BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-331F05
Chromosome11 (Build37)
Map Location 94,915,392 - 95,089,024
singlet/doubletdoublet
Overlap geneItga3, Dlx3, Dlx4, LOC100039437
Upstream geneSpag9, LOC100039440, Tob1, Wfikkn2, 3300001P08Rik, Ankrd40, Abcc3, Cacna1g, Spata20, Epn3, Mycbpap, Rsad1, BC018371, Chad, Lrrc59, Eme1, Mrpl27, Xylt2, OTTMUSG00000002038, Cdc34-ps, A430060F13Rik, Tmem92, LOC100039410, LOC544807, LOC544808, LOC665174, LOC432591, LOC100039739, Col1a1, Sgca, Hils1, Ppp1r9b, Samd14, Pdk2
Downstream geneTac4, Myst2, 5730593F17Rik, Slc35b1, Spop, LOC100039483, Nxph3, Ngfr, Phb, 1110035M17Rik, Zfp652, EG665273, Phospho1, Abi3, Gngt2, LOC100040014, B4galnt2, Igf2bp1, LOC100040040, Gip, Snf8, Ube2z, Atp5g1, Ndp52, Ttll6, Hoxb13, LOC432593
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-331F05.bB6Ng01-331F05.g
ACCGA117722GA117723
length1,1851,036
definitionB6Ng01-331F05.b B6Ng01-331F05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,087,848 - 95,089,024)(94,915,392 - 94,916,414)
sequence
gaattctctggtaacactcaggaggctcgcgcttgtcatttcagcacttt
ccgggaggatagcctctggcacagcacacaatgctcagtggacccacagg
aagtgttagcaagtgggtaccagcggcaagcctggccgggcacagccctt
atccagctcctggagggaggactgggggttcaaggtctgtttgggcagct
taagactctgctcagaacaaaaaaggataagagggctggagaaggagttt
agtaggccgatatttgactaaggacatgcagggccctgggtctcaactcc
agcccttaaaaacacaccagggaaggtatgttcgtgctcaggcacttgct
gtggggctcttcccttctcaaggcacagagctggagatcagagcttgcag
aagcttctgcgtatggctggccttgggaaataactcgcgcacacacacat
acactcacacacacatacactcacacacatacacacatacactcacacac
acatatattcacacacacattcacacacacactcacacacacatacacac
atacactcacatacacatacactcacacacacactcacacacacacatac
actcacacacacatacactcactcacacacacacatacattcacacacac
atacactcacacactcacacacacatacactcacacacttacacacatac
actcacacacacactcatacacacacatacaattgcgtgcgctcactgag
gagcttcccacatcgtttagaagcagcagtggactgggcgatgcagagac
aggcagatctctgcgagttctagaccagcctgatctttaaagcaagttcc
aggacaaccaggccctacacagagaaaccctgtctccaaaacaaaacaaa
acaaaacaaaacaaaacaaaaataaaaaccccaaacaaacaaaaaaacca
aaccaaccaaaactaaaaccccaaacaaaccaaaaccaaaccagaaaagc
aagcaaggctgggctttggcagttaagtatttcggattgggggaagagtg
acagtggtgcaagtctctctggaaaggcctaaggctcaccaccttggatg
ctgcttccatgtcttaaggtagataggtctcaatgctaagttagaaaatg
ctaacctctgtcattgggtgggaacctggccttgg
gaattcatatttcaggggacttcccacatcctccgcagttttcatggcag
cctcacccatcactgtgccaccaaagaagctctgcaaccgatgattcatt
ctggataagaagacaccagagtcaaagaggacaggaggctagagccctgc
cagaggggactgcagtgtggatgcgggttgcctacattgcccttggcaca
tacgacccagttctactgtggcccagctgtgcggcctcacacagactacc
catccttcctgagcctcaggttcctcgcctacgaggtggggttagtaata
gttggtgcagtatggggcagtgatgcaaaaatcactaagagtctttgaca
tctttgcacagtgggcttttaagaaggtgggagaggggctgaagagatag
cccaggggctaaggaaggacacttgttgctcttccagagaactgaggttc
agttttcggcaccatctataactccagtttcaggggacctgactgacacc
ctcttctgaccttcatgggcaccaggaatgcacatggtgcagagacatac
atgcagtcaaaatactccatatatatgaaatataataaatcagagaaaaa
aattttaagctgggggtggctggggaggtggctcagggggcaaagcactc
gctatgtaagagtgagggtctgagtttaaattccccctcccccccgcaga
acccacttaaaagctgagtgtggtagcacacatctgtaatccaagtgctc
cttatatgaggtggggcaggggatccctaagacagaaggatccctaagga
agcccatgggccagctagcctgcatatgcatgcttgtgaatgcaatggcc
acagcagaaaaacccccctgccccgcacaaaggtgtaggtgagatgcaat
acctcatactgtcctctgacctccatatgtgttttcatagatgcacacat
cttgcattcttcacacatgcatgtgcttaacctacattcatacattaccc
catacacaaaggtaaattatcaggaaaaattaaagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_95087848_95089024
seq2: B6Ng01-331F05.b_51_1235 (reverse)

seq1  CCAAG--CAGGTTCCCACCAAATGGACAGA-GTTAGCATTTTCTAAACAT  47
      |||||  |||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| ||| |
seq2  CCAAGGCCAGGTTCCCACCCAAT-GACAGAGGTTAGCATTTTCT-AACTT  48

seq1  AGGCATGAGACCCTACTACC-TAAGACAAGG-AGCAACCAATCAAAAGT-  94
      ||   |||||||   ||||| ||||||| || |||| |  ||| || || 
seq2  AGCATTGAGACCTATCTACCTTAAGACATGGAAGCAGC--ATCCAAGGTG  96

seq1  GTGAACCCCTTAGCCC--TCCAGAGA-AC-TGCA-CACTGTCAACTCT--  137
      ||||   |||||| ||  |||||||| || |||| ||||||| |||||  
seq2  GTGA--GCCTTAGGCCTTTCCAGAGAGACTTGCACCACTGTC-ACTCTTC  143

seq1  -CCCCATCGG--ATACTTAACTGCC-AAGCCCAGCCTTGCTTGC-TTTCT  182
       ||| ||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  CCCCAATCCGAAATACTTAACTGCCAAAGCCCAGCCTTGCTTGCTTTTCT  193

seq1  GGTTTGTTTTGGTTTTGTTTTGGGGTTTTAGTTTTGGTTTGGTTTGGTTT  232
      |||||| ||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GGTTTGGTTTTGGTTTG-TTTGGGGTTTTAGTTTTGG-TTGGTTTGGTTT  241

seq1  TTTTGTTTGTTTGGGGTTTTTATTTTTGTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTG  282
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  TTTTGTTTGTTTGGGGTTTTTATTTTTGTTTTGTTTT--GTTTTGTTTTG  289

seq1  TTTTGTTTTGGAGACAGGGTTTCTCTGTGTA-GGCCTGGTTGTCCTGGAA  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTTGGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGGGCCTGGTTGTCCTGGAA  339

seq1  CTTGCTTTAAAGATCAGGCTGGTCTAGAACTCGCAGAGATCTGCCTGTCT  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTTAAAGATCAGGCTGGTCTAGAACTCGCAGAGATCTGCCTGTCT  389

seq1  CTGCATCGCCCAGTCCACTGCTGCTTCTAAACGATGTGGGAAGCTCCTCA  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATCGCCCAGTCCACTGCTGCTTCTAAACGATGTGGGAAGCTCCTCA  439

seq1  GTGAGCGCACGCAATTGTATGTGTGTGTATGAGTGTGTGTGTGAGTGTAT  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCGCACGCAATTGTATGTGTGTGTATGAGTGTGTGTGTGAGTGTAT  489

seq1  GTGTGTAAGTGTGTGAGTGTATGTGTGTGTGAGTGTGTGAGTGTATGTGT  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTAAGTGTGTGAGTGTATGTGTGTGTGAGTGTGTGAGTGTATGTGT  539

