BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-014J03
Chromosome12 (Build37)
Map Location 108,305,420 - 108,306,039
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneVrk1, LOC100040386, LOC100040404, LOC100040420, 1700121N20Rik, LOC100041191, LOC100040451, LOC673604
Downstream geneLOC100040484, LOC382635, LOC100041251, LOC100040497, LOC668151, Bcl11b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-014J03.g
ACCDH849074
length620
definitionDH849074|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-014J03, 3' end.
singlet/doublet---singlet
BLAST hitno hit dataunique
sequence
gaattcactacctgcatggaccattggtggccattcctggatcagcttgg
actctgtgacacaatgtgagtcgcccaacacaagccttgctccacatgct
tctatcaaggcccctttgttgatttgcactgaagctcatcaacatttgtt
catgtaaacaaagcatttgggtatccttcaagaatctgttctgggagctg
ctcctgaagtttccgatcatgggaaagccagtgccaaggggtaagcagac
ttagtttgcttgctgcctcctggaaccagggatgtgaggagtggactcct
ggtgtcagctcctggaagagctgagtgtatgactcatacatgaaacacgt
gggttatttgctgggtattgagttccttccaagttagtggttagatggag
atctggcataaggaagaccaaaaagaataatagcaagtcaaggacaaggg
gcttctttttcacttgtagtttgaaagtgcaaccaatctatcatggttgg
aaggtgtggtggcagaagaggaagatagctagcaggtcatgttgtgtcca
atgaatgaatgttgaatgttggttctcagtctctctctctctctctctct
ctctctctctctctctctct
quality valuesOpen.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_108305420_108306039
seq2: B6Ng01-014J03.g_67_686 (reverse)

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACTGAGAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACTGAGAACC  50

seq1  AACATTCAACATTCATTCATTGGACACAACATGACCTGCTAGCTATCTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTCAACATTCATTCATTGGACACAACATGACCTGCTAGCTATCTTC  100

seq1  CTCTTCTGCCACCACACCTTCCAACCATGATAGATTGGTTGCACTTTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTGCCACCACACCTTCCAACCATGATAGATTGGTTGCACTTTCAA  150

seq1  ACTACAAGTGAAAAAGAAGCCCCTTGTCCTTGACTTGCTATTATTCTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACAAGTGAAAAAGAAGCCCCTTGTCCTTGACTTGCTATTATTCTTTT  200

seq1  TGGTCTTCCTTATGCCAGATCTCCATCTAACCACTAACTTGGAAGGAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTTCCTTATGCCAGATCTCCATCTAACCACTAACTTGGAAGGAACT  250

seq1  CAATACCCAGCAAATAACCCACGTGTTTCATGTATGAGTCATACACTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACCCAGCAAATAACCCACGTGTTTCATGTATGAGTCATACACTCAG  300

seq1  CTCTTCCAGGAGCTGACACCAGGAGTCCACTCCTCACATCCCTGGTTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCAGGAGCTGACACCAGGAGTCCACTCCTCACATCCCTGGTTCCA  350

seq1  GGAGGCAGCAAGCAAACTAAGTCTGCTTACCCCTTGGCACTGGCTTTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCAGCAAGCAAACTAAGTCTGCTTACCCCTTGGCACTGGCTTTCCC  400

seq1  ATGATCGGAAACTTCAGGAGCAGCTCCCAGAACAGATTCTTGAAGGATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCGGAAACTTCAGGAGCAGCTCCCAGAACAGATTCTTGAAGGATAC  450

seq1  CCAAATGCTTTGTTTACATGAACAAATGTTGATGAGCTTCAGTGCAAATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATGCTTTGTTTACATGAACAAATGTTGATGAGCTTCAGTGCAAATC  500

seq1  AACAAAGGGGCCCTGATAGAAGCATGTGGAGCAAGGCTTGTGTTGGGCGA  550
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGGGGCCTTGATAGAAGCATGTGGAGCAAGGCTTGTGTTGGGCGA  550

seq1  CTCACATTGTGTCACAGAGTCCAAGCTGATCCAGGAATGGCCACCAATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACATTGTGTCACAGAGTCCAAGCTGATCCAGGAATGGCCACCAATGG  600

seq1  TCCATGCAGGTAGTGAATTC  620
      ||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGCAGGTAGTGAATTC  620