BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-334B17
Chromosome11 (Build37)
Map Location 40,089,776 - 40,266,882
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039241
Upstream genenone
Downstream geneLOC382508, LOC432549, Mat2b, Hmmr, Nudcd2, Ccng1, LOC100039256, LOC100039285
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-334B17.bB6Ng01-334B17.g
ACCGA119693GA119694
length1,1651,100
definitionB6Ng01-334B17.b B6Ng01-334B17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,089,776 - 40,090,932)(40,265,735 - 40,266,882)
sequence
gaattcttctctacaagccttctctgaactctgtcagctaccatcttttg
agcctgaaatttgaattttcctgctctcagtgaagataatacatctaaaa
ctatgcttgaggccacaaacctgctatgttattttagcattaaaacacca
ctttcccccaacaaaacaaatgaataagtgatgtttgtactttaaagcag
aaaaaaaaatatatacagtactgactacaacaaaattcccatgcaggcta
tataatgctggtgttgactaaataaaagcaaaggggatcaaagcagagag
gcaaattctaatagagtgtatgtccacttatttcagcaacacagtttctc
catcacagagctgttgaagcagaatccatattgaaagtagtgcatattgt
tttagcttagattcataaagaaatgaacagctgcactctttattagatct
aatctaaatacctgctctttgtgctctgtgctaggagatatttatgttat
caattcaagtttatactaagcatcaggaggaacactccatgtagctctgc
tgactcaaaataatgacttgtaagggagctctaatgacagaacaaggggc
aattatagacacagcatgaggcttggaataactgtgtgatgtattctgtg
cacttgattgacctcatcttcaagttcatttgtgcctcactgttgtagac
acagcctatgcctctgggtatatgccttgttaatttcaatataagaagac
agagtggattagacacaatggctcagagaaaactatggtgcactggtact
tggcaaaaaaaagtgatgacgcactggggtctaccagaagaaaccatcag
caatctcttaatgaaagatgagaaggtttagtaatcaataggaagtgtta
attcatttctgtcctttggatagaatgtgcgtctccttgtaggttaatgt
aactgtggtggctgctgggagactcagaattccttatgaaaggaatagga
aagctagaataagagtttactaataaaaataagctacaaaggtgttcata
gatcaccgttactttaaaggtcatttagcagctcttcctaccacatgttc
actttgaaattacaccaactgctgcatttataccttaagtgaataaggga
gaacgggagtctttt

gaattctttctttaaaggggaagacaggttcaataatagagactcacaaa
tggaagaataaaagaaatacatagttttgcttttgcaaacatactgaagt
ggaaaatagaaaagccaaaatcaacaatagggacaacaacaaaaaatacc
acatccatttggactaaaatacatgtatatataacacaactttccaagca
taaaacgaaaagtctagccaagggaatgaaagaaataccttttaaaaaac
tgctgaaataggcctgttgttgaaatagttttatttcccctttagaagat
ctatttactgcaattctgggagcgagagggacgattttgaataaagaata
gagccatttaagatgttgtgcacagtgccagaatttatgaagaccagttc
gaattaaaactaaatgtcatccagcaaatagaagccaacagaaatgtaca
tttcatttattgtattgggagttggggagggcagcagggatgggcttaca
ctaaacagaactcttttatatggcacagatttttatatggacaacataca
ctttgcaaaatcatgcctcaatactagctgttcagtttaattcaccagtt
tccagaagttgaaatcctacctttactttgacgcaggacaagaagaaagg
tgttcaatgcattcattctttcaacaaattagtaatcaccacagttattt
tgctgggtgttattatagacacttataaagtcctttgcaagtctgtattt
cttgtctttagatgtttctagaaatgggatagataatatattaacaagaa
tggtatgtgtagtggttagttttaagtgccaacttgacataatctaaaat
cacctgggaaaaatagtctcactgagagattgtctagatcaagttggcct
gtgggcttgtgtgtcaaggattggcttaattgaatcagttatcctgggaa
gactcatcatctaccaagggtggtaccattccctgggcttaggtttgtag
aagagggggctgagcacaagtagcgtgatgtggttcagctctgttctgtt
ttggctgttgatgtgatggtgagtagcctcttggctgcctaactttcccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_40089776_40090932
seq2: B6Ng01-334B17.b_46_1210

seq1  GAATTCTTCTCTACAAGCCTTCTCTGAACTCTGTCAGCTACCATCTTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTCTACAAGCCTTCTCTGAACTCTGTCAGCTACCATCTTTTG  50

seq1  AGCCTGAAATTTGAATTTTCCTGCTCTCAGTGAAGATAATACATCTAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGAAATTTGAATTTTCCTGCTCTCAGTGAAGATAATACATCTAAAA  100

seq1  CTATGCTTGAGGCCACAAACCTGCTATGTTATTTTAGCATTAAAACACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCTTGAGGCCACAAACCTGCTATGTTATTTTAGCATTAAAACACCA  150

seq1  CTTTCCCCCAACAAAACAAATGAATAAGTGATGTTTGTACTTTAAAGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCCCCAACAAAACAAATGAATAAGTGATGTTTGTACTTTAAAGCAG  200

seq1  AAAAAAAAATATATACAGTACTGACTACAACAAAATTCCCATGCAGGCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAATATATACAGTACTGACTACAACAAAATTCCCATGCAGGCTA  250

seq1  TATAATGCTGGTGTTGACTAAATAAAAGCAAAGGGGATCAAAGCAGAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATGCTGGTGTTGACTAAATAAAAGCAAAGGGGATCAAAGCAGAGAG  300

seq1  GCAAATTCTAATAGAGTGTATGTCCACTTATTTCAGCAACACAGTTTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATTCTAATAGAGTGTATGTCCACTTATTTCAGCAACACAGTTTCTC  350

seq1  CATCACAGAGCTGTTGAAGCAGAATCCATATTGAAAGTAGTGCATATTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACAGAGCTGTTGAAGCAGAATCCATATTGAAAGTAGTGCATATTGT  400

seq1  TTTAGCTTAGATTCATAAAGAAATGAACAGCTGCACTCTTTATTAGATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCTTAGATTCATAAAGAAATGAACAGCTGCACTCTTTATTAGATCT  450

seq1  AATCTAAATACCTGCTCTTTGTGCTCTGTGCTAGGAGATATTTATGTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAAATACCTGCTCTTTGTGCTCTGTGCTAGGAGATATTTATGTTAT  500

seq1  CAATTCAAGTTTATACTAAGCATCAGGAGGAACACTCCATGTAGCTCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCAAGTTTATACTAAGCATCAGGAGGAACACTCCATGTAGCTCTGC  550

seq1  TGACTCAAAATAATGACTTGTAAGGGAGCTCTAATGACAGAACAAGGGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCAAAATAATGACTTGTAAGGGAGCTCTAATGACAGAACAAGGGGC  600

seq1  AATTATAGACACAGCATGAGGCTTGGAATAACTGTGTGATGTATTCTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATAGACACAGCATGAGGCTTGGAATAACTGTGTGATGTATTCTGTG  650

seq1  CACTTGATTGACCTCATCTTCAAGTTCATTTGTGCCTCACTGTTGTAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGATTGACCTCATCTTCAAGTTCATTTGTGCCTCACTGTTGTAGAC  700

seq1  ACAGCCTATGCCTCTGGGTATATGCCTTGTTAATTTCAATATAAGAAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCTATGCCTCTGGGTATATGCCTTGTTAATTTCAATATAAGAAGAC  750

seq1  AGAGTGGATTAGACACAATGGCTCAGAGAAAACTATGGTGCACTGGTACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGGATTAGACACAATGGCTCAGAGAAAACTATGGTGCACTGGTACT  800

seq1  TGGCAAAAAAAAGTGATGACGCACTGGGGTCTACCAGAAGAAACCATCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAAAAAAAGTGATGACGCACTGGGGTCTACCAGAAGAAACCATCAG  850

seq1  CAATCTCTTAATGAAAGATGAGAAGGTTTAGTAATCAATAGGAAGTGTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTCTTAATGAAAGATGAGAAGGTTTAGTAATCAATAGGAAGTGTTA  900

seq1  ATTCATTTCTGTCCTTTGGATAGAATGTGCGTCTCCTTGTAGGTTAATGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTTCTGTCCTTTGGATAGAATGTGCGTCTCCTTGTAGGTTAATGT  950

seq1  AACTGTGGTGGCTGCTGGGAGACTCAGAATTCCTTATGAAAAGGAATAGG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AACTGTGGTGGCTGCTGGGAGACTCAGAATTCCTTATG-AAAGGAATAGG  999

seq1  AAAGCTAAGAATAAGAGTTTACT-ATAAAATAAGGCTACAAAGGTGTTCA  1049
      |||||| |||||||||||||||| ||||||  | ||||||||||||||||
seq2  AAAGCT-AGAATAAGAGTTTACTAATAAAAATAAGCTACAAAGGTGTTCA  1048

seq1  TAGATCA-CGTTACTTTAAA-GTCATTTAGCAGGCTCTT-CTA-CACATG  1095
      ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||||
seq2  TAGATCACCGTTACTTTAAAGGTCATTTAGCA-GCTCTTCCTACCACATG  1097

seq1  -TCACTTTGAAA-TACACC-ACTGCTGCA-TTATAACTT-AGTGAAT-AG  1139
       ||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| ||| ||||||| ||
seq2  TTCACTTTGAAATTACACCAACTGCTGCATTTATACCTTAAGTGAATAAG  1147

seq1  GGAGAAAGGGAGTCTTTT  1157
      |||||| |||||||||||
seq2  GGAGAACGGGAGTCTTTT  1165


seq1: chr11_40265735_40266882
seq2: B6Ng01-334B17.g_69_1168 (reverse)

seq1  GGGGAAAGGTTTACTTTAGCTCAGAGTTTAAGCTTATAGTCGCTCACTGT  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  GGGGAAGTTAAGGCAG-CAAGA-GCTACTCA-CATCACATCAACAGCCAA  97
      ||||||  | |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| |
seq2  GGGGAAAGTTAGGCAGCCAAGAGGCTACTCACCATCACATCAACAGCC-A  49

seq1  AAACAG-ACAGAGCTGAA-CACATTCACGCTTACTTGTGCTCAGCCCCCT  145
      |||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAACAGAGCTGAACCACA-TCACGC-TACTTGTGCTCAGCCCCCT  97

seq1  C-TCTACAAAACCTAAGCCCAGGGAATGGTACCACCCTTGGTAGATGATG  194
      | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAC-AAACCTAAGCCCAGGGAATGGTACCACCCTTGGTAGATGATG  146

seq1  AGTCTTCCCAGGATAACTGATTCAATTAAGCCAATCCCTGACACACAAGC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGTCTTCCCAGGATAACTGATTCAATTAAGCCAATCCTTGACACACAAGC  196

seq1  CCACAGGCCAACTTGATCTAGACAATCTCTCAGTGAGACTATTTTTCCCA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGGCCAACTTGATCTAGACAATCTCTCAGTGAGACTATTTTTCCCA  246

seq1  GGTGATTTTAGATTATGTCAAGTTGGCACTTAAAACTAACCACTACACAT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATTTTAGATTATGTCAAGTTGGCACTTAAAACTAACCACTACACAT  296

seq1  ACCATTCTTGTTAATATATTATCTATCCCATTTCTAGAAACATCTAAAGA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTCTTGTTAATATATTATCTATCCCATTTCTAGAAACATCTAAAGA  346

seq1  CAAGAAATACAGACTTGCAAAGGACTTTATAAGTGTCTATAATAACACCC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAATACAGACTTGCAAAGGACTTTATAAGTGTCTATAATAACACCC  396

seq1  AGCAAAATAACTGTGGTGATTACTAATTTGTTGAAAGAATGAATGCATTG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAATAACTGTGGTGATTACTAATTTGTTGAAAGAATGAATGCATTG  446

seq1  AACACCTTTCTTCTTGTCCTGCGTCAAAGTAAAGGTAGGATTTCAACTTC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCTTTCTTCTTGTCCTGCGTCAAAGTAAAGGTAGGATTTCAACTTC  496

seq1  TGGAAACTGGTGAATTAAACTGAACAGCTAGTATTGAGGCATGATTTTGC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACTGGTGAATTAAACTGAACAGCTAGTATTGAGGCATGATTTTGC  546

seq1  AAAGTGTATGTTGTCCATATAAAAATCTGTGCCATATAAAAGAGTTCTGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTATGTTGTCCATATAAAAATCTGTGCCATATAAAAGAGTTCTGT  596

seq1  TTAGTGTAAGCCCATCCCTGCTGCCCTCCCCAACTCCCAATACAATAAAT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTAAGCCCATCCCTGCTGCCCTCCCCAACTCCCAATACAATAAAT  646

seq1  GAAATGTACATTTCTGTTGGCTTCTATTTGCTGGATGACATTTAGTTTTA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTACATTTCTGTTGGCTTCTATTTGCTGGATGACATTTAGTTTTA  696

seq1  ATTCGAACTGGTCTTCATAAATTCTGGCACTGTGCACAACATCTTAAATG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGAACTGGTCTTCATAAATTCTGGCACTGTGCACAACATCTTAAATG  746

seq1  GCTCTATTCTTTATTCAAAATCGTCCCTCTCGCTCCCAGAATTGCAGTAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTATTCTTTATTCAAAATCGTCCCTCTCGCTCCCAGAATTGCAGTAA  796

seq1  ATAGATCTTCTAAAGGGGAAATAAAACTATTTCAACAACAGGCCTATTTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATCTTCTAAAGGGGAAATAAAACTATTTCAACAACAGGCCTATTTC  846

seq1  AGCAGTTTTTTAAAAGGTATTTCTTTCATTCCCTTGGCTAGACTTTTCGT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTTTTTTAAAAGGTATTTCTTTCATTCCCTTGGCTAGACTTTTCGT  896

seq1  TTTATGCTTGGAAAGTTGTGTTATATATACATGTATTTTAGTCCAAATGG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGCTTGGAAAGTTGTGTTATATATACATGTATTTTAGTCCAAATGG  946

seq1  ATGTGGTATTTTTTGTTGTTGTCCCTATTGTTGATTTTGGCTTTTCTATT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGTATTTTTTGTTGTTGTCCCTATTGTTGATTTTGGCTTTTCTATT  996

seq1  TTCCACTTCAGTATGTTTGCAAAAGCAAAACTATGTATTTCTTTTATTCT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTTCAGTATGTTTGCAAAAGCAAAACTATGTATTTCTTTTATTCT  1046

seq1  TCCATTTGTGAGTCTCTATTATTGAACCTGTCTTCCCCTTTAAAGAAAGA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTGTGAGTCTCTATTATTGAACCTGTCTTCCCCTTTAAAGAAAGA  1096

seq1  ATTC  1148
      ||||
seq2  ATTC  1100


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |