BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-346C02
Chromosome11 (Build37)
Map Location 59,184,284 - 59,238,943
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm249, 1110031B06Rik
Upstream gene2210415F13Rik, LOC624814, 1810065E05Rik, OTTMUSG00000005737, 4930504O13Rik, Olfr30, Olfr333-ps1, Olfr332, Olfr331, Olfr330, Olfr329, Olfr328, Olfr327-ps1, Olfr325, Olfr324, 2210407C18Rik, Olfr323, Trim58, Olfr216, OTTMUSG00000005755, Olfr320, LOC668058, Olfr319, Olfr318, Olfr317, Olfr316, Olfr315, Olfr314, 3100002J23Rik, Olfr313, Olfr312, GA_x5J8B7W3UM0-1747565-1747342, Olfr311, 2810021J22Rik, Zfp39, Butr1, Rnf187, LOC676691, Hist3h2ba, Hist3h2bb, Hist3h2a, LOC382523, Trim17, Trim11, Obscn, A230051G13Rik, 4930543L23Rik, Gja12, Guk1, Mrpl55, 2310033P09Rik, Arf1, Wnt3a, Wnt9a
Downstream geneJmjd4, BC050078, LOC432565, Zkscan17, Nlrp3, Olfr222, LOC668157, Olfr223, GA_x5J8B7W3UM0-970645-971221, Olfr225, AA536749, 4933433K01Rik, Flcn, Cops3, Nt5m, Med9, Rasd1, Pemt, Rai1, Srebf1, Tom1l2, LOC667892, Lrrc48, Atpaf2, 4933439F18Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-346C02.bB6Ng01-346C02.g
ACCGA128118GA128119
length1,1551,098
definitionB6Ng01-346C02.b B6Ng01-346C02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,237,773 - 59,238,943)(59,184,284 - 59,185,387)
sequence
gaattcactgctgcttcatatctgctttaggcacacaggccaagggtgat
tttatacatttttttcaatgattttgtgcacagactgtttcagagtgtcc
tgaagtttgcagcatatgaactctgggttttaacattagagtcctatgct
gccccaaccccaaatctgctctgttgtcaacttctagtgctagcatgcct
ccttgtccctccagggagcacccatagcaggtacctaatctcttacctca
cttcacctctgcctggccccctctgtccccagagccccagggtcctgtga
ttgtgggtttctgaaaagcctgtagaagtccccaccgcaacactccctgc
tggagtacacaggccatgcatttttatggtttatctggatgaaatcagca
gtaaggtgccctcccattctgtgaccaaaacacgcatagtgtgctctgag
tcatctgtttgctaactctttcttttttttttttttaaagatttatttat
atattatatgtaagtacactgtagctgtcttcagacacaccagaagaggg
tgtcagatctcgttacggatggttgtgagccaccatgtggttgctgggat
ttgaactccggacctttggaagagcagttgggtactcttacccactgagc
catctcaccatcccctgctaactctttctttgctgcttgctgttgtcaca
tgcccagaaggaccgtccccagacactggtgtaggacagtgctcagggct
ctcagcacttatgcctgaagccactcgccatgtccccgaccatacatcac
agtggaggacagaagatggcatctgatcagcttggcccaaactgtctttt
aagacggcttagaagcccttgagagtcctagatataggtatccatcttag
tcatggtgtctattgctatgatgaaaacatcatgagcaaaaagcaagctg
gggaggagaagggcttattctgtgtacacttaaaaaaacagttcatcatt
gaagcagcagacaggaacttcaaaatggcagaacttgagaacagagctga
tgcagagcatgaggaatgctgctgctggctgcttctcatgacctggctca
gctacttctaacagaaatcaggatacagtctgggtaatctcactactgac
ttccc
gaattcctgtccatacattggattatattggtgtattttcatccaaagcc
agttctggcaacaaatgggatgcttctctttcatctgatctcccagagga
ccaggcagtactggggcatctctgtagttgaaggtttgtacatgtctcaa
gaaaatctgttcccagggatgtctattaaatgggagtagggaatgggggt
cactttcttaaatatctgcattgtttacagaatctggtctgctttaagct
tctttctctactaggactagtttttgcttttaaataaaagtgctttttca
ttacttattacatagtgtcttagtcagggtttctattcctgctcaaacat
catgaccaagaagcaaattgggaaggaaagggtttattcagcttacaatt
ccatactgctgtttatcaccaaggaagtcaggattggaactcaaacaagt
caggaggcaggagctgatgcagaggccatggaggaatgttctttactggc
ttgcttccactggcttgctcagcctgctctcttatagaaccaagactacc
agcccagagatggtcccacccacaaggggcctttcccccttgatcactaa
ttgagaaaatgccttacagttggatctcatggaggcatttcctcaactga
agctcctttctctgtgataactccagctgtgtcaagttgacacaaaacca
gccagtacagctagaattaagtataatactttctttgagctcttacatgc
cccccttttcagtaggtggcttccgcctttgtgtgtgtgtgtgtgcgcgc
gctattttgaatttttttttcttttaaaaaagcaacatttcaaactccag
tggtcccttagcatcagtgcagggtcagttttcctttacaagtgcttggt
ccactttcctccgagtctgccacatgccgagaccctcagacacctgctgt
gctttgtagagaacctacatacatccttcttgcgtgcttttccagacagg
ctccctctatgtaagccagctgcctcaaaccgtgactttcttgtctgcat
atctagtgctggattatggatggctactgttccccccatagaacttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_59237773_59238943
seq2: B6Ng01-346C02.b_49_1203 (reverse)

seq1  GGGAAGTCCACGGTAGGTGAGATTACCCCAGGACTGGTAATCCTGGGTTC  50
      |||||||   | ||| ||||||||||||   |||||   ||||||  |||
seq2  GGGAAGT---CAGTA-GTGAGATTACCC--AGACTG--TATCCTGATTTC  42

seq1  TGTAAGAAAGTAGGCTGAG-CAAGTCATGAGAAGCAAGCCAGCAAGCAGC  99
      ||| || ||||| |||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  TGTTAG-AAGTA-GCTGAGCCAGGTCATGAGAAGC-AGCCAGC-AGCAGC  88

seq1  ATTCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGTCTCCAGGTTCCTGCCCATT  149
      |||||| ||||  ||||||||||||||   |||| ||  | ||| |||||
seq2  ATTCCT-CATG--CTCTGCATCAGCTCTGTTCTCAAG--TTCTG-CCATT  132

seq1  TTG-AGTTCCTGTCCTGGCTGCCTTCAATGATGAACTG-TTATGTAAGTG  197
      ||| ||||||||||   |||| |||||||||||||||| || | ||||||
seq2  TTGAAGTTCCTGTC--TGCTG-CTTCAATGATGAACTGTTTTTTTAAGTG  179

seq1  TACACAGAATAAGCCC-TCTCCTCCCCAGCTTGCTTTTTGCTCATGATG-  245
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TACACAGAATAAGCCCTTCTCCTCCCCAGCTTGCTTTTTGCTCATGATGT  229

seq1  TTTCATCATAGCAATAGACACCATGACTAAGATGGATACCTATATCTAGG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATCATAGCAATAGACACCATGACTAAGATGGATACCTATATCTAGG  279

seq1  ACTCTCAAGGGCTTCTAAGCCGTCTTAAAAGACAGTTTGGGCCAAGCTGA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCAAGGGCTTCTAAGCCGTCTTAAAAGACAGTTTGGGCCAAGCTGA  329

seq1  TCAGATGCCATCTTCTGTCCTCCACTGTGATGTATGGTCGGGGACATGGC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATGCCATCTTCTGTCCTCCACTGTGATGTATGGTCGGGGACATGGC  379

seq1  GAGTGGCTTCAGGCATAAGTGCTGAGAGCCCTGAGCACTGTCCTACACCA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGCTTCAGGCATAAGTGCTGAGAGCCCTGAGCACTGTCCTACACCA  429

seq1  GTGTCTGGGGACGGTCCTTCTGGGCATGTGACAACAGCAAGCAGCAAAGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGGGGACGGTCCTTCTGGGCATGTGACAACAGCAAGCAGCAAAGA  479

seq1  AAGAGTTAGCAGGGGATGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGTACCCAAC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTAGCAGGGGATGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGTACCCAAC  529

seq1  TGCTCTTCCAAAGGTCCGGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTCCAAAGGTCCGGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTC  579

seq1  ACAACCATCCGTAACGAGATCTGACACCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGAC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCATCCGTAACGAGATCTGACACCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGAC  629

seq1  AGCTACAGTGTACTTACATATAATATATAAATAAATCTTTAAAAAAAAAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACAGTGTACTTACATATAATATATAAATAAATCTTTAAAAAAAAAA  679

seq1  AAAAGAAAGAGTTAGCAAACAGATGACTCAGAGCACACTATGCGTGTTTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAGAGTTAGCAAACAGATGACTCAGAGCACACTATGCGTGTTTT  729

seq1  GGTCACAGAATGGGAGGGCACCTTACTGCTGATTTCATCCAGATAAACCA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACAGAATGGGAGGGCACCTTACTGCTGATTTCATCCAGATAAACCA  779

seq1  TAAAAATGCATGGCCTGTGTACTCCAGCAGGGAGTGTTGCGGTGGGGACT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATGCATGGCCTGTGTACTCCAGCAGGGAGTGTTGCGGTGGGGACT  829

seq1  TCTACAGGCTTTTCAGAAACCCACAATCACAGGACCCTGGGGCTCTGGGG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGGCTTTTCAGAAACCCACAATCACAGGACCCTGGGGCTCTGGGG  879

seq1  ACAGAGGGGGCCAGGCAGAGGTGAAGTGAGGTAAGAGATTAGGTACCTGC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGGGGGCCAGGCAGAGGTGAAGTGAGGTAAGAGATTAGGTACCTGC  929

seq1  TATGGGTGCTCCCTGGAGGGACAAGGAGGCATGCTAGCACTAGAAGTTGA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGTGCTCCCTGGAGGGACAAGGAGGCATGCTAGCACTAGAAGTTGA  979

seq1  CAACAGAGCAGATTTGGGGTTGGGGCAGCATAGGACTCTAATGTTAAAAC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGAGCAGATTTGGGGTTGGGGCAGCATAGGACTCTAATGTTAAAAC  1029

seq1  CCAGAGTTCATATGCTGCAAACTTCAGGACACTCTGAAACAGTCTGTGCA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGTTCATATGCTGCAAACTTCAGGACACTCTGAAACAGTCTGTGCA  1079

seq1  CAAAATCATTGAAAAAAATGTATAAAATCACCCTTGGCCTGTGTGCCTAA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATCATTGAAAAAAATGTATAAAATCACCCTTGGCCTGTGTGCCTAA  1129

seq1  AGCAGATATGAAGCAGCAGTGAATTC  1171
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGATATGAAGCAGCAGTGAATTC  1155

seq1: chr11_59184284_59185387
seq2: B6Ng01-346C02.g_67_1164

seq1  GAATTCCTGTCCATACATTGGATTATATTGGTGTATTTTCATCCAAAGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTCCATACATTGGATTATATTGGTGTATTTTCATCCAAAGCC  50

seq1  AGTTCTGGCAACAAATGGGATGCTTCTCTTTCATCTGATCTCCCAGAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGGCAACAAATGGGATGCTTCTCTTTCATCTGATCTCCCAGAGGA  100

seq1  CCAGGCAGTACTGGGGCATCTCTGTAGTTGAAGGTTTGTACATGTCTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCAGTACTGGGGCATCTCTGTAGTTGAAGGTTTGTACATGTCTCAA  150

seq1  GAAAATCTGTTCCCAGGGATGTCTATTAAATGGGAGTAGGGAATGGGGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATCTGTTCCCAGGGATGTCTATTAAATGGGAGTAGGGAATGGGGGT  200

seq1  CACTTTCTTAAATATCTGCATTGTTTACAGAATCTGGTCTGCTTTAAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTCTTAAATATCTGCATTGTTTACAGAATCTGGTCTGCTTTAAGCT  250

seq1  TCTTTCTCTACTAGGACTAGTTTTTGCTTTTAAATAAAAGTGCTTTTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTCTACTAGGACTAGTTTTTGCTTTTAAATAAAAGTGCTTTTTCA  300

seq1  TTACTTATTACATAGTGTCTTAGTCAGGGTTTCTATTCCTGCTCAAACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTATTACATAGTGTCTTAGTCAGGGTTTCTATTCCTGCTCAAACAT  350

seq1  CATGACCAAGAAGCAAATTGGGAAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACCAAGAAGCAAATTGGGAAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACAATT  400

seq1  CCATACTGCTGTTTATCACCAAGGAAGTCAGGATTGGAACTCAAACAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACTGCTGTTTATCACCAAGGAAGTCAGGATTGGAACTCAAACAAGT  450

seq1  CAGGAGGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGGAATGTTCTTTACTGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGGAATGTTCTTTACTGGC  500

seq1  TTGCTTCCACTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCAAGACTACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTCCACTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCAAGACTACC  550

seq1  AGCCCAGAGATGGTCCCACCCACAAGGGGCCTTTCCCCCTTGATCACTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGAGATGGTCCCACCCACAAGGGGCCTTTCCCCCTTGATCACTAA  600

seq1  TTGAGAAAATGCCTTACAGTTGGATCTCATGGAGGCATTTCCTCAACTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAAAATGCCTTACAGTTGGATCTCATGGAGGCATTTCCTCAACTGA  650

seq1  AGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAAGTTGACACAAAACCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAAGTTGACACAAAACCA  700

seq1  GCCAGTACAGCTAGAATTAAGTATAATACTTTCTTTGAGCTCTTACATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTACAGCTAGAATTAAGTATAATACTTTCTTTGAGCTCTTACATGC  750

seq1  CCCCCTTTTCAGTAGGTGGCTTCCGCCTTTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTTTTCAGTAGGTGGCTTCCGCCTTTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGC  800

seq1  GCTATTTTGAA-TTTTTTTTCTTTTAAAAAAGCAACATTTCAAACTCCAG  849
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTTTGAATTTTTTTTTCTTTTAAAAAAGCAACATTTCAAACTCCAG  850

seq1  TGGTCCCTTAGCATCAGTGCAGGGTCAGTTTTCCTTTACAAGTGCTTGGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCCTTAGCATCAGTGCAGGGTCAGTTTTCCTTTACAAGTGCTTGGT  900

seq1  CCACTTTCCTCCGAGTCTGCCACATGCCGAGACCCTCAGACACCTGCTGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTTCCTCCGAGTCTGCCACATGCCGAGACCCTCAGACACCTGCTGT  950

seq1  GCTTTGTAGAGAACCTACATACATCCTTC-TGCGTGCTTTTTCCAGACAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  GCTTTGTAGAGAACCTACATACATCCTTCTTGCGTGC-TTTTCCAGACAG  999

seq1  GCTCCCTCTATGTAGGCCAGGCTGGCCTCAAACCGTGACCTTTCTGTTCC  1048
      |||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| ||  |||  |
seq2  GCTCCCTCTATGTAAGCCA-GCT-GCCTCAAACCGTGACTTTCTTGT--C  1045

seq1  TGCATATCTAGTGCTGGAATTATGGGAATGGGCTACTGTTCCCCCCATAG  1098
      ||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATCTAGTGCTGG-ATTATGG--AT-GGCTACTGTTCCCCCCATAG  1091

seq1  -ACTTAA  1104
       ||||||
seq2  AACTTAA  1098