BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-020O19
Chromosome12 (Build37)
Map Location 83,723,917 - 83,867,568
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRgs6
Upstream geneTtc9, LOC100041821, Map3k9, Pcnx, Sipa1l1, LOC432675, EG666911
Downstream geneDpf3, Wdr21
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-020O19.bB6Ng01-020O19.g
ACCDH853585DH853586
length795757
definitionDH853585|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020O19, 5' end.DH853586|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020O19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,866,772 - 83,867,568)(83,723,917 - 83,724,671)
sequence
gaattcttcctaagatattttgtacacagcatttaactctgagcaaagag
ccagatctttcatttctctgagctttatggtaattttggcatcagaattc
tctggaacatttacagctttaaatattctgttccattgaactaccagatc
cataatttggggaacaagaagtatttttaaggcaataataataatgactt
agggatcagacatcagtctgatattaagttaccaacttttagtcaataaa
agttatttaaaagtaaatcatgggtataaaagttaattgtgaccaggtat
agtggtgcacacctttagtcccagcacttgagaggcagaggcagactgat
ctctgtgaattcaaggccagcctgttctacatggtgagttcaaagccagc
cagagctacatagttagaccctgcctcaaacaaacaaacaaacaaacaaa
gaggttgtgttttgcttcataaaaatcttttttccattttcatctatttt
tgtttggatgtatgcctattaaacttcatcaggaattgtttctggtcttt
gggacagcataaactgcttacaatggttgatactgactgccaacttagca
agatgtacaatcacctaggaggcaagcctctgggcatggctgtgagggag
tttttaggttgggttaattggggtggaaagccccatcctaaacgtaggca
gcactttttatggactggagtctaagcctacatcaaaatgagaaagtaag
ctgagtgtcagcctctttctcctgtcactgtctgtttctgtcagt
gaattctctggaagttctcaagccaccagtgttgccttcactgggcccag
agcccagacagagaaccactgctgtttgaacttcaagtttttcatctgtc
aaataaatacagccactccaccctgggtgggagagactgatggcagaggg
ttgtgtatcgagtcagcgagaagctcaagaagatggatacaccacaggga
gtctttttctggttggctttctcttgacttgacacacccagaattgtctg
gaaaggggaacccctgtttagaaaatgccactaccagattgcctgtagac
gagtctatagggtgattccttggttaatgataaatatgggagggtctagc
tcttgagggactgtacccaccctgggcaggtggtcctggattctgtaaga
ggaaggctgagcaagctatgaagagcaagcctctaagcagcacccccccc
ccccgtgacctctgcaccagctcctgcctccagggtcctttcctgtgtga
gttcctgtcctgacttcctttgatgatggactgtgatgtggaagcataag
ataaataaaccctttcctccaaaggttggttttgagcttgctgttttatc
acagcaatagaaagcaaatagaaactaggatggatattttatgagaattt
tttttttttagcttatgtttatgctattagggattgaaatcagggcctcg
tacatactaggcagggcactctgccactgagctacacctccatcctcctc
ctcctcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_83866772_83867568
seq2: B6Ng01-020O19.b_46_840 (reverse)

seq1  ACAGACAGAGACAGACAGAGACAGAGAGAAAGAGGCTGACACTCAGCTTA  50
      || |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACAGAAACAGACAGTGACAG-GAGAAAGAGGCTGACACTCAGCTTA  49

seq1  CTTTCTCCTTTTGATGTAGGCTTAGACTCCAGTCCATAAAATAGTGCTGC  100
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTTTCTCATTTTGATGTAGGCTTAGACTCCAGTCCATAAAA-AGTGCTGC  98

seq1  CTACGTTTAGGATGGGGCTTTCCACCCCAATTAACCCAACCTAAAAACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACGTTTAGGATGGGGCTTTCCACCCCAATTAACCCAACCTAAAAACTC  148

seq1  CCTCACAGCCATGCCCAGAGGCTTGCCTCCTAGGTGATTGTACATCTTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACAGCCATGCCCAGAGGCTTGCCTCCTAGGTGATTGTACATCTTGC  198

seq1  TAAGTTGGCAGTCAGTATCAACCATTGTAAGCAGTTTATGCTGTCCCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTGGCAGTCAGTATCAACCATTGTAAGCAGTTTATGCTGTCCCAAA  248

seq1  GACCAGAAACAATTCCTGATGAAGTTTAATAGGCATACATCCAAACAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGAAACAATTCCTGATGAAGTTTAATAGGCATACATCCAAACAAAA  298

seq1  ATAGATGAAAATGGAAAAAAGATTTTTATGAAGCAAAACACAACCTCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATGAAAATGGAAAAAAGATTTTTATGAAGCAAAACACAACCTCTTT  348

seq1  GTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGAGGCAGGGTCTAACTATGTAGCTCTGGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGAGGCAGGGTCTAACTATGTAGCTCTGGCT  398

seq1  GGCTTTGAACTCACCATGTAGAACAGGCTGGCCTTGAATTCACAGAGATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTGAACTCACCATGTAGAACAGGCTGGCCTTGAATTCACAGAGATC  448

