BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335M07
Chromosome11 (Build37)
Map Location 65,469,358 - 65,622,855
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMap2k4, Zkscan6
Upstream geneLOC626959, Elac2, AU040829, 1700086D15Rik, LOC100041790, Myocd
Downstream geneDnahc9, Gm879, LOC668323
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335M07.bB6Ng01-335M07.g
ACCGA120889GA120890
length1,1401,120
definitionB6Ng01-335M07.b B6Ng01-335M07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,621,714 - 65,622,855)(65,469,358 - 65,470,481)
sequence
gaattcaagacaatcacactgcatgcatcagcctccccaatgctgatatt
aaaggagtgaggtgctgtcctgacttctagtacccaccaaagctaaaccc
cacagctctagtatgcttaatgaagtccataagaaatattcaggaaaaca
aaccatgtacacacatttcatacaattggaaacttcaagtatgtattctg
taaccacgatatcctaattagagttactattactattatgatgatgagac
atcacaaccaaaaagcaagttgggaggaaagggtttattcaggttacact
tctagatcatagtccatcactgaaggaagtcaggacaggaaggaactcaa
ccagggcaggatcctggaggcaggagctgatgcagtggccctgaaggagt
gctgcttgctagcttcctcctcccagcctgctttcttagagaactctcaa
gaccaccagcccaggatgctatcactcacaacccatgggcccttccccat
caatcactaattaaggatataccctacagccagatcttaaggaggcattt
tctcaactaaggttctctccattcagatgactcaatctgacataaactag
ccaggacagaatgtaattaaatgagaaatcaacaccaataagggatcttg
aaatcccaacttgtagaaattagtaatcagtggtcaaagacatcgcaatg
gaaattacaatatattttcacacaaaatgatcctgaaatcacagttgacc
aaatgttatgagcttagaacagcagctcaaaacctatgagttgagatcct
ttcatggggggttacctaggatcatgggaaaacacagatattcaaattat
aatctgtaacaatagcaaaattacagttatgaagtagcaacaaaaaatat
tttatgggttggagtcaccaccatgaaaagaactgcattaaagagtctca
gcattaggaagttgagaatcactggctaggagacaactttcaaagaagct
ctgtttttagaaattgaaatacacaaaaaccccttcactaactaattgat
ttcttgagcttacaaaaaataataaaaattccagtcaggtaattctacct
ggtcagaatggatcggaataagttcttaaacaaatctgga
gaattcctaatgcacaagccatgttggtccacagctactaggcaactgcc
atctgcctccaaactgtcccgtgcctgagtcctgaggtggctgagtacgt
cctgaccaaatcactgacaaaggaaaatgctgattttgtgagcgatgtat
gcattagagttaaaaaaaaaatgttactgtagaccttaattggaatggtt
ctactcatagagaccttgagtcgagaattatctgctgagtttccccagct
ttttatcatagccccgttagtgtaaatgagaagcgtttcctcacacgtgg
agaccagtttgactctgagttattaaagagtcggccttgatttagagaat
tactttacagggagaaaggcattttggccccattccttcatgaagggtag
cttaagttatttccggacaatatgttccaatgaaaaataatgtttagact
ggcctatgcactggaaaaacaaaaatgtgaatttcatatagttaactgaa
ggttttaaatattccagattcgtggaagctttttgtgtgtgtgagctgcc
atatggatgctgggaatggaacctggtgtcccatggaagagcaggtagtg
ttcttaactactgagagatctctcaggtcccctatatcagtttttaacca
atggaatgttagaattaagaggagctggaagcccacttgctcctttattc
tgcagaccaggaggctgagattcaggaaggtgatatcacttgcttcagtc
cactaaagctcagttacaaattctcactagcaacatctatgtgcaccagc
atctatgtacaccagcatctatgtgcaccctctttctggaagggagatcc
tcaggggaatcttcaggaatctagtctagcctcctgcatcatctctactc
aaaccctaaatatgttttcttgcattttcccagcaatttagagaaccaaa
aaaaagataattgagagaagatcctttgactttgggcctcagtttaactg
catgtacatccacaggatggcatgttgaatatccattgttagctcacagc
tgtctcacactgcactacactgatactctgtcttagccattggaatgtga
ttggcacatactgaacccga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_65621714_65622855
seq2: B6Ng01-335M07.b_49_1188 (reverse)

seq1  TCCAGATTTGTGTTAGGAACTAATTCTGAT-CAATCTGA-CAGGTAGAAA  48
      ||||||||||| ||| ||||| |||| ||| || ||||| ||||||||| 
seq2  TCCAGATTTGT-TTAAGAACTTATTCCGATCCATTCTGACCAGGTAGAA-  48

seq1  TTTTACTGACT-GAAATTTTATTATTTTTGTAAAACTCAGGAAATCATTT  97
       ||  |||||| ||| |||||||||||||   || |||| ||||||| ||
seq2  -TTACCTGACTGGAATTTTTATTATTTTTTGTAAGCTCAAGAAATCAATT  97

seq1  AGTTAGTGAAGGGG-TTTTGTGTATTTC-ATTTCTAAAAACAGAGCCTTC  145
      |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  AGTTAGTGAAGGGGTTTTTGTGTATTTCAATTTCTAAAAACAGAG-CTTC  146

seq1  TTTGAAAGTTGTCCTCCTAAGCCAGTGATTCTCAACCTTCCTAATGCTGA  195
      |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTTGAAAGTTGT-CTCCT-AGCCAGTGATTCTCAA-CTTCCTAATGCTGA  193

seq1  GACTCTTTAATGCAGTTCTTTTCATGGTGGTGACTCCCAACCATAAAATA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
seq2  GACTCTTTAATGCAGTTCTTTTCATGGTGGTGACTCCAACCCATAAAATA  243

seq1  TTTTTTGTTGCTACTTCATAACTGTAATTTTGCTATTGTTACAGATTATA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTGTTGCTACTTCATAACTGTAATTTTGCTATTGTTACAGATTATA  293

seq1  ATTTGAATATCTGTGTTTTCCCATGATCCTAGGTAACCCCCCATGAAAGG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAATATCTGTGTTTTCCCATGATCCTAGGTAACCCCCCATGAAAGG  343

seq1  ATCTCAACTCATAGGTTTTGAGCTGCTGTTCTAAGCTCATAACATTTGGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAACTCATAGGTTTTGAGCTGCTGTTCTAAGCTCATAACATTTGGT  393

seq1  CAACTGTGATTTCAGGATCATTTTGTGTGAAAATATATTGTAATTTCCAT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGTGATTTCAGGATCATTTTGTGTGAAAATATATTGTAATTTCCAT  443

seq1  TGCGATGTCTTTGACCACTGATTACTAATTTCTACAAGTTGGGATTTCAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGATGTCTTTGACCACTGATTACTAATTTCTACAAGTTGGGATTTCAA  493

seq1  GATCCCTTATTGGTGTTGATTTCTCATTTAATTACATTCTGTCCTGGCTA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCTTATTGGTGTTGATTTCTCATTTAATTACATTCTGTCCTGGCTA  543

seq1  GTTTATGTCAGATTGAGTCATCTGAATGGAGAGAACCTTAGTTGAGAAAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATGTCAGATTGAGTCATCTGAATGGAGAGAACCTTAGTTGAGAAAA  593

seq1  TGCCTCCTTAAGATCTGGCTGTAGGGTATATCCTTAATTAGTGATTGATG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCCTTAAGATCTGGCTGTAGGGTATATCCTTAATTAGTGATTGATG  643

seq1  GGGAAGGGCCCATGGGTTGTGAGTGATAGCATCCTGGGCTGGTGGTCTTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGGCCCATGGGTTGTGAGTGATAGCATCCTGGGCTGGTGGTCTTG  693

seq1  AGAGTTCTCTAAGAAAGCAGGCTGGGAGGAGGAAGCTAGCAAGCAGCACT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTCTCTAAGAAAGCAGGCTGGGAGGAGGAAGCTAGCAAGCAGCACT  743

seq1  CCTTCAGGGCCACTGCATCAGCTCCTGCCTCCAGGATCCTGCCCTGGTTG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGGGCCACTGCATCAGCTCCTGCCTCCAGGATCCTGCCCTGGTTG  793

seq1  AGTTCCTTCCTGTCCTGACTTCCTTCAGTGATGGACTATGATCTAGAAGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCTTCCTGTCCTGACTTCCTTCAGTGATGGACTATGATCTAGAAGT  843

seq1  GTAACCTGAATAAACCCTTTCCTCCCAACTTGCTTTTTGGTTGTGATGTC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCTGAATAAACCCTTTCCTCCCAACTTGCTTTTTGGTTGTGATGTC  893

seq1  TCATCATCATAATAGTAATAGTAACTCTAATTAGGATATCGTGGTTACAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCATCATAATAGTAATAGTAACTCTAATTAGGATATCGTGGTTACAG  943

seq1  AATACATACTTGAAGTTTCCAATTGTATGAAATGTGTGTACATGGTTTGT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATACTTGAAGTTTCCAATTGTATGAAATGTGTGTACATGGTTTGT  993

seq1  TTTCCTGAATATTTCTTATGGACTTCATTAAGCATACTAGAGCTGTGGGG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGAATATTTCTTATGGACTTCATTAAGCATACTAGAGCTGTGGGG  1043

seq1  TTTAGCTTTGGTGGGTACTAGAAGTCAGGACAGCACCTCACTCCTTTAAT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCTTTGGTGGGTACTAGAAGTCAGGACAGCACCTCACTCCTTTAAT  1093

seq1  ATCAGCATTGGGGAGGCTGATGCATGCAGTGTGATTGTCTTGAATTC  1142
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCATTGGGGAGGCTGATGCATGCAGTGTGATTGTCTTGAATTC  1140

seq1: chr11_65469358_65470481
seq2: B6Ng01-335M07.g_70_1189

seq1  GAATTCCTAATGCACAAGCCATGTTGGTCCACAGCTACTAGGCAACTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAATGCACAAGCCATGTTGGTCCACAGCTACTAGGCAACTGCC  50

seq1  ATCTGCCTCCAAACTGTCCCGTGCCTGAGTCCTGAGGTGGCTGAGTACGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCCTCCAAACTGTCCCGTGCCTGAGTCCTGAGGTGGCTGAGTACGT  100

seq1  CCTGACCAAATCACTGACAAAGGAAAATGCTGATTTTGTGAGCGATGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACCAAATCACTGACAAAGGAAAATGCTGATTTTGTGAGCGATGTAT  150

seq1  GCATTAGAGTTAAAAAAAAAATGTTACTGTAGACCTTAATTGGAATGGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTAGAGTTAAAAAAAAAATGTTACTGTAGACCTTAATTGGAATGGTT  200

seq1  CTACTCATAGAGACCTTGAGTCGAGAATTATCTGCTGAGTTTCCCCAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCATAGAGACCTTGAGTCGAGAATTATCTGCTGAGTTTCCCCAGCT  250

seq1  TTTTATCATAGCCCCGTTAGTGTAAATGAGAAGCGTTTCCTCACACGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATCATAGCCCCGTTAGTGTAAATGAGAAGCGTTTCCTCACACGTGG  300

seq1  AGACCAGTTTGACTCTGAGTTATTAAAGAGTCGGCCTTGATTTAGAGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGTTTGACTCTGAGTTATTAAAGAGTCGGCCTTGATTTAGAGAAT  350

seq1  TACTTTACAGGGAGAAAGGCATTTTGGCCCCATTCCTTCATGAAGGGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTACAGGGAGAAAGGCATTTTGGCCCCATTCCTTCATGAAGGGTAG  400

seq1  CTTAAGTTATTTCCGGACAATATGTTCCAATGAAAAATAATGTTTAGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGTTATTTCCGGACAATATGTTCCAATGAAAAATAATGTTTAGACT  450

seq1  GGCCTATGCACTGGAAAAACAAAAATGTGAATTTCATATAGTTAACTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTATGCACTGGAAAAACAAAAATGTGAATTTCATATAGTTAACTGAA  500

seq1  GGTTTTAAATATTCCAGATTCGTGGAAGCTTTTTGTGTGTGTGAGCTGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTAAATATTCCAGATTCGTGGAAGCTTTTTGTGTGTGTGAGCTGCC  550

seq1  ATATGGATGCTGGGAATGGAACCTGGTGTCCCATGGAAGAGCAGGTAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGATGCTGGGAATGGAACCTGGTGTCCCATGGAAGAGCAGGTAGTG  600

seq1  TTCTTAACTACTGAGAGATCTCTCAGGTCCCCTATATCAGTTTTTAACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAACTACTGAGAGATCTCTCAGGTCCCCTATATCAGTTTTTAACCA  650

seq1  ATGGAATGTTAGAATTAAGAGGAGCTGGAAGCCCACTTGCTCCTTTATTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATGTTAGAATTAAGAGGAGCTGGAAGCCCACTTGCTCCTTTATTC  700

seq1  TGCAGACCAGGAGGCTGAGATTCAGGAAGGTGATATCACTTGCTTCAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGACCAGGAGGCTGAGATTCAGGAAGGTGATATCACTTGCTTCAGTC  750

seq1  CACTAAGGCTCAGTTACAAATTCTCACTAGCAACATCTATGTGCACCAGC  800
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAAGCTCAGTTACAAATTCTCACTAGCAACATCTATGTGCACCAGC  800

seq1  ATCTATGTACACCAGCATCTATGTGCACCCTCTTTCTGGAAGGGAGATCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATGTACACCAGCATCTATGTGCACCCTCTTTCTGGAAGGGAGATCC  850

seq1  TCAGGGGAATCTTCAGGAATCTAGTCTAGCCTCCTGCATCAGTCTCTACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCAGGGGAATCTTCAGGAATCTAGTCTAGCCTCCTGCATCA-TCTCTACT  899

seq1  CAAACCCTAAAATATTGTTTTCTTGCATTTTCCCAGCAAATTTAGAGAAA  950
      |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  CAAACCCT-AAATA-TGTTTTCTTGCATTTTCCCAGC-AATTTAGAG-AA  945

seq1  CAAAAAAAAAGATTAATTGAGAGAAGATCTTTGAACTTTGGGCCTCAGTT  1000
      | |||||||||| |||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||
seq2  CCAAAAAAAAGA-TAATTGAGAGAAGATCCTTTGACTTTGGGCCTCAGTT  994

seq1  TAACTGCATGTACATCCACAGGATGGCATG-TGGATATTCAATGTTAGCT  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||| || |||| || ||||||||
seq2  TAACTGCATGTACATCCACAGGATGGCATGTTGAATATCCATTGTTAGCT  1044

seq1  TCAACAGCTGTCTC-CACTGCACTACACTGAT-CTCTGTTCTTAGCCAAA  1097
         ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||  
seq2  --CACAGCTGTCTCACACTGCACTACACTGATACTCTG-TCTTAGCCATT  1091

seq1  TGAATGTGATTGG--CATACTGAACCCGA  1124
       ||||||||||||  ||||||||||||||
seq2  GGAATGTGATTGGCACATACTGAACCCGA  1120