BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-002C03
Chromosome12 (Build37)
Map Location 101,518,296 - 101,626,924
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTtc7b
Upstream geneChes1, LOC100039892, 2610021K21Rik, Tdp1, LOC100040041, Kcnk13, Psmc1, BC002230, Calm1
Downstream geneRps6ka5, LOC100040123, 9030617O03Rik, EG667148, Gpr68, 0610010D24Rik, LOC100040184, Smek1, 4930463M05Rik, Mylf-ps
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-002C03.bB6Ng01-002C03.g
ACCDH840251DH840252
length1,2101,151
definitionDH840251|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002C03, 5' end.DH840252|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002C03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,518,296 - 101,519,517)(101,625,767 - 101,626,924)
sequence
gaattctttgaatgccacaggcctttgggggattcctagccgcaagggtt
agtctagcccagaacacttaggtggtaatgactcagctgactgactggtc
ccagcccagcatccacactcctccaggcacctcggctgaaagtccctaga
atccaggcctcactgttgctctccccaggacagcttcagtctggagtctc
ccttctctcttggttttcgacttttctcttttcttttctttttttgaact
tggtcttatgaagcctgggctagccttgaacttgctctataaccgactgg
ctgtgaacttctgattcttttatttctatctcccaagtgctaggattcaa
gcatgtgcccattgtctgtatcattctcatatcattgcatagacttcgtt
tcatctgatgagctcacacgatgagtgtggtataccaggctcaattccct
gtatatagtgtatagaaagcatatgcatataaaacatatataaatcaata
tttatatgcctatatatgtatatatctattacacacatacacacacacaa
cacacacatatttatattagatagatatattggtttttcaagacagggta
tctctgtgtagccctgctgtcctggaactcactctgtagaccaggctgga
cttgagttcagagatctgcctgcctctgcctccccagggctaggattaag
ggcattgaccatcaccaccaacatgaatacactttcaacaattcataaga
tgttctatttatcaacctggaagctcagagagcttgtatacccaatgtca
catggctagcagacagcaaggtgggaagacacctgtcttcccagaggcag
ctgctataaatgatttacagaatgcatccttgggtccaccccgacatgtt
atcccaacaactcctccacatactatagagcagacacacatgcttcagct
ttcagtggtaaatgggacataatggggacagtggcaagggacccttggct
gagagactggcatccagtcttctcctgcctgctgcctatcatgtctggac
aacatgctgaaggctggcaggattggaacagggccagtaagagcttgcag
ctacagattggctcttcagatgacagcctatgaaatgttttcccaagtaa
ggagaactaatggcctctgaatctctctgctcgagaagagagacacactt
gcttgcctta
gaattccaccatgttctgttccagccctggcttccgagcattgttgggaa
agccagcctgaggtgttctagctgcatggtacacctaggctggtgtgagg
caacctgacatgagcattggaagggcctggtcatctaagccttttctttg
cctttatgtatctctcttgactctataacttcatttcattttagcaatca
cctcactccaccttgataaagaaagcaatgtctgggtggacgctcccctc
agtccttctttttacttgtaggttggcctggcgctggggcctgttgctct
gtgtcttctgggacctggtgtgttccctctgtgttctctctgtctgctca
gccctccttgttgaagattgttctagtcaccaccacaaggaaatgaggac
atgatgagacaacctacctacatcctctggccttggctccacagagtctt
ccttcctcctcacctgcctcatcttacctcctctggccctaaggcctgct
ttcctccagtgtgctacacagtatccttgaagagccaagtgctttgttag
ctcctgcatctgcttggcttgttttccaacctattgctctcttcctgaga
ccctttctgagtggtgtcatccttccatagcctctccccagggtctccac
ttgagtttcctttctccatggttctcttacctttcccttcaaaagaaatg
tcgcccaccctcctcctgtagcttgccctttctggctctaacttgggcat
gttgtgagttttgaagctcctagaacattccattctctagcctctgtggt
ggtcttctacctcacctgcctctggtggccctctcctatctctgagatga
ttatgtcattttttctgcagggaccttgctatctaagagggcagctcgtt
gaactgtatgccacggtagtctggctgctactagagaagcccaggagcct
gggtgtggcttctctagtgttactggctgagccggagagtgaggcagctc
agtacacagctatggtagtgggcgatcttcatggtagagagagaagagtt
acttgggaaagcagctgtcacctcaagatgccatggtttccagcccttac
ctccaatgattcactgggcttgtgggtggcacactgaggtgcatctcacg
c
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_101518296_101519517
seq2: B6Ng01-002C03.b_47_1256

seq1  GAATTCTTTGAATGCCACAGGCCTTTGGGGGATTCCTAGCCGCAAGGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGAATGCCACAGGCCTTTGGGGGATTCCTAGCCGCAAGGGTT  50

seq1  AGTCTAGCCCAGAACACTTAGGTGGTAATGACTCAGCTGACTGACTGGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAGCCCAGAACACTTAGGTGGTAATGACTCAGCTGACTGACTGGTC  100

seq1  CCAGCCCAGCATCCACACTCCTCCAGGCACCTCGGCTGAAAGTCCCTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCAGCATCCACACTCCTCCAGGCACCTCGGCTGAAAGTCCCTAGA  150

seq1  ATCCAGGCCTCACTGTTGCTCTCCCCAGGACAGCTTCAGTCTGGAGTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGGCCTCACTGTTGCTCTCCCCAGGACAGCTTCAGTCTGGAGTCTC  200

seq1  CCTTCTCTCTTGGTTTTCGACTTTTCTCTTTTCTTTTCTTTTTTTGAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTCTCTTGGTTTTCGACTTTTCTCTTTTCTTTTCTTTTTTTGAACT  250

seq1  TGGTCTTATGAAGCCTGGGCTAGCCTTGAACTTGCTCTATAACCGACTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTTATGAAGCCTGGGCTAGCCTTGAACTTGCTCTATAACCGACTGG  300

seq1  CTGTGAACTTCTGATTCTTTTATTTCTATCTCCCAAGTGCTAGGATTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAACTTCTGATTCTTTTATTTCTATCTCCCAAGTGCTAGGATTCAA  350

seq1  GCATGTGCCCATTGTCTGTATCATTCTCATATCATTGCATAGACTTCGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGCCCATTGTCTGTATCATTCTCATATCATTGCATAGACTTCGTT  400

seq1  TCATCTGATGAGCTCACACGATGAGTGTGGTATACCAGGCTCAATTCCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTGATGAGCTCACACGATGAGTGTGGTATACCAGGCTCAATTCCCT  450

seq1  GTATATAGTGTATAGAAAGCATATGCATATAAAACATATATAAATCAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATAGTGTATAGAAAGCATATGCATATAAAACATATATAAATCAATA  500

seq1  TTTATATGCCTATATATGTATATATCTATTACACACATACACACACACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATGCCTATATATGTATATATCTATTACACACATACACACACACAA  550

seq1  CACACACATATTTATATTAGATAGATATATTGGTTTTTCAAGACAGGGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACATATTTATATTAGATAGATATATTGGTTTTTCAAGACAGGGTA  600

seq1  TCTCTGTGTAGCCCTGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTGTAGCCCTGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGA  650

seq1  CTTGAGTTCAGAGATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCCAGGGCTAGGATTAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGTTCAGAGATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCCAGGGCTAGGATTAAG  700

seq1  GGCATTGACCATCACCACCAACATGAATACACTTTCAACAATTCATAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTGACCATCACCACCAACATGAATACACTTTCAACAATTCATAAGA  750

seq1  TGTTCTATTTATCAACCTGGAAGCTCAGAGAGCTTGTATACCCAATGTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTATTTATCAACCTGGAAGCTCAGAGAGCTTGTATACCCAATGTCA  800

seq1  CATGGCTAGCAGACAGCAAGGTGGGAAGACACCTGTCTTCCCAGAGGCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTAGCAGACAGCAAGGTGGGAAGACACCTGTCTTCCCAGAGGCAG  850

seq1  CTGCTATAAATGAATTACAGAATGCATCCTTGGGTCCACCCCGACATGTT  900
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTATAAATGATTTACAGAATGCATCCTTGGGTCCACCCCGACATGTT  900

seq1  ATCCCAACAACTCCTCCACATACTATAGAGCAGACACACATGCTTCAGC-  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATCCCAACAACTCCTCCACATACTATAGAGCAGACACACATGCTTCAGCT  950

seq1  TTCAGTGGTAAATGGGACAATAATGGGGACAGTGGCAAGGGGACCCTTGG  999
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTCAGTGGTAAATGGGAC-ATAATGGGGACAGTGGCAA-GGGACCCTTGG  998

seq1  CTGAGAGACCTGGCATCCAGGTCTTCTCCCTGCCTGCTGCCTATCATGTC  1049
      |||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGA-CTGGCATCCA-GTCTTCT-CCTGCCTGCTGCCTATCATGTC  1045

seq1  TGGAGCAACATGCTGAAGTCTGGCAGGATTGGAACAGGGCCAGACAGGAG  1099
      |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | |||
seq2  TGGA-CAACATGCTGAAGGCTGGCAGGATTGGAACAGGGCCAG-TAAGAG  1093

seq1  CCTGCAGCTACCAGGATTGGCTCTACCAGAGTGACAGCCTTATGATATGT  1149
      | |||||||||   ||||||||||  |||| |||||||| ||||| ||||
seq2  CTTGCAGCTAC--AGATTGGCTCT-TCAGA-TGACAGCC-TATGAAATGT  1138

seq1  TTTCCCCAGGTAAAGGAGGACCTATGTGCCCCTGAA-CTTCCTG-TCAGG  1197
      |||||| ||   |||||| ||  ||| ||| ||||| ||  ||| ||  |
seq2  TTTCCCAAG--TAAGGAGAACTAATG-GCCTCTGAATCTCTCTGCTCGAG  1185

seq1  AAGAGAGCCACAGCTGGCTGCCTTA  1222
      ||||||| ||||  ||  |||||||
seq2  AAGAGAGACACACTTGCTTGCCTTA  1210

seq1: chr12_101625767_101626924
seq2: B6Ng01-002C03.g_68_1218 (reverse)

seq1  GCGTGGAGACTGCACCTCAGTGTGGCCACCACAAGCCCAGTGAATCCAAT  50
      |||| |||| |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||    
seq2  GCGT-GAGA-TGCACCTCAGTGTGCCACCCACAAGCCCAGTGAATC---A  45

seq1  TTGGAGGT-AGGGCTGG-AACCATGGCATCTTTGAGGTGACAGCTGCTTT  98
      |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGGTAAGGGCTGGAAACCATGGCATC-TTGAGGTGACAGCTGCTTT  94

seq1  CCCAAGTTACTCTTTCTCTTCTCTACCCTG-AGATCGCCCACTACCATAG  147
      ||||||| |||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGTAACTC-TTCTC-TCTCTACCATGAAGATCGCCCACTACCATAG  142

seq1  CTGTGTTACTGAGCTGCCCTCACTCTCCGGCCTCAGCCAGTACCACTAGA  197
      ||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||
seq2  CTGTG-TACTGAGCTG-CCTCACTCTCCGG-CTCAGCCAGTAACACTAGA  189

seq1  GAAGGCCACACCCAGGCTTCTTGGCTTCTCTAGTAGCAGCCAGCCTACCG  247
      ||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GAA-GCCACACCCAGGCTCCTGGGCTTCTCTAGTAGCAGCCAGACTACCG  238

seq1  TGGCATACAGTTC-ACGAGCTGCCCTCTTAGATAGCAAGGTCCCTGCAG-  295
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGGCATACAGTTCAACGAGCTGCCCTCTTAGATAGCAAGGTCCCTGCAGA  288

seq1  AAAAATGACATAATCATCTCAGAGATAGGAGAGGGCCACCAGAGGCAGGT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGACATAATCATCTCAGAGATAGGAGAGGGCCACCAGAGGCAGGT  338

seq1  GAGGTAGAAGACCACCACAGAGGCTAGAGAATGGAATGTTCTAGGAGCTT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAGAAGACCACCACAGAGGCTAGAGAATGGAATGTTCTAGGAGCTT  388

seq1  CAAAACTCACAACATGCCCAAGTTAGAGCCAGAAAGGGCAAGCTACAGGA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACTCACAACATGCCCAAGTTAGAGCCAGAAAGGGCAAGCTACAGGA  438

seq1  GGAGGGTGGGCGACATTTCTTTTGAAGGGAAAGGTAAGAGAACCATGGAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGTGGGCGACATTTCTTTTGAAGGGAAAGGTAAGAGAACCATGGAG  488

seq1  AAAGGAAACTCAAGTGGAGACCCTGGGGAGAGGCTATGGAAGGATGACAC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAAACTCAAGTGGAGACCCTGGGGAGAGGCTATGGAAGGATGACAC  538

seq1  CACTCAGAAAGGGTCTCAGGAAGAGAGCAATAGGTTGGAAAACAAGCCAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAGAAAGGGTCTCAGGAAGAGAGCAATAGGTTGGAAAACAAGCCAA  588

seq1  GCAGATGCAGGAGCTAACAAAGCACTTGGCTCTTCAAGGATACTGTGTAG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATGCAGGAGCTAACAAAGCACTTGGCTCTTCAAGGATACTGTGTAG  638

seq1  CACACTGGAGGAAAGCAGGCCTTAGGGCCAGAGGAGGTAAGATGAGGCAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGGAGGAAAGCAGGCCTTAGGGCCAGAGGAGGTAAGATGAGGCAG  688

seq1  GTGAGGAGGAAGGAAGACTCTGTGGAGCCAAGGCCAGAGGATGTAGGTAG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGAGGAAGGAAGACTCTGTGGAGCCAAGGCCAGAGGATGTAGGTAG  738

seq1  GTTGTCTCATCATGTCCTCATTTCCTTGTGGTGGTGACTAGAACAATCTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCTCATCATGTCCTCATTTCCTTGTGGTGGTGACTAGAACAATCTT  788

seq1  CAACAAGGAGGGCTGAGCAGACAGAGAGAACACAGAGGGAACACACCAGG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAGGAGGGCTGAGCAGACAGAGAGAACACAGAGGGAACACACCAGG  838

seq1  TCCCAGAAGACACAGAGCAACAGGCCCCAGCGCCAGGCCAACCTACAAGT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGAAGACACAGAGCAACAGGCCCCAGCGCCAGGCCAACCTACAAGT  888

seq1  AAAAAGAAGGACTGAGGGGAGCGTCCACCCAGACATTGCTTTCTTTATCA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAAGGACTGAGGGGAGCGTCCACCCAGACATTGCTTTCTTTATCA  938

seq1  AGGTGGAGTGAGGTGATTGCTAAAATGAAATGAAGTTATAGAGTCAAGAG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGAGTGAGGTGATTGCTAAAATGAAATGAAGTTATAGAGTCAAGAG  988

seq1  AGATACATAAAGGCAAAGAAAAGGCTTAGATGACCAGGCCCTTCCAATGC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACATAAAGGCAAAGAAAAGGCTTAGATGACCAGGCCCTTCCAATGC  1038

seq1  TCATGTCAGGTTGCCTCACACCAGCCTAGGTGTACCATGCAGCTAGAACA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTCAGGTTGCCTCACACCAGCCTAGGTGTACCATGCAGCTAGAACA  1088

seq1  CCTCAGGCTGGCTTTCCCAACAATGCTCGGAAGCCAGGGCTGGAACAGAA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGGCTGGCTTTCCCAACAATGCTCGGAAGCCAGGGCTGGAACAGAA  1138

seq1  CATGGTGGAATTC  1158
      |||||||||||||
seq2  CATGGTGGAATTC  1151