seq1  AGTCTGCCTCTGCCTCTCAAGTGCTGGGACTAAAGGTGTGCACCACTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGCCTCTGCCTCTCAAGTGCTGGGACTAAAGGTGTGCACCACTATA  498

seq1  CCTGGTCACAATTAACTTTTATACCCATGATTTACTTTTAAATAACTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTCACAATTAACTTTTATACCCATGATTTACTTTTAAATAACTTTT  548

seq1  ATTGACTAAAAGTTGGTAACTTAATATCAGACTGATGTCTGATCCCTAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACTAAAAGTTGGTAACTTAATATCAGACTGATGTCTGATCCCTAAG  598

seq1  TCATTATTATTATTGCCTTAAAAATACTTCTTGTTCCCCAAATTATGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATTATTATTGCCTTAAAAATACTTCTTGTTCCCCAAATTATGGAT  648

seq1  CTGGTAGTTCAATGGAACAGAATATTTAAAGCTGTAAATGTTCCAGAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAGTTCAATGGAACAGAATATTTAAAGCTGTAAATGTTCCAGAGAA  698

seq1  TTCTGATGCCAAAATTACCATAAAGCTCAGAGAAATGAAAGATCTGGCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATGCCAAAATTACCATAAAGCTCAGAGAAATGAAAGATCTGGCTC  748

seq1  TTTGCTCAGAGTTGAATGCTGTGTACAAAATATCTTAGGAAGAATTC  797
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTCAGAGTTAAATGCTGTGTACAAAATATCTTAGGAAGAATTC  795

seq1: chr12_83723917_83724671
seq2: B6Ng01-020O19.g_68_824

seq1  GAATTCTCTGGAAGTTCTCAAGCCACCAGTGTTGCCTTCACTGGGCCCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGGAAGTTCTCAAGCCACCAGTGTTGCCTTCACTGGGCCCAG  50

seq1  AGCCCAGACAGAGAACCACTGCTGTTTGAACTTCAAGTTTTTCATCTGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGACAGAGAACCACTGCTGTTTGAACTTCAAGTTTTTCATCTGTC  100

seq1  AAATAAATACAGCCACTCCACCCTGGGTGGGAGAGACTGATGGCAGAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATACAGCCACTCCACCCTGGGTGGGAGAGACTGATGGCAGAGGG  150

seq1  TTGTGTATCGAGTCAGCGAGAAGCTCAAGAAGATGGATACACCACAGGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTATCGAGTCAGCGAGAAGCTCAAGAAGATGGATACACCACAGGGA  200

seq1  GTCTTTTTCTGGTTGGCTTTCTCTTGACTTGACACACCCAGAATTGTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTTTCTGGTTGGCTTTCTCTTGACTTGACACACCCAGAATTGTCTG  250

seq1  GAAAGGGGAACCCCTGTTTAGAAAATGCCACTACCAGATTGCCTGTAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGGAACCCCTGTTTAGAAAATGCCACTACCAGATTGCCTGTAGAC  300

seq1  GAGTCTATAGGGTGATTCCTTGGTTAATGATAAATATGGGAGGGTCTAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTATAGGGTGATTCCTTGGTTAATGATAAATATGGGAGGGTCTAGC  350

seq1  TCTTGAGGGACTGTACCCACCCTGGGCAGGTGGTCCTGGATTCTGTAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGGGACTGTACCCACCCTGGGCAGGTGGTCCTGGATTCTGTAAGA  400

seq1  GGAAGGCTGAGCAAGCTATGAAGAGCAAGCCTCTAAGCAGCACCCCCCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGCTGAGCAAGCTATGAAGAGCAAGCCTCTAAGCAGCACCCCCCCC  450

seq1  CCCCGTGACCTCTGCACCAGCTCCTGCCTCCAGGGTCCTTTCCTGTGTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGTGACCTCTGCACCAGCTCCTGCCTCCAGGGTCCTTTCCTGTGTGA  500

seq1  GTTCCTGTCCTGACTTCCTTTGATGATGGACTGTGATGTGGAAGCATAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGTCCTGACTTCCTTTGATGATGGACTGTGATGTGGAAGCATAAG  550

seq1  ATAAATAAACCCTTTCCTCCAAAGGTTGGTTTTGAGCTTGCTGTTTTATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAACCCTTTCCTCCAAAGGTTGGTTTTGAGCTTGCTGTTTTATC  600

seq1  ACAGCAATAGAAAGCAAATAGAAACTAGGATGGATATTTTATGAGAA-TT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACAGCAATAGAAAGCAAATAGAAACTAGGATGGATATTTTATGAGAATTT  650

seq1  TTTTTTTTTAGCTTATGTTTATGCTATTAGGGATTGAAATCAGGGCCTCG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTAGCTTATGTTTATGCTATTAGGGATTGAAATCAGGGCCTCG  700

seq1  TACATACTAGGCA-GGCACTCTGCCACTGAGCTACACCTCCATCCTCCTC  748
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACTAGGCAGGGCACTCTGCCACTGAGCTACACCTCCATCCTCCTC  750

seq1  CTCCTCC  755
      |||||||
seq2  CTCCTCC  757