BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-004L13
Chromosome12 (Build37)
Map Location 6,098,838 - 6,198,001
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043137
Upstream geneKlhl29, 2810032G03Rik, LOC435292, LOC100042095, LOC672098
Downstream geneLOC238049, LOC100042118
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-004L13.bB6Ng01-004L13.g
ACCDH842056DH842057
length1,1971,086
definitionDH842056|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004L13, 5' end.DH842057|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004L13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,196,928 - 6,198,001)(6,098,838 - 6,099,934)
sequence
gaattctatgttcacagcatttgctgccttttacagtacccctggctggc
tggcacagcctctaatgagaaattagcagtgcttgagtcattgttgctgc
ttcataatttatttttctctgcttgccttcaaactttgcccttttgcttt
tcaatagtttcactttagattttcagttttgctttctctgttgttattct
ggtcaagtttgctgaacttactgaatccataaatatgtgggccttgtgtt
cttcaaaacgaaaaccatgcccaacctttttcagagcttatacaagtgtc
tgcctattccggctctgagatggattttccacactaaggagactctatgt
gtgtttctcttaggttttgcttttcaaaatcttatggtcttcagattggg
tatttacagattttttccaaattcactgtctctgcctccaagacttctag
ccttctgtatctctttgatgagcaatttaattttatctataacatttttg
gtaccttaattttcatcatgttaacaatgttatatggatacagtgaaatt
ttggcccttgccacttgtcattatcctctcaaccccttctctctccagaa
agaagccaaccatctcctcagtaagcctttcttacttggatgcctttgtg
tttaccctccagctttaatcatatttgcatgcagagggacaaaggctttt
gtgttttttctgaaatgctgacatctcagttactattggcaccacttaaa
aactggcatccctcccttcagcacccattaaccagcacccctcactccag
cacccattaaccagcatctctccctccagcacccatttactactcacaat
cgcttagagatgagtgggtcacatgatcgtcttcttttgcttgatgaaat
gtttaaagacccagtgtgcaggtcttgtacccagacctacaaccgcagtg
agtttacaaggacgatagttcacatcacgtccagaaacaaactttgttgt
actctcccaatctctggcttttgtatctttaaacctcctcctcctatgaa
ggtcctagcttgcgagggagtgatatgcatgttcaataggccaagactcc
aagtaactattctcctgcattgtagcagttttttgtctctgataagtgcc
cattcactacaaaaagagagctctccaatgctaagagcagccttacc

gaattctattgcaaatcttagagcttaaggcaagacttgaatgggccagc
acctttacttggaaaatagatgaccatttaaatgaactaactacacattg
atgttgtaattctacagaactttgaaaattctgtagaaggtaaaactccc
ttgtgccaggcagaaattatctctaactttttgaaagcctgttgctcctt
agaagccttgtttaacattagtattcatgtcaagcagagcatcctcctgc
cccgttaaatgattcaaaaacaactaacaaagaaaccaaatggtaatcca
caataattctactcttccagacaatatggagccattattcatttaatagt
ataaacattactctccatcccagggttactaacttctgggtctttaatgg
acttcagattgtacttaagggattaagagacaactttgtaattgattctc
tttgttgggggaaataaagaagatgagtatttacctggtcatgggttatg
ttactgatggaatgtaaaaaggctctcaggggttacagctgctatagaga
ttctttccttcatctcagaggcacatttgtgattaattcctaaaaaaaca
catttacaagaaatggttcttttagtaagcactgacttccaagtcacatc
ttcactaaattactcacgagctcaagtaaagctttcactgtgtgcctact
atgtgccaggcatcttgagatctctagagcaatattcctcaacctgtagg
cactacccctttaggagtcacatataagaaatcctgaacatcagacatgt
gcatggcttcataacagtagcaagactgctggggtagcaatcatttcatg
gttgtgggtccccatagcccatggaattgtattaaagggtcatagcatta
ggaaatttgagaaccactgctctagagaaacaggttgtgtcatgttgaaa
agcataaaagtcatttccaatcttcagtgatgatgtctaagatagcgttg
atgcatatcatgcacataaatagaaaaattcaaaatgcaacaaatacccc
aagaaaccgagaacattgatgatgaaaagaagagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_6196928_6198001
seq2: B6Ng01-004L13.b_182_1243 (reverse)

seq1  GGTAAGTGCTGCTCTTGGCCTTTGTGAGAAGCT-TCTTTTTGTAGTGAAT  49
      |||||| ||||||||| || || | |   |||| ||||||||||||||||
seq2  GGTAAG-GCTGCTCTTAGCATTGGAG---AGCTCTCTTTTTGTAGTGAAT  46

seq1  -GGCACTTAATTCAGAGACAAACAACTGGCTACAATGCA-GAGAATAAGT  97
       ||||||||  ||||||||||| |||| ||||||||||| |||||| |||
seq2  GGGCACTTA--TCAGAGACAAAAAACT-GCTACAATGCAGGAGAAT-AGT  92

seq1  TACTTGGAGTCCTTGGCCCTAATTGAACATGCATATCACTCCCTCGCAAG  147
      |||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGGAGT-CTTGGCC--TATTGAACATGCATATCACTCCCTCGCAAG  139

seq1  CTAAGGAACTTCATAGGA-GAGGAGGTATAAAGAATACAAAAGCCAGAGA  196
      || |||| |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  CT-AGGACCTTCATAGGAGGAGGAGGTTTAAAG-ATACAAAAGCCAGAGA  187

seq1  TTGGGGAGAGGTACAACAAAAGTTTGTTTTCTGGACGTGATGTG-ACTAT  245
      || |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  TT-GGGAGA-GTACAAC-AAAGTTTG-TTTCTGGACGTGATGTGAACTAT  233

seq1  CGTCCTTGTAAACTCACTGCGGTTGTAGGTCTGGGTACAAGACCTGCACA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCCTTGTAAACTCACTGCGGTTGTAGGTCTGGGTACAAGACCTGCACA  283

seq1  CTGGGTCTATAAACATTTCATCAAGCAAAAGAAGACGATCATGTGACCCA  345
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTCTTTAAACATTTCATCAAGCAAAAGAAGACGATCATGTGACCCA  333

seq1  CTCATCTCTAAGCGATTGTGAGTAGTAAATGGGTGCTGGAGGGAGAGATG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTCTAAGCGATTGTGAGTAGTAAATGGGTGCTGGAGGGAGAGATG  383

seq1  CTGGTTAATGGGTGCTGGAGTGAGGGGTGCTGGTTAATGGGTGCTGAAGG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTAATGGGTGCTGGAGTGAGGGGTGCTGGTTAATGGGTGCTGAAGG  433

seq1  GAGGGATGCCAGTTTTTAAGTGGTGCCAATAGTAACTGAGATGTCAGCAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGATGCCAGTTTTTAAGTGGTGCCAATAGTAACTGAGATGTCAGCAT  483

seq1  TTCAGAAAAAACACAAAAGCCTTTGTCCCTCTGCATGCAAATATGATTAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAAAAACACAAAAGCCTTTGTCCCTCTGCATGCAAATATGATTAA  533

seq1  AGCTGGAGGGTAAACACAAAGGCATCCAAGTAAGAAAGGCTTACTGAGGA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGAGGGTAAACACAAAGGCATCCAAGTAAGAAAGGCTTACTGAGGA  583

seq1  GATGGTTGGCTTCTTTCTGGAGAGAGAAGGGGTTGAGAGGATAATGACAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTGGCTTCTTTCTGGAGAGAGAAGGGGTTGAGAGGATAATGACAA  633

seq1  GTGGCAAGGGCCAAAATTTCACTGTATCCATATAACATTGTTAACATGAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAAGGGCCAAAATTTCACTGTATCCATATAACATTGTTAACATGAT  683

seq1  GAAAATTAAGGTACCAAAAATGTTATAGATAAAATTAAATTGCTCATCAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTAAGGTACCAAAAATGTTATAGATAAAATTAAATTGCTCATCAA  733

seq1  AGAGATACAGAAGGCTAGAAGTCTTGGAGGCAGAGACAGTGAATTTGGAA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATACAGAAGGCTAGAAGTCTTGGAGGCAGAGACAGTGAATTTGGAA  783

seq1  AAAATCTGTAAATACCCAATCTGAAGACCATAAGATTTTGAAAAGCAAAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCTGTAAATACCCAATCTGAAGACCATAAGATTTTGAAAAGCAAAA  833

seq1  CCTAAGAGAAACACACATAGAGTCTCCTTAGTGTGGAAAATCCATCTCAG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGAGAAACACACATAGAGTCTCCTTAGTGTGGAAAATCCATCTCAG  883

seq1  AGCCGGAATAGGCAGACACTTGTATAAGCTCTGAAAAAGGTTGGGCATGG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCGGAATAGGCAGACACTTGTATAAGCTCTGAAAAAGGTTGGGCATGG  933

seq1  TTTTCGTTTTGAAGAACACAAGGCCCACATATTTATGGATTCAGTAAGTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCGTTTTGAAGAACACAAGGCCCACATATTTATGGATTCAGTAAGTT  983

seq1  CAGCAAACTTGACCAGAATAACAACAGAGAAAGCAAAACTGAAAATCTAA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAACTTGACCAGAATAACAACAGAGAAAGCAAAACTGAAAATCTAA  1033

seq1  AGTGAAACTATTGAAAAGCAAAAGGGCAA  1074
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAACTATTGAAAAGCAAAAGGGCAA  1062


seq1: chr12_6098838_6099934
seq2: B6Ng01-004L13.g_67_1152

seq1  GAATTCTATTGCAAATCTTAGAGCTTAAGGCAAGACTTGAATGGGCCAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTGCAAATCTTAGAGCTTAAGGCAAGACTTGAATGGGCCAGC  50

seq1  ACCTTTACTTGGAAAATAGATGACCATTTAAATGAACTAACTACACATTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTACTTGGAAAATAGATGACCATTTAAATGAACTAACTACACATTG  100

seq1  ATGTTGTAATTCTACAGAACTTTGAAAATTCTGTAGAAGGTAAAACTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTAATTCTACAGAACTTTGAAAATTCTGTAGAAGGTAAAACTCCC  150

seq1  TTGTGCCAGGCAGAAATTATCTCTAACTTTTTGAAAGCCTGTTGCTCCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCCAGGCAGAAATTATCTCTAACTTTTTGAAAGCCTGTTGCTCCTT  200

seq1  AGAAGCCTTGTTTAACATTAGTATTCATGTCAAGCAGAGCATCCTCCTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCTTGTTTAACATTAGTATTCATGTCAAGCAGAGCATCCTCCTGC  250

seq1  CCCGTTAAATGATTCAAAAACAACTAACAAAGAAACCAAATGGTAATCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTTAAATGATTCAAAAACAACTAACAAAGAAACCAAATGGTAATCCA  300

seq1  CAATAATTCTACTCTTCCAGACAATATGGAGCCATTATTCATTTAATAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAATTCTACTCTTCCAGACAATATGGAGCCATTATTCATTTAATAGT  350

seq1  ATAAACATTACTCTCCATCCCAGGGTTACTAACTTCTGGGTCTTTAATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACATTACTCTCCATCCCAGGGTTACTAACTTCTGGGTCTTTAATGG  400

seq1  ACTTCAGATTGTACTTAAGGGATTAAGAGACAACTTTGTAATTGATTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAGATTGTACTTAAGGGATTAAGAGACAACTTTGTAATTGATTCTC  450

seq1  TTTGTTGGGGGAAATAAAGAAGATGAGTATTTACCTGGTCATGGGTTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGGGGGAAATAAAGAAGATGAGTATTTACCTGGTCATGGGTTATG  500

seq1  TTACTGATGGAATGTAAAAAGGCTCTCAGGGGTTACAGCTGCTATAGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGATGGAATGTAAAAAGGCTCTCAGGGGTTACAGCTGCTATAGAGA  550

seq1  TTCTTTCCTTCATCTCAGAGGCACATTTGTGATTAATTCCTAAAAAAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCCTTCATCTCAGAGGCACATTTGTGATTAATTCCTAAAAAAACA  600

seq1  CATTTACAAGAAATGGTTCTTTTAGTAAGCACTGACTTCCAAGTCACATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTACAAGAAATGGTTCTTTTAGTAAGCACTGACTTCCAAGTCACATC  650

seq1  TTCACTAAATTACTCACGAGCTCAAGTAAAGCTTTCACTGTGTGCCTACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTAAATTACTCACGAGCTCAAGTAAAGCTTTCACTGTGTGCCTACT  700

seq1  ATGTGCCAGGCATCTTGAGATCTCTAGAGCAATATTCCTCAACCTGTAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCCAGGCATCTTGAGATCTCTAGAGCAATATTCCTCAACCTGTAGG  750

seq1  CACTACCCCTTTAGGAGTCACATATAAGAAATCCTGAACATCAGACATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTACCCCTTTAGGAGTCACATATAAGAAATCCTGAACATCAGACATGT  800

seq1  GCATGGCTTCATAACAGTAGCAAGACTGCTGGGGTAGCAATCATTTCATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGCTTCATAACAGTAGCAAGACTGCTGGGGTAGCAATCATTTCATG  850

seq1  GTTGTGGGTCACCATAGCACATGGAATTGTATTAAAGGGTCATAGCATTA  900
      |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGGGTCCCCATAGCCCATGGAATTGTATTAAAGGGTCATAGCATTA  900

seq1  GGAAATTTGAGAACCACTGCTCTAGAGAAACAGGGTGTGTCATGTTGAAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GGAAATTTGAGAACCACTGCTCTAGAGAAACAGGTTGTGTCATGTTGAAA  950

seq1  AGCATAAAAGTCAATTCCAATCTTCAGTGGAATGATGTCTAAGATAAGCG  1000
      ||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||| ||||
seq2  AGCATAAAAGTCATTTCCAATCTTCAGTG--ATGATGTCTAAGAT-AGCG  997

seq1  TTGAATGCATAATCATGCACATAAATAGAAAAATTCAAAAATTGCAACAA  1050
      ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  TTG-ATGCAT-ATCATGCACATAAATAGAAAAATTCAAAA--TGCAACAA  1043

seq1  ATACCCCAAAGAAACCGAAGGAACATTGATGATGAAAAGGAAGAGCT  1097
      ||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATACCCC-AAGAAACCGA--GAACATTGATGATGAAAA-GAAGAGCT  1086


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |