BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-343H14
Chromosome11 (Build37)
Map Location 32,244,111 - 32,296,066
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSh3pxd2b
Upstream geneStc2, 2310022M17Rik, Cpeb4, 4930524B15Rik, Nsg2, LOC669207, Il9r, 3300001G02Rik, Rhbdf1, Mpg, Mare, Hba-x, Hba-a1, F830116E18Rik, Hbq1
Downstream geneUbtd2, 1700007I06Rik, Stk10, Fbxw11, LOC666616, 1700008A04Rik, LOC666620, LOC670035, LOC432548, Fgf18, Npm1, LOC666646, Tlx3, Ranbp17, LOC666258, Anp32c
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-343H14.bB6Ng01-343H14.g
ACCGA126239GA126240
length1,1061,077
definitionB6Ng01-343H14.b B6Ng01-343H14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,244,111 - 32,245,213)(32,294,990 - 32,296,066)
sequence
gaattctctacttccaccacaggatttccagaggtcaaacgcaggtcatc
agtcttgtcaacaagcatctttaccctcggagcttcctcgccgacctccc
cctccctttgatttttgtatgttgctctaagtagttttctgtttctatga
taaaacaccatgaccaaaaccaaattggagtggaagggatttgtttcatc
ttccaactcacaggttaaccatcactgagagaagtcagggcagactgaag
cagagccatgaaggaacactggtcactggctagctcccctgccttgcctt
tctgatgcaaccaaggcccatctgactagggaatggcactgcccacagtg
ggctgggtcctctttatccattagctgttaagaaactgtgctacagccat
gtgcacaggccaatctgatggaggtaattcttcaggtgagattctctctt
cccaggtgtctaggttttgagtcaagtggacacactctaactatgacatg
tgtggtgtctccctgtatgtctagatgtgtgagagtgctcttgcctgtgt
gaacattggagtccagaggtccacatgttttttttttcttctgttcctct
ctccattattttttgagaccggttctctcactgaatctgaagctcacata
cttgctaaactggctggctagcaaaccactaggacctgtctgtctcatgt
cccctgcctcagtggaaagctgacagatatgagccacggcactcagtttt
atatatgatgattagagatctaaactcaggtttttatgcttgctcaataa
gtgctctacccctgagccatctccccagcaccaaaagagagaggtgactg
gtcgggaatgaggctgaacatgtgagcaggagctaaaagaggtcagggta
agaaaaaacatggatggagtttgggcaacaccaagattaaagttgaacct
gagactttatgagatttaaggggagaagtttagctgttaatcagttttac
cttgtagaaaaatcacaacaatacagatactgtccatgagatactccttc
agacaagcctctgagactgtgctgtttctcatgccacctggtggataaga
agacca
gaattccattcatttcatctttgtcaaccatattctgctgtctgccggct
ctaccacaccactggagaacatctggagtgtgtccaacgagagtctgaat
ttcccaagctgaggctgtaaagcccaacaatttggatatggggtggatgg
aagtctccagggttagcatgctagccttctattggccagttcctagtcat
ctggaagagtggctcagctgggtcacgaaagagccctgctgtgcttacct
gcaagctgcaagaagccaggtgagggtaaaggagaatacgggcgtttgtt
ctgtgtgctgacctaccaagtattcatacaagtagctaacaggtatcttc
tttgcctagtgccggactggaaaagaacaaggtgcatcctgctcatccaa
gagatggcaccgcactgagggaactctgtggttttcaacaaatacttaac
ccttcctcctctcttagcgctggatggggaagatggagatgcaaaaggct
cctccagaagagggcattggacagcctgtgactgatagagccggttcagg
tccatgtcacttagacacagaggtgggggtgcaaccatgcatatgaggga
tttatgcagcccctacagaagcctccacagcacaacaagactctgcgcct
cctaggctgtgctccctggtgcctctcttgcacctctggcctggtgtagc
ctgagtaataagatgtgccatgtattttctgcctaacatctctgaaaact
aagcctgaattcactcctgcattgatgcacatgtgatccatcgaggctca
gatgcacatcatggagatgcacaggggactccagggtggaactgtaccta
cggatctgaggggattttgaccccctacatcattttcccctctgaattgt
ggtcaaatacatactaataccaaattggccattaactttcttcacatgca
tagctaaaggcttgaacacactcctattctctacctccaaaccagagctc
attccaccttgcagaagagaaactgtcctgctaacatctgtctcgcccct
cctccaccattctcctctgtcccttta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_32244111_32245213
seq2: B6Ng01-343H14.b_47_1152

seq1  GAATTCTCTACTTCCACCACAGGATTTCCAGAGGTCAAACGCAGGTCATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTACTTCCACCACAGGATTTCCAGAGGTCAAACGCAGGTCATC  50

seq1  AGTCTTGTCAACAAGCATCTTTACCCTCGGAGCTTCCTCGCCGACCTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTGTCAACAAGCATCTTTACCCTCGGAGCTTCCTCGCCGACCTCCC  100

seq1  CCTCCCTTTGATTTTTGTATGTTGCTCTAAGTAGTTTTCTGTTTCTATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTTTGATTTTTGTATGTTGCTCTAAGTAGTTTTCTGTTTCTATGA  150

seq1  TAAAACACCATGACCAAAACCAAATTGGAGTGGAAGGGATTTGTTTCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACACCATGACCAAAACCAAATTGGAGTGGAAGGGATTTGTTTCATC  200

seq1  TTCCAACTCACAGGTTAACCATCACTGAGAGAAGTCAGGGCAGACTGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAACTCACAGGTTAACCATCACTGAGAGAAGTCAGGGCAGACTGAAG  250

seq1  CAGAGCCATGAAGGAACACTGGTCACTGGCTAGCTCCCCTGCCTTGCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCATGAAGGAACACTGGTCACTGGCTAGCTCCCCTGCCTTGCCTT  300

seq1  TCTGATGCAACCAAGGCCCATCTGACTAGGGAATGGCACTGCCCACAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATGCAACCAAGGCCCATCTGACTAGGGAATGGCACTGCCCACAGTG  350

seq1  GGCTGGGTCCTCTTTATCCATTAGCTGTTAAGAAACTGTGCTACAGCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGGTCCTCTTTATCCATTAGCTGTTAAGAAACTGTGCTACAGCCAT  400

seq1  GTGCACAGGCCAATCTGATGGAGGTAATTCTTCAGGTGAGATTCTCTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACAGGCCAATCTGATGGAGGTAATTCTTCAGGTGAGATTCTCTCTT  450

seq1  CCCAGGTGTCTAGGTTTTGAGTCAAGTGGACACACTCTAACTATGACATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGTGTCTAGGTTTTGAGTCAAGTGGACACACTCTAACTATGACATG  500

seq1  TGTGGTGTCTCCCTGTATGTCTAGATGTGTGAGAGTGCTCTTGCCTGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGTCTCCCTGTATGTCTAGATGTGTGAGAGTGCTCTTGCCTGTGT  550

seq1  GAACATTGGAGTCCAGAGGTCCACATGTTTTTTTTTTCTTCTGTTCCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATTGGAGTCCAGAGGTCCACATGTTTTTTTTTTCTTCTGTTCCTCT  600

seq1  CTCCATTATTTTTTGAGACCGGTTCTCTCACTGAATCTGAAGCTCACATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTATTTTTTGAGACCGGTTCTCTCACTGAATCTGAAGCTCACATA  650

seq1  CTTGCTAAACTGGCTGGCTAGCAAACCACTAGGACCTGTCTGTCTCATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTAAACTGGCTGGCTAGCAAACCACTAGGACCTGTCTGTCTCATGT  700

seq1  CCCCTGCCTCAGTGGAAAGCTGACAGATATGAGCCACGGCACTCAGTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGCCTCAGTGGAAAGCTGACAGATATGAGCCACGGCACTCAGTTTT  750

seq1  ATATATGATGATTAGAGATCTAAACTCAGGTTTTTATGCTTGCTCAATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGATGATTAGAGATCTAAACTCAGGTTTTTATGCTTGCTCAATAA  800

seq1  GTGCTCTACCCCTGAGCCATCTCCCCAGCACCAAAAGAGAGAGGTGACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCTACCCCTGAGCCATCTCCCCAGCACCAAAAGAGAGAGGTGACTG  850

seq1  GTCGGGAATGAGGCTGAACATGTGAGCAGGAGCTAAAAGAGGTTCAGGGT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GTCGGGAATGAGGCTGAACATGTGAGCAGGAGCTAAAAGAGG-TCAGGGT  899

seq1  AAGAAAAAACATGGATGGAGTTTGGGCAACACCAAGATTAAAGTTGAACC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAAACATGGATGGAGTTTGGGCAACACCAAGATTAAAGTTGAACC  949

seq1  TGAGACTTAATGAGATTTAA-GGGAG-AGTTTAGCTGTT-ATCAG-TTTA  996
      |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||
seq2  TGAGACTTTATGAGATTTAAGGGGAGAAGTTTAGCTGTTAATCAGTTTTA  999

seq1  CCTGGTAGAAAAATCACAACAATACAGATACTGTCCATGAGATACCTCCC  1046
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| 
seq2  CCTTGTAGAAAAATCACAACAATACAGATACTGTCCATGAGATA-CTCCT  1048

seq1  TCAGACAAGCCTCTGAGACTGTGGCTG-TTCTCATGCCACCT-GTGGATA  1094
      |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||
seq2  TCAGACAAGCCTCTGAGACTGT-GCTGTTTCTCATGCCACCTGGTGGATA  1097

seq1  AGAAGACCA  1103
      |||||||||
seq2  AGAAGACCA  1106

seq1: chr11_32294990_32296066
seq2: B6Ng01-343H14.g_67_1143 (reverse)

seq1  TAAAGGGACAGAGGAGAATGGTGGAGGAGGGGCGAGACAGATGTTAGCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TAAAGGGACAGAGGAGAATGGTGGAGGAGGGGCGAGACAGATGTTAGCA-  49

seq1  GGACAGTTTCTCTTCTGCAAGGTGGAATGAGCTCTGGTTTGGAGGTAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGTTTCTCTTCTGCAAGGTGGAATGAGCTCTGGTTTGGAGGTAGAG  99

seq1  AATAGGAGTGTGTTCAAGCC-TTAGCTATGCATGTGAAGAAAGTTAATGG  149
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGAGTGTGTTCAAGCCTTTAGCTATGCATGTGAAGAAAGTTAATGG  149

seq1  CCAATTTGGTATTAGTATGTATTTGACCACAATTCAGAGGGGAAAATGAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTTGGTATTAGTATGTATTTGACCACAATTCAGAGGGGAAAATGAT  199

seq1  GTAGGGGGTCAAAATCCCCTCAGATCCGTAGGTACAGTTCCACCCTGGAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGGGTCAAAATCCCCTCAGATCCGTAGGTACAGTTCCACCCTGGAG  249

seq1  TCCCCTGTGCATCTCCATGATGTGCATCTGAGCCTCGATGGATCACATGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTGTGCATCTCCATGATGTGCATCTGAGCCTCGATGGATCACATGT  299

seq1  GCATCAATGCAGGAGTGAATTCAGGCTTAGTTTTCAGAGATGTTAGGCAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAATGCAGGAGTGAATTCAGGCTTAGTTTTCAGAGATGTTAGGCAG  349

seq1  AAAATACATGGCACATCTTATTACTCAGGCTACACCAGGCCAGAGGTGCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACATGGCACATCTTATTACTCAGGCTACACCAGGCCAGAGGTGCA  399

seq1  AGAGAGGCACCAGGGAGCACAGCCTAGGAGGCGCAGAGTCTTGTTGTGCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGCACCAGGGAGCACAGCCTAGGAGGCGCAGAGTCTTGTTGTGCT  449

seq1  GTGGAGGCTTCTGTAGGGGCTGCATAAATCCCTCATATGCATGGTTGCAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGGCTTCTGTAGGGGCTGCATAAATCCCTCATATGCATGGTTGCAC  499

seq1  CCCCACCTCTGTGTCTAAGTGACATGGACCTGAACCGGCTCTATCAGTCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCTCTGTGTCTAAGTGACATGGACCTGAACCGGCTCTATCAGTCA  549

seq1  CAGGCTGTCCAATGCCCTCTTCTGGAGGAGCCTTTTGCATCTCCATCTTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGTCCAATGCCCTCTTCTGGAGGAGCCTTTTGCATCTCCATCTTC  599

seq1  CCCATCCAGCGCTAAGAGAGGAGGAAGGGTTAAGTATTTGTTGAAAACCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCCAGCGCTAAGAGAGGAGGAAGGGTTAAGTATTTGTTGAAAACCA  649

seq1  CAGAGTTCCCTCAGTGCGGTGCCATCTCTTGGATGAGCAGGATGCACCTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTTCCCTCAGTGCGGTGCCATCTCTTGGATGAGCAGGATGCACCTT  699

seq1  GTTCTTTTCCAGTCCGGCACTAGGCAAAGAAGATACCTGTTAGCTACTTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTTCCAGTCCGGCACTAGGCAAAGAAGATACCTGTTAGCTACTTG  749

seq1  TATGAATACTTGGTAGGTCAGCACACAGAACAAACGCCCGTATTCTCCTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATACTTGGTAGGTCAGCACACAGAACAAACGCCCGTATTCTCCTT  799

seq1  TACCCTCACCTGGCTTCTTGCAGCTTGCAGGTAAGCACAGCAGGGCTCTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTCACCTGGCTTCTTGCAGCTTGCAGGTAAGCACAGCAGGGCTCTT  849

seq1  TCGTGACCCAGCTGAGCCACTCTTCCAGATGACTAGGAACTGGCCAATAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGACCCAGCTGAGCCACTCTTCCAGATGACTAGGAACTGGCCAATAG  899

seq1  AAGGCTAGCATGCTAACCCTGGAGACTTCCATCCACCCCATATCCAAATT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTAGCATGCTAACCCTGGAGACTTCCATCCACCCCATATCCAAATT  949

seq1  GTTGGGCTTTACAGCCTCAGCTTGGGAAATTCAGACTCTCGTTGGACACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGCTTTACAGCCTCAGCTTGGGAAATTCAGACTCTCGTTGGACACA  999

seq1  CTCCAGATGTTCTCCAGTGGTGTGGTAGAGCCGGCAGACAGCAGAATATG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGATGTTCTCCAGTGGTGTGGTAGAGCCGGCAGACAGCAGAATATG  1049

seq1  GTTGACAAAGATGAAATGAATGGAATTC  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACAAAGATGAAATGAATGGAATTC  1077