BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-027H08
Chromosome12 (Build37)
Map Location 78,719,513 - 78,807,539
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC230765
Upstream geneSpnb1, Churc1, Gpx2, Rab15, Fntb, Max, LOC100041765, LOC100041772, Fut8
Downstream geneLOC666659, EG626215, Gphn, 4921509E07Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-027H08.bB6Ng01-027H08.g
ACCDH858195DH858196
length1,040928
definitionDH858195|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027H08, 5' end.DH858196|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027H08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,806,491 - 78,807,539)(78,719,513 - 78,720,447)
sequence
gaattccaaggttggcaatcacaaggagttctcccacacaggaagaggtg
taggagaactcaagtactatgtggcataaaacaggttcaggggacactct
ggggacactgtcttactacttgttgtagtgatttctcagacaaagcatag
atatctaaaggtagatggtgcctttagggttcagcacagaagagagagag
atggaatggtgaggaacatgactgggaaatcattctccccaggtttggtt
catttacaaattatctgcgatctcagccaaaatgcttaagtaaacccctt
tgctctcagatgcctcatcaatagattacaacccacctctgccttgttca
gagaccaaagctctttccattattttatatattgcaaattataagacaga
atataacacagaaaggaagcaagcaagctcttgttctcaacttcccaaca
gtgcactgggacccttgagttcctaaatgaggaaatagaaaaaggaagat
cttgaaagccatagtgttgtctaaatagagcaggcatgttggaccttaca
gaagcagacatgttgataaacatatgagaaacatttctgctcgctacctt
ccaaagcacatgggacctcttacagggtctgaggtcctgaacaggcatct
agggcaaacacccatcaaagcaagttattatccctatgatgacaccatta
attttttacccaccccccttttttttagtgtgtgtgccatggtcataatg
tctcttcacatcaataaaactctaactaatacaggagctataagccaaaa
tgagctctccactaattgcttttgtcactacagcaacaacaaaaaaaaag
taacttgtacagatgctccatgggcctggaaaggaattactaagtcacat
ctgcctgttcctagagatatagttctcaagtggtggctcacaacagtatg
tgtcccttccacacccccccccccactatataccttcctaccacactcac
ccacttaatgtatattatatatgaattatgtatagtgtat
gaattcagacatgtagccaaggctcttgcttcagtgctaccaactgcatt
tctcctggttgctgctagcaacatggctgagtgtctactgcatggggatg
agtacaggcggtttagctaacaactgtagaagtgtgcagttatagatcta
cgcccgggcaaacagaagacaggagaaacgagggtttcacaaacatacta
ggaagcgttctgcataagctcaagagtgctttttcagctgaggaccccac
aatgctatgtgaaagaatctgcctcactatcactgtgcagctggaaacat
cagcaggaaaccgtcctcactgagaacttgaactccaggttttgggggtt
gatctctggtgaccttcaagtccaaacttaagtgtttgcacgtgttaagt
gggttttcctccctttctcaagcttcaactgaatgtgtactatacaccaa
gcaccacgggctttgatctatcagcgctcagggaggaacggtacagaaag
catatcgaggggaagagttttataacctcagcttctcagctgcaggcaat
ctaataaatagacacgggtgatacggcagcaagacaagtaggcgtcccag
aattgtcacttccatttctcttccagcactggttgctgtaaaacaggggt
tggcaaactacagcccgtggccagagcttgactcaacaaatccagcccac
ggccagtttcagttcactgtctttttatttaataaaataaagttgttttt
ttaatgcagctacacttatttgtttgtatatgatctacgattgttttcat
cctaacgtcctgggtttgcatatctgggtttggcagagtgaataacttaa
cagcactggctggtttcaaacttaaaatatttagtttctggctcttcagg
gaaattttcaccactcctgggatggact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_78806491_78807539
seq2: B6Ng01-027H08.b_45_1084 (reverse)

seq1  ATACACATATACATATATACATATATAATATACATATATGTGTGTGTGTG  50
      |||||| |||||||| || |||||||||||||||| || ||| ||| |||
seq2  ATACAC-TATACATA-ATTCATATATAATATACAT-TAAGTGGGTGAGTG  47

seq1  TGTGTATGTATGTGTATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTACA  100
      || ||| | | || ||||     ||| | | | | ||||| | | | |||
seq2  TG-GTAGGAAGGTATATA-----GTGGGGGGGGGGGTGTGGAAG-GGACA  90

seq1  CATACTGTTGTGAGCCACACTTTGAGAACTATATCTCTAGGAACAGGCAG  150
      ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTGTTGTGAGCCACCACTTGAGAACTATATCTCTAGGAACAGGCAG  140

seq1  ATGTGACTTAGTAATTCC-TTCCAGGCCCATGGAGCATCTGTACAAGTTA  199
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGACTTAGTAATTCCTTTCCAGGCCCATGGAGCATCTGTACAAGTTA  190

seq1  CTTTTTTTTTGTTGTTGCTGTAGTGACAAAAGCAATTAGTGGAGAGCTCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTTTTGTTGTTGCTGTAGTGACAAAAGCAATTAGTGGAGAGCTCA  240

seq1  TTTTGGCTTATAGCTCCTGTATTAGTTAGAGTTTTATTGATGTGAAGAGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGCTTATAGCTCCTGTATTAGTTAGAGTTTTATTGATGTGAAGAGA  290

seq1  CATTATGACCATGGCACACACACTAAAAAAAAGGGGGGTGGGTAAAAAAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATGACCATGGCACACACACTAAAAAAAAGGGGGGTGGGTAAAAAAT  340

seq1  TAATGGTGTCATCATAGGGATAATAACTTGCTTTGATGGGTGTTTGCCCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGTGTCATCATAGGGATAATAACTTGCTTTGATGGGTGTTTGCCCT  390

seq1  AGATGCCTGTTCAGGACCTCAGACCCTGTAAGAGGTCCCATGTGCTTTGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCCTGTTCAGGACCTCAGACCCTGTAAGAGGTCCCATGTGCTTTGG  440

seq1  AAGGTAGCGAGCAGAAATGTTTCTCATATGTTTATCAACATGTCTGCTTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAGCGAGCAGAAATGTTTCTCATATGTTTATCAACATGTCTGCTTC  490

seq1  TGTAAGGTCCAACATGCCTGCTCTATTTAGACAACACTATGGCTTTCAAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGGTCCAACATGCCTGCTCTATTTAGACAACACTATGGCTTTCAAG  540

seq1  ATCTTCCTTTTTCTATTTCCTCATTTAGGAACTCAAGGGTCCCAGTGCAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCCTTTTTCTATTTCCTCATTTAGGAACTCAAGGGTCCCAGTGCAC  590

seq1  TGTTGGGAAGTTGAGAACAAGAGCTTGCTTGCTTCCTTTCTGTGTTATAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGGAAGTTGAGAACAAGAGCTTGCTTGCTTCCTTTCTGTGTTATAT  640

seq1  TCTGTCTTATAATTTGCAATATATAAAATAATGGAAAGAGCTTTGGTCTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTTATAATTTGCAATATATAAAATAATGGAAAGAGCTTTGGTCTC  690

seq1  TGAACAAGGCAGAGGTGGGTTGTAATCTATTGATGAGGCATCTGAGAGCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAAGGCAGAGGTGGGTTGTAATCTATTGATGAGGCATCTGAGAGCA  740

seq1  AAGGGGTTTACTTAAGCATTTTGGCTGAGATCGCAGATAATTTGTAAATG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGTTTACTTAAGCATTTTGGCTGAGATCGCAGATAATTTGTAAATG  790

seq1  AACCAAACCTGGGGAGAATGATTTCCCAGTCATGTTCCTCACCATTCCAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAACCTGGGGAGAATGATTTCCCAGTCATGTTCCTCACCATTCCAT  840

seq1  CTCTCTCTCTTCTGTGCTGAACCCTAAAGGCACCATCTACCTTTAGATAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTTCTGTGCTGAACCCTAAAGGCACCATCTACCTTTAGATAT  890

seq1  CTATGCTTTGTCTGAGAAATCACTACAACAAGTAGTAAGACAGTGTCCCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCTTTGTCTGAGAAATCACTACAACAAGTAGTAAGACAGTGTCCCC  940

seq1  AGAGTGTCCCCTGAACCTGTTTTATGCCACATAGTACTTGAGTTCTCCTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGTCCCCTGAACCTGTTTTATGCCACATAGTACTTGAGTTCTCCTA  990

seq1  CACCTCTTCCTGTGTGGGAGAACTCCTTGTGATTGCCAACCTTGGAATTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCTTCCTGTGTGGGAGAACTCCTTGTGATTGCCAACCTTGGAATTC  1040

