BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344B07
Chromosome11 (Build37)
Map Location 91,716,142 - 91,857,356
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC638903, EG664976, Kif2b
Downstream geneLOC382545
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344B07.bB6Ng01-344B07.g
ACCGA126677GA126678
length1,1701,205
definitionB6Ng01-344B07.b B6Ng01-344B07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,716,142 - 91,717,316)(91,856,144 - 91,857,356)
sequence
gaattcagtgatgtgtcgcttgaataatcaacatttagttgaattgcttt
gtggccaaattctgtctcacaatgtaaatgcaaagtatatatcgttctac
taagtttggttttctacctgtgctccatgtagagttggatgcaaatgttt
ttacagatgtacacataaaatttcaaactcagatttaaattgcaagtgac
ttttgtcctctgatatggtaaaagagaaaattcatgttggatatttgatt
taaaaataaactacaagaaaatctagagataacaatgagcctcctgagta
agctagtatctcatgtggacatttattttctttctctttaattttgtaag
tggcttgtgtaccataatgcacagcttggttagtttgacatcattactaa
ttagatagcagcttttgtgtttatagttttttcccatttctatttttcct
taacatttatttcattcacttataaaatgtattttaattgaaacacaatt
acatcattttagatgaatttgtttcctcagaagccaaaggacaatgcata
ttctcagtctccaaattgattcttctccaatcacattaatgtgtgcaagg
aggtttggtttcaaaagaatcagcctatgtcaatcatcacaagacatctc
atattttcattcatgaattctgcaccagcaacagtcaggctagggtcccg
atggcaggccaggtgctctgataaatactagttgatatttatctgatgaa
aaaaatcatacagatctgcagattaaccaattaacactgcaaaatggagc
cttgaactcaacaatgcagacatgttgcctcttaggttaaccactaagga
aagaaaagcatacatacatcccacagtgtgacagagaaaaaaatcatctc
tccctgccttccatatagacacaatttgttcatctgtaagatgggtctgg
ggatgacttatgaaattcatctcatatctaccatactttgaattaaatta
atccaaagtttattgattcactatcaagaagtgtttgtataatactttct
actaaacatttattaaaatgtgtgtggtcaattcatatcatttagaaagg
cttaaatgtcatcaatatctacacagaaaggaagatgctccaatatacac
tcattgagccatttactgtt

gaattccttggggacaagtggtttgtgttcaattttgtttgttgtatgag
tttgtgtttgcagtacacaagacactcaccaatacaaaaactggcttaca
aaacctgcatatgtagtgactaaaagaataaatgcatgaataaaggaagt
ggcattattcataacagagctgaacagtcaccttctgtgagtgtgttttc
tctgtatccctgtcaagttgcctttgggtagtatgaggacagaaggggaa
cttcttaaacacacagatgctgtgtaggtgtggggaacacctaaagcaca
cacacatgcatacatagtgagagaattcaatatttatgtatctagtttag
cataaagaatctttcaaagatttcaacacacttcttatgttcttgaggga
aagctgactaggacatattgagagagcactggcgtgaaagcaagggatgg
gaagaaacaggagtcagtgaatcgtgggaataaacttaacatgtgcagtg
catggatgccagcataacagaacccctgagaatatcctgaaggtagagat
ggcaaactgggcaaagctctcaatggataaagcaccacctctgaaaggct
atgggctcaagtgaacatcctcaaagctgatgtaaaatcctgatgtggtg
accatgtctgaaacttcaggacagagtagagtgtcaggagtatcttggga
gctcattggctagccaatctagcaaagataatgatttcccagctcagaaa
gataccctgtattcaatgtaatacagcaaccagaggaagaagcccctgat
gtctactttggggttccatatgatcaaatcaaggaaacttgcacacatat
atgcatacacggtacatatacacagaaagaaaaaatgtgacagatatgag
ttgttctcatagaacattgaacctgataatttaacagatttgagccttag
attttgaaatgttttagatcattttcccctacaatcccagtaatataaaa
cactcaacctctgaacttatttagttatgctcaatgaaaatagttttata
tgctaatgtgctattatggagctaatatttttctgttgttttaaactatt
ttttacaaatttaactgattattgtttttctgataataacaaatagccac
aagaatgacattctcagagacttatgctcctagaggactgttagaactgt
aatag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_91716142_91717316
seq2: B6Ng01-344B07.b_44_1213

seq1  GAATTCAGTGATGTGTCGCTTGAATAATCAACATTTAGTTGAATTGCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGATGTGTCGCTTGAATAATCAACATTTAGTTGAATTGCTTT  50

seq1  GTGGCCAAATTCTGTCTCACAATGTAAATGCAAAGTATATATCGTTCTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCAAATTCTGTCTCACAATGTAAATGCAAAGTATATATCGTTCTAC  100

seq1  TAAGTTTGGTTTTCTACCTGTGCTCCATGTAGAGTTGGATGCAAATGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTTGGTTTTCTACCTGTGCTCCATGTAGAGTTGGATGCAAATGTTT  150

seq1  TTACAGATGTACACATAAAATTTCAAACTCAGATTTAAATTGCAAGTGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGATGTACACATAAAATTTCAAACTCAGATTTAAATTGCAAGTGAC  200

seq1  TTTTGTCCTCTGATATGGTAAAAGAGAAAATTCATGTTGGATATTTGATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCCTCTGATATGGTAAAAGAGAAAATTCATGTTGGATATTTGATT  250

seq1  TAAAAATAAACTACAAGAAAATCTAGAGATAACAATGAGCCTCCTGAGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATAAACTACAAGAAAATCTAGAGATAACAATGAGCCTCCTGAGTA  300

seq1  AGCTAGTATCTCATGTGGACATTTATTTTCTTTCTCTTTAATTTTGTAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGTATCTCATGTGGACATTTATTTTCTTTCTCTTTAATTTTGTAAG  350

seq1  TGGCTTGTGTACCATAATGCACAGCTTGGTTAGTTTGACATCATTACTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTGTGTACCATAATGCACAGCTTGGTTAGTTTGACATCATTACTAA  400

seq1  TTAGATAGCAGCTTTTGTGTTTATAGTTTTTTCCCATTTCTATTTTTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATAGCAGCTTTTGTGTTTATAGTTTTTTCCCATTTCTATTTTTCCT  450

seq1  TAACATTTATTTCATTCACTTATAAAATGTATTTTAATTGAAACACAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATTTATTTCATTCACTTATAAAATGTATTTTAATTGAAACACAATT  500

seq1  ACATCATTTTAGATGAATTTGTTTCCTCAGAAGCCAAAGGACAATGCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATTTTAGATGAATTTGTTTCCTCAGAAGCCAAAGGACAATGCATA  550

seq1  TTCTCAGTCTCCAAATTGATTCTTCTCCAATCACATTAATGTGTGCAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGTCTCCAAATTGATTCTTCTCCAATCACATTAATGTGTGCAAGG  600

seq1  AGGTTTGGTTTCAAAAGAATCAGCCTATGTCAATCATCACAAGACATCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTGGTTTCAAAAGAATCAGCCTATGTCAATCATCACAAGACATCTC  650

seq1  ATATTTTCATTCATGAATTCTGCACCAGCAACAGTCAGGCTAGGGTCCCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTCATTCATGAATTCTGCACCAGCAACAGTCAGGCTAGGGTCCCG  700

seq1  ATGGCAGGCCAGGTGCTCTGATAAATACTAGTTGATATTTATCTGATGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAGGCCAGGTGCTCTGATAAATACTAGTTGATATTTATCTGATGAA  750

seq1  AAAAATCATACAGATCTGCAGATTAACCAATTAACACTGCAAAATGGAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCATACAGATCTGCAGATTAACCAATTAACACTGCAAAATGGAGC  800

seq1  CTTGAACTCAACAATGCAGACATGTTGCCTCTTAGGTTAACCACTAAGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAACTCAACAATGCAGACATGTTGCCTCTTAGGTTAACCACTAAGGA  850

seq1  AAGAAAAGCATACATACATCCCACAGTGTGACAGAGAAAAAAATCATCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAGCATACATACATCCCACAGTGTGACAGAGAAAAAAATCATCTC  900

seq1  TCCCTGCCTTCCATATAGACACAATTTGTTCATCTGTAAGATGGGTCTGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGCCTTCCATATAGACACAATTTGTTCATCTGTAAGATGGGTCTGG  950

seq1  GGATGACTTATGAAATTCATCTCATATCTACCATACTTTGAATTAAATTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGACTTATGAAATTCATCTCATATCTACCATACTTTGAATTAAATTA  1000

seq1  ATCCAAAGTTTATTGATTCACTATCAAGAAGTGTTTGTAT-ATACTTTCT  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATCCAAAGTTTATTGATTCACTATCAAGAAGTGTTTGTATAATACTTTCT  1050

seq1  ACTTAAACATTTATTAAAA--TGTGTGGTCAAATTCATATCATTTAGGAA  1097
      || ||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  AC-TAAACATTTATTAAAATGTGTGTGGTC-AATTCATATCATTTAGAAA  1098

seq1  AGCTTAAATGTCATCAATATCTACACAGAAAGGAAGAATTGCTTCCAATA  1147
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| 
seq2  GGCTTAAATGTCATCAATATCTACACAGAAAGGAAGA--TGC-TCCAAT-  1144

seq1  ATACACTTCATTTGAGCATTTTACTGTT  1175
      |||||| ||| ||||||  |||||||||
seq2  ATACAC-TCA-TTGAGCCATTTACTGTT  1170


seq1: chr11_91856144_91857356
seq2: B6Ng01-344B07.g_66_1270 (reverse)

seq1  CTATTACAG-TCTAACAATTCCTCTAGGAGCATAATGTCTTCCTGAAGAA  49
      ||||||||| |||||| | |||||||||||||||| ||||  ||| ||||
seq2  CTATTACAGTTCTAAC-AGTCCTCTAGGAGCATAA-GTCT--CTG-AGAA  45

seq1  TGTCATTCTTGTGGCTATTTTGTTATTATCAAAGAAAACAATAATCAGTA  99
      ||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| 
seq2  TGTCATTCTTGTGGCTA-TTTGTTATTATCAGA-AAAACAATAATCAGTT  93

seq1  AATTTTGTAAAAAAATAGTTTAAAAC-ACAGAAAAATATTAAGCTCAATA  148
      || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||
seq2  AAATTTGT-AAAAAATAGTTTAAAACAACAGAAAAATATT-AGCTCCATA  141

seq1  ATAGCACATTAGCATATAAAACTATGTCCATTGAAGCATAAACTAAATAA  198
      ||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||||||||
seq2  ATAGCACATTAGCATATAAAACTATTTTCATTG-AGCAT-AACTAAATAA  189

seq1  GTTCAGAGGTTGAGTG-TTTATATTACTGGGATTGTAGGGGAAAATGATC  247
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGAGGTTGAGTGTTTTATATTACTGGGATTGTAGGGGAAAATGATC  239

seq1  TAAAACATTTCAAAATCTAAGGCTCAAATCTGTTAAATTATCAGGTTCAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACATTTCAAAATCTAAGGCTCAAATCTGTTAAATTATCAGGTTCAA  289

seq1  TGTTCTATGAGAACAACTCATATCTGTCACATTTTTTCTTTCTGTGTATA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTATGAGAACAACTCATATCTGTCACATTTTTTCTTTCTGTGTATA  339

seq1  TGTACCGTGTATGCATATATGTGTGCAAGTTTCCTTGATTTGATCATATG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCGTGTATGCATATATGTGTGCAAGTTTCCTTGATTTGATCATATG  389

seq1  GAACCCCAAAGTAGACATCAGGGGCTTCTTCCTCTGGTTGCTGTATTACA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCCAAAGTAGACATCAGGGGCTTCTTCCTCTGGTTGCTGTATTACA  439

seq1  TTGAATACAGGGTATCTTTCTGAGCTGGGAAATCATTATCTTTGCTAGAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATACAGGGTATCTTTCTGAGCTGGGAAATCATTATCTTTGCTAGAT  489

seq1  TGGCTAGCCAATGAGCTCCCAAGATACTCCTGACACTCTACTCTGTCCTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAGCCAATGAGCTCCCAAGATACTCCTGACACTCTACTCTGTCCTG  539

seq1  AAGTTTCAGACATGGTCACCACATCAGGATTTTACATCAGCTTTGAGGAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTCAGACATGGTCACCACATCAGGATTTTACATCAGCTTTGAGGAT  589

seq1  GTTCACTTGAGCCCATAGCCTTTCAGAGGTGGTGCTTTATCCATTGAGAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACTTGAGCCCATAGCCTTTCAGAGGTGGTGCTTTATCCATTGAGAG  639

seq1  CTTTGCCCAGTTTGCCATCTCTACCTTCAGGATATTCTCAGGGGTTCTGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCCCAGTTTGCCATCTCTACCTTCAGGATATTCTCAGGGGTTCTGT  689

seq1  TATGCTGGCATCCATGCACTGCACATGTTAAGTTTATTCCCACGATTCAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTGGCATCCATGCACTGCACATGTTAAGTTTATTCCCACGATTCAC  739

seq1  TGACTCCTGTTTCTTCCCATCCCTTGCTTTCACGCCAGTGCTCTCTCAAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCCTGTTTCTTCCCATCCCTTGCTTTCACGCCAGTGCTCTCTCAAT  789

seq1  ATGTCCTAGTCAGCTTTCCCTCAAGAACATAAGAAGTGTGTTGAAATCTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCTAGTCAGCTTTCCCTCAAGAACATAAGAAGTGTGTTGAAATCTT  839

seq1  TGAAAGATTCTTTATGCTAAACTAGATACATAAATATTGAATTCTCTCAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGATTCTTTATGCTAAACTAGATACATAAATATTGAATTCTCTCAC  889

seq1  TATGTATGCATGTGTGTGTGCTTTAGGTGTTCCCCACACCTACACAGCAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGCATGTGTGTGTGCTTTAGGTGTTCCCCACACCTACACAGCAT  939

seq1  CTGTGTGTTTAAGAAGTTCCCCTTCTGTCCTCATACTACCCAAAGGCAAC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGTTTAAGAAGTTCCCCTTCTGTCCTCATACTACCCAAAGGCAAC  989

seq1  TTGACAGGGATACAGAGAAAACACACTCACAGAAGGTGACTGTTCAGCTC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAGGGATACAGAGAAAACACACTCACAGAAGGTGACTGTTCAGCTC  1039

seq1  TGTTATGAATAATGCCACTTCCTTTATTCATGCATTTATTCTTTTAGTCA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATGAATAATGCCACTTCCTTTATTCATGCATTTATTCTTTTAGTCA  1089

seq1  CTACATATGCAGGTTTTGTAAGCCAGTTTTTGTATTGGTGAGTGTCTTGT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATATGCAGGTTTTGTAAGCCAGTTTTTGTATTGGTGAGTGTCTTGT  1139

seq1  GTACTGCAAACACAAACTCATACAACAAACAAAATTGAACACAAACCACT  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGCAAACACAAACTCATACAACAAACAAAATTGAACACAAACCACT  1189

seq1  TGTCCCCAAGGAATTC  1213
      ||||||||||||||||
seq2  TGTCCCCAAGGAATTC  1205


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |