BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-340C12
Chromosome11 (Build37)
Map Location 39,986,193 - 40,132,902
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC100039241, LOC382508, LOC432549, Mat2b, Hmmr, Nudcd2, Ccng1, LOC100039256
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-340C12.bB6Ng01-340C12.g
ACCGA123945GA123946
length8281,188
definitionB6Ng01-340C12.b B6Ng01-340C12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,986,193 - 39,987,020)(40,131,699 - 40,132,902)
sequence
gaattcaaatctggcactgtaaacttagtaaaaatcatgtgactagggag
gtaataggataaacctattattgtgaggttgctaagtagacatgctattc
aactgccttctaaataactttgcttacatgcataggttaatgctacctca
accttggccagaaaaaacttttctccatagtagacagcagttaatccaga
gatgcataattggtcagagtgctgaggacaaatgactattgaacccttga
tttcagatagaacttcgatatcaaaactcctccaatactccaaagcttaa
gaaacatcacagaagacatatctgaaagaatataagagctggaggatggg
aacaacatgataggtacactcataaaatcactacataagctaaacagtgc
tgctgattgaatatataagatcaagccaacaagatcacttgagggtggta
aaagggtaggcagatgtgttaggagtagataagtttgagatccattgttc
acatgtatgaaattgtcaaataataaataaagaacattataagtaaaagt
ggtttaggatttttctaatgctggccattaacaaaatacaacataatact
tgtcattcaaacttgtactcagttttaaaagcatagtagagtttgatggg
aacatcaaaagttgtgtacttagctttggactcaacttataaaaccatga
gaataagaaacaggatgcatagataggtgaatttagttgttcatactaag
ttatcaacttgaagtactatgagtagaaaagagtcaaactaaagtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg

gaattcatttccttgggttgcaattatgtgacttgagtcttggacttcat
tgatagtacctgtgatgtgtaatttctcttttaattgtaatggtatattg
gtgacaagaagaaaactgtgcaaatcattccaaagaataatataaataca
ttctcttatatatacataagatagtgcatccataaagattctgatataaa
ctttgtttcagactattttttaaaaattgataacttgctcttgtgactgt
tactgggtctcaaagacacagaaaagagaatacaaatgtgagtgattggt
gagttatctgacaacgttccagcattgcacagattgtattatttaaatct
ttccttcacattccaagggtttcttaatcacccgtggtatgaaagacttt
cctatacttctgttgaagcaggtctgaatagagaaggaagaaattcttac
atattctaagacatcttaagatatacagggttagttatccaggaaattat
tgtctgggaggatgactctatttgatacttttgatttattatcattggac
cttatacagaagagaaggatagtccaagaatactaacgtgtcatgaatgt
gatttaaagattttcaagtgggaagaaagttttcattctaataaaagaaa
ggagacagaataatcatcaggaaatgtcccatgtcctagtaatgaatttt
acccatctctttgttactgccagccttccttaatatgttttttcaaatta
caataactctcagaatttaaatattctaatcaaagttactggtgccatat
tgaaaggaggcaaatgaatgattaaagtcacagtcgtgccattcaggcat
ctcattgtattcataaagaattttagagaaattcagctctgtaatctggt
ggattcaagggtattttctttcttctttatttctgcttctattgagtgaa
cttgaccacgagtcatggcaatttatgaagctagtacatttcctatgatg
tcatatagtaattttaataaaatttactctttatgtgagccacttggatc
acatctgtcaccatgacaactagttgtttattagtatgcaggagctagga
tttccatcctaagattggacccctaatgcttactatttaagccttcccaa
gttagcttagcatgttcaatgaggttacaggagttcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_39986193_39987020
seq2: B6Ng01-340C12.b_33_860

seq1  GAATTCAAATCTGGCACTGTAAACTTAGTAAAAATCATGTGACTAGGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATCTGGCACTGTAAACTTAGTAAAAATCATGTGACTAGGGAG  50

seq1  GTAATAGGATAAACCTATTATTGTGAGGTTGCTAAGTAGACATGCTATTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAGGATAAACCTATTATTGTGAGGTTGCTAAGTAGACATGCTATTC  100

seq1  AACTGCCTTCTAAATAACTTTGCTTACATGCATAGGTTAATGCTACCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCCTTCTAAATAACTTTGCTTACATGCATAGGTTAATGCTACCTCA  150

seq1  ACCTTGGCCAGAAAAAACTTTTCTCCATAGTAGACAGCAGTTAATCCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGGCCAGAAAAAACTTTTCTCCATAGTAGACAGCAGTTAATCCAGA  200

seq1  GATGCATAATTGGTCAGAGTGCTGAGGACAAATGACTATTGAACCCTTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCATAATTGGTCAGAGTGCTGAGGACAAATGACTATTGAACCCTTGA  250

seq1  TTTCAGATAGAACTTCGATATCAAAACTCCTCCAATACTCCAAAGCTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGATAGAACTTCGATATCAAAACTCCTCCAATACTCCAAAGCTTAA  300

seq1  GAAACATCACAGAAGACATATCTGAAAGAATATAAGAGCTGGAGGATGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACATCACAGAAGACATATCTGAAAGAATATAAGAGCTGGAGGATGGG  350

seq1  AACAACATGATAGGTACACTCATAAAATCACTACATAAGCTAAACAGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACATGATAGGTACACTCATAAAATCACTACATAAGCTAAACAGTGC  400

seq1  TGCTGATTGAATATATAAGATCAAGCCAACAAGATCACTTGAGGGTGGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGATTGAATATATAAGATCAAGCCAACAAGATCACTTGAGGGTGGTA  450

seq1  AAAGGGTAGGCAGATGTGTTAGGAGTAGATAAGTTTGAGATCCATTGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGTAGGCAGATGTGTTAGGAGTAGATAAGTTTGAGATCCATTGTTC  500

seq1  ACATGTATGAAATTGTCAAATAATAAATAAAGAACATTATAAGTAAAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTATGAAATTGTCAAATAATAAATAAAGAACATTATAAGTAAAAGT  550

seq1  GGTTTAGGATTTTTCTAATGCTGGCCATTAACAAAATACAACATAATACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTAGGATTTTTCTAATGCTGGCCATTAACAAAATACAACATAATACT  600

seq1  TGTCATTCAAACTTGTACTCAGTTTTAAAAGCATAGTAGAGTTTGATGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTCAAACTTGTACTCAGTTTTAAAAGCATAGTAGAGTTTGATGGG  650

seq1  AACATCAAAAGTTGTGTACTTAGCTTTGGACTCAACTTATAAAACCATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCAAAAGTTGTGTACTTAGCTTTGGACTCAACTTATAAAACCATGA  700

seq1  GAATAAGAAACAGGATGCATAGATAGGTGAATTTAGTTGTTCATACTAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAGAAACAGGATGCATAGATAGGTGAATTTAGTTGTTCATACTAAG  750

seq1  TTATCAACTTGAAGTACTATGAGTAGAAAAGAGTCAAACTAAAGTGTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAACTTGAAGTACTATGAGTAGAAAAGAGTCAAACTAAAGTGTGTG  800

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  828
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  828


seq1: chr11_40131699_40132902
seq2: B6Ng01-340C12.g_64_1251 (reverse)

seq1  GTGAACTCCTGTAAAACCCTCAATTGAAAACATTGGCTAGGGCTTACTT-  49
      ||||||||||||||   |||| ||||  |||||  ||||  ||| |||| 
seq2  GTGAACTCCTGTAA---CCTC-ATTG--AACAT--GCTA-AGCTAACTTG  41

seq1  GGAAGCTTAAAATAGTACAGCATTAAGGGGTCAATTCTAGGAATGAAATC  99
      |||||  | |||||||| ||||||| |||  ||||  |||||  ||||||
seq2  GGAAGGCTTAAATAGTA-AGCATTAGGGGTCCAATCTTAGGATGGAAATC  90

seq1  TAGGCTCTGGCATACTAAT-AACAACTAGTTGTCATGGTGACCAGAATTG  148
         ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||
seq2  CTAGCTCCTGCATACTAATAAACAACTAGTTGTCATGGTGA-CAGA--TG  137

seq1  TGATCCAAGTGCCTCACATAAAGAGTAAATTTTATTAAAAATTACTATTA  198
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  TGATCCAAGTGGCTCACATAAAGAGTAAATTTTATT-AAAATTACTA-TA  185

seq1  TGACATCAATAGGAAATGTACTAGCTTCATAAATTGCCATGACTCGTGGT  248
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATC-ATAGGAAATGTACTAGCTTCATAAATTGCCATGACTCGTGGT  234

seq1  CAAGTTCACTCAATAGAAGCAGAAATAAAGAAGAAAGAAAATACCCTTGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTCACTCAATAGAAGCAGAAATAAAGAAGAAAGAAAATACCCTTGA  284

seq1  ATCCACCAGATTACAGAGCCTGAATTTCTCTAAAATTCTTTATGAATACA  348
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACCAGATTACAGAG-CTGAATTTCTCTAAAATTCTTTATGAATACA  333

seq1  ATGAGATGCCTGAATGGCACGACTGTGACTTTAATCATTCATTTGCCTCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATGCCTGAATGGCACGACTGTGACTTTAATCATTCATTTGCCTCC  383

seq1  TTTCAATATGGCACCAGTAACTTTGATTAGAATATTTAAATTCTGAGAGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATATGGCACCAGTAACTTTGATTAGAATATTTAAATTCTGAGAGT  433

seq1  TATTGTAATTTGAAAAAACATATTAAGGAAGGCTGGCAGTAACAAAGAGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTAATTTGAAAAAACATATTAAGGAAGGCTGGCAGTAACAAAGAGA  483

seq1  TGGGTAAAATTCATTACTAGGACATGGGACATTTCCTGATGATTATTCTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAAAATTCATTACTAGGACATGGGACATTTCCTGATGATTATTCTG  533

seq1  TCTCCTTTTCTTTTATTAGAATGAAAACTTTCTTCCCACTTGAAAATCTT  598
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCC-TTTCTTTTATTAGAATGAAAACTTTCTTCCCACTTGAAAATCTT  582

seq1  TAAATCACATTCATGACACGTTAGTATTCTTGGACTATCCTTCTCTTCTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCACATTCATGACACGTTAGTATTCTTGGACTATCCTTCTCTTCTG  632

seq1  TATAAGGTCCAATGATAATAAATCAAAAGTATCAAATAGAGTCATCCTCC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGGTCCAATGATAATAAATCAAAAGTATCAAATAGAGTCATCCTCC  682

seq1  CAGACAATAATTTCCTGGATAACTAACCCTGTATATCTTAAGATGTCTTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAATAATTTCCTGGATAACTAACCCTGTATATCTTAAGATGTCTTA  732

seq1  GAATATGTAAGAATTTCTTCCTTCTCTATTCAGACCTGCTTCAACAGAAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATGTAAGAATTTCTTCCTTCTCTATTCAGACCTGCTTCAACAGAAG  782

seq1  TATAGGAAAGTCTTTCATACCACGGGTGATTAAGAAACCCTTGGAATGTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGAAAGTCTTTCATACCACGGGTGATTAAGAAACCCTTGGAATGTG  832

seq1  AAGGAAAGATTTAAATAATACAATCTGTGCAATGCTGGAACGTTGTCAGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAGATTTAAATAATACAATCTGTGCAATGCTGGAACGTTGTCAGA  882

seq1  TAACTCACCAATCACTCACATTTGTATTCTCTTTTCTGTGTCTTTGAGAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCACCAATCACTCACATTTGTATTCTCTTTTCTGTGTCTTTGAGAC  932

seq1  CCAGTAACAGTCACAAGAGCAAGTTATCAATTTTTAAAAAATAGTCTGAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAACAGTCACAAGAGCAAGTTATCAATTTTTAAAAAATAGTCTGAA  982

seq1  ACAAAGTTTATATCAGAATCTTTATGGATGCACTATCTTATGTATATATA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTTTATATCAGAATCTTTATGGATGCACTATCTTATGTATATATA  1032

seq1  AGAGAATGTATTTATATTATTCTTTGGAATGATTTGCACAGTTTTCTTCT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATGTATTTATATTATTCTTTGGAATGATTTGCACAGTTTTCTTCT  1082

seq1  TGTCACCAATATACCATTACAATTAAAAGAGAAATTACACATCACAGGTA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCAATATACCATTACAATTAAAAGAGAAATTACACATCACAGGTA  1132

seq1  CTATCAATGAAGTCCAAGACTCAAGTCACATAATTGCAACCCAAGGAAAT  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAATGAAGTCCAAGACTCAAGTCACATAATTGCAACCCAAGGAAAT  1182

seq1  GAATTC  1204
      ||||||
seq2  GAATTC  1188


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |