BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-320H08
Chromosome11 (Build37)
Map Location 40,086,462 - 40,246,786
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039241
Upstream genenone
Downstream geneLOC382508, LOC432549, Mat2b, Hmmr, Nudcd2, Ccng1, LOC100039256, LOC100039285
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-320H08.bB6Ng01-320H08.g
ACCGA109819GA109820
length1,2061,153
definitionB6Ng01-320H08.b B6Ng01-320H08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,086,462 - 40,087,661)(40,245,632 - 40,246,786)
sequence
gaattccatttgggctttgaggcaggtattcctttgtgtgcatccaaatc
atcgtgagagcacttagcaaatgcagctgcctatacatttttaacttgtc
tcttttctggcaaaaataaccctcctcaatgttatcgacagaacacacac
ggctctgtacaaaatgaagggcttttggaatatattaaggcaatgtaaac
tatacaggatgcatggatccatgaaaagaaattaccaaatatggagcaat
aacacacccttctcttaacgttcttgtcactgagagcactaaaatggcct
tgctaatgacagtaaagccatgtcacagaggaactctaggaacattaaga
ccctccagggttagatgaaacatagtctggggagaagggtaatttcctca
gcaaagaataccgtttatcaggccaaaaaagaaaaacactaagaaaaggg
atcataagtttatacaggcaggaccctctttggagacttcatccgctaaa
actcggcagcccctccagtctcggggctggtgttgatggggtttttatgt
ttttaaaaagaaaaataggtcttgatgtctattcacttaagaaaattaaa
atcatcctaatgcaaatgcacagtattaaaaaaaaaaaaaacactttcaa
tagggaaacgaagaaataagagattcgaatcattctaaaaacacataccc
aggtcacaataagtgtctttatgattctgtgccattctgcaacaatagct
atggaagtacaataatgttcataattataaaagtgaacagtaagagagta
atttaggtcctaggcttttaaaactgcaaaccattctcaccaagccagac
aagtaaatgtccatcagcctcactctaaacatttaagtttactccagcct
cttattccagcttaatcatcttcctccacaccccacatccaccatgataa
cagggattcaaggaaactctgtaccaatgaatacacagaccactatgcac
aagccaaaacatatcaaaaggctgcttgttccaaactgtgaagaacagaa
ctcaattcccagaatccacaataaatgcctcagtgggggtggtggctgtc
taactgggaaatgccagccttggaagccaacatgcctggagaatccttaa
cagcaacccgcctagaaagataagcttaagagagagccttaggtcctact
gtgaga

gaattccatatcctatgtagctgtcacgtgacatttgacctttttcagac
tttgcccactgttgatgaccttgacacatttgaggaagattgatacagtg
ttctgtaggttgtcttttgattaatgtctccctgatattttctctgagat
tttaagcttctccaaggagaagtagagaaagctttgtccttatcccatca
aatcaaggacgccttccatcagcaagattttctgtgttgatataaacttt
gatcatctggcttgtatcgtatttgataatttcttcactgtgaggttgtt
ttctgtctctttcttccatatggtaccatgcaaggcagtagttatgctct
gcacacaagaagagaggaaacaagcatcaagagtcaagatggggagtcta
cataaggtgtttgaaatcacaaatgttattggagcacatcaaagttgtct
gtttttggttttattcagcgacatgttgttcttcaaatttgtcatttgga
gttctttggttgactctatcctccctcttaccctcccatcatgttctctc
tgtttgctttctgtcattgtaggacaccccagaattatctggtgtattcc
catccccaaccccagaaccagaatttctttagtatctacttcttctttta
ggaaaataatagaaatcaaggcccagcttttaacttgctattgcttcatg
ggtgtcattggttctaggtcttccgagcagacagagcagacagaaaatgt
atatttgcccagtaaccatgtaataccctatctgtaaatattggtgcaca
ttccacatcgatttatggcaaactaagcataacttgttgcgaatggctct
gacttgagtccattaccacatgatcattctagttgcttctccatgtttgt
aacggtcactccaacagtgtaaaacctgacttctgccatcttctgacttc
tgttatccatttacttaaattgctcaattacagtatatacacagagcagt
ttcaaaatcatcccagctgttgcccctgtcagttttctgatccagaggga
acgtacatttgatggtggtcaggagtaaatctctacgatgcttccgttct
gtctacgtctccatccatctgtccatgttcatcctaccccattctctccc
aca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_40086462_40087661
seq2: B6Ng01-320H08.b_44_1249

seq1  GAATTCCATTTGGGCTTTGAGGCAGGTATTCCTTTGTGTGCATCCAAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTTGGGCTTTGAGGCAGGTATTCCTTTGTGTGCATCCAAATC  50

seq1  ATCGTGAGAGCACTTAGCAAATGCAGCTGCCTATACATTTTTAACTTGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGTGAGAGCACTTAGCAAATGCAGCTGCCTATACATTTTTAACTTGTC  100

seq1  TCTTTTCTGGCAAAAATAACCCTCCTCAATGTTATCGACAGAACACACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCTGGCAAAAATAACCCTCCTCAATGTTATCGACAGAACACACAC  150

seq1  GGCTCTGTACAAAATGAAGGGCTTTTGGAATATATTAAGGCAATGTAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTGTACAAAATGAAGGGCTTTTGGAATATATTAAGGCAATGTAAAC  200

seq1  TATACAGGATGCATGGATCCATGAAAAGAAATTACCAAATATGGAGCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAGGATGCATGGATCCATGAAAAGAAATTACCAAATATGGAGCAAT  250

seq1  AACACACCCTTCTCTTAACGTTCTTGTCACTGAGAGCACTAAAATGGCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACCCTTCTCTTAACGTTCTTGTCACTGAGAGCACTAAAATGGCCT  300

seq1  TGCTAATGACAGTAAAGCCATGTCACAGAGGAACTCTAGGAACATTAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAATGACAGTAAAGCCATGTCACAGAGGAACTCTAGGAACATTAAGA  350

seq1  CCCTCCAGGGTTAGATGAAACATAGTCTGGGGAGAAGGGTAATTTCCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCAGGGTTAGATGAAACATAGTCTGGGGAGAAGGGTAATTTCCTCA  400

seq1  GCAAAGAATACCGTTTATCAGGCCAAAAAAGAAAAACACTAAGAAAAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGAATACCGTTTATCAGGCCAAAAAAGAAAAACACTAAGAAAAGGG  450

seq1  ATCATAAGTTTATACAGGCAGGACCCTCTTTGGAGACTTCATCCGCTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAAGTTTATACAGGCAGGACCCTCTTTGGAGACTTCATCCGCTAAA  500

seq1  ACTCGGCAGCCCCTCCAGTCTCGGGGCTGGTGTTGATGGGGTTTTTATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGGCAGCCCCTCCAGTCTCGGGGCTGGTGTTGATGGGGTTTTTATGT  550

seq1  TTTTAAAAAGAAAAATAGGTCTTGATGTCTATTCACTTAAGAAAATTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAAGAAAAATAGGTCTTGATGTCTATTCACTTAAGAAAATTAAA  600

seq1  ATCATCCTAATGCAAATGCACAGTATTAAAAAAAAAAAAAACACTTTCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCCTAATGCAAATGCACAGTATTAAAAAAAAAAAAAACACTTTCAA  650

seq1  TAGGGAAACGAAGAAATAAGAGATTCGAATCATTCTAAAAACACATACCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAAACGAAGAAATAAGAGATTCGAATCATTCTAAAAACACATACCC  700

seq1  AGGTCACAATAAGTGTCTTTATGATTCTGTGCCATTCTGCAACAATAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCACAATAAGTGTCTTTATGATTCTGTGCCATTCTGCAACAATAGCT  750

seq1  ATGGAAGTACAATAATGTTCATAATTATAAAAGTGAACAGTAAGAGAGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGTACAATAATGTTCATAATTATAAAAGTGAACAGTAAGAGAGTA  800

seq1  ATTTAGGTCCTAGGCTTTTAAAACTGCAAACCATTCTCACCAAGCCAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGGTCCTAGGCTTTTAAAACTGCAAACCATTCTCACCAAGCCAGAC  850

seq1  AAGTAAATGTCCATCAGCCTCACTCTAAACATTTAAGTTTACTCCAGCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAATGTCCATCAGCCTCACTCTAAACATTTAAGTTTACTCCAGCCT  900

seq1  CTTATTCCAGCTTAATCATCTTCCTCCACACCCCACATCCACCATGATAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTCCAGCTTAATCATCTTCCTCCACACCCCACATCCACCATGATAA  950

seq1  CAGGGATTCAGGGAAACTCTGTACCAATGAATACACAGACCACTATGCAC  1000
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGATTCAAGGAAACTCTGTACCAATGAATACACAGACCACTATGCAC  1000

seq1  AAGCC-AAACATATTCAAAAGGCTGCTTGTTCCCCAAACTGTGAAGAACA  1049
      ||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||
seq2  AAGCCAAAACATA-TCAAAAGGCTGCTTGTT--CCAAACTGTGAAGAACA  1047

seq1  GAACTCAAATTCCCAGAATCCAC-ATAAATG-CTCAGTGGG---TGTGGC  1094
      |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||    |||||
seq2  GAACTC-AATTCCCAGAATCCACAATAAATGCCTCAGTGGGGGTGGTGGC  1096

seq1  TGTCTACCTGG--AATGCCAGCCTTGGAAAGCAAACATGC--TGAGATCC  1140
      |||||| ||||  |||||||||||||| |||| |||||||   ||||  |
seq2  TGTCTAACTGGGAAATGCCAGCCTTGG-AAGCCAACATGCCTGGAGAATC  1145

seq1  CT--ACAGCAACCGGCCTAGAAAGATAAGCCTTATAAGAGAGCCTTAGGT  1188
      ||  ||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||
seq2  CTTAACAGCAACCCGCCTAGAAAGATAAG-CTTAAGAGAGAGCCTTAGGT  1194

seq1  CTTACTGAGAGA  1200
      | ||||| ||||
seq2  CCTACTGTGAGA  1206


seq1: chr11_40245632_40246786
seq2: B6Ng01-320H08.g_65_1217 (reverse)

seq1  TGTGGGAG-GA--TGGGTA-GATGAACATGGACAGATGGATGAAGGAAGG  46
      |||||||| ||   ||||| |||||||||||||||||||||| ||  | |
seq2  TGTGGGAGAGAATGGGGTAGGATGAACATGGACAGATGGATGGAG--ACG  48

seq1  GAAGGCAAGAAGGGAAGCAATCGGTTAGAGATTTTACT-CTGACCACCAT  95
       |  |  |||| |||||| ||||  |||||| |||||| |||||||||||
seq2  TA--GACAGAACGGAAGC-ATCG--TAGAGA-TTTACTCCTGACCACCAT  92

seq1  CAAATGTACGT--CCTCTGGATCAGAAAACTGGACAGGGGCAACAGCTGG  143
      |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTACGTTCCCTCTGGATCAGAAAACT-GACAGGGGCAACAGCTGG  141

seq1  GATGATTTTGAAACTGCTCTGTGTATATACTGTAATTGAGCAA-TTAAGT  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GATGATTTTGAAACTGCTCTGTGTATATACTGTAATTGAGCAATTTAAGT  191

seq1  AAATGGATAACAGAAGTCAGAAGATGGCAGAAGTCAGGTTTTACACTGTT  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGATAACAGAAGTCAGAAGATGGCAGAAGTCAGGTTTTACACTGTT  241

seq1  GGAGTGACCGTTTACAAACATGGAGAAGCAACTAGAATGATCATGTGGTA  292
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGACCG-TTACAAACATGGAGAAGCAACTAGAATGATCATGTGGTA  290

seq1  ATGGACTCAAGTCAGAGCCATTCGCAACAAGTTATGCTTAGTTTGCCATA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTCAAGTCAGAGCCATTCGCAACAAGTTATGCTTAGTTTGCCATA  340

seq1  AATCGATGTGGAATGTGCACCAATATTTACAGATAGGGTATTACATGGTT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCGATGTGGAATGTGCACCAATATTTACAGATAGGGTATTACATGGTT  390

seq1  ACTGGGCAAATATACATTTTCTGTCTGCTCTGTCTGCTCGGAAGACCTAG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGCAAATATACATTTTCTGTCTGCTCTGTCTGCTCGGAAGACCTAG  440

seq1  AACCAATGACACCCATGAAGCAATAGCAAGTTAAAAGCTGGGCCTTGATT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAATGACACCCATGAAGCAATAGCAAGTTAAAAGCTGGGCCTTGATT  490

seq1  TCTATTATTTTCCTAAAAGAAGAAGTAGATACTAAAGAAATTCTGGTTCT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTATTTTCCTAAAAGAAGAAGTAGATACTAAAGAAATTCTGGTTCT  540

seq1  GGGGTTGGGGATGGGAATACACCAGATAATTCTGGGGTGTCCTACAATGA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTGGGGATGGGAATACACCAGATAATTCTGGGGTGTCCTACAATGA  590

seq1  CAGAAAGCAAACAGAGAGAACATGATGGGAGGGTAAGAGGGAGGATAGAG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGCAAACAGAGAGAACATGATGGGAGGGTAAGAGGGAGGATAGAG  640

seq1  TCAACCAAAGAACTCCAAATGACAAATTTGAAGAACAACATGTCGCTGAA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCAAAGAACTCCAAATGACAAATTTGAAGAACAACATGTCGCTGAA  690

seq1  TAAAACCAAAAACAGACAACTTTGATGTGCTCCAATAACATTTGTGATTT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCAAAAACAGACAACTTTGATGTGCTCCAATAACATTTGTGATTT  740

seq1  CAAACACCTTATGTAGACTCCCCATCTTGACTCTTGATGCTTGTTTCCTC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACCTTATGTAGACTCCCCATCTTGACTCTTGATGCTTGTTTCCTC  790

seq1  TCTTCTTGTGTGCAGAGCATAACTACTGCCTTGCATGGTACCATATGGAA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTGTGTGCAGAGCATAACTACTGCCTTGCATGGTACCATATGGAA  840

seq1  GAAAGAGACAGAAAACAACCTCACAGTGAAGAAATTATCAAATACGATAC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGACAGAAAACAACCTCACAGTGAAGAAATTATCAAATACGATAC  890

seq1  AAGCCAGATGATCAAAGTTTATATCAACACAGAAAATCTTGCTGATGGAA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAGATGATCAAAGTTTATATCAACACAGAAAATCTTGCTGATGGAA  940

seq1  GGCGTCCTTGATTTGATGGGATAAGGACAAAGCTTTCTCTACTTCTCCTT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTCCTTGATTTGATGGGATAAGGACAAAGCTTTCTCTACTTCTCCTT  990

seq1  GGAGAAGCTTAAAATCTCAGAGAAAATATCAGGGAGACATTAATCAAAAG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGCTTAAAATCTCAGAGAAAATATCAGGGAGACATTAATCAAAAG  1040

seq1  ACAACCTACAGAACACTGTATCAATCTTCCTCAAATGTGTCAAGGTCATC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCTACAGAACACTGTATCAATCTTCCTCAAATGTGTCAAGGTCATC  1090

seq1  AACAGTGGGCAAAGTCTGAAAAAGGTCAAATGTCACGTGACAGCTACATA  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTGGGCAAAGTCTGAAAAAGGTCAAATGTCACGTGACAGCTACATA  1140

seq1  GGATATGGAATTC  1155
      |||||||||||||
seq2  GGATATGGAATTC  1153


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |