BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-320F16
Chromosome11 (Build37)
Map Location 70,750,104 - 70,865,678
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRabep1, Nup88, Rpain, C1qbp, Dhx33, Derl2, Mis12, 6330403K07Rik
Upstream geneYbx2, Slc2a4, LOC668442, Cldn7, Rai12, Dullard, Gabarap, Phf23, Dvl2, Acadvl, Dlg4, Asgr1, Asgr2, Mgl2, Mgl1, Slc16a11, Slc16a13, Bcl6b, 0610010K14Rik, D11Bwg0434e, Alox12, Alox12e, Alox15, LOC668466, Pelp1, Arrb2, Med11, Cxcl16, Zmynd15, Tm4sf5, Vmo1, C730027E14Rik, Psmb6, Pld2, Mink1, Chrne, LOC668433, Gp1ba, Slc25a11, Rnf167, Pfn1, Eno3, Spag7, Camta2, AI842396, Kif1c, LOC668488, Zfp3, A430084P05Rik, LOC668461
Downstream geneLOC382536, Nlrp1a, Nlrp1b, Nlrp1c, LOC100043249, 9230020A06Rik, Wscd1, Aipl1, 6720460F02Rik, Pitpnm3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-320F16.bB6Ng01-320F16.g
ACCGA109744GA109745
length1,1621,098
definitionB6Ng01-320F16.b B6Ng01-320F16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,864,504 - 70,865,678)(70,750,104 - 70,751,210)
sequence
gaattcatccctccacaccctggatcctccaataaatctctttaaaataa
gtctgtgatgtgattctctcattagaagaagacaagaagaagcaaagagg
aacagggctgaggctcctgagctcctgagctcagctggggagacacaccc
tgggagctgcaatccctctgctgaggatgcttcctctcagagctgtgtgg
ttcctgagctcccatgtctcaggaagccctgggcagacagagagccttaa
aggagccttgagtggaccttgtgatgctgaaatgaaataagctccatgcc
cttgataggcacgcaaaccaggaaagcttccctcatgtgtgcccttctct
acttccatgcttccagcttcttctcccttctagttccccagcatgagcct
agaggaacagagcccccctgctatgtactcagggaacaacggaaggctct
agacccctgtgtccagagccctcctggtcttccatttggcagagagggtt
caggaaacctatggctcatgactttccccaccaggaaaacctaaacctaa
actctcaagcctaaaggaatagacagagtaggacataacaacgaagagcc
tgaatttgaactcaccgattgtagaaacggcccagcccatgactgtctcc
cacttgctgacaagattgtccagtgctggcctctgccacaggtctgcttt
caggacatatctcagttacttttcaaatcttagctgcctccttccctcct
agagatagaaacaagcttcagcctcaagggctcctctccctccacagggt
gggtagcccaaaggattagcaatggtgacattgcacagcctcactcaagt
gtaggattcttctcctcccaccttgtccttgcttcatggcagccttagag
gacgtgatagtaacccttgtcatggacatgggaggcccagggaagatggc
catttcctaaatcaattctgggacttgaagcctgtgggaacggaatccag
ggcctggttgggactcatagagagcatgtgtgtgtgagaacaataggctt
catctcagcatcgaaagggctggagacctaccagattctgttttataact
cctagaaccagacgtcggtgtctcgtgacactgtccgagttccttcagtg
acaagcctatga
gaattcatgtgtgtgctaggcaagtactgtactgtctcattgtgctgcac
cccagctctgagatgtcacttctcattggcctgttctcacatcttgactt
gcttcctaagaagcctaagaagcggagcatgctccagctcatttctgtat
tgaagccaggctgtctcaatctttttgatgtcttcagcacttcaactagg
aggacaagtctatggtcttagtgcagagatctctcacctcaggcttctca
agactccacagccccaaactgctgcaggtagtcactgtcctcgggcaggg
cagacattctgtttttgtttggaacatctctttgctttctttaccttgtc
accctttccttcccctgagaaaatgttaattcatgctggtgctacaaaga
aagagacaggagaaccacaggttcaaggcctgcttaggccatcgagctca
aaaccagttcagaacctgcttgaacgaaaagcaaaacagtgttttcacag
gagtagggagtggagatcgtgacgggtgaatgcttgctagcccaggaccc
tgggttcagtccacagtagtaaaagcacgtcagtcatcatgtcttctaga
aaggattgtccagtgcttctccctcaattaaatgctgctgcctttatgtc
gatgtgcattcattatttccatgtctgcttgtcctgacttctcagtttca
ggccttagaattagattatggtaggtacctgagatataggtaacggccag
gtctgggaggacaagaaaagtctacattctgaagcttgagaagaacattc
caggcaaggcccagagcaagcttgactttgggcagggtactctgggttac
agatccctctagatagtgctgtgtggccttcaactttgctatgagtttca
gtttcccttttgatttcacagttggaatctacattaagagagaagtcgca
acactttgagagtctccagaaatgaagttaatttagaggacagttaaaga
agaaactgctgcttacgtattattgtttgtaggtcggttagtttacaaat
gaagctgaggcgtgcagcatacactagttatggcagcactggtgaggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_70864504_70865678
seq2: B6Ng01-320F16.b_46_1207 (reverse)

