BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-320I02
Chromosome11 (Build37)
Map Location 81,987,072 - 82,126,696
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcl1
Upstream geneAccn1, 1700071K01Rik, 5530401A14Rik, Ccl2, Ccl7, Ccl11, Ccl12, Ccl8
Downstream geneTmem132e, Cct6b, Ccdc16, Lig3, Rffl, Rad51l3, Fndc8, Nle1, Unc45b, Slfn5, Set8-ps, Slfn9, Slfn8, LOC668706, Slfn10, Slfn2, Slfn1, Slfn4, Slfn3, LOC100043636, LOC435271, Slfn14, Pex12, Ap2b1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-320I02.bB6Ng01-320I02.g
ACCGA109855GA109856
length1,1241,102
definitionB6Ng01-320I02.b B6Ng01-320I02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,987,072 - 81,988,200)(82,125,576 - 82,126,696)
sequence
gaattcttaagccagcggccctacttccaagcctcttagaataacaagac
tctccagagccttgaacatcttattccacaattggtaagctgaagttgag
ttggagacagaaggaactttcttggccagctgcaggcctatagcaagact
gatacctaagctgccagctgcaaacctagagccacttctgtgatgcactg
cagatctagggccataccaggccctgtccactggctatgcattggtctct
gccaggtgccaaggatgtgtccccatcacacgaccaagagaaaagtctgt
gatctcaagacacatgccaacagacctcgccacacctggggcctagggca
gaagttccagactcatggatgtttcagatgattctgtactgctatgcctt
accctgtggatgcccactgctataaccatgtcgagaagttcttcatgccc
ttaaagccttttttggtggtcttggttctgtagccagatcctaaatatga
gtaattcctgctttatgtcagcaggaagatagctcttcagagctgaagag
ctgtcagctcagcaacaccacctcttcccaggaaactgtcacacagatag
tcacatgagtagaaaaccacgtgggtagaaaagccttactcactgtgatg
gctcttcctggttgtcaacttgactacatctggagtgaactacagtccag
aaatggagggcacacatgtgatccagatcttgagactggaagacatggga
ttctgacctggatcttgacatggggtgacacaagcttttgatccagatct
tgaggtatagtggtcatgaaaaacttaagcccagtcaaggtagtataaac
ctctaatcacaggagactaaagcaagcagacctgtgagttcaaggccagc
ccaggacagaacaagtcccaaatccaagcttgatggtgcacaccttgaat
ctggccataccttctgctggagcctacctaagacaatggaagaagagact
tctttctttgcctgtttccacttacttgccagcacatcttgttggaacct
acttcttcaggatccagcttatacaggagacagctgaactactaggaatt
ggtagactgagcaactagatcttg
gaattccccatttaatattttcaggctctagctaatcaagggtaatgaaa
cttctgaaggcaaaactatggacaaggggggattctggatattgtgggtg
agggtgtacaagacaaggaacctctagaggagattcgagaacaaaggctg
tggctgcagaaccagctgtgtcagagaaagccatcacttgtcaaggaggt
gccaccccctgaagacccagtaacagtgttacgtgcaccctgagtgagct
ctaatatcttaggccaattacttatctctctggctaagcctcgaatgtca
gtggcaaaatggagagaggattgtctacccctggggatgttctgagggct
gcagttactaaaatgtgtcgcagcaggacgcctggcataaataggctcca
gaaacagatgcaggcaggagtggaatgtgaaggactcatgcaagtggggc
aaagaattccacctggatgtctgacagaagcctgttgaaagagccagtct
tccaaggagagcttacagatagaaacagaaggaaatccatgcaacaaagc
catccgaacaaaggcccctgaaacattttgtttttgtgttttatttattt
tttcctttctttgccatgatgctcaagatcaagatgctagagaaaaccca
attccagcacctggcaccattcttgacaggtcctagaaacctacctttta
tcggtgtgggatgcatacccagtgcatggggaagtgtgtgtgcctcccct
gtccctatggaatgcctgtcagaacctttaccatgccatcggcagcttcc
tcctttcacagcccagaagtaggaaagctgagaagcacagaaagacatcc
tacagctgacataggaggaagcccaaagcacagccatcctgttgtgttac
attggaacactctgacagcccaagcctccagcactagtgacaacagtgtc
aggtacaaacttgcacagccaaacattcctcagggtgtgctagacctaag
ctcagtggctctgcagaatatagatgctcatcctgaagttcagagtgtct
tgccctggttatcagctcccacaaatcagagtggaacatctgcagtactg
tt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_81987072_81988200
seq2: B6Ng01-320I02.b_45_1168

seq1  GAATTCTTAAGCCAGCGGCCCTACTTCCAAGCCTCTTAGAATAACAAGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAAGCCAGCGGCCCTACTTCCAAGCCTCTTAGAATAACAAGAC  50

seq1  TCTCCAGAGCCTTGAACATCTTATTCCACAATTGGTAAGCTGAAGTTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGAGCCTTGAACATCTTATTCCACAATTGGTAAGCTGAAGTTGAG  100

seq1  TTGGAGACAGAAGGAACTTTCTTGGCCAGCTGCAGGCCTATAGCAAGACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGACAGAAGGAACTTTCTTGGCCAGCTGCAGGCCTATAGCAAGACT  150

seq1  GATACCTAAGCTGCCAGCTGCAAACCTAGAGCCACTTCTGTGATGCACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACCTAAGCTGCCAGCTGCAAACCTAGAGCCACTTCTGTGATGCACTG  200

seq1  CAGATCTAGGGCCATACCAGGCCCTGTCCACTGGCTATGCATTGGTCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTAGGGCCATACCAGGCCCTGTCCACTGGCTATGCATTGGTCTCT  250

seq1  GCCAGGTGCCAAGGATGTGTCCCCATCACACGACCAAGAGAAAAGTCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGTGCCAAGGATGTGTCCCCATCACACGACCAAGAGAAAAGTCTGT  300

seq1  GATCTCAAGACACATGCCAACAGACCTCGCCACACCTGGGGCCTAGGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCAAGACACATGCCAACAGACCTCGCCACACCTGGGGCCTAGGGCA  350

seq1  GAAGTTCCAGACTCATGGATGTTTCAGATGATTCTGTACTGCTATGCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTCCAGACTCATGGATGTTTCAGATGATTCTGTACTGCTATGCCTT  400

seq1  ACCCTGTGGATGCCCACTGCTATAACCATGTCGAGAAGTTCTTCATGCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGTGGATGCCCACTGCTATAACCATGTCGAGAAGTTCTTCATGCCC  450

seq1  TTAAAGCCTTTTTTGGTGGTCTTGGTTCTGTAGCCAGATCCTAAATATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGCCTTTTTTGGTGGTCTTGGTTCTGTAGCCAGATCCTAAATATGA  500

seq1  GTAATTCCTGCTTTATGTCAGCAGGAAGATAGCTCTTCAGAGCTGAAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTCCTGCTTTATGTCAGCAGGAAGATAGCTCTTCAGAGCTGAAGAG  550

seq1  CTGTCAGCTCAGCAACACCACCTCTTCCCAGGAAACTGTCACACAGATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAGCTCAGCAACACCACCTCTTCCCAGGAAACTGTCACACAGATAG  600

seq1  TCACATGAGTAGAAAACCACGTGGGTAGAAAAGCCTTACTCACTGTGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGAGTAGAAAACCACGTGGGTAGAAAAGCCTTACTCACTGTGATG  650

seq1  GCTCTTCCTGGTTGTCAACTTGACTACATCTGGAGTGAACTACAGTCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTCCTGGTTGTCAACTTGACTACATCTGGAGTGAACTACAGTCCAG  700

seq1  AAATGGAGGGCACACATGTGATCCAGATCTTGAGACTGGAAGACATGGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGAGGGCACACATGTGATCCAGATCTTGAGACTGGAAGACATGGGA  750

seq1  TTCTGACCTGGATCTTGACATGGGGTGACACAAGCTTTTGATCCAGATCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGACCTGGATCTTGACATGGGGTGACACAAGCTTTTGATCCAGATCT  800

seq1  TGAGGTATAGTGGTCATGAAAAACTTAAGCCCAGTCAAGGTAGTATAAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTATAGTGGTCATGAAAAACTTAAGCCCAGTCAAGGTAGTATAAAC  850

seq1  CTCTAATCACAGGAGACTAAGGCAAGCAGACCTGTGAGTTCAAGGCCAGC  900
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAATCACAGGAGACTAAAGCAAGCAGACCTGTGAGTTCAAGGCCAGC  900

seq1  CCAGGACAGAACAAGTCCCAAATCCAAGCTTGATGGTGCACACCTTGAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGACAGAACAAGTCCCAAATCCAAGCTTGATGGTGCACACCTTGAAT  950

seq1  CTGGGCCATACCTTCTGCTGGAGGCCTACCTAAGGACAATGGAAGAAGGA  1000
      || ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  
seq2  CT-GGCCATACCTTCTGCTGGA-GCCTACCTAA-GACAATGGAAGAAG--  995

seq1  AGACT--CTTCTTTGCCTGTTTCCACTTACTTGCCAGCACATC-TGTTGG  1047
      |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGACTTCTTTCTTTGCCTGTTTCCACTTACTTGCCAGCACATCTTGTTGG  1045

seq1  AACCTACTTCTTCAGGATCCCAGCTTATACAGAAGACCAGCTGAAACTAC  1097
      |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||||
seq2  AACCTACTTCTTCAGGAT-CCAGCTTATACAGGAGA-CAGCTG-AACTAC  1092

seq1  TAGGA--TTGTAGAACTGAGCAACTAGATTCTTG  1129
      |||||  | |||| |||||||||||||| |||||
seq2  TAGGAATTGGTAG-ACTGAGCAACTAGA-TCTTG  1124

seq1: chr11_82125576_82126696
seq2: B6Ng01-320I02.g_65_1166 (reverse)

seq1  AACAGTACTGCAGATTGTCCCACTCTGGGTTTGTGGGAGCTGATTAACCC  50
      |||||||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||||  | ||
seq2  AACAGTACTGCAGA-TGTTCCACTCT-GATTTGTGGGAGCTGAT--AACC  46

seq1  AGGGCAAGACCACTCTGGACCCTCAGGGATGGAGCATTCCTATATTCTGC  100
      ||||||||| |||||| || | ||| |||| ||||||  |||||||||||
seq2  AGGGCAAGA-CACTCT-GAACTTCA-GGAT-GAGCAT--CTATATTCTGC  90

seq1  AGGAGCCACTGAGCTTTAAGGGTCCTAGGCACACCCTTGAGGAAATGTTT  150
      | ||||||||||||||  |||   ||| |||||||| ||||| |||||||
seq2  A-GAGCCACTGAGCTT--AGG--TCTA-GCACACCC-TGAGG-AATGTTT  132

seq1  GGCCTGTGGCAAGTTTGTCCCTGACACTGTTGTCACCTAGTGCTGGAGGC  200
      || |||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GG-CTGT-GCAAGTTTGTACCTGACACTGTTGTCA-CTAGTGCTGGAGGC  179

seq1  TT-GGCTGTCAGAGTGTTCCAATGTAACACAACAGGATGGCTGTGCTTTG  249
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCTGTCAGAGTGTTCCAATGTAACACAACAGGATGGCTGTGCTTTG  229

seq1  GGCTTCCTCCTATGTCAGCTGTAGGATGTCCTTCTGTGCTTCTCAGC-TT  298
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  GGCTTCCTCCTATGTCAGCTGTAGGATGTCTTTCTGTGCTTCTCAGCTTT  279

seq1  CCTACTTCTGGGCTGTGAAAGGAGGAAGCTGCCGATGGCATGGTAAAGGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTTCTGGGCTGTGAAAGGAGGAAGCTGCCGATGGCATGGTAAAGGT  329

seq1  TCTGACAGGCATTCCATAGGGACAGGGGAGGCACACACACTTCCCCATGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACAGGCATTCCATAGGGACAGGGGAGGCACACACACTTCCCCATGC  379

seq1  ACTGGGTATGCATCCCACACCGATAAAAGGTAGGTTTCTAGGACCTGTCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGTATGCATCCCACACCGATAAAAGGTAGGTTTCTAGGACCTGTCA  429

seq1  AGAATGGTGCCAGGTGCTGGAATTGGGTTTTCTCTAGCATCTTGATCTTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGGTGCCAGGTGCTGGAATTGGGTTTTCTCTAGCATCTTGATCTTG  479

seq1  AGCATCATGGCAAAGAAAGGAAAAAATAAATAAAACACAAAAACAAAATG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCATGGCAAAGAAAGGAAAAAATAAATAAAACACAAAAACAAAATG  529

seq1  TTTCAGGGGCCTTTGTTCGGATGGCTTTGTTGCATGGATTTCCTTCTGTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGGGGCCTTTGTTCGGATGGCTTTGTTGCATGGATTTCCTTCTGTT  579

seq1  TCTATCTGTAAGCTCTCCTTGGAAGACTGGCTCTTTCAACAGGCTTCTGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTGTAAGCTCTCCTTGGAAGACTGGCTCTTTCAACAGGCTTCTGT  629

seq1  CAGACATCCAGGTGGAATTCTTTGCCCCACTTGCATGAGTCCTTCACATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACATCCAGGTGGAATTCTTTGCCCCACTTGCATGAGTCCTTCACATT  679

seq1  CCACTCCTGCCTGCATCTGTTTCTGGAGCCTATTTATGCCAGGCGTCCTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCCTGCCTGCATCTGTTTCTGGAGCCTATTTATGCCAGGCGTCCTG  729

seq1  CTGCGACACATTTTAGTAACTGCAGCCCTCAGAACATCCCCAGGGGTAGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGACACATTTTAGTAACTGCAGCCCTCAGAACATCCCCAGGGGTAGA  779

seq1  CAATCCTCTCTCCATTTTGCCACTGACATTCGAGGCTTAGCCAGAGAGAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCTCTCTCCATTTTGCCACTGACATTCGAGGCTTAGCCAGAGAGAT  829

seq1  AAGTAATTGGCCTAAGATATTAGAGCTCACTCAGGGTGCACGTAACACTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATTGGCCTAAGATATTAGAGCTCACTCAGGGTGCACGTAACACTG  879

seq1  TTACTGGGTCTTCAGGGGGTGGCACCTCCTTGACAAGTGATGGCTTTCTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGGGTCTTCAGGGGGTGGCACCTCCTTGACAAGTGATGGCTTTCTC  929

seq1  TGACACAGCTGGTTCTGCAGCCACAGCCTTTGTTCTCGAATCTCCTCTAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACAGCTGGTTCTGCAGCCACAGCCTTTGTTCTCGAATCTCCTCTAG  979

seq1  AGGTTCCTTGTCTTGTACACCCTCACCCACAATATCCAGAATCCCCCCTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCCTTGTCTTGTACACCCTCACCCACAATATCCAGAATCCCCCCTT  1029

seq1  GTCCATAGTTTTGCCTTCAGAAGTTTCATTACCCTTGATTAGCTAGAGCC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATAGTTTTGCCTTCAGAAGTTTCATTACCCTTGATTAGCTAGAGCC  1079

seq1  TGAAAATATTAAATGGGGAATTC  1121
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATATTAAATGGGGAATTC  1102