BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344C19
Chromosome11 (Build37)
Map Location 63,829,503 - 63,978,086
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCox10, 2810001G20Rik
Upstream geneTekt3, Pmp22, LOC433423, LOC100042799, LOC100041690, LOC654442, LOC668297, Hs3st3b1
Downstream geneEG544785, Hs3st3a1, LOC626959, Elac2, AU040829, 1700086D15Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344C19.bB6Ng01-344C19.g
ACCGA126747GA126748
length1011,090
definitionB6Ng01-344C19.b B6Ng01-344C19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,977,986 - 63,978,086)(63,829,503 - 63,830,583)
sequence
tccatgtgttttcatgttcccttttacccttggatggtaattttaaaagg
acaaaattgtgaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
t
gaattcagcctgggaagagggcacaagcaaacccaggggcttctgtgctt
tacctaatttgtcttgagcgctataaggatgattcttgtccttcagggtt
acagagacaaaggcgtgttggcaaccagcataaacaaagtccctcactcc
ttaccactctgcagtcatcaagcaacactttgctatttgcaatcaatctt
ctctttaaaaaaaatcatgtgttgaatgcatttgtggtgtacccatatgt
gtgcatgtgtgtatggaggagtgcatctggccgtgcgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgcgtgcgtgcagaggtcaaaggaggatg
ctgggtagcctgttctatgcactcttgaattcccttgctacagtcacgat
ggcaggagacaggtatggaagggagcgtgccgttttgggtaggctggctc
agcagcaagctcctgggttccacttgttttcacggtgcagccatgcaggg
ccttttaccacgggtgccagagacttgaactcagctcaccaggctggtgc
agcaagctcccttagagtcatttccccagctgcctgaatctctttctaga
aagcccggtacttctctcagcttcacagactgattggattaagtaaacga
ctttttcacagcttctcagatgttttcacacatgcgaatctgagataatc
ttcactaaggaggtgcctatgtttggatgacttttagtttgtgggtgttt
catgtcatgctgcttttagtttcttctggactaagactttgagtgtacag
atctttgtagggtattcagagcctcttttacaatagggaagtaaggccac
tctatgttattttctgataacaaaatcaggagacagaccagagagaaaaa
aaaggtaaaagctttagtatgaaaattcacacacggttttgatgcaaaaa
ttacttaaatgtgattcttttaaactgtaatgtaaaagcaaccgatagaa
gaacaattccaaaaattatccattcctcaaatgagtaaaacaaaactggg
gtgtggtgatgccacacttttaatctctagcactcaagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_63977986_63978086
seq2: B6Ng01-344C19.b_49_149 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTTCACAATTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTTCACAATTTTG  50

seq1  TCCTTTTAAAATTACCATCCAAGGGTAAAAGGGAACATGAAAACACATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTAAAATTACCATCCAAGGGTAAAAGGGAACATGAAAACACATGG  100

seq1  A  101
      |
seq2  A  101

seq1: chr11_63829503_63830583
seq2: B6Ng01-344C19.g_65_1154

seq1  GAATTCAGCCTGGGAAGAGGGCACAAGCAAACCCAGGGGCTTCTGTGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCCTGGGAAGAGGGCACAAGCAAACCCAGGGGCTTCTGTGCTT  50

seq1  TACCTAATTTGTCTTGAGCGCTATAAGGATGATTCTTGTCCTTCAGGGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAATTTGTCTTGAGCGCTATAAGGATGATTCTTGTCCTTCAGGGTT  100

seq1  ACAGAGACAAAGGCGTGTTGGCAACCAGCATAAACAAAGTCCCTCACTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGACAAAGGCGTGTTGGCAACCAGCATAAACAAAGTCCCTCACTCC  150

seq1  TTACCACTCTGCAGTCATCAAGCAACACTTTGCTATTTGCAATCAATCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCACTCTGCAGTCATCAAGCAACACTTTGCTATTTGCAATCAATCTT  200

seq1  CTCTTTAAAAAAAATCATGTGTTGAATGCATTTGTGGTGTACCCATATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTAAAAAAAATCATGTGTTGAATGCATTTGTGGTGTACCCATATGT  250

seq1  GTGCATGTGTGTATGGAGGAGTGCATCTGGCCGTGCGTGTGTGTGTGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGTGTGTATGGAGGAGTGCATCTGGCCGTGCGTGTGTGTGTGTGT  300

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGCGTGCGTGCAGAGGTCAAAGGAGGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGCGTGCGTGCAGAGGTCAAAGGAGGATG  350

seq1  CTGGGTAGCCTGTTCTATGCACTCTTGAATTCCCTTGCTACAGTCACGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTAGCCTGTTCTATGCACTCTTGAATTCCCTTGCTACAGTCACGAT  400

seq1  GGCAGGAGACAGGTATGGAAGGGAGCGTGCCGTTTTGGGTAGGCTGGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGAGACAGGTATGGAAGGGAGCGTGCCGTTTTGGGTAGGCTGGCTC  450

seq1  AGCAGCAAGCTCCTGGGTTCCACTTGTTTTCACGGTGCAGCCATGCAGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCAAGCTCCTGGGTTCCACTTGTTTTCACGGTGCAGCCATGCAGGG  500

seq1  CCTTTTACCACGGGTGCCAGAGACTTGAACTCAGCTCACCAGGCTGGTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTACCACGGGTGCCAGAGACTTGAACTCAGCTCACCAGGCTGGTGC  550

seq1  AGCAAGCTCCCTTAGAGTCATTTCCCCAGCTGCCTGAATCTCTTTCTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCTCCCTTAGAGTCATTTCCCCAGCTGCCTGAATCTCTTTCTAGA  600

seq1  AAGCCCGGTACTTCTCTCAGCTTCACAGACTGATTGGATTAAGTAAACGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCGGTACTTCTCTCAGCTTCACAGACTGATTGGATTAAGTAAACGA  650

seq1  CTTTTTCACAGCTTCTCAGATGTTTTCACACATGCGAATCTGAGATAATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTCACAGCTTCTCAGATGTTTTCACACATGCGAATCTGAGATAATC  700

seq1  TTCACTAAGGAGGTGCCTATGTTTGGATGACTTTTAGTTTGTGGGTGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTAAGGAGGTGCCTATGTTTGGATGACTTTTAGTTTGTGGGTGTTT  750

seq1  CATGTCATGCTGCTTTTAGTTTCTTCTGGACTAAGAC-TTGAGTGTACAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CATGTCATGCTGCTTTTAGTTTCTTCTGGACTAAGACTTTGAGTGTACAG  800

seq1  ATCTTTGTAGGGTATTCAGAGCCTCTTTTACAATAGGGAAGTAAGGCCAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGTAGGGTATTCAGAGCCTCTTTTACAATAGGGAAGTAAGGCCAC  850

seq1  TCTATGTTATTTTCTGATAACAAAATCAGGAGACAGACCAGAGAG-AAAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCTATGTTATTTTCTGATAACAAAATCAGGAGACAGACCAGAGAGAAAAA  900

seq1  AAAGGTAAAAGCTTTAGTATGAAAATTCACACACGGTTTTGATGCAAAAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTAAAAGCTTTAGTATGAAAATTCACACACGGTTTTGATGCAAAAA  950

seq1  TTACTTAAATGTGA-TCTTTTAAACTGTAATGTAAAAGCAACCGATAGAA  997
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTAAATGTGATTCTTTTAAACTGTAATGTAAAAGCAACCGATAGAA  1000

seq1  GAACAA-TCCAAAA--TATTCAATTCTCAAATGAAGTAAAAC-AAACT-G  1042
      |||||| |||||||  ||| || | |||||||| |||||||| ||||| |
seq2  GAACAATTCCAAAAATTATCCATTCCTCAAATG-AGTAAAACAAAACTGG  1049

seq1  GGTGTGGTGATG-CACACTTTTAATC-CTAGCACTCAAGAG  1081
      |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGTGTGGTGATGCCACACTTTTAATCTCTAGCACTCAAGAG  1090