BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-328M17
Chromosome11 (Build37)
Map Location 8,610,367 - 8,759,963
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC638720, Pkd1l1
Upstream geneLOC665380, Tns3
Downstream geneLOC624800, Hus1, Sunc1, OTTMUSG00000005148, Upp1, LOC626887, LOC100041469, Abca13, LOC665435
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-328M17.bB6Ng01-328M17.g
ACCGA115957GA115958
length951700
definitionB6Ng01-328M17.b B6Ng01-328M17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,759,011 - 8,759,963)(8,610,367 - 8,611,066)
sequence
gaattcctttttctttgacatttctcatatgcctctcgattgtcaaatat
tccagctgagataacatctgtaaaattcctgtactcttggacctggtaca
ctcaggtaaccctcccaaatgttgacccaggtgggcttagagcctcatgt
ttcccacaaggatagagacctcactgccatatttatatgtcatagttcaa
aatggaatgtttaaagtggaccctctctgcctcacccatccccccagtcc
taatccttaaaatcaacaagtccctaggggctgttatttgtagcattctg
ggggcagggcaagcctaggaaaagtgaatccgatggaatccaaggggtgc
tctcttggctccctgtggctggcagccctttgctcctggctgctgcagca
tcctctataaagttaggataagtaagattctagatttctgtcttcaaaaa
aattactctaatatcagattgtgtcacatttaatttgtgtttgaagtact
tctgaactcaaagtcttcatgaaatctcaagtcaacaaaacttaactgag
ccacaagtgaggtgaggcaaaatccttgctccatcccagtggtcttctcg
ctggactggagctgtgggcccatttgatataattgctgtaattagtgcac
acaggaccaggctatggttggatcctttggttcacctcttgctctccagt
gtgccatgaaggagcacgatggttcctttgtgtggggatgtgtgagctct
gggtagcagcagtgtttcttgacagcttcattaatgtggtcccaacgggg
agcaagtatggcaagtgataacatttctctaaattctgcaagcttgggcc
aagggtgcagttcactggcagatcacatgcttaatgtgggcaaagacacc
ttgggttgatgccccagtacctcaaatctactgtgggtgtgggggtgtgt
t

gaattcactcacaattgacccctttatcaaaatcaccttgatgatgcggg
atggtatagccatctaaagccacatgccagccttcagaactctcagcttt
gtgaatctgtcatgtgaggcttgtgctctaagaggcaaggagcaggaagc
tctcttagttgaaactttgcatactggatactttttcttctttttggtgt
tctttactgctttaccaattgtcaaaatcattcttctgactggttaaaaa
tgaaatgacactaaatccctgttgtcgccactctttagggtctacatgct
acttccaatgcaagctgatgaattctgtcctctttctctctctctctctc
tctccctctctctctctctctctgtctgtctctctctctctttctttctt
tctgccttatatctggttgactgtgctttggttcccacttcagtctgatt
ccagtcaatttagttcaggagttgcagggaattgtgggggagtgcttggc
aagtgcttggcttttctcccgtatagacagacctcttgaggtgggagctg
catatgggtgatgtcagtactggtttcgcaggactgtactcttgatcttc
atgcactctctttccagattcccctgtgtggcagctaagcacctttggag
gcttctatcctgtcctggctcccctccaatcttccctgatctttgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_8759011_8759963
seq2: B6Ng01-328M17.b_50_1000 (reverse)

seq1  AACACACCCCCACACCCACAGTAGATTTTGAGGTACTGGGGCATCAACCC  50
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACCCCCACACCCACAGTAGA-TTTGAGGTACTGGGGCATCAACCC  49

seq1  AAGGTGTCTTTGCCCACATTAAGCATGTGATCTGCCAGTGAACTGCACCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGTCTTTGCCCACATTAAGCATGTGATCTGCCAGTGAACTGCACCC  99

seq1  TTGGCCCAAGCTTGCAGAATTTAGAGAAATGTTATCACTTGCCATACTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCCAAGCTTGCAGAATTTAGAGAAATGTTATCACTTGCCATACTTG  149

seq1  CTCCCCGTTGGGACCACATTAATGAAGCTGTCAAGAAACACCTGCTGCTA  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTCCCCGTTGGGACCACATTAATGAAGCTGTCAAGAAACA-CTGCTGCTA  198

seq1  CCCAGAGCTCACACATCCCCACACAAAGGAACCATCGTGCTCCTTCATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGCTCACACATCCCCACACAAAGGAACCATCGTGCTCCTTCATGG  248

seq1  CACACTGGAGAGCAAGAGGTGAACCAAAGGATCCAACCATAGCCTGGTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGGAGAGCAAGAGGTGAACCAAAGGATCCAACCATAGCCTGGTCC  298

seq1  TGTGTGCACTAATTACAGCAATTATATCAAATGGGCCCACAGCTCCAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCACTAATTACAGCAATTATATCAAATGGGCCCACAGCTCCAGTC  348

seq1  CAGCGAGAAGACCACTGGGATGGAGCAAGGATTTTGCCTCACCTCACTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGAGAAGACCACTGGGATGGAGCAAGGATTTTGCCTCACCTCACTTG  398

seq1  TGGCTCAGTTAAGTTTTGTTGACTTGAGATTTCATGAAGACTTTGAGTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCAGTTAAGTTTTGTTGACTTGAGATTTCATGAAGACTTTGAGTTC  448

seq1  AGAAGTACTTCAAACACAAATTAAATGTGACACAATCTGATATTAGAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTACTTCAAACACAAATTAAATGTGACACAATCTGATATTAGAGTA  498

seq1  ATTTTTTTGAAGACAGAAATCTAGAATCTTACTTATCCTAACTTTATAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTTGAAGACAGAAATCTAGAATCTTACTTATCCTAACTTTATAGA  548

seq1  GGATGCTGCAGCAGCCAGGAGCAAAGGGCTGCCAGCCACAGGGAGCCAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCTGCAGCAGCCAGGAGCAAAGGGCTGCCAGCCACAGGGAGCCAAG  598

seq1  AGAGCACCCCTTGGATTCCATCGGATTCACTTTTCCTAGGCTTGCCCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCACCCCTTGGATTCCATCGGATTCACTTTTCCTAGGCTTGCCCTGC  648

seq1  CCCCAGAATGCTACAAATAACAGCCCCTAGGGACTTGTTGATTTTAAGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGAATGCTACAAATAACAGCCCCTAGGGACTTGTTGATTTTAAGGA  698

seq1  TTAGGACTGGGGGGATGGGTGAGGCAGAGAGGGTCCACTTTAAACATTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGACTGGGGGGATGGGTGAGGCAGAGAGGGTCCACTTTAAACATTCC  748

seq1  ATTTTGAACTATGACATATAAATATGGCAGTGAGGTCTCTATCCTTGTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAACTATGACATATAAATATGGCAGTGAGGTCTCTATCCTTGTGG  798

seq1  GAAACATGAGGCTCTAAGCCCACCTGGGTCAACATTTGGGAGGGTTACCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACATGAGGCTCTAAGCCCACCTGGGTCAACATTTGGGAGGGTTACCT  848

seq1  GAGTGTACCAGGTCCAAGAGTACAGGAATTTTACAGATGTTATCTCAGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTACCAGGTCCAAGAGTACAGGAATTTTACAGATGTTATCTCAGCT  898

seq1  GGAATATTTGACAATCGAGAGGCATATGAGAAATGTCAAAGAAAAAGGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATTTGACAATCGAGAGGCATATGAGAAATGTCAAAGAAAAAGGAA  948

seq1  TTC  953
      |||
seq2  TTC  951


seq1: chr11_8610367_8611066
seq2: B6Ng01-328M17.g_66_765

seq1  GAATTCACTCACAATTGACCCCTTTATCAAAATCACCTTGATGATGCGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCACAATTGACCCCTTTATCAAAATCACCTTGATGATGCGGG  50

seq1  ATGGTATAGCCATCTAAAGCCACATGCCAGCCTTCAGAACTCTCAGCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTATAGCCATCTAAAGCCACATGCCAGCCTTCAGAACTCTCAGCTTT  100

seq1  GTGAATCTGTCATGTGAGGCTTGTGCTCTAAGAGGCAAGGAGCAGGAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATCTGTCATGTGAGGCTTGTGCTCTAAGAGGCAAGGAGCAGGAAGC  150

seq1  TCTCTTAGTTGAAACTTTGCATACTGGATACTTTTTCTTCTTTTTGGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTAGTTGAAACTTTGCATACTGGATACTTTTTCTTCTTTTTGGTGT  200

seq1  TCTTTACTGCTTTACCAATTGTCAAAATCATTCTTCTGACTGGTTAAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTACTGCTTTACCAATTGTCAAAATCATTCTTCTGACTGGTTAAAAA  250

seq1  TGAAATGACACTAAATCCCTGTTGTCGCCACTCTTTAGGGTCTACATGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGACACTAAATCCCTGTTGTCGCCACTCTTTAGGGTCTACATGCT  300

seq1  ACTTCCAATGCAAGCTGATGAATTCTGTCCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCAATGCAAGCTGATGAATTCTGTCCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTC  350

seq1  TCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTGTCTCTCTCTCTCTTTCTTTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTGTCTCTCTCTCTCTTTCTTTCTT  400

seq1  TCTGCCTTATATCTGGTTGACTGTGCTTTGGTTCCCACTTCAGTCTGATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTTATATCTGGTTGACTGTGCTTTGGTTCCCACTTCAGTCTGATT  450

seq1  CCAGTCAATTTAGTTCAGGAGTTGCAGGGAATTGTGGGGGAGTGCTTGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCAATTTAGTTCAGGAGTTGCAGGGAATTGTGGGGGAGTGCTTGGC  500

seq1  AAGTGCTTGGCTTTTCTCCCGTATAGACAGACCTCTTGAGGTGGGAGCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTTGGCTTTTCTCCCGTATAGACAGACCTCTTGAGGTGGGAGCTG  550

seq1  CATATGGGTGATGTCAGTACTGGTTTCGCAGGACTGTACTCTTGATCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGGGTGATGTCAGTACTGGTTTCGCAGGACTGTACTCTTGATCTTC  600

seq1  ATGCACTCTCTTTCCAGATTCCCCTGTGTGGCAGCTAAGCACCTTTGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACTCTCTTTCCAGATTCCCCTGTGTGGCAGCTAAGCACCTTTGGAG  650

seq1  GCTTCTATCCTGTCCTGGCTCCCCTCCAATCTTCCCTGATCTTTGTGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTATCCTGTCCTGGCTCCCCTCCAATCTTCCCTGATCTTTGTGTGT  700


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |