BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-005L09
Chromosome12 (Build37)
Map Location 104,801,381 - 104,976,875
singlet/doubletdoublet
Overlap gene8430415E04Rik, Serpina10, Serpina6, Gm46, Serpina1f, EG435316, Serpina1b
Upstream geneChga, Itpk1, Moap1, D230037D09Rik, 5730410I19Rik, Btbd7, EG634678, Cox8c, 9030205A07Rik, LOC667269, Prima1, EG544888, Asb2, Otub2, Ddx24, D12Ertd647e, Ifi27, 1810023F06Rik
Downstream geneSerpina1d, LOC667951, LOC628801, Serpina1a, LOC667954, Serpina1c, Serpina1e, Serpina11, Serpina9, Serpina12, Serpina4-ps1, Serpina5, Serpina3a, Serpina3b, Serpina3c, LOC435318, LOC628883, Serpina3f, LOC667997, Serpina3g, Serpina3h, EG628900, EG238395, Serpina3k, EG628916, Serpina3m, Serpina3n, Gsc, Dicer1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-005L09.bB6Ng01-005L09.g
ACCDH842774DH842775
length1,174936
definitionDH842774|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005L09, 5' end.DH842775|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005L09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,801,381 - 104,802,545)(104,975,941 - 104,976,875)
sequence
gaattcatttacttgttcatttacttaaattttgttccaaaactatgtca
taatattattcagcagaaaatgtgcagtgtcaggcacagagaataattat
tgtatttcctcgggtcctatgggggtcagccactgtatgctattggatgt
tttatgtgtcttaatctctgagcccaaaggttctttgacacccatcccac
agtggaagagacactagttaaccaacttgcctacagcaacgtgtcaacct
catgattggctgatctgattgcagatctttgatgtgtaattcacttgtca
ggcctcaaccaccttgtctggttactacagcagctgcacatgggaacatt
tgcttctacttagccacctagaagccactcacccaagaggacttgaagaa
ataccaaccaatcgtgttatatattcttatgtgtgagaattattacttaa
gtggtgaaatgaagtgacagaatgctgtccccttcacttcccctcccctt
atccccaagaatcaagctgggaaactgtaaatgttaccttaatttagaac
aaggtaatttcaaaatgtgcttaaatctggagatagtgatattgtcttgg
gtcatttagatggggccccaatgtcaacacatgtctcttagtagaagaaa
ctagaagatgaaggagtgggaaagacagcagtgaagacagagaaagatgc
agaaagccaagaagtgacaccacagtagcctgtggcaggaatgtggcact
gaacattttggtttgagtaatactgctttaccacatctgccttctagaac
tatgggagagtacatttctgttgttttaatgcatccagctgagagtaaag
ctaaagcagatcacttttcaaagcttcctgccatgtcctttttgaccctg
gcacctaccaatcttttccataaaagcagaaattctttgttaccctgggc
ttgtcattttgtccccagaagtctggactggcatttagaaaagaacaggc
actcacagtcaactttacaaagactgtgtttctgagagagttcagtgtct
actttgagggaccaatgctgtgcttgaacttgctgactgatgctgcgaaa
tctttggctctctatctgcattgaacaggttctctggttgcagtggacaa
aggagtcagcaaatgacaggcaaa
gaattcatatctacacgcgcaaggagcaatctctttgttttggtcctgtg
tctccattcgtcaggtgggcacataacctactctgagcccctggtggagg
cagtgaatcttctgccccaggcatctggaggcagatggctcagtaaatat
tgactttgcttacatgtaagcaacccaagcattccccaggagagtgcagg
accagccagccatgttgtgtcttcctagaggccgtgtgactcattacacc
agacgcactttggacatccggtgttgtgtttgttgtttttatgagggatg
ggtgttctaactgctttgcttaagactccattgatttaggaccagagaga
gagctgagctctgtcccgaacagtgtgggtggtacctcagtgtccaaccg
atggacttagcccctctctgtttgctctaccaataactgtggtgacattg
gttaatattcactagcaaactcccccatatcccccttggctcccactgct
taaatacagactaggacagggctctgtctcctcagcctcggtcaccaccc
agctctgggacagcaagctgtgagtatatttttcccaggggaaatattgg
aggggcccctgagtctctgcacttcccaagcaggcagcctatctgggagc
aggataaagttaattgcacctgtggcacctaggcctcttgttgccatggg
gaacatcaatacctaagctcccttcttgaaccaagctgcccagtagatag
ctagtatcttcaggtgagagaagacaaagatgtggaggggccaaaatgca
ggcacagccattttccatgtagacagtgcccaccctttgctggcctttcc
tttttgccctttttccgccttgtcccaccccctgcatcgggaataagcaa
ggtaagatagaaggacagtgggacgttgtggctctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_104801381_104802545
seq2: B6Ng01-005L09.b_46_1219

seq1  GAATTCATTTACTTGTTCATTTACTTAAATTTTGTTCCAAAACTATGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTACTTGTTCATTTACTTAAATTTTGTTCCAAAACTATGTCA  50

seq1  TAATATTATTCAGCAGAAAATGTGCAGTGTCAGGCACAGAGAATAATTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTATTCAGCAGAAAATGTGCAGTGTCAGGCACAGAGAATAATTAT  100

seq1  TGTATTTCCTCGGGTCCTATGGGGGTCAGCCACTGTATGCTATTGGATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTCCTCGGGTCCTATGGGGGTCAGCCACTGTATGCTATTGGATGT  150

seq1  TTTATGTGTCTTAATCTCTGAGCCCAAAGGTTCTTTGACACCCATCCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTGTCTTAATCTCTGAGCCCAAAGGTTCTTTGACACCCATCCCAC  200

seq1  AGTGGAAGAGACACTAGTTAACCAACTTGCCTACAGCAACGTGTCAACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAAGAGACACTAGTTAACCAACTTGCCTACAGCAACGTGTCAACCT  250

seq1  CATGATTGGCTGATCTGATTGCAGATCTTTGATGTGTAATTCACTTGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATTGGCTGATCTGATTGCAGATCTTTGATGTGTAATTCACTTGTCA  300

seq1  GGCCTCAACCACCTTGTCTGGTTACTACAGCAGCTGCACATGGGAACATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCAACCACCTTGTCTGGTTACTACAGCAGCTGCACATGGGAACATT  350

seq1  TGCTTCTACTTAGCCACCTAGAAGCCACTCACCCAAGAGGACTTGAAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTACTTAGCCACCTAGAAGCCACTCACCCAAGAGGACTTGAAGAA  400

seq1  ATACCAACCAATCGTGTTATATATTCTTATGTGTGAGAATTATTACTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAACCAATCGTGTTATATATTCTTATGTGTGAGAATTATTACTTAA  450

seq1  GTGGTGAAATGAAGTGACAGAATGCTGTCCCCTTCACTTCCCCTCCCCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGAAATGAAGTGACAGAATGCTGTCCCCTTCACTTCCCCTCCCCTT  500

seq1  ATCCCCAAGAATCAAGCTGGGAAACTGTAAATGTTACCTTAATTTAGAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCAAGAATCAAGCTGGGAAACTGTAAATGTTACCTTAATTTAGAAC  550

seq1  AAGGTAATTTCAAAATGTGCTTAAATCTGGAGATAGTGATATTGTCTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAATTTCAAAATGTGCTTAAATCTGGAGATAGTGATATTGTCTTGG  600

seq1  GTCATTTAGATGGGGCCCCAATGTCAACACATGTCTCTTAGTAGAAGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTTAGATGGGGCCCCAATGTCAACACATGTCTCTTAGTAGAAGAAA  650

seq1  CTAGAAGATGAAGGAGTGGGAAAGACAGCAGTGAAGACAGAGAAAGATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAGATGAAGGAGTGGGAAAGACAGCAGTGAAGACAGAGAAAGATGC  700

seq1  AGAAAGCCAAGAAGTGACACCACAGTAGCCTGTGGCAGGAATGTGGCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCCAAGAAGTGACACCACAGTAGCCTGTGGCAGGAATGTGGCACT  750

seq1  GAACATTTTGGTCTGAGTAATACTGCTTTACCACATCTGCCTTCTAGAAC  800
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATTTTGGTTTGAGTAATACTGCTTTACCACATCTGCCTTCTAGAAC  800

seq1  TATGGGAGAGTACATTTCTGTTGTTTTAATGCATCCAGCTGAGAGT-AAG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TATGGGAGAGTACATTTCTGTTGTTTTAATGCATCCAGCTGAGAGTAAAG  850

seq1  CTAAAGCAGATCACTTTTCAAAGCTTCCTGCCATGTCCTTTTTGACCCTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGCAGATCACTTTTCAAAGCTTCCTGCCATGTCCTTTTTGACCCTG  900

seq1  GCACCTACCAATC-TTTCCATAAAAGCAGAAA-TCTTTGTTACCCT-GGC  946
      ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  GCACCTACCAATCTTTTCCATAAAAGCAGAAATTCTTTGTTACCCTGGGC  950

seq1  TTGTCATTTTGTCCCCAG-AGTCTGGACTGGCATTTAG-AAAGAACAGGC  994
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTGTCATTTTGTCCCCAGAAGTCTGGACTGGCATTTAGAAAAGAACAGGC  1000

seq1  ACTCACAGTCAACTTTACAAAGACTGTG-TTCTGAGAGAG-TCAGTGTCT  1042
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  ACTCACAGTCAACTTTACAAAGACTGTGTTTCTGAGAGAGTTCAGTGTCT  1050

seq1  AC-TTGAGGGACCCATGCTGTGCTTG-ACTTGCTGGCCTGATGCTGCAGA  1090
      || |||||||||| |||||||||||| ||||||| | ||||||||||  |
seq2  ACTTTGAGGGACCAATGCTGTGCTTGAACTTGCT-GACTGATGCTGCGAA  1099

seq1  CCCTTTTGGTCTCTATCTGCATAGAACAGGGTCTCTGGTTGCAGGTGGAC  1140
        |||| | ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  ATCTTTGGCTCTCTATCTGCATTGAACAGGTTCTCTGGTTGCA-GTGGAC  1148

seq1  -AAGGAGTCAGCAAATGACAGGCAAA  1165
       |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGTCAGCAAATGACAGGCAAA  1174

seq1: chr12_104975941_104976875
seq2: B6Ng01-005L09.g_71_1006 (reverse)

seq1  GAGAGCCAC-ACGTCCCACTGTCCTTCTAGTCTTACCTTGCTTATCCACG  49
      ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||
seq2  GAGAGCCACAACGTCCCACTGTCCTTCTA-TCTTACCTTGCTTATTCCCG  49

seq1  ATGCAGGGGGTGGGAGCAGGGCTGGAAAAGGGCATAAAGGAAAGGCCAGC  99
      ||||||||||||||| || ||| | ||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATGCAGGGGGTGGGA-CAAGGCGGAAAAAGGGCAAAAAGGAAAGGCCAGC  98

seq1  AAAGGGTGGGCACTGTCTACATGG-AAATGGCTGTGCCTGCATTTTGGCC  148
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGTGGGCACTGTCTACATGGAAAATGGCTGTGCCTGCATTTTGGCC  148

seq1  CCTCCACATCTTTGTCTTCTCTCACCTGAAGATACTAGCTATCTACTGGG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCACATCTTTGTCTTCTCTCACCTGAAGATACTAGCTATCTACTGGG  198

seq1  CAGCTTGGTTCAAGAAGGGAGCTTAGGTATTGATGTT-CCCATGGCAACA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CAGCTTGGTTCAAGAAGGGAGCTTAGGTATTGATGTTCCCCATGGCAACA  248

seq1  AGAGGCCTAGGTGCCACAGGTGCAATTAACTTTATCCTGCTCCCAGATAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCCTAGGTGCCACAGGTGCAATTAACTTTATCCTGCTCCCAGATAG  298

seq1  GCTGCCTGCTTGGGAAGTGCAGAGACTCAGGGGCCCCTCCAATATTTCCC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTGCTTGGGAAGTGCAGAGACTCAGGGGCCCCTCCAATATTTCCC  348

seq1  CTGGGAAAAATATACTCACAGCTTGCTGTCCCAGAGCTGGGTGGTGACCG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAAAAATATACTCACAGCTTGCTGTCCCAGAGCTGGGTGGTGACCG  398

seq1  AGGCTGAGGAGACAGAGCCCTGTCCTAGTCTGTATTTAAGCAGTGGGAGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGAGGAGACAGAGCCCTGTCCTAGTCTGTATTTAAGCAGTGGGAGC  448

seq1  CAAGGGGGATATGGGGGAGTTTGCTAGTGAATATTAACCAATGTCACCAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGGGATATGGGGGAGTTTGCTAGTGAATATTAACCAATGTCACCAC  498

seq1  AGTTATTGGTAGAGCAAACAGAGAGGGGCTAAGTCCATCGGTTGGACACT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATTGGTAGAGCAAACAGAGAGGGGCTAAGTCCATCGGTTGGACACT  548

seq1  GAGGTACCACCCACACTGTTCGGGACAGAGCTCAGCTCTCTCTCTGGTCC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTACCACCCACACTGTTCGGGACAGAGCTCAGCTCTCTCTCTGGTCC  598

seq1  TAAATCAATGGAGTCTTAAGCAAAGCAGTTAGAACACCCATCCCTCATAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCAATGGAGTCTTAAGCAAAGCAGTTAGAACACCCATCCCTCATAA  648

seq1  AAACAACAAACACAACACCGGATGTCCAAAGTGCGTCTGGTGTAATGAGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACAAACACAACACCGGATGTCCAAAGTGCGTCTGGTGTAATGAGT  698

seq1  CACACGGCCTCTAGGAAGACACAACATGGCTGGCTGGTCCTGCACTCTCC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACGGCCTCTAGGAAGACACAACATGGCTGGCTGGTCCTGCACTCTCC  748

seq1  TGGGGAATGCTTGGGTTGCTTACATGTAAGCAAAGTCAATATTTACTGAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAATGCTTGGGTTGCTTACATGTAAGCAAAGTCAATATTTACTGAG  798

seq1  CCATCTGCCTCCAGATGCCTGGGGCAGAAGATTCACTGCCTCCACCAGGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTGCCTCCAGATGCCTGGGGCAGAAGATTCACTGCCTCCACCAGGG  848

seq1  GCTCAGAGTAGGTTATGTGCCCACCTGACGAATGGAGACACAGGACCAAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGAGTAGGTTATGTGCCCACCTGACGAATGGAGACACAGGACCAAA  898

seq1  ACAAAGAGATTGCTCCTTGCGCGTGTAGATATGAATTC  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGAGATTGCTCCTTGCGCGTGTAGATATGAATTC  936