BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-346C04
Chromosome11 (Build37)
Map Location 4,482,240 - 4,629,108
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMtmr3, OTTMUSG00000005065, Ascc2, 1110020P15Rik, Zmat5
Upstream geneMap1lc3-5, LOC625608, Tug1, Morc2a, LOC664900, Osbp2, LOC664920, 4921536K21Rik, Dusp18, Slc35e4, Tcn2, LOC100041720, Pes1, Gal3st1, Sec14l4, Sec14l3, 1700020C11Rik, Sec14l2, LOC625729, Rnf215, 4930562D19Rik, Sf3a1, Tbc1d10a, 2410008K03Rik, LOC625760, Osm, Lif, Hormad2, LOC100041006
Downstream geneCabp7, Nf2, Nipsnap1, Thoc5, Nefh, Ap1b1, Rasl10a, Gas2l1, Ewsr1, Rhbdd3, Emid1, Kremen1, Znrf3, LOC100042016, LOC382478, Xbp1, Ccdc117, LOC100041183, Ankrd36, LOC665181, Mrps24, 2010005J08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-346C04.bB6Ng01-346C04.g
ACCGA128122GA128123
length1,2271,113
definitionB6Ng01-346C04.b B6Ng01-346C04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,482,240 - 4,483,489)(4,627,994 - 4,629,108)
sequence
gaattccaggatagccaaggttacacagagaaaccctgtcttaaaaaaac
aaacaaaagggctggagagatggctcagtggttaagagcactagcactga
ctgctcttccagagggcctggattcaattcccagaaaccaaatggtggct
cacagcccaaccactagtctgatgccctcttctggtgtgtctaaagacag
ctacaaatgtactcatataaattaaataaataaaactttaaaacatttgg
tatagcattggaaatgtaaatgagctaaatacctaataaaaaaaaatgga
aaaaaaaaaaaaaaactttaaaacaaacaaaaagctgaatcagctagata
ttatatttgagtgtacatacatgtacaggtcaagtatcaatatcaagtgt
cttactcaattactctctactttattttctgagacaggctctctcactga
acccagaacccatgattccactgagacagtgaaatctcttgccttaacca
gcactgggattatagacatacacctggttttttatgtgggtgataggata
caaactcttcaggcttatatacgttctatcaagcacgcttccaactgagt
catctcttcagccacaggcactttactttttccatcaaaacaataaatac
atgggcatacatacatgtgtatactttctagcacctttagttgtaattat
caaaatctaaaaacaatacaataaaataagagatataaactgtggcatat
tcatacaacaaaatactattctgaagtaaaaactgattactgataaccaa
aaacaggatgagtatcaaatcacactatatcaagtacaatatgccatatt
ataacctctgcctttcaaaggcagaatcactgcatgttcaaagccaccct
agtataccacaggaagtttcaggacagccagaaatacatatagtgagatg
ccatctcactataaaggctgcatgctgtggtggcccatacatagaatttt
aaatagacaagccataaaagaaaacaacagccagagaccagactactacc
caagactgcagaaaagtgttgtgatatcaataactatctctgatcatata
gttttacaattatgtgtctaactaaacactaggggctgaagatgctcagc
gttaagagccactctgctcttcaaagtcctgtgaattccaattccagcca
ccacatggtggctcaagagtccacccg
gaattcttaatgcttgtggctacacctcccaagtgaagatgggccagcac
cagcacaccaatcctatactcatttccttatgagtttaggccttcaaagg
aacacctagcacacgtggctgtgactctgaacttgtaattctagacctgt
tcttatctctgttctgctggctgggaaagagaacacaagagatcaggctc
cctggcgaacttaaccagctgatctatgacctccgtagtcttccctggct
tatgtctctgagggcttcttattctaagtgagccagtaaaatcctattca
acatctgagggtctttctaggtgagaagaccttcctagagatgttacaac
tgaccaagactacaagtagtttagtaggcagggactggaggagacacgac
tgggtgctgtaggccagacaagatgacgcttttctgtcaggagcagagtt
gagcttacctgtcagcaggaatttcctgcagggccgcttgttctgttcat
ccagcaagatggcagctgcatctggaagaaaaggctggattcagatggct
ccacctgggagggagagcctcggggtgtgacatcagtggtacacagccct
aaggagagagctctctatccatggaggagtgtaagctggggttggccaca
gtgatggagatggacagaggtgttcaaatcgaggtaacctccactcccta
cacccactcgggaccagctaaaaccatgaagcagcttgaggctagaggct
ctgagcagcaggttgtctgcacaatgggttcagatggggaagtttatttg
aaaaatctagcaccacaggacctctgtgtacttcctgcaagctggtgagc
agtcacagagcacacacatgtcctactccatggcagccacacatacaaca
gtgacctatcacttagtgatgtcatgactgctctagttggtgacagctac
acaacaatgtgtccttgttattaagtgacacatagtatttcaacatgaaa
aacttttctcaaagtcctgatgcaccagatggcatcccgccaggcctagg
taatggctgaagaggggagctgtgaccccccactcttcattctcttgcca
tcagtggtggaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_4482240_4483489
seq2: B6Ng01-346C04.b_45_1271

seq1  GAATTCCAGGATAGCCAAGGTTACACAGAGAAACCCTGTCTTAAAAAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGATAGCCAAGGTTACACAGAGAAACCCTGTCTTAAAAAAAC  50

seq1  AAACAAAAGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTAGCACTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAAGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTAGCACTGA  100

seq1  CTGCTCTTCCAGAGGGCCTGGATTCAATTCCCAGAAACCAAATGGTGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTTCCAGAGGGCCTGGATTCAATTCCCAGAAACCAAATGGTGGCT  150

seq1  CACAGCCCAACCACTAGTCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTAAAGACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCCCAACCACTAGTCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTAAAGACAG  200

seq1  CTACAAATGTACTCATATAAATTAAATAAATAAAACTTTAAAACATTTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAATGTACTCATATAAATTAAATAAATAAAACTTTAAAACATTTGG  250

seq1  TATAGCATTGGAAATGTAAATGAGCTAAATACCTAATAAAAAAAAATGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCATTGGAAATGTAAATGAGCTAAATACCTAATAAAAAAAAATGGA  300

seq1  AAAAAAAAAAAAAAACTTTAAAACAAACAAAAAGCTGAATCAGCTAGATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAAAACTTTAAAACAAACAAAAAGCTGAATCAGCTAGATA  350

seq1  TTATATTTGAGTGTACATACATGTACAGGTCAAGTATCAATATCAAGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTTGAGTGTACATACATGTACAGGTCAAGTATCAATATCAAGTGT  400

seq1  CTTACTCAATTACTCTCTACTTTATTTTCTGAGACAGGCTCTCTCACTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTCAATTACTCTCTACTTTATTTTCTGAGACAGGCTCTCTCACTGA  450

seq1  ACCCAGAACCCATGATTCCACTGAGACAGTGAAATCTCTTGCCTTAACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGAACCCATGATTCCACTGAGACAGTGAAATCTCTTGCCTTAACCA  500

seq1  GCACTGGGATTATAGACATACACCTGGTTTTTTATGTGGGTGATAGGATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGGATTATAGACATACACCTGGTTTTTTATGTGGGTGATAGGATA  550

seq1  CAAACTCTTCAGGCTTATATACGTTCTATCAAGCACGCTTCCAACTGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTCTTCAGGCTTATATACGTTCTATCAAGCACGCTTCCAACTGAGT  600

seq1  CATCTCTTCAGCCACAGGCACTTTACTTTTTCCATCAAAACAATAAATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTTCAGCCACAGGCACTTTACTTTTTCCATCAAAACAATAAATAC  650

seq1  ATGGGCATACATACATGTGTATACTTTCTAGCACCTTTAGTTGTAATTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCATACATACATGTGTATACTTTCTAGCACCTTTAGTTGTAATTAT  700

seq1  CAAAATCTAAAAACAATACAATAAAATAAGAGATATAAACTGTGGCATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATCTAAAAACAATACAATAAAATAAGAGATATAAACTGTGGCATAT  750

seq1  TCATACAACAAAATACTATTCTGAAGTAAAAACTGATTACTGATAACCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACAACAAAATACTATTCTGAAGTAAAAACTGATTACTGATAACCAA  800

seq1  AAACAGGATGAGTATCAAATCACACTATATCAAGTACAATATGCCATATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGATGAGTATCAAATCACACTATATCAAGTACAATATGCCATATT  850

seq1  ATAACCTCTGCCTTTCAAAGGCAGAATCACTGCATGTTCAAAGCCACCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCTCTGCCTTTCAAAGGCAGAATCACTGCATGTTCAAAGCCACCCT  900

seq1  AGTATA-CACAGGAAGTTTCAGGACAGCCAGAAATACATATAGTGAGATG  949
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATACCACAGGAAGTTTCAGGACAGCCAGAAATACATATAGTGAGATG  950

seq1  CCATCTCACTATAAAGGCTGCATGCTGT-GTGGCCCATACATAGAATTTT  998
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCACTATAAAGGCTGCATGCTGTGGTGGCCCATACATAGAATTTT  1000

seq1  AAAATAGACAAAGCCATAAAAAGAAAACAAACAGCCAGAGACCAGACTAA  1048
       |||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  -AAATAGAC-AAGCCAT-AAAAGAAAAC-AACAGCCAGAGACCAGACT-A  1045

seq1  CTACACAAAGGACTGCAAGAAAAGTGTTTGTGATTATCAAATAAACTATT  1098
      |||| |||  |||||| ||||||||| |||||| ||||||   |||||  
seq2  CTACCCAA--GACTGC-AGAAAAGTG-TTGTGA-TATCAA--TAACTA--  1086

seq1  CTTCCTTGATCATAATAGTTTTTACAAAATTATGTGTCTAAAACTAAACA  1148
        ||  ||||||| ||||||||   | ||||||||||||  |||||||||
seq2  --TCTCTGATCAT-ATAGTTTT---ACAATTATGTGTCT--AACTAAACA  1128

seq1  CTAGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACTCACTGCTCTTCC  1198
      |||||||||| |||    ||||||| ||||||||| | | ||||||||| 
seq2  CTAGGGGCTGAAGA---TGCTCAGC-GTTAAGAGC-CACTCTGCTCTTC-  1172

seq1  AAAAGTCC--TGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTC-ACAG-C  1244
       |||||||  ||| ||| ||| ||||| ||||||||||||||| | || |
seq2  -AAAGTCCTGTGAATTCCAATTCCAGCCACCACATGGTGGCTCAAGAGTC  1221

seq1  CACCCG  1250
      ||||||
seq2  CACCCG  1227

seq1: chr11_4627994_4629108
seq2: B6Ng01-346C04.g_73_1185 (reverse)

seq1  TCTCCACCACTGATGCCAGGAGAAATGAAGAGT-GGGGGTCACAGCCTCC  49
      ||||||||||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||  ||
seq2  TCTCCACCACTGATGGCAAGAG-AATGAAGAGTGGGGGGTCACAGCTCCC  49

seq1  CTCTTCAAGCCA-TACCTAGGCCCTGGCGGGATGCCATCCTGTGCATCAG  98
      |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||||||||
seq2  CTCTTC-AGCCATTACCTAGG-CCTGGCGGGATGCCATCTGGTGCATCAG  97

seq1  GACTTTGAGAAAAGTTTTTCATGTTGAAATACTATGTGTCACTTAATAAC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTGAGAAAAGTTTTTCATGTTGAAATACTATGTGTCACTTAATAAC  147

seq1  AAGGACACATTGTTGTGTAGCTGTCACCAACTAGAGCAGTCATGACATCA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACACATTGTTGTGTAGCTGTCACCAACTAGAGCAGTCATGACATCA  197

seq1  CTAAGTGATAGGTCACTGTTGTATGTGTGGCCTGCCATGGAGTAGGACAT  248
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTGATAGGTCACTGTTGTATGTGTGG-CTGCCATGGAGTAGGACAT  246

seq1  GTGTGTGCTCTGTGACTGCTCACCAGCTTGCAGGAAGTACACAGAGGTCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGCTCTGTGACTGCTCACCAGCTTGCAGGAAGTACACAGAGGTCC  296

seq1  TGTGGTGCTAGATTTTTCAAATAAACTTCCCCATCTGAACCCATTGTGCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGCTAGATTTTTCAAATAAACTTCCCCATCTGAACCCATTGTGCA  346

seq1  GACAACCTGCTGCTCAGAGCCTCTAGCCTCAAGCTGCTTCATGGTTTTAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACCTGCTGCTCAGAGCCTCTAGCCTCAAGCTGCTTCATGGTTTTAG  396

seq1  CTGGTCCCGAGTGGGTGTAGGGAGTGGAGGTTACCTCGATTTGAACACCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCCCGAGTGGGTGTAGGGAGTGGAGGTTACCTCGATTTGAACACCT  446

seq1  CTGTCCATCTCCATCACTGTGGCCAACCCCAGCTTACACTCCTCCATGGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCATCTCCATCACTGTGGCCAACCCCAGCTTACACTCCTCCATGGA  496

seq1  TAGAGAGCTCTCTCCTTAGGGCTGTGTACCACTGATGTCACACCCCGAGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAGCTCTCTCCTTAGGGCTGTGTACCACTGATGTCACACCCCGAGG  546

seq1  CTCTCCCTCCCAGGTGGAGCCATCTGAATCCAGCCTTTTCTTCCAGATGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCCTCCCAGGTGGAGCCATCTGAATCCAGCCTTTTCTTCCAGATGC  596

seq1  AGCTGCCATCTTGCTGGATGAACAGAACAAGCGGCCCTGCAGGAAATTCC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCCATCTTGCTGGATGAACAGAACAAGCGGCCCTGCAGGAAATTCC  646

seq1  TGCTGACAGGTAAGCTCAACTCTGCTCCTGACAGAAAAGCGTCATCTTGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGACAGGTAAGCTCAACTCTGCTCCTGACAGAAAAGCGTCATCTTGT  696

seq1  CTGGCCTACAGCACCCAGTCGTGTCTCCTCCAGTCCCTGCCTACTAAACT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTACAGCACCCAGTCGTGTCTCCTCCAGTCCCTGCCTACTAAACT  746

seq1  ACTTGTAGTCTTGGTCAGTTGTAACATCTCTAGGAAGGTCTTCTCACCTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTAGTCTTGGTCAGTTGTAACATCTCTAGGAAGGTCTTCTCACCTA  796

seq1  GAAAGACCCTCAGATGTTGAATAGGATTTTACTGGCTCACTTAGAATAAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACCCTCAGATGTTGAATAGGATTTTACTGGCTCACTTAGAATAAG  846

seq1  AAGCCCTCAGAGACATAAGCCAGGGAAGACTACGGAGGTCATAGATCAGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCTCAGAGACATAAGCCAGGGAAGACTACGGAGGTCATAGATCAGC  896

seq1  TGGTTAAGTTCGCCAGGGAGCCTGATCTCTTGTGTTCTCTTTCCCAGCCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTAAGTTCGCCAGGGAGCCTGATCTCTTGTGTTCTCTTTCCCAGCCA  946

seq1  GCAGAACAGAGATAAGAACAGGTCTAGAATTACAAGTTCAGAGTCACAGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAACAGAGATAAGAACAGGTCTAGAATTACAAGTTCAGAGTCACAGC  996

seq1  CACGTGTGCTAGGTGTTCCTTTGAAGGCCTAAACTCATAAGGAAATGAGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGTGCTAGGTGTTCCTTTGAAGGCCTAAACTCATAAGGAAATGAGT  1046

seq1  ATAGGATTGGTGTGCTGGTGCTGGCCCATCTTCACTTGGGAGGTGTAGCC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGATTGGTGTGCTGGTGCTGGCCCATCTTCACTTGGGAGGTGTAGCC  1096

seq1  ACAAGCATTAAGAATTC  1115
      |||||||||||||||||
seq2  ACAAGCATTAAGAATTC  1113