BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-342A03
Chromosome11 (Build37)
Map Location 56,583,827 - 56,712,491
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneNmur2, LOC100040816, LOC624168
Downstream geneGria1, LOC667878, 1810073G14Rik, Mfap3, Galnt10, Sap30l, Hand1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-342A03.bB6Ng01-342A03.g
ACCGA125226GA125227
length9961,170
definitionB6Ng01-342A03.b B6Ng01-342A03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,711,741 - 56,712,491)(56,583,827 - 56,584,986)
sequence
gaattcagtcgcaaggacatgaatcacaaaccctgctttgtgcacaaatg
gctttgtgaatttctgatactttcagaggaggtttgactaacacagattg
acactacaaaggccattgatatgcagaaatggtcccagaatgggaaagaa
aaatagaagcccaggccacacagaggaagagggaaaggagagtagactgt
tcattagactgacatggagggttactcgccagtaccacaatgtttagctg
caatcaaccggacacaatctgaactcactttgggagtctcaatgtagaat
tgtataaatgatgttgacctgtgggcatgcttgtgagggattatcaggat
tgtatttgaccccatactgtgcgtggcatcattccctgggatggggtcca
ggaaaacataagagcagagagtgcgggctgagtatcaacacaccagtgtt
cagccgtctgttcctgagttcagatataatgtgacccgctgcttgaaaat
cctgacacctttatttttcctctaagtatggactgtgtaaccccaaattg
tgagcaaaataacccgcttttcccttaagttggttttgtcaggatatata
tatatatatatatatatatatatatatatatataatcacaacaggaagca
aaactaagacaaaacaaaaaatggaaaacaaacctgaaagttagctcagt
agacaaatgtttgccaggtgagcatgagaacccaggcatacacatattaa
aaaatagacataatgacacatggtagtaatcctagcctagggaaaccgaa
acatgcaggtcccccgaggctcactgtccagccagtctagtagatagtag
aagtatggattccaggacagtgagagaacctctctcagcaaaacaaatgg
tcagcacccgaggaacaacgttctaagttattctctggtctccatatgca
tctgcctctcctccggtacaaataaatgtctccaaagctaagttct

gaattctaggattgatgtgttgcctgttatacactctggaagtattggtt
cacacacataaaaagaatccccatctcagataacaccctcgggagactga
gctgcttggaaatgtgttttcaaagatgtttactgaataacctatcaagg
aagaacttatctataaattatgtatgaatttcactattttaatatgtaat
atcataaaatattttagcgctttaggtcataaaatattattaaaactggt
tataaaataataattaaataaggttaaagttaccattatttattactaga
ataaaacacaatagggtaatggtatcttattttgaaatgtcctaacactc
tggtaaactggtttaaagtttgagtcctatgtttatgactatattagcat
ttttttatctgacaaagacttcatgaacttataattttctataaattgaa
tggaagatatctcaaatagcattgctttattacattttgggtcattgcca
gagaggcatgatctcaattgagatccaatgtctttatgagagtgagtttt
ccactctcaggaaacaggggctatagggctggacgggggctccttctcag
tgggtagagcacctgctacacaaacaggaagatatgagttcattctccca
gatctgacaaagagcctgacatgtctgtgagattctgtaatcccgtgatc
ttacagaaaaacaggaagtggacgcagaatgatcccaaaagctccagggt
cagacagtctgatgtaagcaatcttgaacatgagaccctgtctcagatag
gctggaagttgaggtctgacactctagactgttctctgacctccacatgt
tcactttggtacatatgcattccatatgcaccacacacacacacacacac
acacacacacacacacacaaacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacaagaaatagagattcttaagatgaaaatagaaatcccacc
ttcaagagtcatccttgcatcaaatccctaccatctatgctatgcaccat
gcagttagctcctgaccctggccagcagaacttttagcttttttctaatt
ttaaccagcctaccacctttccctctatttgtatattaaaaattgaatac
ttggttaaacagagaatcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_56711741_56712491
seq2: B6Ng01-342A03.b_45_795 (reverse)

seq1  TTTAATATGTGTATGCCTGGGTTCTCATGCTCACCTGGCAAACATTTGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATATGTGTATGCCTGGGTTCTCATGCTCACCTGGCAAACATTTGTC  50

seq1  TACTGAGCTAACTTTCAGGTTTGTTTTCCATTTTTTGTTTTGTCTTAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAGCTAACTTTCAGGTTTGTTTTCCATTTTTTGTTTTGTCTTAGTT  100

seq1  TTGCTTCCTGTTGTGATTATATATATATATATATATATATATATATATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTCCTGTTGTGATTATATATATATATATATATATATATATATATAT  150

seq1  ATATATATCCTGACAAAACCAACTTAAGGGAAAAGCGGGTTATTTTGCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATCCTGACAAAACCAACTTAAGGGAAAAGCGGGTTATTTTGCTC  200

seq1  ACAATTTGGGGTTACACAGTCCATACTTAGAGGAAAAATAAAGGTGTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTTGGGGTTACACAGTCCATACTTAGAGGAAAAATAAAGGTGTCAG  250

seq1  GATTTTCAAGCAGCGGGTCACATTATATCTGAACTCAGGAACAGACGGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTCAAGCAGCGGGTCACATTATATCTGAACTCAGGAACAGACGGCT  300

seq1  GAACACTGGTGTGTTGATACTCAGCCCGCACTCTCTGCTCTTATGTTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACTGGTGTGTTGATACTCAGCCCGCACTCTCTGCTCTTATGTTTTC  350

seq1  CTGGACCCCATCCCAGGGAATGATGCCACGCACAGTATGGGGTCAAATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACCCCATCCCAGGGAATGATGCCACGCACAGTATGGGGTCAAATAC  400

seq1  AATCCTGATAATCCCTCACAAGCATGCCCACAGGTCAACATCATTTATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTGATAATCCCTCACAAGCATGCCCACAGGTCAACATCATTTATAC  450

seq1  AATTCTACATTGAGACTCCCAAAGTGAGTTCAGATTGTGTCCGGTTGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTACATTGAGACTCCCAAAGTGAGTTCAGATTGTGTCCGGTTGATT  500

seq1  GCAGCTAAACATTGTGGTACTGGCGAGTAACCCTCCATGTCAGTCTAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTAAACATTGTGGTACTGGCGAGTAACCCTCCATGTCAGTCTAATG  550

seq1  AACAGTCTACTCTCCTTTCCCTCTTCCTCTGTGTGGCCTGGGCTTCTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTCTACTCTCCTTTCCCTCTTCCTCTGTGTGGCCTGGGCTTCTATT  600

seq1  TTTCTTTCCCATTCTGGGACCATTTCTGCATATCAATGGCCTTTGTAGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTCCCATTCTGGGACCATTTCTGCATATCAATGGCCTTTGTAGTG  650

seq1  TCAATCTGTGTTAGTCAAACCTCCTCTGAAAGTATCAGAAATTCACAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTGTGTTAGTCAAACCTCCTCTGAAAGTATCAGAAATTCACAAAG  700

seq1  CCATTTGTGCACAAAGCAGGGTTTGTGATTCATGTCCTTGCGACTGAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTGTGCACAAAGCAGGGTTTGTGATTCATGTCCTTGCGACTGAATT  750

seq1  C  751
      |
seq2  C  751


seq1: chr11_56583827_56584986
seq2: B6Ng01-342A03.g_63_1232

seq1  GAATTCTAGGATTGATGTGTTGCCTGTTATACACTCTGGAAGTATTGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGATTGATGTGTTGCCTGTTATACACTCTGGAAGTATTGGTT  50

seq1  CACACACATAAAAAGAATCCCCATCTCAGATAACACCCTCGGGAGACTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACATAAAAAGAATCCCCATCTCAGATAACACCCTCGGGAGACTGA  100

seq1  GCTGCTTGGAAATGTGTTTTCAAAGATGTTTACTGAATAACCTATCAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTTGGAAATGTGTTTTCAAAGATGTTTACTGAATAACCTATCAAGG  150

seq1  AAGAACTTATCTATAAATTATGTATGAATTTCACTATTTTAATATGTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACTTATCTATAAATTATGTATGAATTTCACTATTTTAATATGTAAT  200

seq1  ATCATAAAATATTTTAGCGCTTTAGGTCATAAAATATTATTAAAACTGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAAAATATTTTAGCGCTTTAGGTCATAAAATATTATTAAAACTGGT  250

seq1  TATAAAATAATAATTAAATAAGGTTAAAGTTACCATTATTTATTACTAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAATAATAATTAAATAAGGTTAAAGTTACCATTATTTATTACTAGA  300

seq1  ATAAAACACAATAGGGTAATGGTATCTTATTTTGAAATGTCCTAACACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACACAATAGGGTAATGGTATCTTATTTTGAAATGTCCTAACACTC  350

seq1  TGGTAAACTGGTTTAAAGTTTGAGTCCTATGTTTATGACTATATTAGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAACTGGTTTAAAGTTTGAGTCCTATGTTTATGACTATATTAGCAT  400

seq1  TTTTTTATCTGACAAAGACTTCATGAACTTATAATTTTCTATAAATTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTATCTGACAAAGACTTCATGAACTTATAATTTTCTATAAATTGAA  450

seq1  TGGAAGATATCTCAAATAGCATTGCTTTATTACATTTTGGGTCATTGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGATATCTCAAATAGCATTGCTTTATTACATTTTGGGTCATTGCCA  500

seq1  GAGAGGCATGATCTCAATTGAGATCCAATGTCTTTATGAGAGTGAGTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGCATGATCTCAATTGAGATCCAATGTCTTTATGAGAGTGAGTTTT  550

seq1  CCACTCTCAGGAAACAGGGGCTATAGGGCTGGACGGGGGCTCCTTCTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTCAGGAAACAGGGGCTATAGGGCTGGACGGGGGCTCCTTCTCAG  600

seq1  TGGGTAGAGCACCTGCTACACAAACAGGAAGATATGAGTTCATTCTCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAGAGCACCTGCTACACAAACAGGAAGATATGAGTTCATTCTCCCA  650

seq1  GATCTGACAAAGAGCCTGACATGTCTGTGAGATTCTGTAATCCCGTGATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGACAAAGAGCCTGACATGTCTGTGAGATTCTGTAATCCCGTGATC  700

seq1  TTACAGAAAAACAGGAAGTGGACGCAGAATGATCCCAAAAGCTCCAGGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGAAAAACAGGAAGTGGACGCAGAATGATCCCAAAAGCTCCAGGGT  750

seq1  CAGACAGTCTGATGTAAGCAATCTTGAACATGAGACCCTGTCTCAGATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGTCTGATGTAAGCAATCTTGAACATGAGACCCTGTCTCAGATAG  800

seq1  GCTGGAAGTTGAGGTCTGACACTCTAGACTGTTCTCTGACCTCCACATGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAAGTTGAGGTCTGACACTCTAGACTGTTCTCTGACCTCCACATGT  850

seq1  TCACTTTGGTACATATGCATTCCATATGCACCACACACACACACACACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTTGGTACATATGCATTCCATATGCACCACACACACACACACACAC  900

seq1  ACACACACACACACACACAA--ACACACACACACACACACACACACACAC  948
      ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACAAACACACACACACACACACACACACACACAC  950

seq1  ACACACACACAAGAAATAGAGATTCTTAAGATGAAAATAGAAATCCCACC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACAAGAAATAGAGATTCTTAAGATGAAAATAGAAATCCCACC  1000

seq1  TTCAAGAGTCATCCTTGGCATCAAATCCCTACCATCTATGCTATGCA-CA  1047
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTCAAGAGTCATCCTT-GCATCAAATCCCTACCATCTATGCTATGCACCA  1049

seq1  TGCAGTTAGCTCCTGACCCTGGCCAGCAGGACTCTTAGC-TCTTTCTAAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||
seq2  TGCAGTTAGCTCCTGACCCTGGCCAGCAGAACTTTTAGCTTTTTTCTAAT  1099

seq1  TTT-ATCAG-CTACCA-CTTTCCCTCTA-TTGTATAT---AAGATGAATA  1139
      ||| | ||| |||||| ||||||||||| ||||||||   ||  ||||||
seq2  TTTAACCAGCCTACCACCTTTCCCTCTATTTGTATATTAAAAATTGAATA  1149

seq1  CTGGGTATAAACAGAG-ATCTA  1160
      || ||| ||||||||| |||||
seq2  CTTGGT-TAAACAGAGAATCTA  1170


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |