BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-316M04
Chromosome11 (Build37)
Map Location 6,215,717 - 6,385,570
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOgdh, Zmiz2, Ppia, H2afv, LOC665277, LOC665283, LOC626342, Purb
Upstream geneZnrf3, LOC100042016, LOC382478, Xbp1, Ccdc117, LOC100041183, Ankrd36, LOC665181, Mrps24, 2010005J08Rik, 2210015D19Rik, Dbnl, Pgam2, Polm, Aebp1, Pold2, Myl7, Gck, Ykt6, Camk2b, LOC100042156, Nudcd3, LOC100042173, Npc1l1, LOC100041242, LOC665250, Ddx56, Tmed4, LOC100042227
Downstream geneMyo1g, LOC100041286, Ccm2, LOC665327, AB182283, Tbrg4, Wap, LOC100041311, Ramp3, LOC665314, LOC626419, LOC665339, LOC665343, LOC100041332, Adcy1, LOC100041347, Igfbp1, Igfbp3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-316M04.bB6Ng01-316M04.g
ACCGA107074GA107075
length1,141409
definitionB6Ng01-316M04.b B6Ng01-316M04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,215,717 - 6,216,835)(6,385,157 - 6,385,570)
sequence
gaattctttgggtacagaattcaatattataatcatacaaacagaacagc
ctcaatatacccagtccatttctgttttgatggtgctggaggttctatac
agcacataaatacacacatgtggtttgcaggagctctatcgctgagctat
ataccccatcctcttatttggtttttaattttgtatgattttatgtatct
gggtattttgcctacctatatatgtgcaccgcatgtgtgcctggtgtcca
tagagaccagaagagaccattgggtcctctggacctagagttacaggtgg
ttgtctgtccccgtgtaggtgctgggaatggaacctgagtcatatggaaa
ctctttaagtgctgaacaacctctctgggcccatcttctgtgtttttaaa
tatttcagatcaagtgctttttaatccatgtagtggtcttttgggccata
acccttgctcctccacacatataaacaaacagacagatgatggtgatggt
gatgatgatgatggaggcaaacctcgtaataagatggtaccatatccatc
ccttacccggcacagtctgagctttcgtttcccttctcagggaaataatc
gtctccacactggagtaacaattctcccagcatatctcatttctgttgat
ctaaagaaactgcaaggatcccaggatcacttttcaaatatccaagttta
ttattataacttgataaacttgtccatttttttatcctcataaaagagca
gtgtatggactgctctttgagaggtctagagttcaattctcagcaaccac
atggtggctcacagccatctgtaatggggatccgattgccctcttctggt
gtgtttgaagacagctacagtgtactcacatacattaaaattaaattttt
aaaaaaaagaaagaaaaagaaaagaacttagttctatcgtatggggttca
ttgagctatgttccttttctaagaaaagatttgtaatgaactaaaagtcc
tttaccccttcccccacagctccacttggatctgccttaatgactttgct
ttgtgttatttattccaggttcagggttccaccacattggcaaaacttga
tccctcctcggaattaagtgtgtaaatttgatgaatgctcc
aggggactggtactcagccacatataatccaaggcagagataacaaaact
ggcattccactctgcgtacaaggtagggcagtggggatggaaagagctga
aatggtcccacagcaaatcagtgaaagctgaaggagaagctcccaagctt
aaaggccagcatggctggagggcaggtgaggggggatgggttcagccggg
caaagttgacagtgggaggtgactataagatgcacacagtcagccttgcc
aagagtccaagtggtgggatcccagcttagcaggcaagtgtgtgtgtgtg
tgggggggggcgggcagcaaggtgggcattgtgaagtgacatgcatactt
taggctctcataggccttatcatggtggacattgttaagtgattgactta
tgtattgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_6215717_6216835
seq2: B6Ng01-316M04.b_48_1188

seq1  GAATTCTTTGGGTACAGAATTCAATATTATAATCATACAAACAGAACAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGGGTACAGAATTCAATATTATAATCATACAAACAGAACAGC  50

seq1  CTCAATATACCCAGTCCATTTCTGTTTTGATGGTGCTGGAGGTTCTATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATATACCCAGTCCATTTCTGTTTTGATGGTGCTGGAGGTTCTATAC  100

seq1  AGCACATAAATACACACATGTGGTTTGCAGGAGCTCTATCGCTGAGCTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACATAAATACACACATGTGGTTTGCAGGAGCTCTATCGCTGAGCTAT  150

seq1  ATACCCCATCCTCTTATTTGGTTTTTAATTTTGTATGATTTTATGTATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCCATCCTCTTATTTGGTTTTTAATTTTGTATGATTTTATGTATCT  200

seq1  GGGTATTTTGCCTACCTATATATGTGCACCGCATGTGTGCCTGGTGTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATTTTGCCTACCTATATATGTGCACCGCATGTGTGCCTGGTGTCCA  250

seq1  TAGAGACCAGAAGAGACCATTGGGTCCTCTGGACCTAGAGTTACAGGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGACCAGAAGAGACCATTGGGTCCTCTGGACCTAGAGTTACAGGTGG  300

seq1  TTGTCTGTCCCCGTGTAGGTGCTGGGAATGGAACCTGAGTCATATGGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTGTCCCCGTGTAGGTGCTGGGAATGGAACCTGAGTCATATGGAAA  350

seq1  CTCTTTAAGTGCTGAACAACCTCTCTGGGCCCATCTTCTGTGTTTTTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTAAGTGCTGAACAACCTCTCTGGGCCCATCTTCTGTGTTTTTAAA  400

seq1  TATTTCAGATCAAGTGCTTTTTAATCCATGTAGTGGTCTTTTGGGCCATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCAGATCAAGTGCTTTTTAATCCATGTAGTGGTCTTTTGGGCCATA  450

seq1  ACCCTTGCTCCTCCACACATATAAACAAACAGACAGATGATGGTGATGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTGCTCCTCCACACATATAAACAAACAGACAGATGATGGTGATGGT  500

seq1  GATGATGATGATGGAGGCAAACCTCGTAATAAGATGGTACCATATCCATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATGATGATGGAGGCAAACCTCGTAATAAGATGGTACCATATCCATC  550

seq1  CCTTACCCGGCACAGTCTGAGCTTTCGTTTCCCTTCTCAGGGAAATAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACCCGGCACAGTCTGAGCTTTCGTTTCCCTTCTCAGGGAAATAATC  600

seq1  GTCTCCACACTGGAGTAACAATTCTCCCAGCATATCTCATTTCTGTTGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCACACTGGAGTAACAATTCTCCCAGCATATCTCATTTCTGTTGAT  650

seq1  CTAAAGAAACTGCAAGGATCCCAGGATCACTTTTCAAATATCCAAGTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGAAACTGCAAGGATCCCAGGATCACTTTTCAAATATCCAAGTTTA  700

seq1  TTATTATAACTTGATAAACTTGTCCATTTTTTTATCCTCATAAAAGAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATAACTTGATAAACTTGTCCATTTTTTTATCCTCATAAAAGAGCA  750

seq1  GTGTATGGACTGCTCTTTGAGAGGTCTAGAGTTCAATTCTCAGCAACCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGGACTGCTCTTTGAGAGGTCTAGAGTTCAATTCTCAGCAACCAC  800

seq1  ATGGTGGCTCACAGCCATCTGTAATGGGGATCCGA-TGCCCTCTTCTGGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATGGTGGCTCACAGCCATCTGTAATGGGGATCCGATTGCCCTCTTCTGGT  850

seq1  GTGTTTGAAGACAGCTACAGTGTACTCACATACAT--AAAATAAATTTT-  896
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| 
seq2  GTGTTTGAAGACAGCTACAGTGTACTCACATACATTAAAATTAAATTTTT  900

seq1  -AAAAAAAGAAAGAAAAAGAAAAGAACTTAGTTCTATCGTAT-GGGTTCA  944
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAAAAAAAGAAAGAAAAAGAAAAGAACTTAGTTCTATCGTATGGGGTTCA  950

seq1  TTGAGCTATGTTCC-TTTCTAAG-AAAGATTTGT-ATGAACTATAAGTCT  991
      |||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| ||||| 
seq2  TTGAGCTATGTTCCTTTTCTAAGAAAAGATTTGTAATGAACTAAAAGTCC  1000

seq1  TTTACCC--TTCCCCACAGCT-CAC-TGGATCTG-CTTAATGAC-TTGC-  1034
      |||||||  | |||||||||| ||| |||||||| ||||||||| |||| 
seq2  TTTACCCCTTCCCCCACAGCTCCACTTGGATCTGCCTTAATGACTTTGCT  1050

seq1  TTGTGTTA-TTATTCCAGG-TCAGGGGT-CACCACATT-GCAAAACTTGA  1080
      |||||||| |||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||||||
seq2  TTGTGTTATTTATTCCAGGTTCAGGGTTCCACCACATTGGCAAAACTTGA  1100

seq1  TCC--TCTCGGAATTAGTTGTGTAAATTTTGATG-ATGCTCC  1119
      |||   ||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||
seq2  TCCCTCCTCGGAATTAAGTGTGTAAA-TTTGATGAATGCTCC  1141

seq1: chr11_6385157_6385570
seq2: B6Ng01-316M04.g_67_481 (reverse)

seq1  TTCAATACATGAGTCACTCACTTCCCAATGTCCACCATGCTCAGGCCTGT  50
      |||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||| | |||||| |
seq2  TTCAATACATAAGTCAATCACTTAACAATGTCCACCATGATAAGGCCTAT  50

seq1  GAGAGCCTACAGTATGCATGTCACTTCACAATGCCCACCTTGCTGCCCGC  100
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCCTAAAGTATGCATGTCACTTCACAATGCCCACCTTGCTGCCCGC  100

seq1  CCCCCCCCACACACACACACACTTGCCTGCTAAGCTGGGATCCCACCACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCACACACACACACACTTGCCTGCTAAGCTGGGATCCCACCACT  150

seq1  TGGACTCTTGGCAAGGCTGACTGTGTGCATCTTATAGTCACCTCCCACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTCTTGGCAAGGCTGACTGTGTGCATCTTATAGTCACCTCCCACTG  200

seq1  TCAACTTTGCCCGGCTGAACCCATCCCCCCTCACCTGCCCTCCAGCCATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTTTGCCCGGCTGAACCCATCCCCCCTCACCTGCCCTCCAGCCATG  250

seq1  CTGGCCTTTAAGCTTGGGAGCTTCTCCTTCAGCTTTCACTGATTTGCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTTTAAGCTTGGGAGCTTCTCCTTCAGCTTTCACTGATTTGCTGT  300

seq1  GGGACCATTTCAGCTCTTTCCATCCCCACTGCCCTACCTTGTACGCAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCATTTCAGCTCTTTCCATCCCCACTGCCCTACCTTGTACGCAGAG  350

seq1  TGGAATGCCAGTTTTGTTATCTCTGCCTTGGATTATATGTGGCTGAGT-C  399
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGGAATGCCAGTTTTGTTATCTCTGCCTTGGATTATATGTGGCTGAGTAC  400

seq1  CAGTCCCCTGAATTC  414
      |||||||||||||||
seq2  CAGTCCCCTGAATTC  415