seq1  TCATAGCTTTGTCACTGAAGGGACTCTGGACAGTTGTTTAAAGAGAACAC  50
      ||||||  ||||||||||||| |||| |||||   || | | ||| ||||
seq2  TCATAGGCTTGTCACTGAAGGAACTC-GGACA---GTGTCACGAG-ACAC  45

seq1  AGAAGGTCTGTGTTCTAGGAGTTTATAAAACAGAATCTTGGTTATGTCTT  100
       | | ||||| |||||||||| ||||||||||||||||  | || ||| |
seq2  CG-ACGTCTG-GTTCTAGGAG-TTATAAAACAGAATCT--GGTAGGTC-T  89

seq1  CCAGCCCTTTTCGATGCTGGAGATGAAGGCTA-TGTTCTCACACACACAT  149
      ||||||| |||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||
seq2  CCAGCCC-TTTCGATGCT-GAGATGAAGCCTATTGTTCTCACACACACAT  137

seq1  GCTCTCTATTGAGTCCCAACCCAGGCCCTGGATTCCGTTCCCACAGGCTT  199
      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTA-TGAGTCCCAA-CCAGGCCCTGGATTCCGTTCCCACAGGCTT  185

seq1  CAAGTCCCAGAATTGATTTAGGAAATGGCCATCTTCCCTGGGCCT-CCAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAAGTCCCAGAATTGATTTAGGAAATGGCCATCTTCCCTGGGCCTCCCAT  235

seq1  GTCCATGACAAGGGTTACTATCACGTCCTCTAAGGCTGCCATGAAGCAAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATGACAAGGGTTACTATCACGTCCTCTAAGGCTGCCATGAAGCAAG  285

seq1  GACAAGGTGGGAGGAGAAGAATCCTACACTTGAGTGAGGCTGTGCAATGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGGTGGGAGGAGAAGAATCCTACACTTGAGTGAGGCTGTGCAATGT  335

seq1  CACCATTGCTAATCCTTTGGGCTACCCACCCTGTGGAGGGAGAGGAGCCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATTGCTAATCCTTTGGGCTACCCACCCTGTGGAGGGAGAGGAGCCC  385

seq1  TTGAGGCTGAAGCTTGTTTCTATCTCTAGGAGGGAAGGAGGCAGCTAAGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGCTGAAGCTTGTTTCTATCTCTAGGAGGGAAGGAGGCAGCTAAGA  435

seq1  TTTGAAAAGTAACTGAGATATGTCCTGAAAGCAGACCTGTGGCAGAGGCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAAGTAACTGAGATATGTCCTGAAAGCAGACCTGTGGCAGAGGCC  485

seq1  AGCACTGGACAATCTTGTCAGCAAGTGGGAGACAGTCATGGGCTGGGCCG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTGGACAATCTTGTCAGCAAGTGGGAGACAGTCATGGGCTGGGCCG  535

seq1  TTTCTACAATCGGTGAGTTCAAATTCAGGCTCTTCGTTGTTATGTCCTAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTACAATCGGTGAGTTCAAATTCAGGCTCTTCGTTGTTATGTCCTAC  585

seq1  TCTGTCTATTCCTTTAGGCTTGAGAGTTTAGGTTTAGGTTTTCCTGGTGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTATTCCTTTAGGCTTGAGAGTTTAGGTTTAGGTTTTCCTGGTGG  635

seq1  GGAAAGTCATGAGCCATAGGTTTCCTGAACCCTCTCTGCCAAATGGAAGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGTCATGAGCCATAGGTTTCCTGAACCCTCTCTGCCAAATGGAAGA  685

seq1  CCAGGAGGGCTCTGGACACAGGGGTCTAGAGCCTTCCGTTGTTCCCTGAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGGGCTCTGGACACAGGGGTCTAGAGCCTTCCGTTGTTCCCTGAG  735

seq1  TACATAGCAGGGGGGCTCTGTTCCTCTAGGCTCATGCTGGGGAACTAGAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAGCAGGGGGGCTCTGTTCCTCTAGGCTCATGCTGGGGAACTAGAA  785

seq1  GGGAGAAGAAGCTGGAAGCATGGAAGTAGAGAAGGGCACACATGAGGGAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAAGAAGCTGGAAGCATGGAAGTAGAGAAGGGCACACATGAGGGAA  835

seq1  GCTTTCCTGGTTTGCGTGCCTATCAAGGGCATGGAGCTTATTTCATTTCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCCTGGTTTGCGTGCCTATCAAGGGCATGGAGCTTATTTCATTTCA  885

seq1  GCATCACAAGGTCCACTCAAGGCTCCTTTAAGGCTCTCTGTCTGCCCAGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCACAAGGTCCACTCAAGGCTCCTTTAAGGCTCTCTGTCTGCCCAGG  935

seq1  GCTTCCTGAGACATGGGAGCTCAGGAACCACACAGCTCTGAGAGGAAGCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTGAGACATGGGAGCTCAGGAACCACACAGCTCTGAGAGGAAGCA  985

seq1  TCCTCAGCAGAGGGATTGCAGCTCCCAGGGTGTGTCTCCCCAGCTGAGCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGCAGAGGGATTGCAGCTCCCAGGGTGTGTCTCCCCAGCTGAGCT  1035

seq1  CAGGAGCTCAGGAGCCTCAGCCCTGTTCCTCTTTGCTTCTTCTTGTCTTC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGCTCAGGAGCCTCAGCCCTGTTCCTCTTTGCTTCTTCTTGTCTTC  1085

seq1  TTCTAATGAGAGAATCACATCACAGACTTATTTTAAAGAGATTTATTGGA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATGAGAGAATCACATCACAGACTTATTTTAAAGAGATTTATTGGA  1135

seq1  GGATCCAGGGTGTGGAGGGATGAATTC  1175
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCAGGGTGTGGAGGGATGAATTC  1162

seq1: chr11_70750104_70751210
seq2: B6Ng01-320F16.g_69_1166

seq1  GAATTCATGTGTGTGCTAGGCAAGTACTGTACTGTCTCATTGTGCTGCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTGTGTGCTAGGCAAGTACTGTACTGTCTCATTGTGCTGCAC  50

seq1  CCCAGCTCTGAGATGTCACTTCTCATTGGCCTGTTCTCACATCTTGACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCTCTGAGATGTCACTTCTCATTGGCCTGTTCTCACATCTTGACTT  100

seq1  GCTTCCTAAGAAGCCTAAGAAGCGGAGCATGCTCCAGCTCATTTCTGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTAAGAAGCCTAAGAAGCGGAGCATGCTCCAGCTCATTTCTGTAT  150

seq1  TGAAGCCAGGCTGTCTCAATCTTTTTGATGTCTTCAGCACTTCAACTAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCCAGGCTGTCTCAATCTTTTTGATGTCTTCAGCACTTCAACTAGG  200

seq1  AGGACAAGTCTATGGTCTTAGTGCAGAGATCTCTCACCTCAGGCTTCTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAAGTCTATGGTCTTAGTGCAGAGATCTCTCACCTCAGGCTTCTCA  250

seq1  AGACTCCACAGCCCCAAACTGCTGCAGGTAGTCACTGTCCTCGGGCAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCCACAGCCCCAAACTGCTGCAGGTAGTCACTGTCCTCGGGCAGGG  300

seq1  CAGACATTCTGTTTTTGTTTGGAACATCTCTTTGCTTTCTTTACCTTGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACATTCTGTTTTTGTTTGGAACATCTCTTTGCTTTCTTTACCTTGTC  350

seq1  ACCCTTTCCTTCCCCTGAGAAAATGTTAATTCATGCTGGTGCTACAAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTTCCTTCCCCTGAGAAAATGTTAATTCATGCTGGTGCTACAAAGA  400

seq1  AAGAGACAGGAGAACCACAGGTTCAAGGCCTGCTTAGGCCATCGAGCTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGACAGGAGAACCACAGGTTCAAGGCCTGCTTAGGCCATCGAGCTCA  450

seq1  AAACCAGTTCAGAACCTGCTTGAACGAAAAGCAAAACAGTGTTTTCACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAGTTCAGAACCTGCTTGAACGAAAAGCAAAACAGTGTTTTCACAG  500

seq1  GAGTAGGGAGTGGAGATCGTGACGGGTGAATGCTTGCTAGCCCAGGACCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGGGAGTGGAGATCGTGACGGGTGAATGCTTGCTAGCCCAGGACCC  550

seq1  TGGGTTCAGTCCACAGTAGTAAAAGCACGTCAGTCATCATGTCTTCTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTCAGTCCACAGTAGTAAAAGCACGTCAGTCATCATGTCTTCTAGA  600

seq1  AAGGATTGTCCAGTGCTTCTCCCTCAATTAAATGCTGCTGCCTTTATGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATTGTCCAGTGCTTCTCCCTCAATTAAATGCTGCTGCCTTTATGTC  650

seq1  GATGTGCATTCATTATTTCCATGTCTGCTTGTCCTGACTTCTCAGTTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGCATTCATTATTTCCATGTCTGCTTGTCCTGACTTCTCAGTTTCA  700

seq1  GGCCTTAGAATTAGATTATGGTAGGTACCTGAGATATAGGTAACGGCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTAGAATTAGATTATGGTAGGTACCTGAGATATAGGTAACGGCCAG  750

seq1  GTCTGGGAGGACAAGAAAAGTCTACATTCTGAAGCTTGAGAAGAACATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGGAGGACAAGAAAAGTCTACATTCTGAAGCTTGAGAAGAACATTC  800

seq1  CAGGCAAGGCCAAGAGCAAGCTTGACTTTGGGCAGGGTACTCTGGGTTAC  850
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAAGGCCCAGAGCAAGCTTGACTTTGGGCAGGGTACTCTGGGTTAC  850

seq1  AGATCCCTCTAGATAGTGCTGTGTGGCCTTCAACTTTGCTATGAGTTTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCCTCTAGATAGTGCTGTGTGGCCTTCAACTTTGCTATGAGTTTCA  900

seq1  GTTTTCCCTTTTGATTTCACAGTTGGAATCTACATTAAGAGAGAAGTCGC  950
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-TTTCCCTTTTGATTTCACAGTTGGAATCTACATTAAGAGAGAAGTCGC  949

seq1  AACAACTTGAGAGTCTCCAAGAAATGAAAGTTAATTTAGAGGAACAGTTA  1000
      ||||  |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  AACACTTTGAGAGTCTCC-AGAAATG-AAGTTAATTTAGAGG-ACAGTTA  996

seq1  AAGAAAGAAACTGCTGCTAAGGTAATTATGTTTGTAGGTCGTTTAGTTTA  1050
      ||| |||||||||||||| | ||| |  ||||||||||||| ||||||||
seq2  AAG-AAGAAACTGCTGCTTACGTATTATTGTTTGTAGGTCGGTTAGTTTA  1045

seq1  CAAAATGAGGCTGAGGCGTGGCAGCATACACCTAGTTAATGCCAGCACTG  1100
      | |||||| |||||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||||||
seq2  C-AAATGAAGCTGAGGCGT-GCAGCATACA-CTAGTT-ATGGCAGCACTG  1091

seq1  GTGAGGC  1107
      |||||||
seq2  GTGAGGC  1098