BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-346G01
Chromosome11 (Build37)
Map Location 8,727,997 - 8,893,746
singlet/doubletdoublet
Overlap genePkd1l1, LOC624800, Hus1
Upstream geneLOC665380, Tns3, LOC638720
Downstream geneSunc1, OTTMUSG00000005148, Upp1, LOC626887, LOC100041469, Abca13, LOC665435
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-346G01.bB6Ng01-346G01.g
ACCGA128293GA128294
length1,1451,201
definitionB6Ng01-346G01.b B6Ng01-346G01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,727,997 - 8,729,152)(8,892,562 - 8,893,746)
sequence
gaattcctaggaacactgaaattaatgtgaaactgtgtgagcctggtctg
tagagagctatagttgcatgaatgtttgtgataggttatttcttccccaa
aggaaaactgttgaagtgctaatcttcaatgcctgggatttaaggctttg
tgggaactgagacgtggtcatcacagggctctctagtccagcacaaccag
gttgttctagaaagagaaaatcaggcagtagagaaacacagatggggaac
atgccagttaacattagactgcccaagcccaggagtacggagaagctggg
aagaaggccaggcaagctctttcctccagggccatgggccccaggtctcc
agactgtgagacatcatatttctgattgtgatatttgttactgtactcca
gtgaacaaatacagccctttatcttgtatttaagggcaatcattgttaag
cctgcttgaagccgatgaaacaaaaactgctttaaaaagcaatgggctga
tagcacattctaaccctggaaaattcaaggattccagtctcgtgaccccc
actagagagaacgcggcttttgtaactaaagcccgtgctcagtgacatag
aagccctggtttatatccagtgttgtgaatgccaggcttgcacacatcca
gaggaagggggtatgtgtaccactatttcagcattttggcgcttgtgtgc
cagaagaggataaatcaggagccacaggacatttctcccctttaagctgt
ctcagcagacacagtgtggaagctgagaatgcttatctcagaaggctccc
cgactcggcatctagggttgggtgttacatttctggcacccctgatacac
ccaatagttgtaaatcacatctaagcagttctattaagtttaatgagctt
ttcttgtgatgtccttccaagaaaataacacccagatatactttaaaata
tggagaaacttaagagaaaaaaccttcttagaactattaagctatggtct
actgtgtgaccccgtctttgtgcagtctgggcttgttgcaaccacagaga
actttcgaagcttttcagtgggaaataagttcaaacttacaaaaaatgct
gtagactccaaaattccaatctggctctcaagttgcccatcaact

gaattcagggtagtcgtcttgttgctggaaagttagtagttggaattatg
tggtgacacactccagttctgtgcttttgtgtggattctgatggagagtc
taaagggagcatgagttggtcatttttcttctaaaaacagtgttaaacta
agagatgataaattagaatcatttggacattgatggtaggaggggtgtta
gtaccaatgtcctgaaggtcacttggctatttactatccgtgggaaagct
tgaaactgcttcctttgacttaatacttatgcttgtaagagtcatttaac
acaggttataatcaaagcttagtactgttataaataagaaatttcctaat
gtgaatgaacagggaattggtagataatctgtgctgtgatgtaatatcat
accctaatgcaatacaataaagtgctgctaatatggtaacaaaccagtgg
gatgttggtgtccatggtgtgacattaaagaccaggaagcctgggtgttt
ttgacttcagtctttttatatttgtgtattttctaacaatttcacaacca
acattgtaatgacaatatttttatagaatgaaataaatatttataattta
actattacttggaattcatttattaatgcacatatttatctggcagcttt
catttcctgaacattatacattacgcttaattttcgtagcacatccttat
ttaccagagtgggaagactttttgtggtgttagactttttgtggtgttga
atttgtactaggttcatagtactgaaccttggattaataaggccctctta
cgtggatgaatttattcttatcatgggcccaacattgaacaaatttagct
agctgtccttcatttgttgacaaagtatgagaagaaaggttgaggctgat
aagatggctcagtgagtaagaagtacttgctgccaagcctaattacctgg
agtttgaacttgagaacacacagtgtgaagtgggagaaacaacagaagtt
tatcctctgatctccacatctatgtatggcactggcataacatgcatgtt
gcacacatacacacaacacacaccacacataccaagtgaatgtacttacc
ctcctacgatgcaaatagcgagcgggtaacaagaattgtgaagttcttcc
atgggcatgttccagtatagcggaacctccattcacgaagtcgcccttca
c
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_8727997_8729152
seq2: B6Ng01-346G01.b_46_1190

seq1  GAATTCCTAGGAACACTGAAATTAATGTGAAACTGTGTGAGCCTGGTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGGAACACTGAAATTAATGTGAAACTGTGTGAGCCTGGTCTG  50

seq1  TAGAGAGCTATAGTTGCATGAATGTTTGTGATAGGTTATTTCTTCCCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAGCTATAGTTGCATGAATGTTTGTGATAGGTTATTTCTTCCCCAA  100

seq1  AGGAAAACTGTTGAAGTGCTAATCTTCAATGCCTGGGATTTAAGGCTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAACTGTTGAAGTGCTAATCTTCAATGCCTGGGATTTAAGGCTTTG  150

seq1  TGGGAACTGAGACGTGGTCATCACAGGGCTCTCTAGTCCAGCACAACCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAACTGAGACGTGGTCATCACAGGGCTCTCTAGTCCAGCACAACCAG  200

seq1  GTTGTTCTAGAAAGAGAAAATCAGGCAGTAGAGAAACACAGATGGGGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTCTAGAAAGAGAAAATCAGGCAGTAGAGAAACACAGATGGGGAAC  250

seq1  ATGCCAGTTAACATTAGACTGCCCAAGCCCAGGAGTACGGAGAAGCTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAGTTAACATTAGACTGCCCAAGCCCAGGAGTACGGAGAAGCTGGG  300

seq1  AAGAAGGCCAGGCAAGCTCTTTCCTCCAGGGCCATGGGCCCCAGGTCTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGGCCAGGCAAGCTCTTTCCTCCAGGGCCATGGGCCCCAGGTCTCC  350

seq1  AGACTGTGAGACATCATATTTCTGATTGTGATATTTGTTACTGTACTCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGTGAGACATCATATTTCTGATTGTGATATTTGTTACTGTACTCCA  400

seq1  GTGAACAAATACAGCCCTTTATCTTGTATTTAAGGGCAATCATTGTTAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACAAATACAGCCCTTTATCTTGTATTTAAGGGCAATCATTGTTAAG  450

seq1  CCTGCTTGAAGCCGATGAAACAAAAACTGCTTTAAAAAGCAATGGGCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTTGAAGCCGATGAAACAAAAACTGCTTTAAAAAGCAATGGGCTGA  500

seq1  TAGCACATTCTAACCCTGGAAAATTCAAGGATTCCAGTCTCGTGACCCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACATTCTAACCCTGGAAAATTCAAGGATTCCAGTCTCGTGACCCCC  550

seq1  ACTAGAGAGAACGCGGCTTTTGTAACTAAAGCCCGTGCTCAGTGACATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAGAGAACGCGGCTTTTGTAACTAAAGCCCGTGCTCAGTGACATAG  600

seq1  AAGCCCTGGTTTATATCCAGTGTTGTGAATGCCAGGCTTGCACACATCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCTGGTTTATATCCAGTGTTGTGAATGCCAGGCTTGCACACATCCA  650

seq1  GAGGAAGGGGGTATGTGTACCACTATTTCAGCATTTTGGCGCTTGTGTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGGGGGTATGTGTACCACTATTTCAGCATTTTGGCGCTTGTGTGC  700

seq1  CAGAAGAGGATAAATCAGGAGCCACAGGACATTTCTCCCCTTTAAGCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAGGATAAATCAGGAGCCACAGGACATTTCTCCCCTTTAAGCTGT  750

seq1  CTCAGCAGACACAGTGTGGAAGCTGAGAATGCTTATCTCAGAAGGCTCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCAGACACAGTGTGGAAGCTGAGAATGCTTATCTCAGAAGGCTCCC  800

seq1  CGACTCGGCATCTAGGGTTGGGTGTTACATTTCTGGCACCCCTGATACAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACTCGGCATCTAGGGTTGGGTGTTACATTTCTGGCACCCCTGATACAC  850

seq1  CCAATAGTTGTAAATCACATCTAAGCAGTTCTATTAAGTTTAATGAGCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATAGTTGTAAATCACATCTAAGCAGTTCTATTAAGTTTAATGAGCTT  900

seq1  TTCTTGTGATGTCCTTCCAAGAAAATAACACCAAGATATACTTTAAAATA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTGATGTCCTTCCAAGAAAATAACACCCAGATATACTTTAAAATA  950

seq1  TGGAGAAACTTAAGAGAAAAAAACCTTCTTAGAACTATTAAAGCTATGGT  1000
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGGAGAAACTTAAGAG-AAAAAACCTTCTTAGAACTATT-AAGCTATGGT  998

seq1  CTACTGTGGTGACCCCGTCTTTGTGCAGTTCCTGGGCTTG-TGCAACACA  1049
      ||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||   
seq2  CTACTGT-GTGACCCCGTCTTTGTGCAGT--CTGGGCTTGTTGCAACCAC  1045

seq1  AGAG-ACTTTCGAAAGCTTTTCAGTGGGAAATAGTTTCAAACTTACAAAA  1098
      |||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||
seq2  AGAGAACTTTCG-AAGCTTTTCAGTGGGAAATAAGTTCAAACTTACAAAA  1094

seq1  AATGCTGTAAGAACTCCAAAAATTTCACAAATCCTGCTCTCAAAGTTGCC  1148
      |||||||||   ||||||||| |    | ||||  |||||| ||||||||
seq2  AATGCTGTA--GACTCCAAAATT----CCAATCTGGCTCTC-AAGTTGCC  1137

seq1  CATCAACT  1156
      ||||||||
seq2  CATCAACT  1145


seq1: chr11_8892562_8893746
seq2: B6Ng01-346G01.g_65_1265 (reverse)

seq1  GTGAAGG--GGCCTGGTGAATGGAGGTT-CGC--TACTGGGAACATGCCA  45
      |||||||  | | | ||||||||||||| |||  |||| |||||||||| 
seq2  GTGAAGGGCGACTTCGTGAATGGAGGTTCCGCTATACT-GGAACATGCCC  49

seq1  TTGAAAGGGACATCA-ATGTCTTGGTTTTCCCGCTCTGCTTTTTGCCTCG  94
       || || | || ||| |  |||||  || ||||||| ||| ||||| |||
seq2  ATGGAA-GAACTTCACAATTCTTG--TTACCCGCTC-GCTATTTGCATCG  95

seq1  TAGGA-GGTAAGTTACATTCACTT-GTTTGTGT-GTGTGTG-TGTGTGTG  140
      ||||| |||||| ||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||| 
seq2  TAGGAGGGTAAG-TACATTCACTTGGTATGTGTGGTGTGTGTTGTGTGTA  144

seq1  TGTGTGC-ACATGCATG-TATGCCAGTG-CATACATAGATGTGGAGATCA  187
      ||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCAACATGCATGTTATGCCAGTGCCATACATAGATGTGGAGATCA  194

seq1  GAGGAT-AACTTCTGTTG-TTCT-CCACTTCCACACTGTGTG-TCTCAAG  233
      |||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||
seq2  GAGGATAAACTTCTGTTGTTTCTCCCACTT-CACACTGTGTGTTCTCAAG  243

seq1  TTCAAACT-CAGGTAATTAGGCTTGGCAGCAAGTAC-TCTTACTCACTGA  281
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTCAAACTCCAGGTAATTAGGCTTGGCAGCAAGTACTTCTTACTCACTGA  293

seq1  GCCATCTTATCAGCCTCAACCTTTCTTCTCATACTTTGTCA--CAATGAA  329
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||
seq2  GCCATCTTATCAGCCTCAACCTTTCTTCTCATACTTTGTCAACAAATGAA  343

seq1  GGACAGCTAGCT-AATTTGTTC-ATGTTGGGCCCATGATAAGAATAAATT  377
      |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGCTAGCTAAATTTGTTCAATGTTGGGCCCATGATAAGAATAAATT  393

seq1  CATCCACGTAAGAGGGCCTTATTAATCCAAGGTTCAGTACTATGAACCTA  427
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCACGTAAGAGGGCCTTATTAATCCAAGGTTCAGTACTATGAACCTA  443

seq1  GTACAAATTCAACACCACAAAAAGTCTAACACCACAAAAAGTCTTCCCAC  477
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAAATTCAACACCACAAAAAGTCTAACACCACAAAAAGTCTTCCCAC  493

seq1  TCTGGTAAATAAGGATGTGCTACGAAAATTAAGCGTAATGTATAATGTTC  527
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTAAATAAGGATGTGCTACGAAAATTAAGCGTAATGTATAATGTTC  543

seq1  AGGAAATGAAAGCTGCCAGATAAATATGTGCATTAATAAATGAATTCCAA  577
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATGAAAGCTGCCAGATAAATATGTGCATTAATAAATGAATTCCAA  593

seq1  GTAATAGTTAAATTATAAATATTTATTTCATTCTATAAAAATATTGTCAT  627
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAGTTAAATTATAAATATTTATTTCATTCTATAAAAATATTGTCAT  643

seq1  TACAATGTTGGTTGTGAAATTGTTAGAAAATACACAAATATAAAAAGACT  677
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATGTTGGTTGTGAAATTGTTAGAAAATACACAAATATAAAAAGACT  693

seq1  GAAGTCAAAAACACCCAGGCTTCCTGGTCTTTAATGTCACACCATGGACA  727
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCAAAAACACCCAGGCTTCCTGGTCTTTAATGTCACACCATGGACA  743

seq1  CCAACATCCCACTGGTTTGTTACCATATTAGCAGCACTTTATTGTATTGC  777
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACATCCCACTGGTTTGTTACCATATTAGCAGCACTTTATTGTATTGC  793

seq1  ATTAGGGTATGATATTACATCACAGCACAGATTATCTACCAATTCCCTGT  827
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGGTATGATATTACATCACAGCACAGATTATCTACCAATTCCCTGT  843

seq1  TCATTCACATTAGGAAATTTCTTATTTATAACAGTACTAAGCTTTGATTA  877
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCACATTAGGAAATTTCTTATTTATAACAGTACTAAGCTTTGATTA  893

seq1  TAACCTGTGTTAAATGACTCTTACAAGCATAAGTATTAAGTCAAAGGAAG  927
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTGTGTTAAATGACTCTTACAAGCATAAGTATTAAGTCAAAGGAAG  943

seq1  CAGTTTCAAGCTTTCCCACGGATAGTAAATAGCCAAGTGACCTTCAGGAC  977
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTCAAGCTTTCCCACGGATAGTAAATAGCCAAGTGACCTTCAGGAC  993

seq1  ATTGGTACTAACACCCCTCCTACCATCAATGTCCAAATGATTCTAATTTA  1027
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTACTAACACCCCTCCTACCATCAATGTCCAAATGATTCTAATTTA  1043

seq1  TCATCTCTTAGTTTAACACTGTTTTTAGAAGAAAAATGACCAACTCATGC  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCTTAGTTTAACACTGTTTTTAGAAGAAAAATGACCAACTCATGC  1093

seq1  TCCCTTTAGACTCTCCATCAGAATCCACACAAAAGCACAGAACTGGAGTG  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTAGACTCTCCATCAGAATCCACACAAAAGCACAGAACTGGAGTG  1143

seq1  TGTCACCACATAATTCCAACTACTAACTTTCCAGCAACAAGACGACTACC  1177
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCACATAATTCCAACTACTAACTTTCCAGCAACAAGACGACTACC  1193

seq1  CTGAATTC  1185
      ||||||||
seq2  CTGAATTC  1201


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |