BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-345D24
Chromosome11 (Build37)
Map Location 47,559,581 - 47,689,224
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneHavcr1, Timd4, Sgcd, LOC628753, LOC100039647
Downstream geneLOC192895, Hn1l-ps2, LOC667163, LOC432554, Gnb2l1, Trim41, LOC100039945, Trim7, Irgm
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-345D24.bB6Ng01-345D24.g
ACCGA127507GA127508
length1,1571,079
definitionB6Ng01-345D24.b B6Ng01-345D24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,688,051 - 47,689,224)(47,559,581 - 47,560,520)
sequence
gaattctttgtggccataaagcaaaggcacttctatttcaggcagtcttg
tcgatgggtttgttttgattttcctttctagatgtctgagtaattaatca
tcagaggattcctttctctgtcctttaccaagacacatcagtccatgata
gaacatggtagtggcagatacttgtggtcagtagtcacttttcatgatct
tagagttacagagatgcccatgtcttgatagaaagtgtttctcatactct
tgatgtacaggtacagacagtataaatagtccttccactgatggctctgt
actacataaatgaatcattttttgctgcatggatagtggcttattttgcc
agtttagattccattgtgtctttttgtaccaacaccgtggtcatgtttgg
agtttgtggtgatactgttatagtattaactgctatggcactacaatctc
tgtttcctggttagaatcttagttccaccatggttactccagtaccatcc
tgtgaaaacgaatttgccatcattgcccaccattctctacccatgttgat
catcttgcctttgtcttcagttgtcagagttccttgggcgctcctcttca
tttgaacatcagttgctatcacagtctagaacatgataggatatcagagg
ttaaatggaggcttcctcgacctgggtagggatcctggataaggatcact
gtgggaaacaggtagtcaatggcttgtgctttatctgggatattcaatgt
tgacttaaaaagactgttgttgttgctattgtttgaaattagaagactat
tatttcctccaccacattttatatggtgtcacttcacaagctgccttttt
cttgaccttttctttgccttttatgtgctataggatggcacctgcatcac
tgaatgagtattgaatgggttaaagtagtctactcattttgaatttaaca
ggattttagttatagtggaattataatatacttactatcctgcttttgtg
tatgtacactagtcctttgaaaattaaaagtgagaagttcagatgctcac
atagtttgtaatgtttcttttgtgataggtctgagtgacacctgtaactg
tatcattattcctaggtaacatgaaatctagatacctttcccccaattga
ggtattg
gaattccctcaaaatggaaaaggaatgaagatacttgtatctcctatgaa
tgttcaccaaagcacacactcaagcaagaggatataataatcaactagag
aagttggcctacacagtaggcacatattggttagactctgccacagcttc
ccttgtctttttatgtgattacagcaatggagatgatgcaggaactgagc
aacatcaaccttcacttattgtggtgaactttagtgtggccactgtgtgt
ttgtgcccatccaatcattgacaggcaggcaccaacactgagccccaaga
tgccaccattcatcagtatgatagaccagcttcagagaaaggagtgctta
cctcatcaaaggacattttttttctttctagaatagctgtatattctgaa
tagtgatgtaccttccctgtgaataatgtttttaccaaagctactaccat
ccaagtactaacagacttctttattcattatcatgatagtctgcacagca
ttgcttctaagcaggaaatccaggtcataggaaaagaaatatgacaatgg
gtctctgctcatagaatttctgctattactatgttcatcactatattcga
gtatctaagctaatatgagagtgaaattgctttttgagtgtcttgcctcc
tacatgtactcatttattcataaatacatatatataaaatgagacactaa
gacccacatatgagagaaaacacattatatttagcttcctaagcctgaat
attttactcaattgttactaatcaattatagtgttagctacctaggagtg
tcttgtaggactagagaaagattttttaaaaaagattgtgtgaatgcaca
tttaaaagataatgccacttcctgcatagccaggatcatatattcataaa
tcaagagtggaaataagatgcagcaggattctggtttgtcaccgaggatc
cattaaatatatgtttatttttaaatatttatttgttggcatgtatgctt
acatgggtgtgctagcttaacatgcctgtgtgttcagaagccaggtgctg
agattctaaaccaacactcatgatggtcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_47688051_47689224
seq2: B6Ng01-345D24.b_47_1203 (reverse)

seq1  CAATA-CTCAATTGGGGGAAAAGTTATTCTTTAAAATAATCTCATGTACA  49
      ||||| ||||||||||||||| ||   |||        || ||||||   
seq2  CAATACCTCAATTGGGGGAAAGGT--ATCT------AGATTTCATGTTAC  42

seq1  CTAGGGAATTAATGATACAGTTACA-GTGTCACCTTCAAGACCTTATCAC  98
      |||||  | |||||||||||||||| |||||||  || ||||| ||||||
seq2  CTAGG--AATAATGATACAGTTACAGGTGTCAC--TC-AGACC-TATCAC  86

seq1  -AAAGAAACATTAACAAACTATGTGAGCCATCTGAAC-TCTCAACTTTTT  146
       ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||   ||||
seq2  AAAAGAAACATT-ACAAACTATGTGAG-CATCTGAACTTCTCA--CTTTT  132

seq1  AATTTTTCAAAAGGACCTAGTGTACATACAACAAAAGCAGGATAGTAAGT  196
      ||||||   |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AATTTT--CAAAGGA-CTAGTGTACATAC-ACAAAAGCAGGATAGTAAGT  178

seq1  ATATTATAATTCCACTATAACTAAAATCCTGTTAATTTCAAAATGAGTAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATATTATAATTCCACTATAACTAAAATCCTGTTAAATTCAAAATGAGTAG  228

seq1  ACTACTTTAA-CCATTCAATACTCATTCAGTGATGCAGGTGCCATCCTAT  295
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTTTAACCCATTCAATACTCATTCAGTGATGCAGGTGCCATCCTAT  278

seq1  AGCACATAAAAGGCAAAGAAAAGGTCAAGAAAAAGGCAGCTTGTGAAGTG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACATAAAAGGCAAAGAAAAGGTCAAGAAAAAGGCAGCTTGTGAAGTG  328

seq1  ACACCATATAAAATGTGGTGGAGGAAATAATAGTCTTCTAATTTCAAACA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCATATAAAATGTGGTGGAGGAAATAATAGTCTTCTAATTTCAAACA  378

seq1  ATAGCAACAACAACAGTCTTTTTAAGTCAACATTGAATATCCCAGATAAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAACAACAACAGTCTTTTTAAGTCAACATTGAATATCCCAGATAAA  428

seq1  GCACAAGCCATTGACTACCTGTTTCCCACAGTGATCCTTATCCAGGATCC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAGCCATTGACTACCTGTTTCCCACAGTGATCCTTATCCAGGATCC  478

seq1  CTACCCAGGTCGAGGAAGCCTCCATTTAACCTCTGATATCCTATCATGTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCAGGTCGAGGAAGCCTCCATTTAACCTCTGATATCCTATCATGTT  528

seq1  CTAGACTGTGATAGCAACTGATGTTCAAATGAAGAGGAGCGCCCAAGGAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACTGTGATAGCAACTGATGTTCAAATGAAGAGGAGCGCCCAAGGAA  578

seq1  CTCTGACAACTGAAGACAAAGGCAAGATGATCAACATGGGTAGAGAATGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGACAACTGAAGACAAAGGCAAGATGATCAACATGGGTAGAGAATGG  628

seq1  TGGGCAATGATGGCAAATTCGTTTTCACAGGATGGTACTGGAGTAACCAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAATGATGGCAAATTCGTTTTCACAGGATGGTACTGGAGTAACCAT  678

seq1  GGTGGAACTAAGATTCTAACCAGGAAACAGAGATTGTAGTGCCATAGCAG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAACTAAGATTCTAACCAGGAAACAGAGATTGTAGTGCCATAGCAG  728

seq1  TTAATACTATAACAGTATCACCACAAACTCCAAACATGACCACGGTGTTG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATACTATAACAGTATCACCACAAACTCCAAACATGACCACGGTGTTG  778

seq1  GTACAAAAAGACACAATGGAATCTAAACTGGCAAAATAAGCCACTATCCA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAAAAAGACACAATGGAATCTAAACTGGCAAAATAAGCCACTATCCA  828

seq1  TGCAGCAAAAAATGATTCATTTATGTAGTACAGAGCCATCAGTGGAAGGA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCAAAAAATGATTCATTTATGTAGTACAGAGCCATCAGTGGAAGGA  878

seq1  CTATTTATACTGTCTGTACCTGTACATCAAGAGTATGAGAAACACTTTCT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTATACTGTCTGTACCTGTACATCAAGAGTATGAGAAACACTTTCT  928

seq1  ATCAAGACATGGGCATCTCTGTAACTCTAAGATCATGAAAAGTGACTACT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGACATGGGCATCTCTGTAACTCTAAGATCATGAAAAGTGACTACT  978

seq1  GACCACAAGTATCTGCCACTACCATGTTCTATCATGGACTGATGTGTCTT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACAAGTATCTGCCACTACCATGTTCTATCATGGACTGATGTGTCTT  1028

seq1  GGTAAAGGACAGAGAAAGGAATCCTCTGATGATTAATTACTCAGACATCT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAAGGACAGAGAAAGGAATCCTCTGATGATTAATTACTCAGACATCT  1078

seq1  AGAAAGGAAAATCAAAACAAACCCATCGACAAGACTGCCTGAAATAGAAG  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGAAAATCAAAACAAACCCATCGACAAGACTGCCTGAAATAGAAG  1128

seq1  TGCCTTTGCTTTATGGCCACAAAGAATTC  1174
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTGCTTTATGGCCACAAAGAATTC  1157

seq1: chr11_47559581_47560520
seq2: B6Ng01-345D24.g_203_1144

seq1  CTGCCACAGCTTCCCTTGTCTTTTTATGTGATTACAGCAATGGAGATGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCACAGCTTCCCTTGTCTTTTTATGTGATTACAGCAATGGAGATGAT  50

seq1  GCAGGAACTGAGCAACATCAACCTTCACTTATTGTGGTGAACTTTAGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAACTGAGCAACATCAACCTTCACTTATTGTGGTGAACTTTAGTGT  100

seq1  GGCCACTGTGTGTTTGTGCCCATCCAATCATTGACAGGCAGGCACCAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACTGTGTGTTTGTGCCCATCCAATCATTGACAGGCAGGCACCAACA  150

seq1  CTGAGCCCCAAGATGCCACCATTCATCAGTATGATAGACCAGCTTCAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCCCAAGATGCCACCATTCATCAGTATGATAGACCAGCTTCAGAG  200

seq1  AAAGGAGTGCTTACCTCATCAAAGGACATTTTTTTTCTTTCTAGAATAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGTGCTTACCTCATCAAAGGACATTTTTTTTCTTTCTAGAATAGC  250

seq1  TGTATATTCTGAATAGTGATGTACCTTCCCTGTGAATAATGTTTTTACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATTCTGAATAGTGATGTACCTTCCCTGTGAATAATGTTTTTACCA  300

seq1  AAGCTACTACCATCCAAGTACTAACAGACTTCTTTATTCATTATCATGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTACTACCATCCAAGTACTAACAGACTTCTTTATTCATTATCATGAT  350

seq1  AGTCTGCACAGCATTGCTTCTAAGCAGGAAATCCAGGTCATAGGAAAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGCACAGCATTGCTTCTAAGCAGGAAATCCAGGTCATAGGAAAAGA  400

seq1  AATATGACAATGGGTCTCTGCTCATAGAATTTCTGCTATTACTATGTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGACAATGGGTCTCTGCTCATAGAATTTCTGCTATTACTATGTTCA  450

seq1  TCACTATATTCGAGTATCTAAGCTAATATGAGAGTGAAATTGCTTTTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTATATTCGAGTATCTAAGCTAATATGAGAGTGAAATTGCTTTTTGA  500

seq1  GTGTCTTGCCTCCTACATGTACTCATTTATTCATAAATACATATATATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTTGCCTCCTACATGTACTCATTTATTCATAAATACATATATATAA  550

seq1  AATGAGACACTAAGACCCACATATGAGAGAAAACACATTATATTTAGCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGACACTAAGACCCACATATGAGAGAAAACACATTATATTTAGCTT  600

seq1  CCTAAGCCTGAATATTTTACTCAATTGTTACTAATCAATTATAGTGTTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGCCTGAATATTTTACTCAATTGTTACTAATCAATTATAGTGTTAG  650

seq1  CTACCTAGGAGTGTCTTGTAGGACTAGAGAAAGATTTTTTAAAAAAGATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTAGGAGTGTCTTGTAGGACTAGAGAAAGATTTTTTAAAAAAGATT  700

seq1  GTGTGAATGCACATTTAAAAGATAATGCCACTTCCTGCATAGCCAGGATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAATGCACATTTAAAAGATAATGCCACTTCCTGCATAGCCAGGATC  750

seq1  ATATATTCATAAATCAAGAGTGGAAATAAGATGCAGCAGGATTCTGGTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTCATAAATCAAGAGTGGAAATAAGATGCAGCAGGATTCTGGTTT  800

seq1  GTCACCGAGGATCCATTAAATATATGTTTTATTTTTAAATATTTATTTGT  850
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCGAGGATCCATTAAATATATG-TTTATTTTTAAATATTTATTTGT  849

seq1  TGGCATGTATGCTTACATGGGTGTGCTAGCTT-ACATGCCTGTGTGTTCA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGGCATGTATGCTTACATGGGTGTGCTAGCTTAACATGCCTGTGTGTTCA  899

seq1  G-AGCCCAGTGCTGAGA-TCTAAACAACAACTCATGATTGTCC  940
      | ||||  ||||||||| ||||||| |  ||||||||| ||||
seq2  GAAGCCAGGTGCTGAGATTCTAAACCAACACTCATGATGGTCC  942