BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335A04
Chromosome11 (Build37)
Map Location 48,494,886 - 48,603,803
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667163, LOC432554
Upstream geneLOC100039647, LOC192895, Hn1l-ps2
Downstream geneGnb2l1, Trim41, LOC100039945, Trim7, Irgm, EG432555, OTTMUSG00000005523, Psme2b-ps, LOC667214, Tgtp, LOC667219, 9930111J21Rik, Olfr56, LOC100039796, Ifi47, Olfr1396, Olfr1395, Olfr1394, Btnl9, Zfp62, Mgat1, Olfr1393, Olfr1392, Olfr10, Olfr1391, Olfr1390, LOC667286, Olfr1389, Olfr1388, Olfr1387, Olfr1386, Olfr1385, Olfr1549-ps1, Olfr1384, Olfr1383, Olfr1382, GA_x5J8B7TT7LR-4113-3651, Olfr1381, Olfr1380, Flt4, LOC100040032, Scgb3a1, Cnot6, LOC666899, LOC100040073
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335A04.bB6Ng01-335A04.g
ACCGA120373GA120374
length1,1491,130
definitionB6Ng01-335A04.b B6Ng01-335A04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,494,886 - 48,496,029)(48,602,676 - 48,603,803)
sequence
gaattcaagttctggttctagtaaaattggtcctgtggctaagtgaacta
agtggtgtagttcaatgacagccaacatctaaaactgcctagagttgaat
gttctttcagatcaccaccgatcctccaccaccaccactaccccacactc
cttcccccagccccactccccatttcactccctaccccaacctctgttgc
cccccacacacatacaacagagggtaaaaaatctaggtccttataattcg
tgtggatctggatccggaaaaactaatcctgggaagaacttactttaggt
aaagcaactctctgctattcaaggggcttttcaaagagccaccaacactt
tcagcagccagaacatgacccccattcaaggcaagctgagtcgcatacac
attgtcctccatctgccatgggaataaatacataaataaatagtcaaaaa
gcaagacattcctgtgaccctctgggaagaaaaagggaatctgcagacat
caactgaatctagtcatttatccattcatcactttttaatgcctgccata
tgtcaagccgggaggtatggcacttatgaagcaggtcctgagtctatagc
aattacaataataatgctttttctttactgtttctaagggatggaagtaa
agataggaaaacagagacgagatatcaaatcacttgaagccaggatatat
tctcaggtgatctgtcacttgtcaacccagtatgaaaaggtgttaatttg
aatgaagaaaggggcagaacaatttcttcccctagcaatacatcaagctg
ttctcctggtgacctagcaggcttggcaaactgtgtacactgtacaaaat
tgaattcccaggtttggggaagcctaggcaggctcatggtacatgaggat
tttatttgcttttactcacttaaaatgcctcccactaaatttgttgtgcc
cttctcccccctgccttatggccccgagttagcactgcccagggtagagc
aaggtttacaacacaccaaattaaagcaaaattgtacccccagcagacag
gctctgggctttcaaggcagcagccagagcttcttcttgtcccctcaaat
tgctgctgtgaccctctccttccacattattgccttcagctagatccca
gaattctctctgtctctcctcccctcagcatgcgggttacagacatgtga
agtcttggtctcgattcgatctcggtccacgcaataacttcatttgagag
agagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagaa
atatctatggtggagtcactgaagtaggtggaggacctctgtgtgggaac
acagagaggaactgagacaaacttagtctcgaggttcctcagggtctgat
agataagtctagaaggtagatatgagcaggttagggattctgtgagcaga
aatccagaacagtgtattataaagtgtccccagacactagagattcgagc
tcttgggccctataaccagccaggctactgtgaggctcggaatggctctc
acgctgcatatcggatcccctaaaatgtatcatctattctttagacttgc
atcatttctcctagcagcacctcttgaagatgcaagtctggcttcttggc
ctggtgtcagagacccagacagggacctggctgcctcttttctatcttcc
tccaaatctgggctgtgtctggtttcatccctccttgtatgggggcatct
gctctgattatctccatgctgggctacgaggcctgtgtgcaaatacccgt
tctcacccttgtcacacaagtctggtagtacctatgtactctcaggaacg
ctcacgctaggcagaggcacaagagagactgaacatctggacatggacat
gtgtgaactaagcatttataacttggaaaagaacttgaacctctagggaa
catttggtcgaagtaagacaagaaagtgcagctgtctgggcaggacttga
accttgatcggggacagagcttgggtatttctgcctcccatgaaggctat
cacacatccgtgggacactttctctactacctctaagtgcttggaattac
tggtcttgcctctgtgtaagttatttaattgtgctatctcagaggcatat
tttattactatccacattctttatcatctttttttttggtgctgggagtc
aaaccttaggcaaccattttaattgtttatttatttatttggtttttcaa
gacaaggtttctcttgttatgccctggaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_48494886_48496029
seq2: B6Ng01-335A04.b_45_1193

seq1  GAATTCAAGTTCTGGTTCTAGTAAAATTGGTCCTGTGGCTAAGTGAACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTTCTGGTTCTAGTAAAATTGGTCCTGTGGCTAAGTGAACTA  50

seq1  AGTGGTGTAGTTCAATGACAGCCAACATCTAAAACTGCCTAGAGTTGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTGTAGTTCAATGACAGCCAACATCTAAAACTGCCTAGAGTTGAAT  100

seq1  GTTCTTTCAGATCACCACCGATCCTCCACCACCACCACTACCCCACACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTCAGATCACCACCGATCCTCCACCACCACCACTACCCCACACTC  150

seq1  CTTCCCCCAGCCCCACTCCCCATTTCACTCCCTACCCCAACCTCTGTTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCCAGCCCCACTCCCCATTTCACTCCCTACCCCAACCTCTGTTGC  200

seq1  CCCCCACACACATACAACAGAGGGTAAAAAATCTAGGTCCTTATAATTCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCACACACATACAACAGAGGGTAAAAAATCTAGGTCCTTATAATTCG  250

seq1  TGTGGATCTGGATCCGGAAAAACTAATCCTGGGAAGAACTTACTTTAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGATCTGGATCCGGAAAAACTAATCCTGGGAAGAACTTACTTTAGGT  300

seq1  AAAGCAACTCTCTGCTATTCAAGGGGCTTTTCAAAGAGCCACCAACACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAACTCTCTGCTATTCAAGGGGCTTTTCAAAGAGCCACCAACACTT  350

seq1  TCAGCAGCCAGAACATGACCCCCATTCAAGGCAAGCTGAGTCGCATACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGCCAGAACATGACCCCCATTCAAGGCAAGCTGAGTCGCATACAC  400

seq1  ATTGTCCTCCATCTGCCATGGGAATAAATACATAAATAAATAGTCAAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCCTCCATCTGCCATGGGAATAAATACATAAATAAATAGTCAAAAA  450

seq1  GCAAGACATTCCTGTGACCCTCTGGGAAGAAAAAGGGAATCTGCAGACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGACATTCCTGTGACCCTCTGGGAAGAAAAAGGGAATCTGCAGACAT  500

seq1  CAACTGAATCTAGTCATTTATCCATTCATCACTTTTTAATGCCTGCCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGAATCTAGTCATTTATCCATTCATCACTTTTTAATGCCTGCCATA  550

seq1  TGTCAAGCCGGGAGGTATGGCACTTATGAAGCAGGTCCTGAGTCTATAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAGCCGGGAGGTATGGCACTTATGAAGCAGGTCCTGAGTCTATAGC  600

seq1  AATTACAATAATAATGCTTTTTCTTTACTGTTTCTAAGGGATGGAAGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACAATAATAATGCTTTTTCTTTACTGTTTCTAAGGGATGGAAGTAA  650

seq1  AGATAGGAAAACAGAGACGAGATATCAAATCACTTGAAGCCAGGATATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGGAAAACAGAGACGAGATATCAAATCACTTGAAGCCAGGATATAT  700

seq1  TCTCAGGTGATCTGTCACTTGTCAACCCAGTATGAAAAGGTGTTAATTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGGTGATCTGTCACTTGTCAACCCAGTATGAAAAGGTGTTAATTTG  750

seq1  AATGAAGAAAGGGGCAGAACAATTTCTTCCCCTAGCAATACATCAAGCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGAAAGGGGCAGAACAATTTCTTCCCCTAGCAATACATCAAGCTG  800

seq1  TTCTCCTGGTGACCTAGCAGGCTTGGCAAACTGTGTACACTGTACAAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTGGTGACCTAGCAGGCTTGGCAAACTGTGTACACTGTACAAAAT  850

seq1  TGAATTCCCAGGTTTGGGGAAGCCTAGGCAGGCTCATGGTACATGAGGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCCCAGGTTTGGGGAAGCCTAGGCAGGCTCATGGTACATGAGGAT  900

seq1  TT--ATTGCTTTTACTCACTTAAAATGCCTCCCACTAAATTTGTTGTGCC  948
      ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTGCTTTTACTCACTTAAAATGCCTCCCACTAAATTTGTTGTGCC  950

seq1  CTTCTCCCCCCTGCC-TATGGCCCCGAGTTAAGCACTG-CCAGGGTAGAG  996
      ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  CTTCTCCCCCCTGCCTTATGGCCCCGAGTT-AGCACTGCCCAGGGTAGAG  999

seq1  CAAAGGTTAACAACACACCAAA-TAAAGCAAAATGTAACCCCAAGCAGAC  1045
      | |||||| ||||||||||||| |||||||||||   ||||| |||||||
seq2  C-AAGGTTTACAACACACCAAATTAAAGCAAAATTGTACCCCCAGCAGAC  1048

seq1  AGGCTCTGG--CTTCAAGGCAGCAG-CAGAGCTTCTTCCTG-CCCCTCAA  1091
      |||||||||   ||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||
seq2  AGGCTCTGGGCTTTCAAGGCAGCAGCCAGAGCTTCTTCTTGTCCCCTCAA  1098

seq1  A-TGCTTGGCTGTGACCCTCTC--TCCACATTAGTGCCTTCAGCCCTTAG  1138
      | ||||  ||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||   |||
seq2  ATTGCT--GCTGTGACCCTCTCCTTCCACATTATTGCCTTCAGC---TAG  1143

seq1  ATCCCA  1144
      ||||||
seq2  ATCCCA  1149

seq1: chr11_48602676_48603803
seq2: B6Ng01-335A04.g_65_1194 (reverse)

seq1  GTTCCAGGGC-TATACAGAGAAACCTTGTCTTGAAAAACCAAAATAAAAT  49
      |||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||| |||||||  
seq2  GTTCCAGGGCATAACAAGAGAAACCTTGTCTTGAAAAACC-AAATAAA--  47

seq1  AAAATAAACAAATAAAAATTGTTGCCT-AGGTTTGACTCCCAGCACC-AA  97
       |||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  TAAATAAAC-AATTAAAATGGTTGCCTAAGGTTTGACTCCCAGCACCAAA  96

seq1  AAAAAAGATGATAAAG-ATGTGATAAGTAAT-AAATATGCCTCTGAGATA  145
      |||||||||||||||| |||||   |||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGATGATAAAGAATGTGGATAGTAATAAAATATGCCTCTGAGATA  146

seq1  GCAC-ATTAAATAACTTACACAGAGGCAAGACCAGTAATTCCAAGCACTT  194
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAATTAAATAACTTACACAGAGGCAAGACCAGTAATTCCAAGCACTT  196

seq1  AGAGGTAGTAGAGAAAGTGTCCCACGGATGTGTGATAGCCTTCATGGGAG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTAGTAGAGAAAGTGTCCCACGGATGTGTGATAGCCTTCATGGGAG  246

seq1  GCAGAAATACCCAAGCTCTGTCCCCGATCAAGGTTCAAGTCCTGCCCAGA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAATACCCAAGCTCTGTCCCCGATCAAGGTTCAAGTCCTGCCCAGA  296

seq1  CAGCTGCACTTTCTTGTCTTACTTCGACCAAATGTTCCCTAGAGGTTCAA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGCACTTTCTTGTCTTACTTCGACCAAATGTTCCCTAGAGGTTCAA  346

seq1  GTTCTTTTCCAAGTTATAAATGCTTAGTTCACACATGTCCATGTCCAGAT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTTCCAAGTTATAAATGCTTAGTTCACACATGTCCATGTCCAGAT  396

seq1  GTTCAGTCTCTCTTGTGCCTCTGCCTAGCGTGAGCGTTCCTGAGAGTACA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGTCTCTCTTGTGCCTCTGCCTAGCGTGAGCGTTCCTGAGAGTACA  446

seq1  TAGGTACTACCAGACTTGTGTGACAAGGGTGAGAACGGGTATTTGCACAC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTACTACCAGACTTGTGTGACAAGGGTGAGAACGGGTATTTGCACAC  496

seq1  AGGCCTCGTAGCCCAGCATGGAGATAATCAGAGCAGATGCCCCCATACAA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTCGTAGCCCAGCATGGAGATAATCAGAGCAGATGCCCCCATACAA  546

seq1  GGAGGGATGAAACCAGACACAGCCCAGATTTGGAGGAAGATAGAAAAGAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGATGAAACCAGACACAGCCCAGATTTGGAGGAAGATAGAAAAGAG  596

seq1  GCAGCCAGGTCCCTGTCTGGGTCTCTGACACCAGGCCAAGAAGCCAGACT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCAGGTCCCTGTCTGGGTCTCTGACACCAGGCCAAGAAGCCAGACT  646

seq1  TGCATCTTCAAGAGGTGCTGCTAGGAGAAATGATGCAAGTCTAAAGAATA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCTTCAAGAGGTGCTGCTAGGAGAAATGATGCAAGTCTAAAGAATA  696

seq1  GATGATACATTTTAGGGGATCCGATATGCAGCGTGAGAGCCATTCCGAGC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATACATTTTAGGGGATCCGATATGCAGCGTGAGAGCCATTCCGAGC  746

seq1  CTCACAGTAGCCTGGCTGGTTATAGGGCCCAAGAGCTCGAATCTCTAGTG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGTAGCCTGGCTGGTTATAGGGCCCAAGAGCTCGAATCTCTAGTG  796

seq1  TCTGGGGACACTTTATAATACACTGTTCTGGATTTCTGCTCACAGAATCC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGGACACTTTATAATACACTGTTCTGGATTTCTGCTCACAGAATCC  846

seq1  CTAACCTGCTCATATCTACCTTCTAGACTTATCTATCAGACCCTGAGGAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCTGCTCATATCTACCTTCTAGACTTATCTATCAGACCCTGAGGAA  896

seq1  CCTCGAGACTAAGTTTGTCTCAGTTCCTCTCTGTGTTCCCACACAGAGGT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGAGACTAAGTTTGTCTCAGTTCCTCTCTGTGTTCCCACACAGAGGT  946

seq1  CCTCCACCTACTTCAGTGACTCCACCATAGATATTTCTCTCTCTCTCTCT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCACCTACTTCAGTGACTCCACCATAGATATTTCTCTCTCTCTCTCT  996

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAAATGAAGTTA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAAATGAAGTTA  1046

seq1  TTGCGTGGACCGAGATCGAATCGAGACCAAGACTTCACATGTCTGTAACC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCGTGGACCGAGATCGAATCGAGACCAAGACTTCACATGTCTGTAACC  1096

seq1  CGCATGCTGAGGGGAGGAGAGACAGAGAGAATTC  1128
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCATGCTGAGGGGAGGAGAGACAGAGAGAATTC  1130