BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-018N11
Chromosome12 (Build37)
Map Location 101,784,356 - 101,860,259
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRps6ka5
Upstream geneLOC100039892, 2610021K21Rik, Tdp1, LOC100040041, Kcnk13, Psmc1, BC002230, Calm1, Ttc7b
Downstream geneLOC100040123, 9030617O03Rik, EG667148, Gpr68, 0610010D24Rik, LOC100040184, Smek1, 4930463M05Rik, Mylf-ps, 4932415G16Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-018N11.bB6Ng01-018N11.g
ACCDH852124DH852125
length1,055979
definitionDH852124|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018N11, 5' end.DH852125|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018N11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,784,356 - 101,785,422)(101,859,271 - 101,860,259)
sequence
gaattcctcctctgcgtgtacatgtggtttcctctcacacaagtcatgcc
agtgaggcttctagagctgcttcccccaaccttggtacttaaggattcag
gttttaagtccacagcatctgttgtccttctctctcaccaagagactatg
tgcattattatgtcctaagtggtcctttcacccatgctcgtagtctcagc
cagccggacgacaggagtagagcacctaagggaaactgtgaagaatgcaa
atactcaccacagtcgtgagtatttagtgaagacagctgtcacataatca
ttcctgcaggaaggaggggctcatttctatacagccaccctcataaactg
aaaacaatcactggaggcaaaatgttaggtactttaatctcactgggttt
taaagcagagcaaactacataaatgataatttccaaatctgtctacaaga
agaaatgtcagaaaaatcaagccacgttattttttttcaaaatgtgctta
cattaaaaaaaaaaaacattggatttcaaagcaaagatttaaaaaccttc
ttaatgtacaaagggacgagaataaaactggattttcaaaatagaggaat
ctttataaacacctgagttgcaaagtgtcatgcaacccaagaggctgaag
taaacagcacagtgagaggcagggccccaggttactatgatctgacgagc
agatgctgcaagaaatacaagtcttactcaaaattaagaactcaaaatct
tacactctgccaagtagcgctaagacaatactacaagccttcctcctatc
ccagcagatggatgacacaaatgaagcctgctgaatcctgtcttttatta
taagtctcctaatacaaagtgttaacctttccccatggttagaaatgaca
aaggatagttggttatcaatcaacagcactcaccctgggggctcctttca
gctcagcattatggagagagaacatggcacctgcttactccaacttcacc
ggttaggatgacagtaagccagaggaggaagatccctcgtgtgaatgagc
tagtg
gaattcaaaataatattgtaagccaggtctacacctgtccacctgctgct
ctagaggcaaaggaaggaggcatgcttgattctagaagttgacggccagc
ctgggcagtactgtgactttaagccaaaacaaaacaacaacaatgaaaag
tcagcagcattactccgattgtaaaaataggactccagtgtaaggataga
cctgtgactgatgtggtcctggagtgcagagatccttatgttacagccca
ctggattttcagcagagggacagtgaagaacaggtgttcacctaatggtg
ctgggaccaccggatcgctgtatgatacagtatgaaattgacccaagcct
cacaacataaacaaaagttaacgcaaaaataaatggtcaaagataaaaag
taagaatgttttttaattagatattttctttatttacatttacatcttga
tttattaagcttgtcttcttagacttatagtttctttttcttgagtctcc
ccagcaatggaaaaacacttcctatatcccaagcaacagtaattcacaaa
tagctattggctctgtttaatagagaattggagattagagggacttaatt
gactcacaacagggcaacagtagagcgctgtctcattggagtccttcagt
tacaaatctctcattgccctccctgaatgtgtcacatcgcctctgagaca
ggagtatgttgaaggtgttttgttttgctttacattggaatgtcctttgg
ttttaataattgttttcagagagggaaaccatcattgggggctggtattt
gtttgacaagagaacagactggggtaagaatatgagcagagttcaccata
catgaaagatgtcagaatgaaacccattgttttgtatgctgagtaaataa
caggaaacaaagataccccatattgaacacgggaaaaaataattttttaa
agttaaaagtatgagtgatgatacaggca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_101784356_101785422
seq2: B6Ng01-018N11.b_44_1098

seq1  GAATTCCTCCTCTGCGTGTACATGTGGTTTCCTCTCACACAAGTCATGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCCTCTGCGTGTACATGTGGTTTCCTCTCACACAAGTCATGCC  50

seq1  AGTGAGGCTTCTAGAGCTGCTTCCCCCAACCTTGGTACTTAAGGATTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGGCTTCTAGAGCTGCTTCCCCCAACCTTGGTACTTAAGGATTCAG  100

seq1  GTTTTAAGTCCACAGCATCTGTTGTCCTTCTCTCTCACCAAGAGACTATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAAGTCCACAGCATCTGTTGTCCTTCTCTCTCACCAAGAGACTATG  150

seq1  TGCATTATTATGTCCTAAGTGGTCCTTTCACCCATGCTCGTAGTCTCAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTATTATGTCCTAAGTGGTCCTTTCACCCATGCTCGTAGTCTCAGC  200

seq1  CAGCCGGACGACAGGAGTAGAGCACCTAAGGGAAACTGTGAAGAATGCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCGGACGACAGGAGTAGAGCACCTAAGGGAAACTGTGAAGAATGCAA  250

seq1  ATACTCACCACAGTCGTGAGTATTTAGTGAAGACAGCTGTCACATAATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCACCACAGTCGTGAGTATTTAGTGAAGACAGCTGTCACATAATCA  300

seq1  TTCCTGCAGGAGGGAGGGGCTCATTTCTATACAACCACCCTCATAAACTG  350
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTCCTGCAGGAAGGAGGGGCTCATTTCTATACAGCCACCCTCATAAACTG  350

seq1  AAAACAATCACTGGAGGCAAAATGTTAGGTACTTTAATCTCACTGGGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAATCACTGGAGGCAAAATGTTAGGTACTTTAATCTCACTGGGTTT  400

seq1  TAAAGCAGAGCAAACTACATAAATGATAATTTCCAAATCTGTCTACAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCAGAGCAAACTACATAAATGATAATTTCCAAATCTGTCTACAAGA  450

seq1  AGAAATGTCAGAAAAATCAAGCCACGTTATTTTTTTTCAAAATGTGCTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGTCAGAAAAATCAAGCCACGTTATTTTTTTTCAAAATGTGCTTA  500

seq1  CATTAAAAAAAAAAAACATTGGATTTCAAAGCAAAGATTTAAAAACCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAAAAAAAAAAACATTGGATTTCAAAGCAAAGATTTAAAAACCTTC  550

seq1  TTAATGTACAAAGGGACAAGAATAAAACTGGATTTTCAAAATAGAGGAAT  600
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTACAAAGGGACGAGAATAAAACTGGATTTTCAAAATAGAGGAAT  600

seq1  TTTTATAAACACCTGAGTTGCAAAGTGTCATGCAACCCAAGAGGCTGAAG  650
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATAAACACCTGAGTTGCAAAGTGTCATGCAACCCAAGAGGCTGAAG  650

seq1  TAAACAGCACAGTGAGAGGCAGGGCCCCAGGTTACTATGATCTGACGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAGCACAGTGAGAGGCAGGGCCCCAGGTTACTATGATCTGACGAGC  700

seq1  AGATGCTGCAAGAAATACAAGTCTTACTCAAAATTAAGAACTCAAAATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTGCAAGAAATACAAGTCTTACTCAAAATTAAGAACTCAAAATCT  750

seq1  TACACTCAGCCAAGTAGCGCTAAGAAAATACTACAAGCCTTCCTCCTATC  800
      ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTCTGCCAAGTAGCGCTAAGACAATACTACAAGCCTTCCTCCTATC  800

seq1  CCAGCAGATGGATGACAGAAATGAAGCCTGCTGAATCCTGTCTTTTATTA  850
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAGATGGATGACACAAATGAAGCCTGCTGAATCCTGTCTTTTATTA  850

seq1  TAAGTCTCCTAATACAAAGTGTTAACCTTTCCCCATGGTTAGAAATGACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCTCCTAATACAAAGTGTTAACCTTTCCCCATGGTTAGAAATGACA  900

seq1  AAGGAATAGTTGGTTATCAATCAACAGCACCCACCCTGGGGGCTCCTTTT  950
      |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
seq2  AAGG-ATAGTTGGTTATCAATCAACAGCACTCACCCTGGGGGCTCC-TTT  948

seq1  CAGCTCAGCATTAGGGAGAGAAGGAACATGGCACCTGCTTACTTCACAAA  1000
      ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||   ||| 
seq2  CAGCTCAGCATTATGGAGAGA--GAACATGGCACCTGCTTACT--CCAAC  994

seq1  TTCACCAGTTAGGATGCACAGTAAGCCAGAGGGAGGGAAGAATCCCTCGG  1050
      |||||| ||||||||| |||||||||||||||   ||||| ||||||| |
seq2  TTCACCGGTTAGGATG-ACAGTAAGCCAGAGG--AGGAAG-ATCCCTC-G  1039

seq1  GGTGAAATGAGCTAGTG  1067
       ||| ||||||||||||
seq2  TGTG-AATGAGCTAGTG  1055

seq1: chr12_101859271_101860259
seq2: B6Ng01-018N11.g_68_1046 (reverse)

seq1  TGCCTGTATCCATCACTCAATACTTTCTAACTTTAAAAAAATTATTTTTT  50
      ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  TGCCTGTAT-CATCACTC-ATACTTT-TAACTTT-AAAAAATTATTTTTT  46

seq1  TACCGTTGTTCTATATGTGTGTATCTTTGTTTCCTGTTATTTTACTCAGC  100
        ||  ||||| ||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  --CCCGTGTTCAATATG-GGGTATCTTTGTTTCCTGTTA-TTTACTCAGC  92

seq1  ATACAAAACAATGGGTTTCATTCTGACATCTTTCTATGTATGGTGAACTC  150
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATACAAAACAATGGGTTTCATTCTGACATCTTTC-ATGTATGGTGAACTC  141

seq1  TGCTCATATTCCTTACCCCAGTCTGTTCTCTTGTCAAACAAATACCAGCC  200
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCATATT-CTTACCCCAGTCTGTTCTCTTGTCAAACAAATACCAGCC  190

seq1  CCCAATGATGGTTTCCCTCTCTGAAAACAATTATTAAAACCAAAGGACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATGATGGTTTCCCTCTCTGAAAACAATTATTAAAACCAAAGGACAT  240

seq1  TCCAATGTAAAGCAAAACAAAACACCTTCAACATACTCCTGTCTCAGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATGTAAAGCAAAACAAAACACCTTCAACATACTCCTGTCTCAGAGG  290

seq1  CGATGTGACACATTCAGGGAGGGCAATGAGAGATTTGTAACTGAAGGACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGTGACACATTCAGGGAGGGCAATGAGAGATTTGTAACTGAAGGACT  340

seq1  CCAATGAGACAGCGCTCTACTGTTGCCCTGTTGTGAGTCAATTAAGTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGAGACAGCGCTCTACTGTTGCCCTGTTGTGAGTCAATTAAGTCCC  390

seq1  TCTAATCTCCAATTCTCTATTAAACAGAGCCAATAGCTATTTGTGAATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATCTCCAATTCTCTATTAAACAGAGCCAATAGCTATTTGTGAATTA  440

seq1  CTGTTGCTTGGGATATAGGAAGTGTTTTTCCATTGCTGGGGAGACTCAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCTTGGGATATAGGAAGTGTTTTTCCATTGCTGGGGAGACTCAAG  490

seq1  AAAAAGAAACTATAAGTCTAAGAAGACAAGCTTAATAAATCAAGATGTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAAACTATAAGTCTAAGAAGACAAGCTTAATAAATCAAGATGTAA  540

seq1  ATGTAAATAAAGAAAATATCTAATTAAAAAACATTCTTACTTTTTATCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAATAAAGAAAATATCTAATTAAAAAACATTCTTACTTTTTATCTT  590

seq1  TGACCATTTATTTTTGCGTTAACTTTTGTTTATGTTGTGAGGCTTGGGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCATTTATTTTTGCGTTAACTTTTGTTTATGTTGTGAGGCTTGGGTC  640

seq1  AATTTCATACTGTATCATACAGCGATCCGGTGGTCCCAGCACCATTAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCATACTGTATCATACAGCGATCCGGTGGTCCCAGCACCATTAGGT  690

seq1  GAACACCTGTTCTTCACTGTCCCTCTGCTGAAAATCCAGTGGGCTGTAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACCTGTTCTTCACTGTCCCTCTGCTGAAAATCCAGTGGGCTGTAAC  740

seq1  ATAAGGATCTCTGCACTCCAGGACCACATCAGTCACAGGTCTATCCTTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGATCTCTGCACTCCAGGACCACATCAGTCACAGGTCTATCCTTAC  790

seq1  ACTGGAGTCCTATTTTTACAATCGGAGTAATGCTGCTGACTTTTCATTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAGTCCTATTTTTACAATCGGAGTAATGCTGCTGACTTTTCATTGT  840

seq1  TGTTGTTTTGTTTTGGCTTAAAGTCACAGTACTGCCCAGGCTGGCCGTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTTTGTTTTGGCTTAAAGTCACAGTACTGCCCAGGCTGGCCGTCA  890

seq1  ACTTCTAGAATCAAGCATGCCTCCTTCCTTTGCCTCTCGAGCAGCAGGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACTTCTAGAATCAAGCATGCCTCCTTCCTTTGCCTCTAGAGCAGCAGGTG  940

seq1  GACAGGTGTAGACCTGGCTTACAATATTATTTTGAATTC  989
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGTGTAGACCTGGCTTACAATATTATTTTGAATTC  979