BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-343E20
Chromosome11 (Build37)
Map Location 47,502,614 - 47,630,060
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039647
Upstream geneTimd2, LOC620678, Havcr1, Timd4, Sgcd, LOC628753
Downstream geneLOC192895, Hn1l-ps2, LOC667163, LOC432554, Gnb2l1, Trim41
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-343E20.bB6Ng01-343E20.g
ACCGA126116GA126117
length1,0631,188
definitionB6Ng01-343E20.b B6Ng01-343E20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,629,003 - 47,630,060)(47,502,614 - 47,503,801)
sequence
gaattcttaattgctggcaatgaacttgattaagaatgagactatgttgg
tcaaataatacatatctacagtttgtattataaaccctctttaaaagaag
cactagtgtattagatagaaaaatgtcaaaatcctagccttccccatgtt
gagatatatggtgttgacatcagattaaagcctaagttcaccaaagctgg
ctggacagatggaagaaactgatattgtctaagtccatgtaccctatcat
gatcactacccctggaaggccaggcgacatataaaatgtatacgtgagct
tcattggacaatcactgctcagacaatgtgccacatgaatattattatta
ttattattattattattattattattattattttcagcattaagattgat
gcttcagaaagcccagtccctttccagaaaacagtctgttggaaatttct
aagttgtaataggtactgtctgattgaattcttttccttctaatatgttt
cttaactggcttatagtaaaggtttctcttttatttttaaatgtgacttc
ttagtggattgaatgcagttctctgaataactggatggagaggcagtagc
cgaaagttctctttaatgggtcttttgtttgaaattgaaatatttgaaca
taagactccacagatacagattcatgaaataacaatagtacaggcctggc
aaccattcactggcctctccatgcctttgctatctccctggttagtaaat
gaaaccttgcatttcaataaatacatttgggcctaatttctgtcttttca
tgctgtgagagagctgtcaaatttgaagtgtaatgactgtatgaattctt
ataatggcacccaaaataactgagaaagagatttgaatgtaatctaagta
agctccctgtggggtttagacccacttagagtacccgctagggttttata
cacagagcgagcacacatggctaagaaagtgagagtgaagtgctatcaca
gggagggctaggctaagcagaagcttctaagagcctgggggtggggggga
agaatggggaagg

gaattctgtcagtcaaatcactatctccatgctggaacatatggaaaggg
cattttaatcctatatgggcaacccaatggtgataaaattatcagagatg
accagtcatgttagtctaggtcacagcctgttgaaggtgttgcttcctta
caaactccagttacaccaaagtgcatttattcagagcctcattatctatc
tattagagaatgaaaaatacattccactgcctccaacccctatgctatta
tccccataataagagttactaatttgcacagtaaaattccacttggccaa
gtcacgtgcatagtttttgattagagggcagattctgggaatcctgggat
taacgacaagcttaactaggtattatgggaaagactgtagtgtcattgaa
agaagttggcagaaaaaggcccagagagcacatgtcaataattgtctatt
ttatacattatatgtgatggttttcgttttgtttttcttttgccatttgt
gcaaaggtaaaacatgggctggctatgttgctcaggatggccttcaacac
ctggactaaatcatctctcctgctctggattctcaagtactcagaccttc
actaggcctagttttcatttttaaagtacatgaaattcaaatttcagtga
tacttatttttatggttgttttgatgctataacaacagaaaacatacatc
caggtaagcctaaaatattttatcattctatgtgcatgtgtgtgttctta
aatctagagaccaaaaaaatgacctcaaatgttgttccccaggcactatc
cacccttccttccttctttgttagtcatttattgagacatatctctcact
gttcttgggtttgtcaggaagattaggctagctactgatcccttgcaaac
tgttttcctgcttccctgacactgggggttgttgcaagatatgtgatcat
tccatgaacctcagattgtgtaatttactgaaaatacctgtttccagttg
tggagtggctcagcctaacccaaacatttaatccttctaataggaataca
gaacaggctcttagtacacaccctttaatcccaacatggaagaataaagt
tgtaagacgaagtactatatctttggaactgaatgtctctaatggagtgc
cagaacaatgatgatcgtaaaatttgtccgaaatagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_47629003_47630060
seq2: B6Ng01-343E20.b_47_1109 (reverse)

seq1  CCCTCCCCA----TCTCCCCCA-CCCCAGGCTCTTAGAGGC-TCTGCTTA  44
      || ||||||    || |||||| ||||||||||||||| || ||||||||
seq2  CCTTCCCCATTCTTCCCCCCCACCCCCAGGCTCTTAGAAGCTTCTGCTTA  50

seq1  GCCTAGCCCTCCCTGTGATAGCACTTCACTCTCACTTTCTTAGCCATGTG  94
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGCCCTCCCTGTGATAGCACTTCACTCTCACTTTCTTAGCCATGTG  100

seq1  TGCTCGCTCTGTTGTATAAAACCCTAGCGGGTACTCTAAGTGGGTCTAAA  144
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCGCTCTG-TGTATAAAACCCTAGCGGGTACTCTAAGTGGGTCTAAA  149

seq1  CCCCACAGGGAGCTTACTTAGATTACATTCAAATCTCTTTCTCAGTTATT  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACAGGGAGCTTACTTAGATTACATTCAAATCTCTTTCTCAGTTATT  199

seq1  TTGGGTGCCATTATAAGAATTCATACAGTCATTACACTTCAAATTTGACA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTGCCATTATAAGAATTCATACAGTCATTACACTTCAAATTTGACA  249

seq1  GCTCTCTCACAGCATGAAAAGACAGAAATTAGGCCCAAATGTATTTATTG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTCACAGCATGAAAAGACAGAAATTAGGCCCAAATGTATTTATTG  299

seq1  AAATGCAAGGTTTCATTTACTAACCAGGGAGATAGCAAAGGCATGGAGAG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCAAGGTTTCATTTACTAACCAGGGAGATAGCAAAGGCATGGAGAG  349

seq1  GCCAGTGAATGGTTGCCAGGCCTGTACTATTGTTATTTCATGAATCTGTA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTGAATGGTTGCCAGGCCTGTACTATTGTTATTTCATGAATCTGTA  399

seq1  TCTGTGGAGTCTTATGTTCAAATATTTCAATTTCAAACAAAAGACCCATT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGAGTCTTATGTTCAAATATTTCAATTTCAAACAAAAGACCCATT  449

seq1  AAAGAGAACTTTCGGCTACTGCCTCTCCATCCAGTTATTCAGAGAACTGC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAACTTTCGGCTACTGCCTCTCCATCCAGTTATTCAGAGAACTGC  499

seq1  ATTCAATCCACTAAGAAGTCACATTTAAAAATAAAAGAGAAACCTTTACT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAATCCACTAAGAAGTCACATTTAAAAATAAAAGAGAAACCTTTACT  549

seq1  ATAAGCCAGTTAAGAAACATATTAGAAGGAAAAGAATTCAATCAGACAGT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCCAGTTAAGAAACATATTAGAAGGAAAAGAATTCAATCAGACAGT  599

seq1  ACCTATTACAACTTAGAAATTTCCAACAGACTGTTTTCTGGAAAGGGACT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATTACAACTTAGAAATTTCCAACAGACTGTTTTCTGGAAAGGGACT  649

seq1  GGGCTTTCTGAAGCATCAATCTTAATGCTGAAAATAATAATAATAATAAT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTTCTGAAGCATCAATCTTAATGCTGAAAATAATAATAATAATAAT  699

seq1  AATAATAATAATAATAATAATAATATTCATGTGGCACATTGTCTGAGCAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATAATAATAATAATAATAATATTCATGTGGCACATTGTCTGAGCAG  749

seq1  TGATTGTCCAATGAAGCTCACGTATACATTTTATATGTCGCCTGGCCTTC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGTCCAATGAAGCTCACGTATACATTTTATATGTCGCCTGGCCTTC  799

seq1  CAGGGGTAGTGATCATGATAGGGTACATGGACTTAGACAATATCAGTTTC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGTAGTGATCATGATAGGGTACATGGACTTAGACAATATCAGTTTC  849

seq1  TTCCATCTGTCCAGCCAGCTTTGGTGAACTTAGGCTTTAATCTGATGTCA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATCTGTCCAGCCAGCTTTGGTGAACTTAGGCTTTAATCTGATGTCA  899

seq1  ACACCATATATCTCAACATGGGGAAGGCTAGGATTTTGACATTTTTCTAT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCATATATCTCAACATGGGGAAGGCTAGGATTTTGACATTTTTCTAT  949

seq1  CTAATACACTAGTGCTTCTTTTAAAGAGGGTTTATAATACAAACTGTAGA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATACACTAGTGCTTCTTTTAAAGAGGGTTTATAATACAAACTGTAGA  999

seq1  TATGTATTATTTGACCAACATAGTCTCATTCTTAATCAAGTTCATTGCCA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATTATTTGACCAACATAGTCTCATTCTTAATCAAGTTCATTGCCA  1049

seq1  GCAATTAAGAATTC  1058
      ||||||||||||||
seq2  GCAATTAAGAATTC  1063


seq1: chr11_47502614_47503801
seq2: B6Ng01-343E20.g_65_1252

seq1  GAATTCTGTCAGTCAAATCACTATCTCCATGCTGGAACATATGGAAAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTCAGTCAAATCACTATCTCCATGCTGGAACATATGGAAAGGG  50

seq1  CATTTTAATCCTATATGGGCAACCCAATGGTGATAAAATTATCAGAGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTAATCCTATATGGGCAACCCAATGGTGATAAAATTATCAGAGATG  100

seq1  ACCAGTCATGTTAGTCTAGGTCACAGCCTGTTGAAGGTGTTGCTTCCTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTCATGTTAGTCTAGGTCACAGCCTGTTGAAGGTGTTGCTTCCTTA  150

seq1  CAAACTCCAGTTACACCAAAGTGCATTTATTCAGAGCCTCATTATCTATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTCCAGTTACACCAAAGTGCATTTATTCAGAGCCTCATTATCTATC  200

seq1  TATTAGAGAATGAAAAATACATTCCACTGCCTCCAACCCCTATGCTATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGAGAATGAAAAATACATTCCACTGCCTCCAACCCCTATGCTATTA  250

seq1  TCCCCATAATAAGAGTTACTAATTTGCACAGTAAAATTCCACTTGGCCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCATAATAAGAGTTACTAATTTGCACAGTAAAATTCCACTTGGCCAA  300

seq1  GTCACGTGCATAGTTTTTGATTAGAGGGCAGATTCTGGGAATCCTGGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACGTGCATAGTTTTTGATTAGAGGGCAGATTCTGGGAATCCTGGGAT  350

seq1  TAACGACAAGCTTAACTAGGTATTATGGGAAAGACTGTAGTGTCATTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACGACAAGCTTAACTAGGTATTATGGGAAAGACTGTAGTGTCATTGAA  400

seq1  AGAAGTTGGCAGAAAAAGGCCCAGAGAGCACATGTCAATAATTGTCTATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTTGGCAGAAAAAGGCCCAGAGAGCACATGTCAATAATTGTCTATT  450

seq1  TTATACATTATATGTGATGGTTTTCGTTTTGTTTTTCTTTTGCCATTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACATTATATGTGATGGTTTTCGTTTTGTTTTTCTTTTGCCATTTGT  500

seq1  GCAAAGGTAAAACATGGGCTGGCTATGTTGCTCAGGATGGCCTTCAACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGGTAAAACATGGGCTGGCTATGTTGCTCAGGATGGCCTTCAACAC  550

seq1  CTGGACTAAATCATCTCTCCTGCTCTGGATTCTCAAGTACTCAGACCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACTAAATCATCTCTCCTGCTCTGGATTCTCAAGTACTCAGACCTTC  600

seq1  ACTAGGCCTAGTTTTCATTTTTAAAGTACATGAAATTCAAATTTCAGTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGCCTAGTTTTCATTTTTAAAGTACATGAAATTCAAATTTCAGTGA  650

seq1  TACTTATTTTTATGGTTGTTTTGATGCTATAACAACAGAAAACATACATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTATTTTTATGGTTGTTTTGATGCTATAACAACAGAAAACATACATC  700

seq1  CAGGTAAGCCTAAAATATTTTATCATTCTATGTGCATGTGTGTGTTCTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAAGCCTAAAATATTTTATCATTCTATGTGCATGTGTGTGTTCTTA  750

seq1  AATCTAGAGACCAAAAAAATGACCTCAAATGTTGTTCCCCAGGCACTATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAGAGACCAAAAAAATGACCTCAAATGTTGTTCCCCAGGCACTATC  800

seq1  CACCCTTCCTTCCTTCTTTGTTAGTCATTTATTGAGACATATCTCTCACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTTCCTTCCTTCTTTGTTAGTCATTTATTGAGACATATCTCTCACT  850

seq1  GTTCTTGGGTTTGTCAGGAAGATTAGGCTAGCTACTGATCCCTTGCAAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTGGGTTTGTCAGGAAGATTAGGCTAGCTACTGATCCCTTGCAAAC  900

seq1  TGTTTTCCTGCTTCCCTGACACTGGGGGTTGTTGCAAGATATGTGATCAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCCTGCTTCCCTGACACTGGGGGTTGTTGCAAGATATGTGATCAT  950

seq1  TCCATGAACCTCAAGATTGTGTAATTTACTGAAAATACCTGTTTCCAGTT  1000
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGAACCTC-AGATTGTGTAATTTACTGAAAATACCTGTTTCCAGTT  999

seq1  GTGGAGTGGCTCAGCCTTAACCCAAACATTTAATCCTTCTAATAGGAATA  1050
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGTGGCTCAGCC-TAACCCAAACATTTAATCCTTCTAATAGGAATA  1048

seq1  CAG-ACAGGCTCTTAGTACACA-CCTTTAATCCCAACAATGAAG-ATAAA  1097
      ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| |||||
seq2  CAGAACAGGCTCTTAGTACACACCCTTTAATCCCAACATGGAAGAATAAA  1098

seq1  GTTGTAGAAGGAAGTAC--TATCTTT-GAACATGATGTCTCTAATTGAGT  1144
      ||||||  | |||||||  ||||||| ||||   ||||||||||| ||||
seq2  GTTGTAAGACGAAGTACTATATCTTTGGAACTGAATGTCTCTAATGGAGT  1148

seq1  GGCAGACAAAGTGATGAATCAGAAAAAAATTTGTCAG-AATAGGA  1188
      | |||| | | ||||| |||     |||||||||| | |||||||
seq2  GCCAGA-ACAATGATG-ATC---GTAAAATTTGTCCGAAATAGGA  1188


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |