BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327K12
Chromosome11 (Build37)
Map Location 4,075,990 - 4,198,234
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSf3a1, Tbc1d10a, 2410008K03Rik, LOC625760, Osm, Lif
Upstream geneSfi1, Eif4enif1, Drg1, Patz1, Pik3ip1, Limk2, Rnf185, 8430429K09Rik, LOC100041573, Pla2g3, Pib5pa, Selm, Smtn, Map1lc3-5, LOC625608, Tug1, Morc2a, LOC664900, Osbp2, LOC664920, 4921536K21Rik, Dusp18, Slc35e4, Tcn2, LOC100041720, Pes1, Gal3st1, Sec14l4, Sec14l3, 1700020C11Rik, Sec14l2, LOC625729, Rnf215, 4930562D19Rik
Downstream geneHormad2, Mtmr3, LOC100041006, OTTMUSG00000005065, Ascc2, 1110020P15Rik, Zmat5, Cabp7, Nf2, Nipsnap1, Thoc5, Nefh, Ap1b1, Rasl10a, Gas2l1, Ewsr1, Rhbdd3, Emid1, Kremen1, Znrf3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327K12.bB6Ng01-327K12.g
ACCGA115145GA115146
length1,1001,071
definitionB6Ng01-327K12.b B6Ng01-327K12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,075,990 - 4,077,079)(4,197,175 - 4,198,234)
sequence
gaattccaggactacacagagaccttgcctttgtgaagtgggaggtgggt
gtgctacctaaggcttgggacttggtcttcggtcctgttactaggagttg
gacaggcatcacgtcttaggcttactgctgctctggccctccccagacct
agaggatgatgacatgttggggcccacagcctgtgctgtggatctgctca
ctctacattcccagaaagctgctgacttgtcagaagggtgggtacatgct
tagtttcccttcctttctattttgttgtgtaaggtctggatattgagagc
agcttaaagcagttggctgagcgacgtactgacatctttggggtagaaga
gacagccattggtaagaagattggtgaagaggagatccagaagccagagg
agaaggtgcatttccagtgaatcctagtgccttcctgccctctgtctccc
acatgccagttcatgacaaactatgtcttcgctttcccatgcaggtgact
tgggatggccattcaggcagcatggcccggacccagcaggctgcccaggc
caacatcaccctccaggagcagattgaggccatccataaggccaagggcc
tggtgccggaagatgacactaaggagaagattggccccagcaagcccaat
gaaatccctcagcagccaccacctccatcttcagccaccaatatccccag
ctcagcaccccccattacatcagtgccccggccacctgcggtgagtcaga
ggccaccctgtgaccacatgttctaaaccttggtccttacggtgggatga
tgctctcgtgtaggaagggcaactggtttacagtagggctgggatgctac
agtgggtggagttgaaagagaaaaaatcaagttgaaagtgggaaacttca
ccgggtgggtggtgggtgcacacctttaaatcccttgacttggggaggca
gaggcaggtggaatttctgagttcgagacagcctggtctacaaagtgagt
tccaaggacagccagggctaactcagaggaatccttaagtagaaccttgt
agcctgattttctacttgcaacggagaatttgaattagtgagtgacctga