seq1  GTGTGAATGTATGTGTGTGTGTGAGTGAGTGTATGTGTGTGTGAGTGTAT  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAATGTATGTGTGTGTGTGAGTGAGTGTATGTGTGTGTGAGTGTAT  589

seq1  GTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGAGTGTATGTGTATGTGAGTGTATGTGT  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGAGTGTATGTGTATGTGAGTGTATGTGT  639

seq1  GTATGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGAATGTGTGTGTGAATATATGTGTGT  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGAATGTGTGTGTGAATATATGTGTGT  689

seq1  GTGAGTGTATGTGTGTATGTGTGTGAGTGTATGTGTGTGTGAGTGTATGT  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTGTATGTGTGTATGTGTGTGAGTGTATGTGTGTGTGAGTGTATGT  739

seq1  GTGTGTGCGCGAGTTATTTCCCAAGGCCAGCCATACGCAGAAGCTTCTGC  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGCGCGAGTTATTTCCCAAGGCCAGCCATACGCAGAAGCTTCTGC  789

seq1  AAGCTCTGATCTCCAGCTCTGTGCCTTGAGAAGGGAAGAGCCCCACAGCA  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCTGATCTCCAGCTCTGTGCCTTGAGAAGGGAAGAGCCCCACAGCA  839

seq1  AGTGCCTGAGCACGAACATACCTTCCCTGGTGTGTTTTTAAGGGCTGGAG  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCTGAGCACGAACATACCTTCCCTGGTGTGTTTTTAAGGGCTGGAG  889

seq1  TTGAGACCCAGGGCCCTGCATGTCCTTAGTCAAATATCGGCCTACTAAAC  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGACCCAGGGCCCTGCATGTCCTTAGTCAAATATCGGCCTACTAAAC  939

seq1  TCCTTCTCCAGCCCTCTTATCCTTTTTTGTTCTGAGCAGAGTCTTAAGCT  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTCCAGCCCTCTTATCCTTTTTTGTTCTGAGCAGAGTCTTAAGCT  989

seq1  GCCCAAACAGACCTTGAACCCCCAGTCCTCCCTCCAGGAGCTGGATAAGG  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAAACAGACCTTGAACCCCCAGTCCTCCCTCCAGGAGCTGGATAAGG  1039

seq1  GCTGTGCCCGGCCAGGCTTGCCGCTGGTACCCACTTGCTAACACTTCCTG  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGCCCGGCCAGGCTTGCCGCTGGTACCCACTTGCTAACACTTCCTG  1089

seq1  TGGGTCCACTGAGCATTGTGTGCTGTGCCAGAGGCTATCCTCCCGGAAAG  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCCACTGAGCATTGTGTGCTGTGCCAGAGGCTATCCTCCCGGAAAG  1139

seq1  TGCTGAAATGACAAGCGCGAGCCTCCTGAGTGTTACCAGAGAATTC  1177
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAAATGACAAGCGCGAGCCTCCTGAGTGTTACCAGAGAATTC  1185

seq1: chr11_94915392_94916414
seq2: B6Ng01-331F05.g_72_1107

seq1  GAATTCATATTTCAGGGGACTTCCCACATCCTCCGCAGTTTTCATGGCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATTTCAGGGGACTTCCCACATCCTCCGCAGTTTTCATGGCAG  50

seq1  CCTCACCCATCACTGTGCCACCAAAGAAGCTCTGCAACCGATGATTCATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACCCATCACTGTGCCACCAAAGAAGCTCTGCAACCGATGATTCATT  100

seq1  CTGGATAAGAAGACACCAGAGTCAAAGAGGACAGGAGGCTAGAGCCCTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATAAGAAGACACCAGAGTCAAAGAGGACAGGAGGCTAGAGCCCTGC  150

seq1  CAGAGGGGACTGCAGTGTGGATGCGGGTTGCCTACATTGCCCTTGGCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGGGACTGCAGTGTGGATGCGGGTTGCCTACATTGCCCTTGGCACA  200

seq1  TACGACCCAGTTCTACTGTGGCCCAGCTGTGCGGCCTCACACAGACTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGACCCAGTTCTACTGTGGCCCAGCTGTGCGGCCTCACACAGACTACC  250

seq1  CATCCTTCCTGAGCCTCAGGTTCCTCGCCTACGAGGTGGGGTTAGTAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTTCCTGAGCCTCAGGTTCCTCGCCTACGAGGTGGGGTTAGTAATA  300

seq1  GTTGGTGCAGTATGGGGCAGTGATGCAAAAATCACTAAGAGTCTTTGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTGCAGTATGGGGCAGTGATGCAAAAATCACTAAGAGTCTTTGACA  350

seq1  TCTTTGCACAGTGGGCTTTTAAGAAGGTGGGAGAGGGGCTGAAGAGATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGCACAGTGGGCTTTTAAGAAGGTGGGAGAGGGGCTGAAGAGATAG  400

seq1  CCCAGGGGCTAAGGAAGGACACTTGTTGCTCTTCCAGAGAACTGAGGTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGGGCTAAGGAAGGACACTTGTTGCTCTTCCAGAGAACTGAGGTTC  450

seq1  AGTTTTCGGCACCATCTATAACTCCAGTTTCAGGGGACCTGACTGACACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTCGGCACCATCTATAACTCCAGTTTCAGGGGACCTGACTGACACC  500

seq1  CTCTTCTGACCTTCATGGGCACCAGGAATGCACATGGTGCAGAGACATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTGACCTTCATGGGCACCAGGAATGCACATGGTGCAGAGACATAC  550

seq1  ATGCAGTCAAAATACTCCATATATATGAAATATAATAAATCAGAGAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGTCAAAATACTCCATATATATGAAATATAATAAATCAGAGAAAAA  600

seq1  AATTTTAAGCTGGGGGTGGCTGGGGAGGTGGCTCAGGGGGCAAAGCACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTAAGCTGGGGGTGGCTGGGGAGGTGGCTCAGGGGGCAAAGCACTC  650

seq1  GCTATGTAAGAGTGAGGGTCTGAGTTTAAATTCCCCCTCCCCCCCGCAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGTAAGAGTGAGGGTCTGAGTTTAAATTCCCCCTCCCCCCCGCAGA  700

seq1  ACCCACTTAAAAGCTGAGTGTGGTAGCACACATCTGTAATCCAAGTGCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTTAAAAGCTGAGTGTGGTAGCACACATCTGTAATCCAAGTGCTC  750

seq1  CTTATATGAGGT-GGGCAGGGGATCCCTAAGACAGAAGGATCCCTAAGGA  799
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATATGAGGTGGGGCAGGGGATCCCTAAGACAGAAGGATCCCTAAGGA  800

seq1  AGCCCATGGGCCAGCTAGCCTGCATATGCATGCTTGTGAATGCAATGGCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCATGGGCCAGCTAGCCTGCATATGCATGCTTGTGAATGCAATGGCC  850

seq1  ACAGCAGAAAAA-CCCCCTGCCCCGCAC-AAGGTGTAGGTGAGATGCAAT  897
      |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGAAAAACCCCCCTGCCCCGCACAAAGGTGTAGGTGAGATGCAAT  900

seq1  ACCTCATACTGTCCTCTGACCTCCATATGTG-TTTCATAGATGCACACAT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACCTCATACTGTCCTCTGACCTCCATATGTGTTTTCATAGATGCACACAT  950

seq1  C-TGCATTC-TCACACATGCATGTGC-TAACACACA-TCATACAT--ACA  990
      | ||||||| |||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||   | 
seq2  CTTGCATTCTTCACACATGCATGTGCTTAACCTACATTCATACATTACCC  1000

seq1  CATACACAAAGGTAAA-TATCAAGAAAA--TAAAGT  1023
      |||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||
seq2  CATACACAAAGGTAAATTATCAGGAAAAATTAAAGT  1036