BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-348D06
Chromosome11 (Build37)
Map Location 71,062,758 - 71,063,669
singlet/doubletsinglet
Overlap geneNlrp1c
Upstream geneAlox12, Alox12e, Alox15, LOC668466, Pelp1, Arrb2, Med11, Cxcl16, Zmynd15, Tm4sf5, Vmo1, C730027E14Rik, Psmb6, Pld2, Mink1, Chrne, LOC668433, Gp1ba, Slc25a11, Rnf167, Pfn1, Eno3, Spag7, Camta2, AI842396, Kif1c, LOC668488, Zfp3, A430084P05Rik, Rabep1, LOC668461, Nup88, Rpain, C1qbp, Dhx33, Derl2, Mis12, 6330403K07Rik, LOC382536, Nlrp1a, Nlrp1b
Downstream geneLOC100043249, 9230020A06Rik, Wscd1, Aipl1, 6720460F02Rik, Pitpnm3, 4933427D14Rik, Txnl5, Med31, 4930563E22Rik, Slc13a5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-348D06.bB6Ng01-348D06.g
ACCGA129567GA129568
length9191,152
definitionB6Ng01-348D06.b B6Ng01-348D06.g
singlet/doubletsinglet---
BLAST hituniqueno hit data
sequence
gaattccatggctgaacacaaagctgcagaaattgtgatgatggagtttg
ttcttctgtggtctgagcattctttgctatgctgcaattcttccaggttg
gaatgtcagtgtttattctgtgccattgtatgttggaagtatgaaacttg
ttttttatttcctaggagcccattgttaagtcattgccttgcatctctat
tcagatgcagacttttaaactcttggaattattaaggtctaatggaacct
ttgaaagcagattgtatttttcatgtgagttgaaactgaaattttagaga
cagagattagatagttatgagttaaggtgatgtgcttgactatgaagttg
acagtggttagaaatgtgaagatatatgtcccttgtgaacttgatatggt
ccctgctaatgggcttgctcttatgactctctggtcagatatctggactg
cctcaagtggtgaggagcaagagggaaaaggtcatttttttctactgctg
tcccatgctacctcattgcagataggtggcaaagctaattctccctcatt
gtgtactcagggctggctcacccacacctccttgaccagggccagcacta
gtgtgctgcccacgaaagctgcagggatggttttcccaagtgttgtggtt
agtcaggggcagagccagctcacccactatgatgatcctagggcttgttc
tcccaactactgcaggtggtgaggggtgcatacatgagtgcctgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgcttcacccctacatccctg
ccacatgttactcattatcaattatactatgaacaaacagctttcttact
tttttttgtgagtttgatttactggtttcctatgggtgatctcacccatt
atgctcctttgtaggagga
gaattctcacctgaggaataccgaatggcagagaagcacttgaaaaaatg
ttcaacatccttaatcatcagggaaatgcaaatcaaaacaaccctgagat
tccacctcacaccagtcagaatggctaatatcaaaaattcaggtgacagc
agatgctggcgaggatgtggagaaagaggaacactcctccattgttggtg
ggagtgcaggcttgtacaaccactctggaaatcagtctggcggttcctca
gaaaactggacatagtactaccggaggatccagcaatacctctcctgggc
atatatccagaagatgccccaacaggtaagaaggacacatgctccactat
gttcatagcagccttatttataatagccagaagctggaaagaacctagat
gcccctcaacagaggaatggatacagaaaatgtggtacatctacacaatg
gagtactactcagctattaaaaagaatgaatttatgaaattcctagccaa
atggatggacctggagggcatcatcctgagtgaggtaacacattcacaaa
gaaactcacacaatatgtattcactgataagtggatattagccccaaacc
taggatacccaagatataagatataatttgctaaacacatgaaactcaag
gagaatgaagactgaagtgtggacactatgcccctccttagatttgggaa
caaaacacccatggaaggagttacagagacggagtttggagctgagatga
aaggatggaccatgtagagactgccatagccagggatccaccccataatc
agcatccaaacgctgacaccattgcataccctagcaagattttattgaaa
ggacgcagatgtagctgtctcttgtgagactatgccggggcccagcaaac
acagaagtggatgctcacagtcagctaatggatgggatcatagggctccc
aatggaggagctagagaaagtagccaagagctaagggatctgcaacccta
taggtggaacaacatatgagctacagtaccccggagctcttgactctagc
ctgcataatatattcaaaaggatgcttagtccgtcattcacttgaaagaa
agtcatggacttgcaacctttatatgcctcaggttaccagggaaatattc
ag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_71062758_71063669
seq2: B6Ng01-348D06.b_47_965

seq1  GAATTCCATGGCTGAACACAAAGCTGCAGAAATTGTGATGATGGAGTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGGCTGAACACAAAGCTGCAGAAATTGTGATGATGGAGTTTG  50

seq1  TTCTTCTGTGGTCTGAGCATTCTTTGCTATGCTGCAATTCTTCCAGGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTGTGGTCTGAGCATTCTTTGCTATGCTGCAATTCTTCCAGGTTG  100

seq1  GAATGTCAGTGTTTATTCTGTGCCATTGTATGTTGGAAGTATGAAACTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTCAGTGTTTATTCTGTGCCATTGTATGTTGGAAGTATGAAACTTG  150

seq1  TTTTTTATTTCCTAGGAGCCCATTGTTAAGTCATTGCCTTGCATCTCTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTATTTCCTAGGAGCCCATTGTTAAGTCATTGCCTTGCATCTCTAT  200

seq1  TCAGATGCAGACTTTTAAACTCTTGGAATTATTAAGGTCTAATGGAACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATGCAGACTTTTAAACTCTTGGAATTATTAAGGTCTAATGGAACCT  250

seq1  TTGAAAGCAGATTGTATTTTTCATGTGAGTTGAAACTGAAATTTTAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAGCAGATTGTATTTTTCATGTGAGTTGAAACTGAAATTTTAGAGA  300

seq1  CAGAGATTAGATAGTTATGAGTTAAGGTGATGTGCTTGACTATGAAGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATTAGATAGTTATGAGTTAAGGTGATGTGCTTGACTATGAAGTTG  350

seq1  ACAGTGGTTAGAAATGTGAAGATATATGTCCCTTGTGAACTTGATATGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGTTAGAAATGTGAAGATATATGTCCCTTGTGAACTTGATATGGT  400

seq1  CCCTGCTAATGGGCTTGCTCTTATGACTCTCTGGTCAGATATCTGGACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCTAATGGGCTTGCTCTTATGACTCTCTGGTCAGATATCTGGACTG  450

seq1  CCTCAAGTGGTGAGGAGCAAGAGGGAAAAGGTCATTTTTTTCTACTGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAGTGGTGAGGAGCAAGAGGGAAAAGGTCATTTTTTTCTACTGCTG  500

seq1  TCCCATGCTACCTCATTGCAGATAGGTGGCAAAGCTAATTCTCCCTCATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATGCTACCTCATTGCAGATAGGTGGCAAAGCTAATTCTCCCTCATT  550

seq1  GTGTACTCAGGGCTGGCTCACCCACACCTCCTTGACCAGGGCCAGCACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACTCAGGGCTGGCTCACCCACACCTCCTTGACCAGGGCCAGCACTA  600

seq1  GTGTGCTGCCCACGAAAGCTGCAGGGATGGTTTTCCCAAGTGTTGTGGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTGCCCACGAAAGCTGCAGGGATGGTTTTCCCAAGTGTTGTGGTT  650

seq1  AGTCAGGGGCAGAGCCAGCTCACCCACTATGATGATCCTAGGGCTTGTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGGGGCAGAGCCAGCTCACCCACTATGATGATCCTAGGGCTTGTTC  700

seq1  TCCCAACTACTGCAGGTGGTGAGGGGTGCATACATGAGTGCCTGTGTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAACTACTGCAGGTGGTGAGGGGTGCATACATGAGTGCCTGTGTGTG  750

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGCTTCACCCCTACATCCCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGCTTCACCCCTACATCCCTG  800

seq1  CCACATGTTACTCATTATC-ATTATACTATGAACAAACAGC-TTCTTAC-  847
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  CCACATGTTACTCATTATCAATTATACTATGAACAAACAGCTTTCTTACT  850

seq1  TTTTTTTGTGAGTTTGATTTACTGGTTT-CTAT-GGTGATCACA-CCATT  894
      |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || |||||
seq2  TTTTTTTGTGAGTTTGATTTACTGGTTTCCTATGGGTGATCTCACCCATT  900

seq1  ATGCTCC-TTGTAGAAGGA  912
      ||||||| |||||| ||||
seq2  ATGCTCCTTTGTAGGAGGA  919