gaattcacccaaggccatgtcaacatgggacactggagagaaaaacatga
cccaatcactcatccacctttttacctgccacatctgttttagctcagca
tctctgcttttcatccttaaagatgtctgccgttacagagtctcagagct
ggggaggacctcaaaaagcctctcatcttacttccagcctttgtagataa
gggacgtgtcagtcagagactatgactcagctgtggtcacacagcctgtg
gaagagccagctgggaccagatcatggcctctgcctgcccagctggagct
tttcagtcccacccccatcctactcccccccccccagatactgccaagtt
atttccatagtgacccagtagtgagaggagcaggccatggtggtcactgg
agtcttaccctccctctctgccaaaagactagagagagccaattccagac
caagcaccatctccgccatcagatttcttatgctgtccgagctccaaaag
gacagtcactggcattcagaattgtcatttgtcttccttccatgggagtc
cattttcagcttcagaatcactgtgtcatggagccagagatcaattgctc
ctgactagccatggccttcctcaggtcacctctgagctcttctgttggac
tgtgagctccgctcaggctcgggatggcctgatctccaggaggtgcttca
tatccagctggtagagaggagctgccccacctttatcctatatattttcc
taacatagaattcaaacatagctctccttctagagcccatgtctttccaa
aaggaggcaagaaactgaggctcagaaaaagttcacctatttggcctaag
tgctctgggtcctctcaatggagtgatacctgggagtccccaggagttct
gatgtgagtagttttggctaccatgtcctattggatggacattctgggaa
tggtagtagctccctcagtgaaggagtggcttaccacagggaccagggct
aagcttgaaatccatgccagaggaaggggagggcttcatagaggttcaag
gtctggaagatgcactcagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_4075990_4077079
seq2: B6Ng01-327K12.b_44_1143

seq1  GAATTCCAGGACTACACAGAGACCTTGCCTTTGTGAAGTGGGAGGTGGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACTACACAGAGACCTTGCCTTTGTGAAGTGGGAGGTGGGT  50

seq1  GTGCTACCTAAGGCTTGGGACTTGGTCTTCGGTCCTGTTACTAGGAGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTACCTAAGGCTTGGGACTTGGTCTTCGGTCCTGTTACTAGGAGTTG  100

seq1  GACAGGCATCACGTCTTAGGCTTACTGCTGCTCTGGCCCTCCCCAGACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGCATCACGTCTTAGGCTTACTGCTGCTCTGGCCCTCCCCAGACCT  150

seq1  AGAGGATGATGACATGTTGGGGCCCACAGCCTGTGCTGTGGATCTGCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGATGATGACATGTTGGGGCCCACAGCCTGTGCTGTGGATCTGCTCA  200

seq1  CTCTACATTCCCAGAAAGCTGCTGACTTGTCAGAAGGGTGGGTACATGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACATTCCCAGAAAGCTGCTGACTTGTCAGAAGGGTGGGTACATGCT  250

seq1  TAGTTTCCCTTCCTTTCTATTTTGTTGTGTAAGGTCTGGATATTGAGAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTCCCTTCCTTTCTATTTTGTTGTGTAAGGTCTGGATATTGAGAGC  300

seq1  AGCTTAAAGCAGTTGGCTGAGCGACGTACTGACATCTTTGGGGTAGAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAAAGCAGTTGGCTGAGCGACGTACTGACATCTTTGGGGTAGAAGA  350

seq1  GACAGCCATTGGTAAGAAGATTGGTGAAGAGGAGATCCAGAAGCCAGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCCATTGGTAAGAAGATTGGTGAAGAGGAGATCCAGAAGCCAGAGG  400

seq1  AGAAGGTGCATTTCCAGTGAATCCTAGTGCCTTCCTGCCCTCTGTCTCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTGCATTTCCAGTGAATCCTAGTGCCTTCCTGCCCTCTGTCTCCC  450

seq1  ACATGCCAGTTCATGACAAACTATGTCTTCGCTTTCCCATGCAGGTGACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCCAGTTCATGACAAACTATGTCTTCGCTTTCCCATGCAGGTGACT  500

seq1  TGGGATGGCCATTCAGGCAGCATGGCCCGGACCCAGCAGGCTGCCCAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATGGCCATTCAGGCAGCATGGCCCGGACCCAGCAGGCTGCCCAGGC  550

seq1  CAACATCACCCTCCAGGAGCAGATTGAGGCCATCCATAAGGCCAAGGGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATCACCCTCCAGGAGCAGATTGAGGCCATCCATAAGGCCAAGGGCC  600

seq1  TGGTGCCGGAAGATGACACTAAGGAGAAGATTGGCCCCAGCAAGCCCAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCCGGAAGATGACACTAAGGAGAAGATTGGCCCCAGCAAGCCCAAT  650

seq1  GAAATCCCTCAGCAGCCACCACCTCCATCTTCAGCCACCAATATCCCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCCCTCAGCAGCCACCACCTCCATCTTCAGCCACCAATATCCCCAG  700

seq1  CTCAGCACCCCCCATTACATCAGTGCCCCGGCCACCTGCGGTGAGTCAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCACCCCCCATTACATCAGTGCCCCGGCCACCTGCGGTGAGTCAGA  750

seq1  GGCCACCCTGTGACCACATGTTCTAAACCTTGGTCCTTACGGTGGGATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACCCTGTGACCACATGTTCTAAACCTTGGTCCTTACGGTGGGATGA  800

seq1  TGCTCTCGTGTAGGAAGGGCAACTGGTTTACAGTAGGGCTGGGATGCTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCGTGTAGGAAGGGCAACTGGTTTACAGTAGGGCTGGGATGCTAC  850

seq1  AGTGGGTGGAGTTGAAAGAGAAAAAATCAAGTTGAAAGT-GGAAACTTCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGTGGGTGGAGTTGAAAGAGAAAAAATCAAGTTGAAAGTGGGAAACTTCA  900

seq1  CCGGGT-GGTGGT-GGTGCACACCTTT-AATCCCTTGACTT-GGGAGGCA  945
      |||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  CCGGGTGGGTGGTGGGTGCACACCTTTAAATCCCTTGACTTGGGGAGGCA  950

seq1  GAGGCAGGTGG-ATTTCTGAGTTCGAGGACAGCCTGGTCTACAAAGTGAG  994
      ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGGTGGAATTTCTGAGTTCGA-GACAGCCTGGTCTACAAAGTGAG  999

seq1  TTCC-AGGACAGCCAGGGCT-ACACAGA-GAAACCCTAAGTAGAAACTTG  1041
      |||| ||||||||||||||| || |||| ||| || ||||||||| ||||
seq2  TTCCAAGGACAGCCAGGGCTAACTCAGAGGAATCCTTAAGTAGAACCTTG  1049

seq1  TAGCCTGATTTTCTAC-TGCAACGGAG-ATTTGGATTAGTGAGTGAGCTG  1089
      |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| |||
seq2  TAGCCTGATTTTCTACTTGCAACGGAGAATTTGAATTAGTGAGTGACCTG  1099

seq1  A  1090
      |
seq2  A  1100

seq1: chr11_4197175_4198234
seq2: B6Ng01-327K12.g_72_1142 (reverse)

seq1  TCCTGAGTTCCTCTTTCCGACCTTG-ACCTCTATGAAGCCCT-CCCTCTC  48
      |||||||| | |||| | ||||||| |||||||||||||||| ||||  |
seq2  TCCTGAGTGCATCTTCCAGACCTTGAACCTCTATGAAGCCCTCCCCTTCC  50

seq1  TCTGGGCCTTGATTTCAAGCTTTG-CCTTGTCCCTGTGGTAAG-CACTCC  96
      ||| ||| | |||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||||||
seq2  TCT-GGCATGGATTTCAAGCTTAGCCCTGGTCCCTGTGGTAAGCCACTCC  99

seq1  -TCACTGAGGG-GCTACTTCCATTCCCAG-ATGTCCATCC-ATAGGACAT  142
       |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  TTCACTGAGGGAGCTACTACCATTCCCAGAATGTCCATCCAATAGGACAT  149

seq1  GGTAGCC-AAACTACTCACATCAG-ACTCCTGGGGACTCCCAGGTATCAC  190
      ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGCCAAAACTACTCACATCAGAACTCCTGGGGACTCCCAGGTATCAC  199

seq1  TCCATTGAGAGGACCCAG-GCACTTAGGCC-AATAGGTGAACTTTTTCTG  238
      |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCCATTGAGAGGACCCAGAGCACTTAGGCCAAATAGGTGAACTTTTTCTG  249

seq1  AGCCTCAGTTTCTTGCCTCCTTTTGGAAAGACATGGGCTCTAGAAGGAGA  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCAGTTTCTTGCCTCCTTTTGGAAAGACATGGGCTCTAGAAGGAGA  299

seq1  GCTATGTTTGAATTCTATGTTAGGAAAATATATAGGATAAAGGTGGGGCA  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGTTTGAATTCTATGTTAGGAAAATATATAGGATAAAGGTGGGGCA  349

seq1  GCTCCTCTCTACCAGCTGGATATGAAGCACCTCCTGGAGATCAGGCCATC  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTCTCTACCAGCTGGATATGAAGCACCTCCTGGAGATCAGGCCATC  399

seq1  CCGAGCCTGAGCGGAGCTCACAGTCCAACAGAAGAGCTCAGAGGTGACCT  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGCCTGAGCGGAGCTCACAGTCCAACAGAAGAGCTCAGAGGTGACCT  449

seq1  GAGGAAGGCCATGGCTAGTCAGGAGCAATTGATCTCTGGCTCCATGACAC  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGGCCATGGCTAGTCAGGAGCAATTGATCTCTGGCTCCATGACAC  499

seq1  AGTGATTCTGAAGCTGAAAATGGACTCCCATGGAAGGAAGACAAATGACA  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTCTGAAGCTGAAAATGGACTCCCATGGAAGGAAGACAAATGACA  549

seq1  ATTCTGAATGCCAGTGACTGTCCTTTTGGAGCTCGGACAGCATAAGAAAT  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGAATGCCAGTGACTGTCCTTTTGGAGCTCGGACAGCATAAGAAAT  599

seq1  CTGATGGCGGAGATGGTGCTTGGTCTGGAATTGGCTCTCTCTAGTCTTTT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGGCGGAGATGGTGCTTGGTCTGGAATTGGCTCTCTCTAGTCTTTT  649

seq1  GGCAGAGAGGGAGGGTAAGACTCCAGTGACCACCATGGCCTGCTCCTCTC  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGAGGGAGGGTAAGACTCCAGTGACCACCATGGCCTGCTCCTCTC  699

seq1  ACTACTGGGTCACTATGGAAATAACTTGGCAGTATCTGGGGGGGGGGGAG  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTGGGTCACTATGGAAATAACTTGGCAGTATCTGGGGGGGGGGGAG  749

seq1  TAGGATGGGGGTGGGACTGAAAAGCTCCAGCTGGGCAGGCAGAGGCCATG  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATGGGGGTGGGACTGAAAAGCTCCAGCTGGGCAGGCAGAGGCCATG  799

seq1  ATCTGGTCCCAGCTGGCTCTTCCACAGGCTGTGTGACCACAGCTGAGTCA  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGTCCCAGCTGGCTCTTCCACAGGCTGTGTGACCACAGCTGAGTCA  849

seq1  TAGTCTCTGACTGACACGTCCCTTATCTACAAAGGCTGGAAGTAAGATGA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTCTGACTGACACGTCCCTTATCTACAAAGGCTGGAAGTAAGATGA  899

seq1  GAGGCTTTTTGAGGTCCTCCCCAGCTCTGAGACTCTGTAACGGCAGACAT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTTTTTGAGGTCCTCCCCAGCTCTGAGACTCTGTAACGGCAGACAT  949

seq1  CTTTAAGGATGAAAAGCAGAGATGCTGAGCTAAAACAGATGTGGCAGGTA  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAGGATGAAAAGCAGAGATGCTGAGCTAAAACAGATGTGGCAGGTA  999

seq1  AAAAGGTGGATGAGTGATTGGGTCATGTTTTTCTCTCCAGTGTCCCATGT  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGTGGATGAGTGATTGGGTCATGTTTTTCTCTCCAGTGTCCCATGT  1049

seq1  TGACATGGCCTTGGGTGAATTC  1060
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGGCCTTGGGTGAATTC  1071