BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-342O24
Chromosome11 (Build37)
Map Location 114,703,057 - 114,857,738
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGprc5c, Cd300a, Cd300lb, Cd300c, 4732429D16Rik
Upstream geneSdk2, LOC100041739, LOC634710, 4932435O22Rik, Rpl38, Ttyh2, Dnaic2, Kif19a, 1500005I02Rik, Gpr142
Downstream geneCd300d, LOC629970, LOC100043123, LOC100043125, Clm3, Cd300e, Cd300lf, Rab37, Slc9a3r1, Nat9, Tmem104, Grin2c, Fdxr, Fads6, Otop2, Ush1g, Otop3, C630004H02Rik, Cdr2l, Ict1, Atp5h, Kctd2, 4933422H20Rik, Slc16a5, Armc7, Nt5c, Hn1, Sumo2, Nup85, Gga3, Mrps7, Mif4gd, Slc25a19, Grb2, LOC100043184, 2310067B10Rik, Caskin2, Tsen54, Llgl2, Recql5, 2210020M01Rik, Sap30bp, Itgb4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-342O24.bB6Ng01-342O24.g
ACCGA125861GA125862
length1,039704
definitionB6Ng01-342O24.b B6Ng01-342O24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,703,057 - 114,704,086)(114,857,037 - 114,857,738)
sequence
gaattcactttgtagacaaagctagtcttgaacccttggacacacagaga
tctacctgtctatgcctctggagtgctgggactaaagccatgtgccaccc
agccaacagaggaaggatgttgtcttagttagggttttactcctgtgaac
agataccatgaccaaggcaactcttataaggacagcatttaattggggct
ggcttacaggctcagaggttcagtctgtcatcatcaaggcaggaacatgg
cagcatccaggcaggcatggtggaggaggagctgagagttctacatcttc
atctgaagactgctagaagactggctcctatgtagggtctcattgcctac
ccccacagtgacactcctactccaacaaggccacacctcctaatattgcc
acttcctgggccaagcattttcaaatcccccacagatgtgtttaactggg
atgatgtcagagagcactggagagaacttagggagaggtgagaagcagga
gacccaacacaccaaccttctgttttaaaataatattggtttatcaattg
tatgcatgcttgtgctaggtgcacatgtggagctcagaggacaacttttg
ggaattgatccaggtccttggccttggcgtgcagccaagcacctatctgt
acccactgagccatctcatgagcccaacttcctagtctttaatcaccaca
gagataaagaaaagacctccatctagggaggaacagacaaaagtggaatc
agagcctggggttgggttgagagctcacccagaggcacactctgatggga
tggaaagctcacagactggcagggatggcagagaaacccaaagacagcac
aacttgctcatctgtaaaatgggtgtcagccctgcctctgggggaccact
gtggaggtgtaggagagccaccaagtttaggaagcactgccttttgggga
gctctgaaggccccaggtcatcttcccataggcaatactgcagaacagaa
tgcttctcaatcagtgtgaaaggaaccgggtcctcagtg
gaattctttcttctccctccctgccttagagtgggatgagggtgttatat
agggctgagaactggatggtcacttacaccacagcagaaggaagtatttc
caaccgagggcagtgccaattaaaggtatagaggtaaatattgagaaggc
aatttgacagcttgtacagtaaatatgtagcccttccatgagaaatactc
atgacactgtgacctccagattcagtcacagaaggtgggctatactggtg
atctctctgtctgatggcacatccctgcttcccagtcaccttggtgacaa
cctgaacctagcatttcatacccactaagtttaagtctttgccacatgta
tgctcatgggctggccaagggtgtattgcttagctttcctgtgtctgatt
gttatataaacagagttatactttttttttctaaatagggtcttactgtg
gaagcctggtccagaattcactatatagaccagattggatttgaacttat
agaaattcatctccaccaccataccagcaccagtgttacttttttccaac
actgttctagagtaaccccaaagcctggcacatagaacaagcattctgcc
acacaggtgcaccccactgtaccctcctatctacctgccttccagtctgc
ctatctgtttcttccttttctcccttccttccttcctttccttccttcca
ttcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_114703057_114704086
seq2: B6Ng01-342O24.b_49_1087

seq1  GAATTCACTTTGTAGACAAAGCTAGTCTTGAACCCTTGGACACACAGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTGTAGACAAAGCTAGTCTTGAACCCTTGGACACACAGAGA  50

seq1  TCTACCTGTCTATGCCTCTGGAGTGCTGGGACTAAAGCCATGTGCCACCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCTGTCTATGCCTCTGGAGTGCTGGGACTAAAGCCATGTGCCACCC  100

seq1  AGCCAACAGAGGAAGGATGTTGTCTTAGTTAGGGTTTTACTCCTGTGAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAACAGAGGAAGGATGTTGTCTTAGTTAGGGTTTTACTCCTGTGAAC  150

seq1  AGATACCATGACCAAGGCAACTCTTATAAGGACAGCATTTAATTGGGGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACCATGACCAAGGCAACTCTTATAAGGACAGCATTTAATTGGGGCT  200

seq1  GGCTTACAGGCTCAGAGGTTCAGTCTGTCATCATCAAGGCAGGAACATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTACAGGCTCAGAGGTTCAGTCTGTCATCATCAAGGCAGGAACATGG  250

seq1  CAGCATCCAGGCAGGCATGGTGGAGGAGGAGCTGAGAGTTCTACATCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATCCAGGCAGGCATGGTGGAGGAGGAGCTGAGAGTTCTACATCTTC  300

seq1  ATCTGAAGACTGCTAGAAGACTGGCTCCTATGTAGGGTCTCATTGCCTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAAGACTGCTAGAAGACTGGCTCCTATGTAGGGTCTCATTGCCTAC  350

seq1  CCCCACAGTGACACTCCTACTCCAACAAGGCCACACCTCCTAATATTGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACAGTGACACTCCTACTCCAACAAGGCCACACCTCCTAATATTGCC  400

seq1  ACTTCCTGGGCCAAGCATTTTCAAATCCCCCACAGATGTGTTTAACTGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTGGGCCAAGCATTTTCAAATCCCCCACAGATGTGTTTAACTGGG  450

seq1  ATGATGTCAGAGAGCACTGGAGAGAACTTAGGGAGAGGTGAGAAGCAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGTCAGAGAGCACTGGAGAGAACTTAGGGAGAGGTGAGAAGCAGGA  500

seq1  GACCCAACACACCAACCTTCTGTTTTAAAATAATATTGGTTTATCAATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAACACACCAACCTTCTGTTTTAAAATAATATTGGTTTATCAATTG  550

seq1  TATGCATGCTTGTGCTAGGTGCACATGTGGAGCTCAGAGGACAACTTTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATGCTTGTGCTAGGTGCACATGTGGAGCTCAGAGGACAACTTTTG  600

seq1  GGAATTGATCCAGGTCCTTGGCCTTGGCGTGCAGCCAAGCACCTATCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTGATCCAGGTCCTTGGCCTTGGCGTGCAGCCAAGCACCTATCTGT  650

seq1  ACCCACTGAGCCATCTCATGAGCCCAACTTCCTAGTCTTTAATCACCACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTGAGCCATCTCATGAGCCCAACTTCCTAGTCTTTAATCACCACA  700

seq1  GAGATAAAGAAAAGACCTCCATCTAGGGAGGAACAGACAAAAGTGGAATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAAAGAAAAGACCTCCATCTAGGGAGGAACAGACAAAAGTGGAATC  750

seq1  AGAGCCTGGGGTTGGGTTGAGAGCTCACCCAGAGGCACACTCTGAT-GGA  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGAGCCTGGGGTTGGGTTGAGAGCTCACCCAGAGGCACACTCTGATGGGA  800

seq1  TGGAAAGCTCACAGACTGGCAGGGATGGCAGAGAAACCCAAAGACAGCAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGCTCACAGACTGGCAGGGATGGCAGAGAAACCCAAAGACAGCAC  850

seq1  AACTTGCTCATCTGTAAAATGGGTGTCAGCCCCTGCCTCT-GGGGACCAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  AACTTGCTCATCTGTAAAATGGGTGTCAG-CCCTGCCTCTGGGGGACCAC  899

seq1  TGTGGAGGTGTAGGAGAGCCACCAAGCTAGGAAAGCACTGCCTTT--GGG  946
      |||||||||||||||||||||||||| |  | |||||||||||||  |||
seq2  TGTGGAGGTGTAGGAGAGCCACCAAGTTTAGGAAGCACTGCCTTTTGGGG  949

seq1  AGCTCTG-AGGCCCCAGGTCATCTCCCCATAGGCAATACTGCAGGACAGA  995
      ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGCTCTGAAGGCCCCAGGTCATCTTCCCATAGGCAATACTGCAGAACAGA  999

seq1  A----GCTCCATCAGTG-GGAAGGAGCCGGGTCCTCAGTG  1030
      |     ||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||
seq2  ATGCTTCTCAATCAGTGTGAAAGGAACCGGGTCCTCAGTG  1039

seq1: chr11_114857037_114857738
seq2: B6Ng01-342O24.g_71_774 (reverse)

seq1  GGAA-GGAAGGAAGG-AAGGAAGGAAGGAAGGGAGAAAAGGAAGAAACAG  48
      |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGAAGGAAGGAAAGGAAGGAAGGAAGGGAGAAAAGGAAGAAACAG  50

seq1  ATAGGCAGACTGGAAGGCAGGTAGATAGGAGGGTACAGTGGGGTGCACCT  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGCAGACTGGAAGGCAGGTAGATAGGAGGGTACAGTGGGGTGCACCT  100

seq1  GTGTGGCAGAATGCTTGTTCTATGTGCCAGGCTTTGGGGTTACTCTAGAA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGCAGAATGCTTGTTCTATGTGCCAGGCTTTGGGGTTACTCTAGAA  150

seq1  CAGTGTTGGAAAAAAGTAACACTGGTGCTGGTATGGTGGTGGAGATGAAT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTGGAAAAAAGTAACACTGGTGCTGGTATGGTGGTGGAGATGAAT  200

seq1  TTCTATAAGTTCAAATCCAATCTGGTCTATATAGTGAATTCTGGACCAGG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATAAGTTCAAATCCAATCTGGTCTATATAGTGAATTCTGGACCAGG  250

seq1  CTTCCACAGTAAGACCCTATTTAGAAAAAAAAAGTATAACTCTGTTTATA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCACAGTAAGACCCTATTTAGAAAAAAAAAGTATAACTCTGTTTATA  300

seq1  TAACAATCAGACACAGGAAAGCTAAGCAATACACCCTTGGCCAGCCCATG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAATCAGACACAGGAAAGCTAAGCAATACACCCTTGGCCAGCCCATG  350

seq1  AGCATACATGTGGCAAAGACTTAAACTTAGTGGGTATGAAATGCTAGGTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATACATGTGGCAAAGACTTAAACTTAGTGGGTATGAAATGCTAGGTT  400

seq1  CAGGTTGTCACCAAGGTGACTGGGAAGCAGGGATGTGCCATCAGACAGAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTGTCACCAAGGTGACTGGGAAGCAGGGATGTGCCATCAGACAGAG  450

seq1  AGATCACCAGTATAGCCCACCTTCTGTGACTGAATCTGGAGGTCACAGTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCACCAGTATAGCCCACCTTCTGTGACTGAATCTGGAGGTCACAGTG  500

seq1  TCATGAGTATTTCTCATGGAAGGGCTACATATTTACTGTACAAGCTGTCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAGTATTTCTCATGGAAGGGCTACATATTTACTGTACAAGCTGTCA  550

seq1  AATTGCCTTCTCAATATTTACCTCTATACCTTTAATTGGCACTGCCCTCG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCCTTCTCAATATTTACCTCTATACCTTTAATTGGCACTGCCCTCG  600

seq1  GTTGGAAATACTTCCTTCTGCTGTGGTGTAAGTGACCATCCAGTTCTCAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAAATACTTCCTTCTGCTGTGGTGTAAGTGACCATCCAGTTCTCAG  650

seq1  CCCTATATAACACCCTCATCCCACTCTAAGGCAGGGAGGGAGAAGAAAGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATATAACACCCTCATCCCACTCTAAGGCAGGGAGGGAGAAGAAAGA  700

seq1  ATTC  702
      ||||
seq2  ATTC  704