGCACGTGCATAGAGGTAGAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATATGTATGTACATGTACATGTGTGTGCACGTGCATAGAGGTAGAC  242

seq1  TTCTGTGATATGTATGTACATGTACATGTGTGTGCACATGCACAGAGGTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGATATGTATGTACATGTACATGTGTGTGCACATGCACAGAGGTA  292

seq1  GACTTCTGTGATATGCATGTAAATGCACATGTGTGTGCACATGCACAGAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTGTGATATGCATGTAAATGCACATGTGTGTGCACATGCACAGAG  342

seq1  GTAGACTTCTGTGATGTGTATGTACATGTACATGTGTGTGCACATGCACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACTTCTGTGATGTGTATGTACATGTACATGTGTGTGCACATGCACA  392

seq1  GAGGTAGACTTCTGTGATATGTATGTACAAGCACATGTGTGTGTACATGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAGACTTCTGTGATATGTATGTACAAGCACATGTGTGTGTACATGC  442

seq1  ACAGAGGTAGACTTCTGTGATGTGTATGTACATGTACATGTGTGTGCACA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGGTAGACTTCTGTGATGTGTATGTACATGTACATGTGTGTGCACA  492

seq1  TGCACAGAGGTAGACTTCTGTGATATGTATGTACATGCACATGTGTGTGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAGAGGTAGACTTCTGTGATATGTATGTACATGCACATGTGTGTGT  542

seq1  ACATGCACAGAGGTAGACTTCTGTGATGTGTATGTACATGTGTGTCTTCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCACAGAGGTAGACTTCTGTGATGTGTATGTACATGTGTGTCTTCA  592

seq1  GTCATTCTTTACCTTAACTTTTAGAAACAAGTTTGCTAATTTTTATTTTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTCTTTACCTTAACTTTTAGAAACAAGTTTGCTAATTTTTATTTTA  642

seq1  TATGCATGAGTGTTTTGCTTGCATGTATGTCTGTACAACACATGCATGCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATGAGTGTTTTGCTTGCATGTATGTCTGTACAACACATGCATGCA  692

seq1  GTGCCTGCAGAAGCCAGTTGGGAACTGGTACCCTCTGGAACCGAGTGATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTGCAGAAGCCAGTTGGGAACTGGTACCCTCTGGAACCGAGTGATA  742

seq1  GACGGTTATGAGCTACCACATAGGTGCTGAGGATGGAACCCAGGCTCTCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGGTTATGAGCTACCACATAGGTGCTGAGGATGGAACCCAGGCTCTCT  792

seq1  GCAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACCGAGCCGCTCTTGAGCCTGTCCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACCGAGCCGCTCTTGAGCCTGTCCA  842

seq1  CTTTATTTTTAAAAACAAAGTCTCTTACTGAACCCAGAGTGCATCGTTTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTTTTAAAAACAAAGTCTCTTACTGAACCCAGAGTGCATCGTTTG  892

seq1  GCTAGTGTGTGTGTTTGTGAGGGGGGGGAAGCCAGTAGAATGCAAATGTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTGTGTGTGTTTGTGAGGGGGGGGAAGCCAGTAGAATGCAAATGTA  942

seq1  AAGGAAGGAGCTTGCTCTGTGGACCTCTCTTAAGATCTTTTCCTTTGTTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGGAGCTTGCTCTGTGGACCTCTCTTAAGATCTTTTCCTTTGTTA  992

seq1  AGAGCTAATGAGCAGAGAGGGAAATTCTTGAAATGGAAACTTTGGGTTAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTAATGAGCAGAGAGGGAAATTCTTGAAATGGAAACTTTGGGTTAA  1042

seq1  TTAATAAAAGTGAGAAGATTCTGGTTTGTAGGTCACTAGGCTGGTGTGGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAAAGTGAGAAGATTCTGGTTTGTAGGTCACTAGGCTGGTGTGGA  1092

seq1  ATTC  1103
      ||||
seq2  ATTC  1096

seq1: chr11_6506849_6507477
seq2: B6Ng01-313I18.g_68_700

seq1  GAATTCCCAGAGATCATCTGCCTGTGCCTCTGGAGTGCTGGGACCAAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGAGATCATCTGCCTGTGCCTCTGGAGTGCTGGGACCAAAGA  50

seq1  AAGGTGTGTGCCACCACCCAGCCCCTAGTTGCCTTTTTTGTTCCTGGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGTGTGCCACCACCCAGCCCCTAGTTGCCTTTTTTGTTCCTGGTGT  100

seq1  TTATCACGGCAACAGGAAGCAAATTAATCAATCCAGCAACTGGTACCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCACGGCAACAGGAAGCAAATTAATCAATCCAGCAACTGGTACCAGA  150

seq1  AAATGAGTTTGTGGCTGTGGTGATCTGACCATGTTTTGTGGGAAGATTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAGTTTGTGGCTGTGGTGATCTGACCATGTTTTGTGGGAAGATTGT  200

seq1  GGAAGTATCTGGAGCTTTGGGCTGGAAAAGACCATTGGCTGCTGAGAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTATCTGGAGCTTTGGGCTGGAAAAGACCATTGGCTGCTGAGAGCT  250

seq1  TAATGAGCTGTTGTAGGGGTTTGGAGACAGGAAAGTTGAGAGAGATACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAGCTGTTGTAGGGGTTTGGAGACAGGAAAGTTGAGAGAGATACAG  300

seq1  ATGATGGAGACCAGGCTTGTTAAAGCAGCAACTTTACGGGGGGCTTTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGAGACCAGGCTTGTTAAAGCAGCAACTTTACGGGGGGCTTTTGT  350

seq1  ATAATTTTCTTTTGAATCTGTGGTTTCTGGTTAGCTGGAGCTGAAGGGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTTCTTTTGAATCTGTGGTTTCTGGTTAGCTGGAGCTGAAGGGTC  400

seq1  AGCTGTGTTTTTGTTTGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTTTGTATAGCCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGTTTTTGTTTGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTTTGTATAGCCCTG  450

seq1  GCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCGCCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCGCCTGT  500

seq1  CTCTGCCTCCCGAG-TGCTGGGTCTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCCGGC  549
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCTCCCGAGTTGCTGGGTCTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCCGGC  550

seq1  TTCAGCTGTGG-TTTTAACAAGAGACCAGCACCACTGAAATGAAACCTTT  598
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTGTGGTTTTTAACAAGAGACCAGCACCACTGAAATGAAACCTTT  600

seq1  GCTTTCCTCAGAGAC-TTGAC-AATGGTTAGCT  629
      ||||||||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  GCTTTCCTCAGAGACTTTGACAAATGGTTAGCT  633