BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-004J21
Chromosome12 (Build37)
Map Location 105,597,532 - 105,745,334
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG628916, Serpina3m, Serpina3n, Gsc
Upstream geneOtub2, Ddx24, D12Ertd647e, Ifi27, 1810023F06Rik, 8430415E04Rik, Serpina10, Serpina6, Gm46, Serpina1f, EG435316, Serpina1b, Serpina1d, LOC667951, LOC628801, Serpina1a, LOC667954, Serpina1c, Serpina1e, Serpina11, Serpina9, Serpina12, Serpina4-ps1, Serpina5, Serpina3a, Serpina3b, Serpina3c, LOC435318, LOC628883, Serpina3f, LOC667997, Serpina3g, Serpina3h, EG628900, EG238395, Serpina3k
Downstream geneDicer1, Clmn, 4831426I19Rik, Snhg10, Glrx5, LOC100040301, Tcl1b2, Tcl1b1, Tcl1b5, Tcl1b3, Tcl1b4, Tcl1, LOC100040310, 2810011L19Rik, LOC100040339, EG668081, D430019H16Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-004J21.bB6Ng01-004J21.g
ACCDH841976DH841977
length1,0791,061
definitionDH841976|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004J21, 5' end.DH841977|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004J21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,744,238 - 105,745,334)(105,597,532 - 105,598,592)
sequence
gaattctgcatcttcagttcctagttcctggctctttcttcctagccctc
ttctgtcaataatatgacagataatatgataaccacttttacagcctctt
ccatagaaccccaccccaccccatccccacccccgggagtgtcacctgaa
tctacttctctgtagaaccagctgaatccagtttgcagttttctaacatc
cagttattctgcatcgcaaccgtggtccaggatagacatctatgaagatt
actttctatcgtcaacttgattagactaagaaacatgtagggtgttgttg
aggcacaacccctaggtatgtgtgtgagggctttcccagaaagaattaac
tgaggagttatatctgccctgggctgtaggctacaccatgctcatgggct
cccccaacccccagctggactgaataaaagaggggtaaagggcaaatacc
cacaatcctccctctcttctccatttgccttcctcttactggttctgtag
tgatgtgatctgattggctttgaaactgatccctctgacttcttcatgga
gaatacatcagcttgactccagggaggcccatcagcaggctgctacaggc
gccccgtgaggctgcagcggacaggcctggaccaatgtggagcagaagct
gctaactcattgtaggtggccctcatgggaaggcagggccagtgcctgct
cttggtgtctatccttccagagatgggacccctgtgagtcaggccttgga
tacagatgagcggtttagagcatcaagccattaagtgtggagttctgtcc
acacgaactctgttggcacatcagccctctctgccccatcacttcttgaa
ctgaagctgtggtccaagtcgcatttccattttggagcaggctttgtgtg
gcacacattcaacaattcttcctggcttcccttgacctcccttagcccag
tagagcaaagtcgcctctgagggacagccctgctgtgagtttcccaggct
gtatgtatagattctctgcctgtgactaagtctactcccctctagcccag
agatgctgagactcacatcgcttcagcat
gaattcccaagacacattcctggggcaactaatccactgtgacttgggac
aatgatagttgaagactcaactggagagattatgggtaagggtagttggg
ggtaatccaggagtccaccacccaatactttctgcttgatagggaccagg
gagcaagttgatagcccagatattgctgtgtgagagaagtcatgatgtat
ccagacatttgttggatttggtgctaattaaagtgatttcaagatacata
agggcaggcctgggctctaggcagaaaatcatggtgacaatggacagaaa
tattaggacaggatgtcagagaagagtaggacagaagacaggaggacagt
aggatagaggacaggaagacaggaggacagatgacagaggacaggatgat
agtaggacaggaggccagggagcaggatggctccaaagctgttgtggccg
gggggtggtagaagcagagtaacataatgggttaaactgcaggacatggc
tttctcaactctccccagaacacaggatcaagtgctgcgtgatatgaggt
gggatgtatgtttaacctgtgagatgccaagaataagaaattgtttcatc
accaagtcccagagtgtacattagttgagcagccataaactagaaattgg
gcaaaagcctgagctgaactttgtgatttttcgtggtgaccattgcccat
gtgtgggatgaggacttcattacttagccacaatctatgggattatgaac
tgatcatggtgttggagaacttagtctgtgctgtttctgtttccccaaaa
acctatcccacaagtcattgatttctaggcaggatttccttgaggaagat
ggattctcacctgtccccaggctccagactcaccaccttcgctctcatct
ctctacacactgcacaccagatccatgacagtgtcagagctcaagtagtt
aatctgtgtttgacgttcccttcccaactaagccttgaatccccgtgtta
ccagtttttgacataccaagaatattccattttagcatattgccccctga
agagaacattc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_105744238_105745334
seq2: B6Ng01-004J21.b_45_1123 (reverse)

seq1  ATGCTGAAGGCGATGTGATGTTCTCCAGGCATTCTCTGGGCTAGAGGGGA  50
      |||||||| |||||||||   ||||   ||| ||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGAA-GCGATGTGA--GTCTC--AGCA-TCTCTGGGCTAGAGGGGA  44

seq1  GTAGGACTTTAGGTCACAGGCAGAGAATCTAATTACCATACAGCCTGGGA  100
      ||| |||||   |||||||||||||||||||  || ||||||||||||||
seq2  GTA-GACTT--AGTCACAGGCAGAGAATCTA--TA-CATACAGCCTGGGA  88

seq1  AACCTTCACAGCAGGGGCTGTCCCCTCAGAGGGCGACTTTGGCTCTACTG  150
      |||  |||||||| ||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  AAC--TCACAGCA-GGGCTGT-CCCTCAGA-GGCGACTTT-GCTCTACTG  132

seq1  GGCTAAGGGAGGTCAAGGGAAGCCAGGAAGAATTGTTGAATGTGTGCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAGGGAGGTCAAGGGAAGCCAGGAAGAATTGTTGAATGTGTGCCAC  182

seq1  ACAAAGCCTGCTCCAAAATGGAAATGCGACTTGGACCACAGCTTCAGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGCCTGCTCCAAAATGGAAATGCGACTTGGACCACAGCTTCAGTTC  232

seq1  AAGAAGTGATGGGGCAGAGAGGGCTGATGTGCCAACAGAGTTCGTGTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGTGATGGGGCAGAGAGGGCTGATGTGCCAACAGAGTTCGTGTGGA  282

seq1  CAGAACTCCACACTTAATGGCTTGATGCTCTAAACCGCTCATCTGTATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACTCCACACTTAATGGCTTGATGCTCTAAACCGCTCATCTGTATCC  332

seq1  AAGGCCTGACTCACAGGGGTCCCATCTCTGGAAGGATAGACACCAAGAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCTGACTCACAGGGGTCCCATCTCTGGAAGGATAGACACCAAGAGC  382

seq1  AGGCACTGGCCCTGCCTTCCCATGAGGGCCACCTACAATGAGTTAGCAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACTGGCCCTGCCTTCCCATGAGGGCCACCTACAATGAGTTAGCAGC  432

seq1  TTCTGCTCCACATTGGTCCAGGCCTGTCCGCTGCAGCCTCACGGGGCGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTCCACATTGGTCCAGGCCTGTCCGCTGCAGCCTCACGGGGCGCC  482

seq1  TGTAGCAGCCTGCTGATGGGCCTCCCTGGAGTCAAGCTGATGTATTCTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCAGCCTGCTGATGGGCCTCCCTGGAGTCAAGCTGATGTATTCTCC  532

seq1  ATGAAGAAGTCAGAGGGATCAGTTTCAAAGCCAATCAGATCACATCACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAAGTCAGAGGGATCAGTTTCAAAGCCAATCAGATCACATCACTA  582

seq1  CAGAACCAGTAAGAGGAAGGCAAATGGAGAAGAGAGGGAGGATTGTGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACCAGTAAGAGGAAGGCAAATGGAGAAGAGAGGGAGGATTGTGGGT  632

seq1  ATTTGCCCTTTACCCCTCTTTTATTCAGTCCAGCTGGGGGTTGGGGGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCCCTTTACCCCTCTTTTATTCAGTCCAGCTGGGGGTTGGGGGAGC  682

seq1  CCATGAGCATGGTGTAGCCTACAGCCCAGGGCAGATATAACTCCTCAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAGCATGGTGTAGCCTACAGCCCAGGGCAGATATAACTCCTCAGTT  732

seq1  AATTCTTTCTGGGAAAGCCCTCACACACATACCTAGGGGTTGTGCCTCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTTCTGGGAAAGCCCTCACACACATACCTAGGGGTTGTGCCTCAA  782

seq1  CAACACCCTACATGTTTCTTAGTCTAATCAAGTTGACGATAGAAAGTAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACCCTACATGTTTCTTAGTCTAATCAAGTTGACGATAGAAAGTAAT  832

seq1  CTTCATAGATGTCTATCCTGGACCACGGTTGCGATGCAGAATAACTGGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATAGATGTCTATCCTGGACCACGGTTGCGATGCAGAATAACTGGAT  882

seq1  GTTAGAAAACTGCAAACTGGATTCAGCTGGTTCTACAGAGAAGTAGATTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAAAACTGCAAACTGGATTCAGCTGGTTCTACAGAGAAGTAGATTC  932

seq1  AGGTGACACTCCCGGGGGTGGGGATGGGGTGGGGTGGGGTTCTATGGAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGACACTCCCGGGGGTGGGGATGGGGTGGGGTGGGGTTCTATGGAAG  982

seq1  AGGCTGTAAAAGTGGTTATCATATTATCTGTCATATTATTGACAGAAGAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTAAAAGTGGTTATCATATTATCTGTCATATTATTGACAGAAGAG  1032

seq1  GGCTAGGAAGAAAGAGCCAGGAACTAGGAACTGAAGATGCAGAATTC  1097
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGGAAGAAAGAGCCAGGAACTAGGAACTGAAGATGCAGAATTC  1079

seq1: chr12_105597532_105598592
seq2: B6Ng01-004J21.g_66_1126

seq1  GAATTCCCAAGACACATTCCTGGGGCAACTAATCCACTGTGACTTGGGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAAGACACATTCCTGGGGCAACTAATCCACTGTGACTTGGGAC  50

seq1  AATGATAGTTGAAGACTCAACTGGAGAGATTATGGGTAAGGGTAGTTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATAGTTGAAGACTCAACTGGAGAGATTATGGGTAAGGGTAGTTGGG  100

seq1  GGTAATCCAGGAGTCCACCACCCAATACTTTCTGCTTGATAGGGACCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATCCAGGAGTCCACCACCCAATACTTTCTGCTTGATAGGGACCAGG  150

seq1  GAGCAAGTTGATAGCCCAGATATTGCTGTGTGAGAGAAGTCATGATGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGTTGATAGCCCAGATATTGCTGTGTGAGAGAAGTCATGATGTAT  200

seq1  CCAGACATTTGTTGGATTTGGTGCTAATTAAAGTGATTTCAAGATACATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACATTTGTTGGATTTGGTGCTAATTAAAGTGATTTCAAGATACATA  250

seq1  AGGGCAGGCCTGGGCTCTAGGCAGAAAATCATGGTGACAATGGACAGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGGCCTGGGCTCTAGGCAGAAAATCATGGTGACAATGGACAGAAA  300

seq1  TATTAGGACAGGATGTCAGAGAAGAGTAGGACAGAAGACAGGAGGACAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGGACAGGATGTCAGAGAAGAGTAGGACAGAAGACAGGAGGACAGT  350

seq1  AGGATAGAGGACAGGAAGACAGGAGGACAGATGACAGAGGACAGGATGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAGAGGACAGGAAGACAGGAGGACAGATGACAGAGGACAGGATGAT  400

seq1  AGTAGGACAGGAGGCCAGGGAGCAGGATGGCTCCAAAGCTGTTGTGGCCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGACAGGAGGCCAGGGAGCAGGATGGCTCCAAAGCTGTTGTGGCCG  450

seq1  GGGGGTGGTAGAAGCAGAGTAACATAATGGGTTAAACTGCAGGACATGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTGGTAGAAGCAGAGTAACATAATGGGTTAAACTGCAGGACATGGC  500

seq1  TTTCTCAACTCTCCCCAGAACACAGGATCAAGTGCTGCGTGATATGAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCAACTCTCCCCAGAACACAGGATCAAGTGCTGCGTGATATGAGGT  550

seq1  GGGATGTATGTTTAACCTGTGAGATGCCAAGAATAAGAAATTGTTTCATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGTATGTTTAACCTGTGAGATGCCAAGAATAAGAAATTGTTTCATC  600

seq1  ACCAAGTCCCAGAGTGTACATTAGTTGAGCAGCCATAAACTAGAAATTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGTCCCAGAGTGTACATTAGTTGAGCAGCCATAAACTAGAAATTGG  650

seq1  GCAAAAGCCTGAGCTGAAC-TTGTGATTTTTCGTGGTGACCATTGCCCAT  699
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAGCCTGAGCTGAACTTTGTGATTTTTCGTGGTGACCATTGCCCAT  700

seq1  GTGTGGGATGAGGAC-TCATTACTTAGCCACAATCTATGGGATTATGAAC  748
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGGATGAGGACTTCATTACTTAGCCACAATCTATGGGATTATGAAC  750

seq1  TGATCATGGTGTTGGAGAACTTAGTCTGTGCTG-TTCTGTTTCCCCAAAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGATCATGGTGTTGGAGAACTTAGTCTGTGCTGTTTCTGTTTCCCCAAAA  800

seq1  ACCTATCCCACAAGCCATTGATTTCTAGGCAGGATTTCCTTGAGGAAGAT  847
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATCCCACAAGTCATTGATTTCTAGGCAGGATTTCCTTGAGGAAGAT  850

seq1  GGGATTCTCACCTGTCCCCAGGCTCCAGACTCACCACCTTCGCTCTCATC  897
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GGATTCTCACCTGTCCCCAGGCTCCAGACTCACCACCTTCGCTCTCATC  899

seq1  TCTCTTACACACTGCACACCAGATCCATGACAGTGTCAAGAGCTCAAGTA  947
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCTC-TACACACTGCACACCAGATCCATGACAGTGTC-AGAGCTCAAGTA  947

seq1  GTTAATCTGTGTTTGACGTTCCCTTTCCAACTAAGCCTTG-ATCCCCGTT  996
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |
seq2  GTTAATCTGTGTTTGACGTTCCCTTCCCAACTAAGCCTTGAATCCCCG-T  996

seq1  GTTAACAGTTTGTTGACATACCAAGATATTTCCATTTTAGCATATTGCCA  1046
      |||| |||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||| 
seq2  GTTACCAGTTT-TTGACATACCAAGAATATTCCATTTTAGCATATTGCC-  1044

seq1  CCCTG-AGAG-ACATTC  1061
      ||||| |||| ||||||
seq2  CCCTGAAGAGAACATTC  1061