BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-348G18
Chromosome11 (Build37)
Map Location 7,684,595 - 7,789,123
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC665343, LOC100041332, Adcy1, LOC100041347, Igfbp1, Igfbp3
Downstream geneLOC665380, Tns3, LOC638720, Pkd1l1, LOC624800
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-348G18.bB6Ng01-348G18.g
ACCGA129721GA129722
length1,0361,095
definitionB6Ng01-348G18.b B6Ng01-348G18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,684,595 - 7,685,639)(7,788,024 - 7,789,123)
sequence
gaattccatcaaacatttaagaaaaaataacgaacattgtcacagacaaa
ctttgaaagcagaagaggtgcactttgcaactaaatttcaaatagcaaaa
gcacacatgagccagtgattttaaagtgtatttctatctatattcccata
tcatttgacttttaaatcttttaaaacataatcaatagaatcgaacaatc
cacagaactataacgcacaatgatcaaaaagggtcagaatatagaagtat
aggctcagaaatataggcataattatctgaaaaatttaaaatagttaaca
tgcccttcctgtggggagttacagggatataaagagagactcactttacc
cacagtttacataactgcagtgcaatattactgccaggaatatggctttg
gtgtagtgtatgtgttgttctcataatttttgataaaattctgtcttaaa
gcttagaaattagcagctggtttagagcaagtgtttcttcacatactgtt
ttttttttttttttgtggaaaatgtgtgtaaatgtgtttggatggcgatc
agcttgtgtcatacacatggaaccaaagtggctacctcctgaagccaagc
aggaccctagtggagggataagtacaataatccaccccccaaaacctttt
gaccccaaatttctcctgtctaaaaggatgcagggacaaaaatgtagcag
agacagagagaatagccaaccaataaccggcccaacttgagacccatccc
acgggcatccctcaattccagacactactaatcatacccttttatgctta
cagacaggagcctaacatgactgtcctctgaaggctctaccagcagctaa
ctgaaacaaatgcaactacccacagtcaaacattggacagaggtcaggac
cctatgctagagttgcgggaaggattgaaggccctgaaaggataggactt
cacagggagttcacagtgtcaatacctggaccctgagagatcttagagac
ttagccaccatcatgagcatacaccagctggactga

gaattccttatgtggttatctctaaagcataagtgcatgccatttataat
tttacaaggtgacaatagtaataattttaagggatcaattttaatcaatt
cacaaacttctttaaaatgactgtactggctagttttgtgtcaacttgac
acaggctggagttatcacagacaaaggagcttcagttgggaaaaaaaaga
tccagatgtaaggcattttctcaattagtgatcaaggtgggagctcccct
tgtgggtgatgccatctctgggctggtagtcttggttctataagagagaa
ggctgagcaagctgggagaagcaagccagtaaggaacatccctccatggc
ctctgcatcagctcctacttcctgatctgcttgagttccagtcctgactt
ccttggtgatgaacagcagtatggaagtgtaagctgaataaaccctttct
tccccaacttgtttcttggtcatgatgtttgtgcaggaatagaaaccccg
actaagacaatgactgaagcatcatataaaagaatatttatgaaaagcat
gtggcaagtcactctattaccaagtagatggaatttaatatttatattta
caaagttcttgctttggaaatgtatcttacaagtctatagagccaacttc
ccgcagaagttctgaaatactgaataaaaaaggattgtcaggatagagta
agagagtttatataaagttaatgaggaaactctaaagacttatagagcaa
ttttaacaaagtaacaaaggtaattcctacagctaaagatggagtctagc
cttcctgtgatagttctaagtttgcttctatattctagatttagaaagat
ctatgtttgctatttcaattaaaggctaagtgggccagtttctgcaagtt
cctctcttgtgtgcccttacattgggcactttccaagatgtaagaaaaga
gatcattaatctacaggggacaaatatgcatgctgggtgaccccacacta
ttctagggttatttgctgctgtatagctatgaggttgataccaatgttct
gcattatatgctgtataggatcctccatagagtcttaggaggtct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_7684595_7685639
seq2: B6Ng01-348G18.b_44_1079

seq1  GAATTCCATCAAACATTTAAGAAAAAATAACGAACATTGTCACAGACAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCAAACATTTAAGAAAAAATAACGAACATTGTCACAGACAAA  50

seq1  CTTTGAAAGCAGAAGAGGTGCACTTTGCAACTAAATTTCAAATAGCAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAAGCAGAAGAGGTGCACTTTGCAACTAAATTTCAAATAGCAAAA  100

seq1  GCACACATGAGCCAGTGATTTTAAAGTGTATTTCTATCTATATTCCCATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACATGAGCCAGTGATTTTAAAGTGTATTTCTATCTATATTCCCATA  150

seq1  TCATTTGACTTTTAAATCTTTTAAAACATAATCAATAGAATCGAACAATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGACTTTTAAATCTTTTAAAACATAATCAATAGAATCGAACAATC  200

seq1  CACAGAACTATAACGCACAATGATCAAAAAGGGTCAGAATATAGAAGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAACTATAACGCACAATGATCAAAAAGGGTCAGAATATAGAAGTAT  250

seq1  AGGCTCAGAAATATAGGCATAATTATCTGAAAAATTTAAAATAGTTAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCAGAAATATAGGCATAATTATCTGAAAAATTTAAAATAGTTAACA  300

seq1  TGCCCTTCCTGTGGGGAGTTACAGGGATATAAAGAGAGACTCACTTTACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTTCCTGTGGGGAGTTACAGGGATATAAAGAGAGACTCACTTTACC  350

seq1  CACAGTTTACATAACTGCAGTGCAATATTACTGCCAGGAATATGGCTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTTTACATAACTGCAGTGCAATATTACTGCCAGGAATATGGCTTTG  400

seq1  GTGTAGTGTATGTGTTGTTCTCATAATTTTTGATAAAATTCTGTCTTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGTGTATGTGTTGTTCTCATAATTTTTGATAAAATTCTGTCTTAAA  450

seq1  GCTTAGAAATTAGCAGCTGGTTTAGAGCAAGTGTTTCTTCACATACTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGAAATTAGCAGCTGGTTTAGAGCAAGTGTTTCTTCACATACTGTT  500

seq1  TTTTTTTTTTTTTTGTGGAAAATGTGTGTAAATGTGTTTGGATGGCGATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTTTGTGGAAAATGTGTGTAAATGTGTTTGGATGGCGATC  550

seq1  AGCTTGTGTCATACACATGGAACCAAAGTGGCTACCTCCTGAAGCCAAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGTGTCATACACATGGAACCAAAGTGGCTACCTCCTGAAGCCAAGC  600

seq1  AGGACCCTAGTGGAGGGATAAGTACAATAATCCACCCCCCAAAACCTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCCTAGTGGAGGGATAAGTACAATAATCCACCCCCCAAAACCTTTT  650

seq1  GACCCCAAATTTCTCCTGTCTAAAAGGATGCAGGGACAAAAATGTAGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCCAAATTTCTCCTGTCTAAAAGGATGCAGGGACAAAAATGTAGCAG  700

seq1  AGACAGAGAGAATAGCCAACCAATAACCGGCCCAACTTGAGACCCATCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAGAGAATAGCCAACCAATAACCGGCCCAACTTGAGACCCATCCC  750

seq1  ACGGGCATCCCTCAATTCCAGACACTACTAATCATACCCTTTTATGCTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGCATCCCTCAATTCCAGACACTACTAATCATACCCTTTTATGCTTA  800

seq1  CAGACAGGAGCCTAACATGACTGTCCTCTGAAGGCTCTACCAGCAGCTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGGAGCCTAACATGACTGTCCTCTGAAGGCTCTACCAGCAGCTAA  850

seq1  CTGAAACAAATGCAACTACCCACAGTCAAACATTGGACAGAGGTCAGGGA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CTGAAACAAATGCAACTACCCACAGTCAAACATTGGACAGAGGTCA-GGA  899

seq1  CCCTATGCTAGAGTTGCGGGAAGGATTGAAGGCCCTGAAAAGGATAGGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  CCCTATGCTAGAGTTGCGGGAAGGATTGAAGGCCCTG-AAAGGATAGG-A  947

seq1  CTTCACAGGAAGTCCAACAGTGTCAAATAACCTGGAACCCTGAGAGATCT  1000
      ||||||||| ||| | ||||||||||   |||||| ||||||||||||||
seq2  CTTCACAGGGAGTTC-ACAGTGTCAA--TACCTGG-ACCCTGAGAGATCT  993

seq1  TAGAGACTTAGCCACCAATCAATGAGCATACACCAGCTGGACTGA  1045
      |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGACTTAGCCACC-ATC-ATGAGCATACACCAGCTGGACTGA  1036


seq1: chr11_7788024_7789123
seq2: B6Ng01-348G18.g_64_1158 (reverse)

seq1  AGACCTTCTTAAGACTCTATGAAGATTCCTATAACAGCATATAATGCAGG  50
      ||||| || |||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||| 
seq2  AGACC-TCCTAAGACTCTATGGAGGATCCTAT-ACAGCATATAATGCAGA  48

seq1  ACATTGGTATCAACCCTCATAGGCTATACAGCAAGGCAAATAACCCTAGA  100
      ||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||||||||||||||
seq2  ACATTGGTATCAA-CCTCATA-GCTATACAGCA--GCAAATAACCCTAGA  94

seq1  ATAGTGTTGGGGTCACCCAGCATTGCATATTTGT-CCCTGTAGATTAATG  149
      |||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATAGTG-TGGGGTCACCCAGCA-TGCATATTTGTCCCCTGTAGATTAATG  142

seq1  ATCTCTTTTCTTACATCTTGG-AAGTGCCCAATGTAA-GGCACACAAAGA  197
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  ATCTCTTTTCTTACATCTTGGAAAGTGCCCAATGTAAGGGCACAC-AAGA  191

seq1  GAGGAACTTGCAGAAACTGG-CCACTTAGCCTTAATTTGAAATAGCAAAC  246
      |||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||
seq2  GAGGAACTTGCAGAAACTGGCCCACTTAGCCTTTAATTGAAATAGCAAAC  241

seq1  ATAGATCTTTCTAAATCTAGAATATAGAAGCAAACTTAGAACTATCACAG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATCTTTCTAAATCTAGAATATAGAAGCAAACTTAGAACTATCACAG  291

seq1  GAAGGCTAGACTCCATCTTTAGCTGTAGGAATTACCTTTGTTACTTTGTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCTAGACTCCATCTTTAGCTGTAGGAATTACCTTTGTTACTTTGTT  341

seq1  AAAATTGCTCTATAAGTCTTTAGAGTTTCCTCATTAACTTTATATAAACT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGCTCTATAAGTCTTTAGAGTTTCCTCATTAACTTTATATAAACT  391

seq1  CTCTTACTCTATCCTGACAATCCTTTTTTATTCAGTATTTCAGAACTTCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTACTCTATCCTGACAATCCTTTTTTATTCAGTATTTCAGAACTTCT  441

seq1  GCGGGAAGTTGGCTCTATAGACTTGTAAGATACATTTCCAAAGCAAGAAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGGAAGTTGGCTCTATAGACTTGTAAGATACATTTCCAAAGCAAGAAC  491

seq1  TTTGTAAATATAAATATTAAATTCCATCTACTTGGTAATAGAGTGACTTG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAAATATAAATATTAAATTCCATCTACTTGGTAATAGAGTGACTTG  541

seq1  CCACATGCTTTTCATAAATATTCTTTTATATGATGCTTCAGTCATTGTCT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATGCTTTTCATAAATATTCTTTTATATGATGCTTCAGTCATTGTCT  591

seq1  TAGTCGGGGTTTCTATTCCTGCACAAACATCATGACCAAGAAACAAGTTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCGGGGTTTCTATTCCTGCACAAACATCATGACCAAGAAACAAGTTG  641

seq1  GGGAAGAAAGGGTTTATTCAGCTTACACTTCCATACTGCTGTTCATCACC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGAAAGGGTTTATTCAGCTTACACTTCCATACTGCTGTTCATCACC  691

seq1  AAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGATCAGGAAGTAGGAGCTGATGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGATCAGGAAGTAGGAGCTGATGC  741

seq1  AGAGGCCATGGAGGGATGTTCCTTACTGGCTTGCTTCTCCCAGCTTGCTC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCCATGGAGGGATGTTCCTTACTGGCTTGCTTCTCCCAGCTTGCTC  791

seq1  AGCCTTCTCTCTTATAGAACCAAGACTACCAGCCCAGAGATGGCATCACC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCTCTCTTATAGAACCAAGACTACCAGCCCAGAGATGGCATCACC  841

seq1  CACAAGGGGAGCTCCCACCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTACATC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGGGGAGCTCCCACCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTACATC  891

seq1  TGGATCTTTTTTTTCCCAACTGAAGCTCCTTTGTCTGTGATAACTCCAGC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCTTTTTTTTCCCAACTGAAGCTCCTTTGTCTGTGATAACTCCAGC  941

seq1  CTGTGTCAAGTTGACACAAAACTAGCCAGTACAGTCATTTTAAAGAAGTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCAAGTTGACACAAAACTAGCCAGTACAGTCATTTTAAAGAAGTT  991

seq1  TGTGAATTGATTAAAATTGATCCCTTAAAATTATTACTATTGTCACCTTG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATTGATTAAAATTGATCCCTTAAAATTATTACTATTGTCACCTTG  1041

seq1  TAAAATTATAAATGGCATGCACTTATGCTTTAGAGATAACCACATAAGGA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTATAAATGGCATGCACTTATGCTTTAGAGATAACCACATAAGGA  1091

seq1  ATTC  1100
      ||||
seq2  ATTC  1095


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |