BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-009L22
Chromosome12 (Build37)
Map Location 113,936,098 - 114,092,425
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAW555464, LOC382640, Pld4, AI450948, LOC100041194, BC022687, Cdca4, Gpr132
Upstream geneBag5, 2810002N01Rik, Klc1, Xrcc3, Zfyve21, Ppp1r13b, LOC100041886, 2010107E04Rik, BC048943, Tdrd9, A530050D06Rik, Kif26a, A730018C14Rik, A530016L24Rik, Tmem179, 2610204M08Rik, Adssl1, Siva1, Akt1, EG382639
Downstream geneJag2, Nudt14, Brf1, Btbd6, Pacs2, Tex22, Mta1, Crip2, Crip1, 4930427A07Rik, LOC676349, Tmem121, Igh, Igh-2, Gm900, Igh-1b, Igh-3, Ighg1, AI324046, LOC668370, LOC668375, EG382645, Igh-5, Igh-6, Ighj4, Ighj3, Ighj2, Ighj1, Ighd4-1, Ighd3-2, Ighd5-6, Ighd2-8, Ighd5-5, Ighd2-7, Ighd5-8, Ighd5-4, Ighd2-6, Ighd5-7, Ighd5-3, Ighd2-5, Ighd5-2, Ighd2-4, Ighd6-2, Ighd2-3, Ighd6-1, Ighd1-1, 4930523C11Rik, Ighd3-1, Ighd5-1, Adam6, Ighv5-1, Ighv2-1, Ighv5-2, Ighv2-2, Ighv5-3, Ighv5-4, Ighv6-1, Ighv2-3, Ighv5-5, Ighv5-6, Ankrd12-like, Ighv5-7, EG668389, Ighv5-8, Ighv5-9, Ighv5-10, Ighv2-5, Ighv5-11, Ighv5-12, Ighv2-6, Ighv5-9-1, EG628098, Ighv2-9-1, Ighv5-13, Ighv2-6-8, EG629785, Ighv2-7, LOC668405, Ighv5-15, Ighv5-16
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-009L22.bB6Ng01-009L22.g
ACCDH845605DH845606
length1,0591,054
definitionDH845605|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009L22, 5' end.DH845606|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009L22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,936,098 - 113,937,162)(114,091,371 - 114,092,425)
sequence
gaattccttagggtttctattcctgcacaaaaactcatgacctagaagca
agctggggaggaaagggtttattcagcttacactttccacactgttgttc
atcaccaaagaagtcaggactggaactcaagcagatcaggaagcaggagc
tgatgctgaggccatgaagggatgtttcttactggcttgtttgcttcccc
tggctttctcaacttgctttcttatagaacccaggaccaccagcccaggg
atggcaccacccacaatgagccctccccccttgatcactaattgagaaaa
tgccttacagctggatctcatggaggcatttcctcaagggaggctccttt
ctctgtgataactccagcctgtgtcaagttgacacaaaactagccagtac
aaggagcctgacagaattagttcccacggctgtttccagaaaggtcactg
atagatacaatgaggttgagaggagtgccgagctcacaaggctaatcgcc
atgggtgaccgtaagcttagcagccatgagtcccagcctgaagagcaagg
gaaaggcgggtcagggagactatgccaccagcactgtgtcccgtccagtg
tcctgctcagcacacctcacctctcatagctcagtccattcggtccatgg
tctcctgaggaaggaccagcgtcatcgaacgtgagtaaccatctccccac
tgaaaaagcctttcttgtgattctttaggagatggacccacagaaggtat
gtcaccagctcagtaagcagtgccacaaggcagaggactggggactgggg
acccctactgtgggtactatacttgccaatagaagagcctggtgggttgg
tcctcggtgtggaccacagtctatgcacagtgccagtctgctttcctgct
tcagagcaggtcatggggaggtgggtaagagcattcctgtgtccctgcta
ggacagcagcaacgaagcatggtcagggtgctcaacagagcagtaagagc
ctgcggtccagcaggcccttgaattcctgggttgttccagctcctctcct
caccttctg
gaattccaggacaggcagggctacacagagaaaccctgtctcaaaaaacc
aaccaaccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaggaggcctgcgaaatg
tatcagttgcctaagaaagattcaggctctggttggggacaggtcacctt
cctaacaaggagccctcacctgaggagtagtgcggttcttagctggcatc
ctatcactcatggccagagtggaatccatccaggctgaggacgatggcat
gggcagctgagatcccagggagtatgggacaattggccaggacaaccaga
gccatggaacagatatcagcctgggaccaggaggcagtgcccttggggcc
tccaaatctgacccacgacatggctgaaggcttctccaccagatgaccag
tgtggccagagaaagagggtttggagagaattcatctgcccacatctgtc
agggtctggggttggtgactgtcctcaccattctctggtccaactggctt
cctctagctgcagtcttttgaactcctgatgtgtctagtctgaagtccgt
aaaacttcccttttacttaaaagatttatttattaattgtgtgtgtatag
caggcatacatgtgccactgagtgtgtgttgcaggcatgtatgtgcactg
tgcatctgtagcatgtatgtatgtgcactgtgcgtctgtagcatgtatgt
atgtgccctgtgtgtatgtagcaggcatgcatgtgtactgtgtgtatgta
acaggcatgcatgcacctctgagtgtgtgttacaggcatgcatgtgcact
ggacatgtgtagcaggcatgcatgtgccactgagtgtatagcaggcatac
atgtatacagtacgcatgtgaaagtcagagaacaccttcagctagtcagg
atccgccccacattttacctgatgagtcatctcctcgacctcacccccat
cgagcttcttactctttctggtatataaatcttcctgagtgggagtagtt
tcgaactcttactgctggtgtcatttctgccccacaggaaacaccacact
gggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_113936098_113937162
seq2: B6Ng01-009L22.b_44_1102

seq1  GAATTCCTTAGGGTTTCTATTCCTGCACAAAAACTCATGACCTAGAAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTAGGGTTTCTATTCCTGCACAAAAACTCATGACCTAGAAGCA  50

seq1  AGCTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACACTTTCCACACTGTTGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACACTTTCCACACTGTTGTTC  100

seq1  ATCACCAAAGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGATCAGGAAGCAGGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCAAAGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGATCAGGAAGCAGGAGC  150

seq1  TGATGCTGAGGCCATGAAGGGATGTTTCTTACTGGCTTGTTTGCTTCCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCTGAGGCCATGAAGGGATGTTTCTTACTGGCTTGTTTGCTTCCCC  200

seq1  TGGCTTTCTCAACTTGCTTTCTTATAGAACCCAGGACCACCAGCCCAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTTCTCAACTTGCTTTCTTATAGAACCCAGGACCACCAGCCCAGGG  250

seq1  ATGGCACCACCCACAATGAGCCCTCCCCCCTTGATCACTAATTGAGAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCACCACCCACAATGAGCCCTCCCCCCTTGATCACTAATTGAGAAAA  300

seq1  TGCCTTACAGCTGGATCTCATGGAGGCATTTCCTCAAGGGAGGCTCCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTACAGCTGGATCTCATGGAGGCATTTCCTCAAGGGAGGCTCCTTT  350

seq1  CTCTGTGATAACTCCAGCCTGTGTCAAGTTGACACAAAACTAGCCAGTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGATAACTCCAGCCTGTGTCAAGTTGACACAAAACTAGCCAGTAC  400

seq1  AAGGAGCCTGACAGAATTAGTTCCCACGGCTGTTTCCAGAAAGGTCACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGCCTGACAGAATTAGTTCCCACGGCTGTTTCCAGAAAGGTCACTG  450

seq1  ATAGATACAATGAGGTTGAGAGGAGTGCCGAGCTCACAAGGCTAATCGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATACAATGAGGTTGAGAGGAGTGCCGAGCTCACAAGGCTAATCGCC  500

seq1  ATGGGTGACCGTAAGCTTAGCAGCCATGAGTCCCAGCCTGAAGAGCAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTGACCGTAAGCTTAGCAGCCATGAGTCCCAGCCTGAAGAGCAAGG  550

seq1  GAAAGGCGGGTCAGGGAGACTATGCCACCAGCACTGTGTCCCGTCCAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGCGGGTCAGGGAGACTATGCCACCAGCACTGTGTCCCGTCCAGTG  600

seq1  TCCTGCTCAGCACACCTCACCTCTCATAGCTCAGTCCATTCGGTCCATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTCAGCACACCTCACCTCTCATAGCTCAGTCCATTCGGTCCATGG  650

seq1  TCTCCTGAGGAAGGACCAGCGTCATCGAACGTGAGTAACCATCTCCCCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGAGGAAGGACCAGCGTCATCGAACGTGAGTAACCATCTCCCCAC  700

seq1  TGAAAAAGCCTTTCTTGTGATTC-TTAGGAGATGGACCCACAGAAGGTAT  749
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAAGCCTTTCTTGTGATTCTTTAGGAGATGGACCCACAGAAGGTAT  750

seq1  GTCACCAGCTCAGTAAGCAGTGCCACAAGGCAGGAGGACTGGGGACTGGG  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GTCACCAGCTCAGTAAGCAGTGCCACAAGGCA-GAGGACTGGGGACTGGG  799

seq1  GACCCCTACTGTGGGTACTATACTTGCCAATAGAAGAGCCTGGTGGGTTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCCTACTGTGGGTACTATACTTGCCAATAGAAGAGCCTGGTGGGTTG  849

seq1  GTCCTCGGTGTGGACCACAGTCTATGCACAGTGCCAGTCTGCTTTCCTGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCGGTGTGGACCACAGTCTATGCACAGTGCCAGTCTGCTTTCCTGC  899

seq1  TTCAGAGCAGGTCATGGGGAGGTGGGTAAGAGCAGTTCCTGTGTTCCCTG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  TTCAGAGCAGGTCATGGGGAGGTGGGTAAGAGCA-TTCCTGTG-TCCCTG  947

seq1  CTAGGACAGCAGCAACGAAGGCATGGGCCAGGGTGCTC-ACAGGGCAGGG  998
      ||||||||||||||||||| |||| || |||||||||| |||| ||| | 
seq2  CTAGGACAGCAGCAACGAA-GCAT-GGTCAGGGTGCTCAACAGAGCA-GT  994

seq1  AAGAGCCTGCGGTCCAAGCAGGGCCCTTGATTTCCTGGGCTGTCCCAGGC  1048
      ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||| ||| ||
seq2  AAGAGCCTGCGGTCC-AGCA-GGCCCTTGAATTCCTGGGTTGTTCCA-GC  1041

seq1  TCCTCTCC-CACCTTCTG  1065
      |||||||| |||||||||
seq2  TCCTCTCCTCACCTTCTG  1059

seq1: chr12_114091371_114092425
seq2: B6Ng01-009L22.g_65_1118 (reverse)

seq1  CCCCAGTGTGGTGTTTCCTGTGGGGCAGAAATGACA-CAGCAGTAGGAGT  49
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  CCCCAGTGTGGTGTTTCCTGTGGGGCAGAAATGACACCAGCAGTAAGAGT  50

seq1  TACGGAACTACTCCCACTCAGGGAGATTTATAATACCAAGAAAGAGTAAG  99
      | || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  T-CGAAACTACTCCCACTCAGGAAGATTTAT-ATACC-AGAAAGAGTAAG  97

seq1  AAGCTCGATGGGGGTGGGGTCGGGGAGATGACTCATCAGGTAAAATGTGG  149
      |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCGATGGGGGTGAGGTCGAGGAGATGACTCATCAGGTAAAATGTGG  147

seq1  GGCGGATCCTGACTAGCTG-AGGTGTTCTCTGACTTTCACATGCGTACTG  198
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGGATCCTGACTAGCTGAAGGTGTTCTCTGACTTTCACATGCGTACTG  197

seq1  TATACATGTATGCCTGCTATACACTCAGTGGCACATGCATGCCTGCTACA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATGTATGCCTGCTATACACTCAGTGGCACATGCATGCCTGCTACA  247

seq1  CATGTCCAGTGCACATGCATGCCTGTAACACACACTCAGAGGTGCATGCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCCAGTGCACATGCATGCCTGTAACACACACTCAGAGGTGCATGCA  297

seq1  TGCCTGTTACATACACACAGTACACATGCATGCCTGCTACATACACACAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTTACATACACACAGTACACATGCATGCCTGCTACATACACACAG  347

seq1  GGCACATACATACATGCTACAGACGCACAGTGCACATACATACATGCTAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACATACATACATGCTACAGACGCACAGTGCACATACATACATGCTAC  397

seq1  AGATGCACAGTGCACATACATGCCTGCAACACACACTCAGTGGCACATGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCACAGTGCACATACATGCCTGCAACACACACTCAGTGGCACATGT  447

seq1  ATGCCTGCTATACACACACAATTAATAAATAAATCTTTTAAGTAAAAGGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTGCTATACACACACAATTAATAAATAAATCTTTTAAGTAAAAGGG  497

seq1  AAGTTTTACGGACTTCAGACTAGACACATCAGGAGTTCAAAAGACTGCAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTACGGACTTCAGACTAGACACATCAGGAGTTCAAAAGACTGCAG  547

seq1  CTAGAGGAAGCCAGTTGGACCAGAGAATGGTGAGGACAGTCACCAACCCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGGAAGCCAGTTGGACCAGAGAATGGTGAGGACAGTCACCAACCCC  597

seq1  AGACCCTGACAGATGTGGGCAGATGAATTCTCTCCAAACCCTCTTTCTCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCTGACAGATGTGGGCAGATGAATTCTCTCCAAACCCTCTTTCTCT  647

seq1  GGCCACACTGGTCATCTGGTGGAGAAGCCTTCAGCCATGTCGTGGGTCAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACACTGGTCATCTGGTGGAGAAGCCTTCAGCCATGTCGTGGGTCAG  697

seq1  ATTTGGAGGCCCCAAGGGCACTGCCTCCTGGTCCCAGGCTGATATCTGTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGAGGCCCCAAGGGCACTGCCTCCTGGTCCCAGGCTGATATCTGTT  747

seq1  CCATGGCTCTGGTTGTCCTGGCCAATTGTCCCATACTCCCTGGGATCTCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGCTCTGGTTGTCCTGGCCAATTGTCCCATACTCCCTGGGATCTCA  797

seq1  GCTGCCCATGCCATCGTCCTCAGCCTGGATGGATTCCACTCTGGCCATGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCCATGCCATCGTCCTCAGCCTGGATGGATTCCACTCTGGCCATGA  847

seq1  GTGATAGGATGCCAGCTAAGAACCGCACTACTCCTCAGGTGAGGGCTCCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAGGATGCCAGCTAAGAACCGCACTACTCCTCAGGTGAGGGCTCCT  897

seq1  TGTTAGGAAGGTGACCTGTCCCCAACCAGAGCCTGAATCTTTCTTAGGCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGGAAGGTGACCTGTCCCCAACCAGAGCCTGAATCTTTCTTAGGCA  947

seq1  ACTGATACATTTCGCAGGCCTCCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATACATTTCGCAGGCCTCCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTG  997

seq1  GTTGGTTGGTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGCCTGTCCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTTGGTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGCCTGTCCT  1047

seq1  GGAATTC  1055
      |||||||
seq2  GGAATTC  1054