seq1: chr12_78719513_78720447
seq2: B6Ng01-027H08.g_67_994

seq1  GAATTCAGACATGTAGCCAAGGCTCTTGCTTCAGTGCTACCAACTGCATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGACATGTAGCCAAGGCTCTTGCTTCAGTGCTACCAACTGCATT  50

seq1  TCTCCTGGTTGCTGCTAGCAACATGGCTGAGTGTCTACTGCATGGGGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGGTTGCTGCTAGCAACATGGCTGAGTGTCTACTGCATGGGGATG  100

seq1  AGTACAGGCGGTTTAGCTAACAACTGTAGAAGTGTGCAGTTATAGATCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAGGCGGTTTAGCTAACAACTGTAGAAGTGTGCAGTTATAGATCTA  150

seq1  CGCCCGGGCAAACAGAAGACAGGAGAAACGAGGGTTTCACAAACATACTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCCGGGCAAACAGAAGACAGGAGAAACGAGGGTTTCACAAACATACTA  200

seq1  GGAAGCGTTCTGCATAAGCTCAAGAGTGCTTTTTCAGCTGAGGACCCCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCGTTCTGCATAAGCTCAAGAGTGCTTTTTCAGCTGAGGACCCCAC  250

seq1  AATGCTATGTGAAAGAATCTGCCTCACTATCACTGTGCAGCTGGAAACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTATGTGAAAGAATCTGCCTCACTATCACTGTGCAGCTGGAAACAT  300

seq1  CAGCAGGAAACCGTCCTCACTGAGAACTTGAACTCCAGGTTTTGGGGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGAAACCGTCCTCACTGAGAACTTGAACTCCAGGTTTTGGGGGTT  350

seq1  GATCTCTGGTGACCTTCAAGTCCAAACTTAAGTGTTTGCACGTGTTAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCTGGTGACCTTCAAGTCCAAACTTAAGTGTTTGCACGTGTTAAGT  400

seq1  GGGTTTTCCTCCCTTTCTCAAGCTTCAACTGAATGTGTACTATACACCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTCCTCCCTTTCTCAAGCTTCAACTGAATGTGTACTATACACCAA  450

seq1  GCACCACGGGCTTTGATCTATCAGCGCTCAGGGAGGAACGGTACAGAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCACGGGCTTTGATCTATCAGCGCTCAGGGAGGAACGGTACAGAAAG  500

seq1  CATATCGAGGGGAAGAGTTTTATAACCTCAGCTTCTCAGCTGCAGGCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCGAGGGGAAGAGTTTTATAACCTCAGCTTCTCAGCTGCAGGCAAT  550

seq1  CTAATAAATAGACACGGGTGATACGGCAGCAAGACAAGTAGGCGTCCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAAATAGACACGGGTGATACGGCAGCAAGACAAGTAGGCGTCCCAG  600

seq1  AATTGTCACTTCCATTTCTCTTCCAGCACTGGTTGCTGTAAAACAGGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTCACTTCCATTTCTCTTCCAGCACTGGTTGCTGTAAAACAGGGGT  650

seq1  TGGCAAACTACAGCCCGTGGCCAGAGCTTGACTCAAACAAATCCAGCCCA  700
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGGCAAACTACAGCCCGTGGCCAGAGCTTGACTC-AACAAATCCAGCCCA  699

seq1  CGGCCAGTTTCAGTTCACTGTCTTTTTATTTAAT-AAATAAAGTTGTTTT  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CGGCCAGTTTCAGTTCACTGTCTTTTTATTTAATAAAATAAAGTTGTTTT  749

seq1  TTAAATGCAGCTACACTTATTTGTTTGTATATGATCTACGATTGTTTTCA  799
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGCAGCTACACTTATTTGTTTGTATATGATCTACGATTGTTTTCA  799

seq1  TCCTAGCGTCCTGGGTTTTGCATATCTGGGTTTGGCAGAGTTGAATAACT  849
      ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCCTAACGTCCTGGG-TTTGCATATCTGGGTTTGGCAGAG-TGAATAACT  847

seq1  GAACAGCAACTGCATGGCTTTCAAACTTTAAAATATTTAGTTTCTGGCTC  899
       |||||| ||||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGC-ACTGGCTGG-TTTCAAAC-TTAAAATATTTAGTTTCTGGCTC  894

seq1  TTCATGGGAAATTTTCACCAACTCATGGGATGGACT  935
      |||| |||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  TTCA-GGGAAATTTTCACC-ACTCCTGGGATGGACT  928