BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-345C12
Chromosome11 (Build37)
Map Location 104,206,860 - 104,337,459
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700081L11Rik
Upstream gene5730442P18Rik, Plekhm1, Lrrc37a, Gm884, Lyzl6, Rprml, Gosr2, Wnt9b, Wnt3, Nsf, EG667631, Arf2, LOC100042645, Crhr1, 4933407P14Rik, Mapt
Downstream geneCdc27, Myl4, LOC666721, EG629959, Itgb3, LOC666739, LOC629960, LOC666749, LOC632784, LOC276809, LOC100041125, 4921510J17Rik, Mettl2, LOC666771, Tlk2, 1700052K11Rik, Mrc2, Rnf190
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-345C12.bB6Ng01-345C12.g
ACCGA127444GA127445
length1,1591,135
definitionB6Ng01-345C12.b B6Ng01-345C12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,336,315 - 104,337,459)(104,206,860 - 104,208,007)
sequence
gaattcaggacttctgcttgctctagtcggctccgcttgctctggcccaa
agatttctttattattataaataagtacactgttgctgtcttcagacaca
ccagaagagggtgtcagatctcattacgggtggttgtaagccaccatgtg
gttgctgggatttgaactcaggaccttcagaagagcagtcagtgctctta
actgttgagccatctctccagccccctatacaagtttttatacacaccac
aggtatgcaggtccccgcacgcaggctagaggaactggaattatggatat
ttgtgagccatctggtgtgagtgctggcaactgaaatctgcccctttgca
agaacaataaattcgtttaactgctcatccagctttcaagcccaagatag
tgcagatttctaaagagaggactaataaaatttacacacacatacacaac
acaaaacagagaaaagtcgtgctgcactctgttagaacttcatgttctgt
agctctgctggtttgtatggaaagcgtgtctcgcatgcagggctggcatc
tcagtcccacaggtaacataccttacagacaccgtcaaactcctatccat
tacagatctttcgaattctgttcccatggactagaccaccacaagtctgt
atggaaggatgacactaactgtcctatacctctgctaattctttcttcac
tggcccatcagatttagcatttaagggcattggttgcttttgcagatggt
ccgggttcaactctctgcgctcacacgacagctcataatattttgtttgt
ttcagggaacctgaggcttctcttcttgtctccataggcacacctggtac
acagacatacatgcaggtaaaccacccatacacataaaataataaaacac
ttctaaaagtttaaaagactcatcatcatttcctgcctgttttgcaggtc
tgtgcatcatgtggcctggtgtctatgggaggggtagagggggcttcaga
tcccctaggactgggagttacagacagctgtgagctgctacgtggggtgc
tgggaactgaggccaggtcctttttgccagaggccaccagtgctttcaag
ggtgcttgagtatctctcggccccaggcaattggaaagtgggaaacttac
ggggtcttt
gaattcagtgcttcatccatactaggcaagcactatactaactgagctat
atcccaagcaaaaaaatcccaaatgtatttttaactctaccaatgaatgt
aagaaaatttacagctgttatctgtaccatgtatgtatctggtgtcattg
aaagctgaaagaggatgtttgaattcccaaaggtggagttttaaatggtt
gcaagctactacgtgggtgctaggaactgaatcctgggtcctctgcaaga
acagcaaggtgtggcaatggcacacaccttaaacctcagcccttgagagg
cagaggctggcatctagatctttttcatgagtttggccagtctggtctac
agagagttcctggacagctagggctacttggaagaaagaccataagggtc
cagaagttttgtagatttttttttttaaatgaaatgagggtcagggctat
agtcgagttgcagaacacttttctaggatatgcaatgccctgggttcgat
tctagcacataaaaaaaggaagtaagggatagaagatagacaaatggaag
ggtaagctgacaagggaaaaagattcacctatcttaacccctaaaataaa
tacaccgaacagctgagtgtaatggtgcatgcctttaaatcccaggattt
gggtggtaggaacagaagaactgctgcaagttcaaggctagcaaaggcta
catatagtgagaccttatcacaaaacaaactacaaaacagactctcacac
acagaaagtactgtattttcttttaatcacttttataaaagaatgggcaa
gaccctgttaacttccccaatcaatggacaacacaagttcctaggtgttg
ttggtctgagtaggtacactatctgaattggtagttatcctaaggacatg
gaaaaagtaaaaaatctgagcatgggctgggttgtagctcagtgtttgcc
catacacaaagctctcagtttaaaacagtactgaaaatttaaacaaacta
gaaagactgtagctgaacaaaggataaaacattagatgatgacgttgtag
ctggcatgtatatatctgcacttctggaagtaggtatacgtcaactacta
gttgagtctgatgattacacattggatacctcttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_104336315_104337459
seq2: B6Ng01-345C12.b_49_1207 (reverse)

seq1  AAAGACCCCGTAAATTT-CCACTTCCAAATTGCTTTGGGGCCG-GAGATA  48
      ||||||||||||| ||| |||||| | ||||||  |||||||| ||||||
seq2  AAAGACCCCGTAAGTTTCCCACTTTCCAATTGC-CTGGGGCCGAGAGATA  49

seq1  CTC-AGCA--CTTGAAAGCACTGGTTG-CTCTGGC--AAAGGACCTGGGC  92
      ||| ||||  ||||||||||||||| | |||||||  ||||||||||| |
seq2  CTCAAGCACCCTTGAAAGCACTGGTGGCCTCTGGCAAAAAGGACCTGGCC  99

seq1  TCAGTTCCCAGCA-CCCACGTAGCAGCTCACAGCTGTCTGTAACT-CCAG  140
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCAGTTCCCAGCACCCCACGTAGCAGCTCACAGCTGTCTGTAACTCCCAG  149

seq1  TCCTAGGGGATCTGAAGCCCCCTCTACCC--TCCATAGACACCAGG-CAC  187
      |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| |||
seq2  TCCTAGGGGATCTGAAGCCCCCTCTACCCCTCCCATAGACACCAGGCCAC  199

seq1  ATGATGCACAGACCTGC-AAACAGGCAGGAAATGATGATGAGTCTTTTAA  236
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGCACAGACCTGCAAAACAGGCAGGAAATGATGATGAGTCTTTTAA  249

seq1  ACTTTTAGAAGTGTTTTATTATTTTATGTGTATGGGTGGTTTACCTGCAT  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTAGAAGTGTTTTATTATTTTATGTGTATGGGTGGTTTACCTGCAT  299

seq1  GTATGTCTGTGTACCAGGTGTGCCTATGGAGACAAGAAGAG-AGCCTCAG  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTATGTCTGTGTACCAGGTGTGCCTATGGAGACAAGAAGAGAAGCCTCAG  349

seq1  GTTCCCTGAAACAAACAAAATATTATGAGCTGTCGTGTGAGCGCAGAGAG  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCTGAAACAAACAAAATATTATGAGCTGTCGTGTGAGCGCAGAGAG  399

seq1  TTGAACCCGGACCATCTGCAAAAGCAACCAATGCCCTTAAATGCTAAATC  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACCCGGACCATCTGCAAAAGCAACCAATGCCCTTAAATGCTAAATC  449

seq1  TGATGGGCCAGTGAAGAAAGAATTAGCAGAGGTATAGGACAGTTAGTGTC  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGGCCAGTGAAGAAAGAATTAGCAGAGGTATAGGACAGTTAGTGTC  499

seq1  ATCCTTCCATACAGACTTGTGGTGGTCTAGTCCATGGGAACAGAATTCGA  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTCCATACAGACTTGTGGTGGTCTAGTCCATGGGAACAGAATTCGA  549

seq1  AAGATCTGTAATGGATAGGAGTTTGACGGTGTCTGTAAGGTATGTTACCT  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCTGTAATGGATAGGAGTTTGACGGTGTCTGTAAGGTATGTTACCT  599

seq1  GTGGGACTGAGATGCCAGCCCTGCATGCGAGACACGCTTTCCATACAAAC  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGACTGAGATGCCAGCCCTGCATGCGAGACACGCTTTCCATACAAAC  649

seq1  CAGCAGAGCTACAGAACATGAAGTTCTAACAGAGTGCAGCACGACTTTTC  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGAGCTACAGAACATGAAGTTCTAACAGAGTGCAGCACGACTTTTC  699

seq1  TCTGTTTTGTGTTGTGTATGTGTGTGTAAATTTTATTAGTCCTCTCTTTA  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTTGTGTTGTGTATGTGTGTGTAAATTTTATTAGTCCTCTCTTTA  749

seq1  GAAATCTGCACTATCTTGGGCTTGAAAGCTGGATGAGCAGTTAAACGAAT  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCTGCACTATCTTGGGCTTGAAAGCTGGATGAGCAGTTAAACGAAT  799

seq1  TTATTGTTCTTGCAAAGGGGCAGATTTCAGTTGCCAGCACTCACACCAGA  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGTTCTTGCAAAGGGGCAGATTTCAGTTGCCAGCACTCACACCAGA  849

seq1  TGGCTCACAAATATCCATAATTCCAGTTCCTCTAGCCTGCGTGCGGGGAC  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCACAAATATCCATAATTCCAGTTCCTCTAGCCTGCGTGCGGGGAC  899

seq1  CTGCATACCTGTGGTGTGTATAAAAACTTGTATAGGGGGCTGGAGAGATG  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATACCTGTGGTGTGTATAAAAACTTGTATAGGGGGCTGGAGAGATG  949

seq1  GCTCAACAGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCTGAAGGTCCTGAGTTCAAA  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAACAGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCTGAAGGTCCTGAGTTCAAA  999

seq1  TCCCAGCAACCACATGGTGGCTTACAACCACCCGTAATGAGATCTGACAC  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCAACCACATGGTGGCTTACAACCACCCGTAATGAGATCTGACAC  1049

seq1  CCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCAACAGTGTACTTATTTATAATAAT  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCAACAGTGTACTTATTTATAATAAT  1099

seq1  AAAGAAATCTTTGGGCCAGAGCAAGCGGAGCCGACTAGAGCAAGCAGAAG  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAATCTTTGGGCCAGAGCAAGCGGAGCCGACTAGAGCAAGCAGAAG  1149

seq1  TCCTGAATTC  1145
      ||||||||||
seq2  TCCTGAATTC  1159

seq1: chr11_104206860_104208007
seq2: B6Ng01-345C12.g_67_1201

seq1  GAATTCAGTGCTTCATCCATACTAGGCAAGCACTATACTAACTGAGCTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGCTTCATCCATACTAGGCAAGCACTATACTAACTGAGCTAT  50

seq1  ATCCCAAGCAAAAAAATCCCAAATGTATTTTTAACTCTACCAATGAATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAAGCAAAAAAATCCCAAATGTATTTTTAACTCTACCAATGAATGT  100

seq1  AAGAAAATTTACAGCTGTTATCTGTACCATGTATGTATCTGGTGTCATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATTTACAGCTGTTATCTGTACCATGTATGTATCTGGTGTCATTG  150

seq1  AAAGCTGAAAGAGGATGTTTGAATTCCCAAAGGTGGAGTTTTAAATGGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGAAAGAGGATGTTTGAATTCCCAAAGGTGGAGTTTTAAATGGTT  200

seq1  GCAAGCTACTACGTGGGTGCTAGGAACTGAATCCTGGGTCCTCTGCAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCTACTACGTGGGTGCTAGGAACTGAATCCTGGGTCCTCTGCAAGA  250

seq1  ACAGCAAGGTGTGGCAATGGCACACACCTTAAACCTCAGCCCTTGAGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAAGGTGTGGCAATGGCACACACCTTAAACCTCAGCCCTTGAGAGG  300

seq1  CAGAGGCTGGCATCTAGATCTTTTTCATGAGTTTGGCCAGTCTGGTCTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCTGGCATCTAGATCTTTTTCATGAGTTTGGCCAGTCTGGTCTAC  350

seq1  AGAGAGTTCCTGGACAGCTAGGGCTACTTGGAAGAAAGACCATAAGGGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTTCCTGGACAGCTAGGGCTACTTGGAAGAAAGACCATAAGGGTC  400

seq1  CAGAAGTTTTGTAGATTTTTTTTTTTAAATGAAATGAGGGTCAGGGCTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTTTTGTAGATTTTTTTTTTTAAATGAAATGAGGGTCAGGGCTAT  450

seq1  AGTCGAGTTGCAGAACACTTTTCTAGGATATGCAATGCCCTGGGTTCGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGAGTTGCAGAACACTTTTCTAGGATATGCAATGCCCTGGGTTCGAT  500

seq1  TCTAGCACATAAAAAAAGGAAGTAAGGGATAGAAGATAGACAAATGGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCACATAAAAAAAGGAAGTAAGGGATAGAAGATAGACAAATGGAAG  550

seq1  GGTAAGCTGACAAGGGAAAAAGATTCACCTATCTTAACCCCTAAAATAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGCTGACAAGGGAAAAAGATTCACCTATCTTAACCCCTAAAATAAA  600

seq1  TACACCGAACAGCTGAGTGTAATGGTGCATGCCTTTAAATCCCAGGATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCGAACAGCTGAGTGTAATGGTGCATGCCTTTAAATCCCAGGATTT  650

seq1  GGGTGGTAGGAACAGAAGAACTGCTGCAAGTTCAAGGCTAGCAAAGGCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGTAGGAACAGAAGAACTGCTGCAAGTTCAAGGCTAGCAAAGGCTA  700

seq1  CATATAGTGAGACCTTATCACAAAACAAACTACAAAACAGACTCTCACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAGTGAGACCTTATCACAAAACAAACTACAAAACAGACTCTCACAC  750

seq1  ACAGAAAGTACTGTATTTTCTTTTAATCACTTTTATAAAAGAATGGGCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAGTACTGTATTTTCTTTTAATCACTTTTATAAAAGAATGGGCAA  800

seq1  GACCCTGTTAACTTCCCCAATCAATGGACAACACAAGTTCCTAGGTGTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTGTTAACTTCCCCAATCAATGGACAACACAAGTTCCTAGGTGTTG  850

seq1  TTGGTCTGAGTAGGTACACTATCTGAA-TGGTAGTTATCCTAAGGACATG  899
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCTGAGTAGGTACACTATCTGAATTGGTAGTTATCCTAAGGACATG  900

seq1  GAAAAAGTAAAAAATCTGAGCATGGGCTGGGTTGTAGCTCAGTGTTTGCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGTAAAAAATCTGAGCATGGGCTGGGTTGTAGCTCAGTGTTTGCC  950

seq1  CATACACAAAGCTCTCAGTTTAAAAACAAGTACTGAAAATTAAAACAAAC  999
      |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||
seq2  CATACACAAAGCTCTCAGTTTAAAA--CAGTACTGAAAATTTAAACAAAC  998

seq1  TAGAAAGACTGGAAGGCCTGAACAAA-GATAAAACATTTAAGATGATGGA  1048
      ||||||||||| |    ||||||||| |||||||||||  ||||||| ||
seq2  TAGAAAGACTGTA---GCTGAACAAAGGATAAAACATT--AGATGAT-GA  1042

seq1  CG-TGTAGCTTGCATGTATATAATCCTGCAC-TCTGGAGGGTAAGGTATA  1096
      || ||||||| |||||||||||   |||||| |||||| |   |||||||
seq2  CGTTGTAGCTGGCATGTATATA--TCTGCACTTCTGGAAG--TAGGTATA  1088

seq1  AGGGCCAACTACTAGTCTGAGGTCTGTATGAATACACATTTGGATA-CTC  1145
         | ||||||||||| ||| ||||| |||| |||||| ||||||| |||
seq2  --CGTCAACTACTAGT-TGA-GTCTG-ATGATTACACA-TTGGATACCTC  1132

seq1  TTT  1148
      |||
seq2  TTT  1135