BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-339G23
Chromosome11 (Build37)
Map Location 19,072,548 - 19,177,250
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC627696, LOC627716, LOC665796, Meis1
Downstream geneLOC635455, LOC100042708, Glns-ps1, LOC665868, LOC100041937, Spred2, Actr2, Rab1, Cep68
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-339G23.bB6Ng01-339G23.g
ACCGA123432GA123433
length985614
definitionB6Ng01-339G23.b B6Ng01-339G23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,176,277 - 19,177,250)(19,072,548 - 19,073,161)
sequence
gaattcttgtttcacaattgaggttgtatgacactacacctttctcaaaa
ctcactaaagtgtgtgccttgtatgtcaacagtatataaaagaaagacaa
aaatcatgacccttagtgagaatgcagccagtcaacagaaacacgatgct
gacatggtagaggtggtaggactggcagccaggctttaaaagagctactg
ttaaatggagaacattcacttatttatctttactttgtgaagaaaagaag
tttctgtagtttgtgcttctggggttaagagcatttcattcccattggct
ggtgatgtcataagatttcttgacaatatgatcattggcattatatatga
gacagaggaggagggagagggacatatatgaagttacatattctctctcc
tccccatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagacaga
cagaaaaaatcctgagcctgagatggggaacatacttgacttaagggctg
gagatcactgcttttataataatcagtgcagaatatgtgatacatagagg
aaaaccatagaagcaagaagctggagaaagatccttgttctgctcagaat
aatcatgaaaggaagcacggcaatctatctcataactaaatgctgataag
cagtgacaaagggagaatcttgaaaatagccagaaatccatgcccataaa
tcgaacatcttaggtgcaaagaaaaaaattgtgagagatatgaatcttta
aaactctttcaagatgaaacaagtactcgaggaggtctatatctgttaaa
ggaatttaaactcctaatttaaaacctcttccaagaaagatgaggctcag
ctcactcaccagtgaattctgccagcactgaagaaagaaatggtgcccaa
acacacagcaaggtttctcagaaataggggtaggggtgatttatatctta
tggaattgctcattgcccttggtctggcaatatag
gaattcttttaaccaatcctgggccttgaactcagggccttgcatgtggc
agacaaatattcttccaaggagccacatctccagcctcccagatagtttt
cagtgcacttactttaaaccaagtgcaaaaacattatatgactgataata
tttatctgaatttcatgctatatggattaaatggtagagtgtctgggatt
tatctttaaatattccagaaaaaaaaaaagggtgggcagtgaggatctct
ttaaaagaacaaaacaaaacaaataaacaaaaacaatattagttcaacat
tagtaaatgttagttactgaatttggatgattggcttaagagaactgatt
tctttctttctgtctttgacttagaaattttgtgaatgttaaaaaacaaa
caaattatatatttcctatgtctgtctcccttggacttactaagccagaa
ctgctgtgtacccagatatgatcttctagttatgatggatatgttgggtt
gaattggggtgagagacaggctggagacagagtgacatcatcttagctgg
gggagggggccggagacacagagatacagagaggctggactaggcagtga
ggtgcatactccat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_19176277_19177250
seq2: B6Ng01-339G23.b_41_1025 (reverse)

seq1  CTATATACCCAG-CCAA-GGCAATG-GCAATTCCATAAGATATAAATCAC  47
      ||||||  |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATTGCCAGACCAAGGGCAATGAGCAATTCCATAAGATATAAATCAC  50

seq1  CCCTACCCCTATTTCTG-GAAACCTTGCTGTGTGTTT-GGCACCATTTCT  95
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCCTACCCCTATTTCTGAGAAACCTTGCTGTGTGTTTGGGCACCATTTCT  100

seq1  TTCTTCAGTGCTGGCAGAATTCACTGGTGAGTGAGCTGAGCCTCATCTTT  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCAGTGCTGGCAGAATTCACTGGTGAGTGAGCTGAGCCTCATCTTT  150

seq1  CTTGGA--GGGTTTTAAATTAGGAGTTT-AATTCCTTTAACAGATATAGA  192
      ||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAAGAGGTTTTAAATTAGGAGTTTAAATTCCTTTAACAGATATAGA  200

seq1  CCTCCTCGAGTACTTGTTTCATCTTGAAAGAGTTTTAAAGATTCATATCT  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCGAGTACTTGTTTCATCTTGAAAGAGTTTTAAAGATTCATATCT  250

seq1  CTCACAA-TTTTTTCTTTGCACCTAAGATGTTCGATTTATGGGCATGGAT  291
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAATTTTTTTCTTTGCACCTAAGATGTTCGATTTATGGGCATGGAT  300

seq1  TTCTGGCTATTTTCAAGATTCTCCCTTTGTCACTGCTTATCAGCATTTAG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGCTATTTTCAAGATTCTCCCTTTGTCACTGCTTATCAGCATTTAG  350

seq1  TTATGAGATAGATTGCCGTGCTTCCTTTCATGATTATTCTGAGCAGAACA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGATAGATTGCCGTGCTTCCTTTCATGATTATTCTGAGCAGAACA  400

seq1  AGGATCTTTCTCCAGCTTCTTGCTTCTATGGTTTTCCTCTATGTATCACA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCTTTCTCCAGCTTCTTGCTTCTATGGTTTTCCTCTATGTATCACA  450

seq1  TATTCTGCACTGATTATTATAAAAGCAGTGATCTCCAGCCCTTAAGTCAA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTGCACTGATTATTATAAAAGCAGTGATCTCCAGCCCTTAAGTCAA  500

seq1  GTATGTTCCCCATCTCAGGCTCAGGATTTTTTCTGTCTGTCTATCTATCT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTTCCCCATCTCAGGCTCAGGATTTTTTCTGTCTGTCTATCTATCT  550

seq1  ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGGGGAGGAGAGAGAATATGT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGGGGAGGAGAGAGAATATGT  600

seq1  AACTTCATATATGTCCCTCTCCCTCCTCCTCTGTCTCATATATAATGCCA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCATATATGTCCCTCTCCCTCCTCCTCTGTCTCATATATAATGCCA  650

seq1  ATGATCATATTGTCAAGAAATCTTATGACATCACCAGCCAATGGGAATGA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCATATTGTCAAGAAATCTTATGACATCACCAGCCAATGGGAATGA  700

seq1  AATGCTCTTAACCCCAGAAGCACAAACTACAGAAACTTCTTTTCTTCACA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTCTTAACCCCAGAAGCACAAACTACAGAAACTTCTTTTCTTCACA  750

seq1  AAGTAAAGATAAATAAGTGAATGTTCTCCATTTAACAGTAGCTCTTTTAA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAAGATAAATAAGTGAATGTTCTCCATTTAACAGTAGCTCTTTTAA  800

seq1  AGCCTGGCTGCCAGTCCTACCACCTCTACCATGTCAGCATCGTGTTTCTG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGCTGCCAGTCCTACCACCTCTACCATGTCAGCATCGTGTTTCTG  850

seq1  TTGACTGGCTGCATTCTCACTAAGGGTCATGATTTTTGTCTTTCTTTTAT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTGGCTGCATTCTCACTAAGGGTCATGATTTTTGTCTTTCTTTTAT  900

seq1  ATACTGTTGACATACAAGGCACACACTTTAGTGAGTTTTGAGAAAGGTGT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGTTGACATACAAGGCACACACTTTAGTGAGTTTTGAGAAAGGTGT  950

seq1  AGTGTCATACAA-CTCAATTGTGAAAC-AGAATTC  974
      |||||||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  AGTGTCATACAACCTCAATTGTGAAACAAGAATTC  985

seq1: chr11_19072548_19073161
seq2: B6Ng01-339G23.g_68_681

seq1  GAATTCTTTTAACCAATCCTGGGCCTTGAACTCAGGGCCTTGCATGTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTAACCAATCCTGGGCCTTGAACTCAGGGCCTTGCATGTGGC  50

seq1  AGACAAATATTCTTCCAAGGAGCCACATCTCCAGCCTCCCAGATAGTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAATATTCTTCCAAGGAGCCACATCTCCAGCCTCCCAGATAGTTTT  100

seq1  CAGTGCACTTACTTTAAACCAAGTGCAAAAACATTATATGACTGATAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCACTTACTTTAAACCAAGTGCAAAAACATTATATGACTGATAATA  150

seq1  TTTATCTGAATTTCATGCTATATGGATTAAATGGTAGAGTGTCTGGGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTGAATTTCATGCTATATGGATTAAATGGTAGAGTGTCTGGGATT  200

seq1  TATCTTTAAATATTCCAGAAAAAAAAAAAGGGTGGGCAGTGAGGATCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTTAAATATTCCAGAAAAAAAAAAAGGGTGGGCAGTGAGGATCTCT  250

seq1  TTAAAAGAACAAAACAAAACAAATAAACAAAAACAATATTAGTTCAACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGAACAAAACAAAACAAATAAACAAAAACAATATTAGTTCAACAT  300

seq1  TAGTAAATGTTAGTTACTGAATTTGGATGATTGGCTTAAGAGAACTGATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAATGTTAGTTACTGAATTTGGATGATTGGCTTAAGAGAACTGATT  350

seq1  TCTTTCTTTCTGTCTTTGACTTAGAAATTTTGTGAATGTTAAAAAACAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTTTCTGTCTTTGACTTAGAAATTTTGTGAATGTTAAAAAACAAA  400

seq1  CAAATTATATATTTCCTATGTCTGTCTCCCTTGGACTTACTAAGCCAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTATATATTTCCTATGTCTGTCTCCCTTGGACTTACTAAGCCAGAA  450

seq1  CTGCTGTGTACCCAGATATGATCTTCTAGTTATGATGGATATGTTGGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTGTACCCAGATATGATCTTCTAGTTATGATGGATATGTTGGGTT  500

seq1  GAATTGGGGTGAGAGACAGGCTGGAGACAGAGTGACATCATCTTAGCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGGGGTGAGAGACAGGCTGGAGACAGAGTGACATCATCTTAGCTGG  550

seq1  GGGAGGGGGCCGGAGACACAGAGATACAGAGAGGCTGGACCAGGCAGTGA  600
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGGAGGGGGCCGGAGACACAGAGATACAGAGAGGCTGGACTAGGCAGTGA  600

seq1  GGTGCATACTCCAT  614
      ||||||||||||||
seq2  GGTGCATACTCCAT  614