BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-028D17
Chromosome12 (Build37)
Map Location 103,730,694 - 103,878,619
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGolga5, Chga, Itpk1
Upstream gene4932415G16Rik, Mtac2d1, Fbln5, Trip11, Atxn3, LOC100040305, LOC100040297, Cpsf2, Slc24a4, Rin3, Lgmn
Downstream geneMoap1, D230037D09Rik, 5730410I19Rik, Btbd7, EG634678, Cox8c, 9030205A07Rik, LOC667269, Prima1, EG544888, Asb2, Otub2, Ddx24, D12Ertd647e, Ifi27, 1810023F06Rik, 8430415E04Rik, Serpina10
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-028D17.bB6Ng01-028D17.g
ACCDH858766DH858767
length1,137767
definitionDH858766|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028D17, 5' end.DH858767|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028D17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,877,471 - 103,878,619)(103,730,694 - 103,731,460)
sequence
gaattcttctcatactgacttagagaagctatcccagcgcactgaccatt
ttagatgggtgcaggtgacccgggccaggaatggcttctcccagcagtga
ctccctccatggctctcttatctgcacccacggctctctggtcatgggtt
cctctgggaagggtaggttcacttgggaaggggtggacacctccaggaca
gctgccagactctaaggatgttacttaggaaggagaaaaatttgagttag
gctccccagtgttaaagttaagctgggacaaagaggccgcttagtaccac
atggccatgtcccaccaggtccactacccacatgacccaaggtgctggcc
ttctcagatgctggtttcttatagggaacaatggggctagcaaccgaaga
gaaggctctggcagaaggctactccaagttagctgaatcttgcctttgct
gtctcttggtgccaagtaggactggtagtacctgatggtactgggcctgc
tcccacccacaacagcactgcatgtgcctggtagaccacgctctcctact
cactagggtctggcgtggccacgtcccaggcagcattgattttatttatt
tatttattttaaagctgtctgctttaaaataataaataaataatttccat
gtttatttgggacttaatggtgaatgtgttcagttacatccacttcctct
gagtggacttgaccccagcttgaattgctcttattgctaccatatccttg
ggctagtcatgctgagcccctatatttcaacagcacactgtgttttccct
gaagccccctcccccaccattcattgtccccatctatggagtgagcactg
gttacatgtgtgaatgccacggtacctgtctcccttctccttggcccttc
ttggtgggtggccccacatgcctacacagccagcacagatatccttgagc
ccctaacctcttgcatgacacaaagttcccaaggcatccaggcaacagtc
ctgccctccagaagaagcacagtactccggatgtcaagccctgagggggc
cacctcagcttcattcctgggaggatctcccttgagcatccagtgaaaga
aagtgggaggagctgaagtcacttctgaggtactgag
gaattcagtagcatagaaatttcaggacagttgaaggaaatgtgttttca
tgatcccttagtaaatgaccgttagtattgaagtctttattaatttgcat
gtttgtccatgtgctttaattatgatagaaaagtctgtagatttttaagg
tgcacgttcaaagagtatgtcagcaccaatatcaacatgtctgcattttt
aactttagaacctcataaagcttgtacagaatcatggagcaaatctctca
ggtctttaacattaatttaaaaataaaaaaattaaagagaggatgccagg
tttgtggatcagttgtaatttaagtagagtgtccaatgaaaaatccagtt
gaaaagagacagattatcaaagttccaaagagtatgataagaaagtgaac
tatgaggaggtttggaaggacagtgttccagttagtcagaggctgagggt
agtgtgcgatggatgcagagagcttggaggaagctgcatgtctgcacaag
gaggttaaacaggcaggctctgattgcactgtgtcgggatggcccttggt
gacttagacttgctctgctgatgtggttcggtgatgcagcatttgcgaac
atgtaagcaacctgggtttttccccaagtaccacaaacaaaacaaacaaa
cagaaaaaaaccagaaatctcagagggctaagaatagaggcagagagtcc
agggtgcctttgcattaatccatgtaagggatggtagttttgatcagagt
gggattagtgggggatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_103877471_103878619
seq2: B6Ng01-028D17.b_47_1183 (reverse)

seq1  CTCAGTCACCTCAGAAGTGGACCTCAGCTCCCTCCACCTTCTCTTTTCAC  50
      |||||| ||||||||||| ||| ||||||||  |||| |||   ||||||
seq2  CTCAGT-ACCTCAGAAGT-GACTTCAGCTCCTCCCACTTTC---TTTCAC  45

seq1  TTGTATGCTCAGGGGAG-TCCTCCCCGAGGATGGAAGCTGAGGTGGGCCC  99
       || ||||||| ||||| |||||||  ||||  ||||||||||| |||||
seq2  -TGGATGCTCAAGGGAGATCCTCCC--AGGAATGAAGCTGAGGT-GGCCC  91

seq1  CCTCAGGGCTTGACATCCGGAGTACTGTGCCTTCCTCTGGAGGGCAGGGC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || 
seq2  CCTCAGGGCTTGACATCCGGAGTACTGTG-CTTCTTCTGGAGGGCA-GGA  139

seq1  CTGTTGCCTGGATGCCTTGGGAACTTTGTGTCATGCAAGAGGTTAGGGGC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCCTGGATGCCTTGGGAACTTTGTGTCATGCAAGAGGTTAGGGGC  189

seq1  TCAAGGAATATCTGTGCTGGCTGTGTAGGCATGTGGGGGCCACCCACCAA  249
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCAAGG-ATATCTGTGCTGGCTGTGTAGGCATGT-GGGGCCACCCACCAA  237

seq1  GAAGGGCCAAGGAGAAGGGAGACAGGTACCGTGGCATTCACACATGTAAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGCCAAGGAGAAGGGAGACAGGTACCGTGGCATTCACACATGTAAC  287

seq1  CAGTGCTCACTCCATAGATGGGGACAATGAATGGTGGGGGAGGGGGCTTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCTCACTCCATAGATGGGGACAATGAATGGTGGGGGAGGGGGCTTC  337

seq1  AGGGAAAACACAGTGTGCTGTTGAAATATAGGGGCTCAGCATGACTAGCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAAACACAGTGTGCTGTTGAAATATAGGGGCTCAGCATGACTAGCC  387

seq1  CAAGGATATGGTAGCAATAAGAGCAATTCAAGCTGGGGTCAAGTCCACTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGATATGGTAGCAATAAGAGCAATTCAAGCTGGGGTCAAGTCCACTC  437

seq1  AGAGGAAGTGGATGTAACTGAACACATTCACCATTAAGTCCCAAATAAAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAGTGGATGTAACTGAACACATTCACCATTAAGTCCCAAATAAAC  487

seq1  ATGGAAATTATTTATTTATTATTTTAAAGCAGACAGCTTTAAAATAAATA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAATTATTTATTTATTATTTTAAAGCAGACAGCTTTAAAATAAATA  537

seq1  AATAAATAAAATCAATGCTGCCTGGGACGTGGCCACGCCAGACCCTAGTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATAAAATCAATGCTGCCTGGGACGTGGCCACGCCAGACCCTAGTG  587

seq1  AGTAGGAGAGCGTGGTCTACCAGGCACATGCAGTGCTGTTGTGGGTGGGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGAGAGCGTGGTCTACCAGGCACATGCAGTGCTGTTGTGGGTGGGA  637

seq1  GCAGGCCCAGTACCATCAGGTACTACCAGTCCTACTTGGCACCAAGAGAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCCCAGTACCATCAGGTACTACCAGTCCTACTTGGCACCAAGAGAC  687

seq1  AGCAAAGGCAAGATTCAGCTAACTTGGAGTAGCCTTCTGCCAGAGCCTTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGGCAAGATTCAGCTAACTTGGAGTAGCCTTCTGCCAGAGCCTTC  737

seq1  TCTTCGGTTGCTAGCCCCATTGTTCCCTATAAGAAACCAGCATCTGAGAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCGGTTGCTAGCCCCATTGTTCCCTATAAGAAACCAGCATCTGAGAA  787

seq1  GGCCAGCACCTTGGGTCATGTGGGTAGTGGACCTGGTGGGACATGGCCAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGCACCTTGGGTCATGTGGGTAGTGGACCTGGTGGGACATGGCCAT  837

seq1  GTGGTACTAAGCGGCCTCTTTGTCCCAGCTTAACTTTAACACTGGGGAGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTACTAAGCGGCCTCTTTGTCCCAGCTTAACTTTAACACTGGGGAGC  887

seq1  CTAACTCAAATTTTTCTCCTTCCTAAGTAACATCCTTAGAGTCTGGCAGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTCAAATTTTTCTCCTTCCTAAGTAACATCCTTAGAGTCTGGCAGC  937

seq1  TGTCCTGGAGGTGTCCACCCCTTCCCAAGTGAACCTACCCTTCCCAGAGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGGAGGTGTCCACCCCTTCCCAAGTGAACCTACCCTTCCCAGAGG  987

seq1  AACCCATGACCAGAGAGCCGTGGGTGCAGATAAGAGAGCCATGGAGGGAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCATGACCAGAGAGCCGTGGGTGCAGATAAGAGAGCCATGGAGGGAG  1037

seq1  TCACTGCTGGGAGAAGCCATTCCTGGCCCGGGTCACCTGCACCCATCTAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGCTGGGAGAAGCCATTCCTGGCCCGGGTCACCTGCACCCATCTAA  1087

seq1  AATGGTCAGTGCGCTGGGATAGCTTCTCTAAGTCAGTATGAGAAGAATTC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTCAGTGCGCTGGGATAGCTTCTCTAAGTCAGTATGAGAAGAATTC  1137

seq1: chr12_103730694_103731460
seq2: B6Ng01-028D17.g_69_835

seq1  GAATTCAGTAGCATAGAAATTTCAGGACAGTTGAAGGAAATGTGTTTTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTAGCATAGAAATTTCAGGACAGTTGAAGGAAATGTGTTTTCA  50

seq1  TGATCCCTTAGTAAATGACCGTTAGTATTGAAGTCTTTATTAATTTGCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCCTTAGTAAATGACCGTTAGTATTGAAGTCTTTATTAATTTGCAT  100

seq1  GTTTGTCCATGTGCTTTAATTATGATAGAAAAGTCTGTAGATTTTTAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTCCATGTGCTTTAATTATGATAGAAAAGTCTGTAGATTTTTAAGG  150

seq1  TGCACGTTCAAAGAGTATGTCAGCACCAATATCAACATGTCTGCATTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACGTTCAAAGAGTATGTCAGCACCAATATCAACATGTCTGCATTTTT  200

seq1  AACTTTAGAACCTCATAAAGCTTGTACAGAATCATGGAGCAAATCTCTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTAGAACCTCATAAAGCTTGTACAGAATCATGGAGCAAATCTCTCA  250

seq1  GGTCTTTAACATTAATTTAAAAATAAAAAAATTAAAGAGAGGATGCCAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTTAACATTAATTTAAAAATAAAAAAATTAAAGAGAGGATGCCAGG  300

seq1  TTTGTGGATCAGTTGTAATTTAAGTAGAGTGTCCAATGAAAAATCCAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGATCAGTTGTAATTTAAGTAGAGTGTCCAATGAAAAATCCAGTT  350

seq1  GAAAAGAGACAGATTATCAAAGTTCCAAAGAGTATGATAAGAAAGTGAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGAGACAGATTATCAAAGTTCCAAAGAGTATGATAAGAAAGTGAAC  400

seq1  TATGAGGAGGTTTGGAAGGACAGTGTTCCAGTTAGTCAGAGGCTGAGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGGAGGTTTGGAAGGACAGTGTTCCAGTTAGTCAGAGGCTGAGGGT  450

seq1  AGTGTGCGATGGATGCAGAGAGCTTGGAGGAAGCTGCATGTCTGCACAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGCGATGGATGCAGAGAGCTTGGAGGAAGCTGCATGTCTGCACAAG  500

seq1  GAGGTTAAACAGGCAGGCTCTGATTGCACTGTGTCGGGATGGCCCTTGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTAAACAGGCAGGCTCTGATTGCACTGTGTCGGGATGGCCCTTGGT  550

seq1  GACTTAGACTTGCTCTGCTGATGTGGTTCGGTGATGCAGCATTTGCGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTAGACTTGCTCTGCTGATGTGGTTCGGTGATGCAGCATTTGCGAAC  600

seq1  ATGTAAGCAACCTGGGTTTTTCCCCAAGTACCACAAACAAAACAAACAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAGCAACCTGGGTTTTTCCCCAAGTACCACAAACAAAACAAACAAA  650

seq1  CAGAAAAAAACCAGAAATCTCAGAGGGCTAAGAATAGAGGCAGAGAGTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAAAAACCAGAAATCTCAGAGGGCTAAGAATAGAGGCAGAGAGTCC  700

seq1  AGGGTGCCTTTGCATTAATCCATGTAAGGGATGGTAGTTTTGATCAGAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGCCTTTGCATTAATCCATGTAAGGGATGGTAGTTTTGATCAGAGT  750

seq1  GGGATTAGTGGGGGATG  767
      |||||||||||||||||
seq2  GGGATTAGTGGGGGATG  767