BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-030H06
Chromosome12 (Build37)
Map Location 108,818,175 - 108,958,649
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040497, LOC668151
Upstream geneLOC673604, LOC100040484, LOC382635, LOC100041251
Downstream geneBcl11b, Setd3, Ccnk, EG668158, 1600002O04Rik, Cyp46a1, Eml1, Evl, Degs2, LOC668164
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-030H06.bB6Ng01-030H06.g
ACCDH860357DH860358
length549982
definitionDH860357|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-030H06, 5' end.DH860358|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-030H06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,818,175 - 108,818,723)(108,957,658 - 108,958,649)
sequence
gaattccaggccagtaagagaccctgtctcaaaataataactactaacaa
taataataattattattattatcattatgataatggtgagtgagagctaa
ggaacaatagcctcacgcatatatgcatactcacacacccatgcaagcat
gcacatacctccacacatatacacacatgcacatacacacacacatacat
acatgcacacacacatacccacccacacacatatacccccacacacatat
cctacacacacacccacatgcacatatacacacatgcacatcttgcctat
acacaaacccacacacatacacacacgcacacacacacacacacacacac
acacacacacacacaccacatgcacatatacacacatgcacatcttgcat
atacacatacacacacacatgcacacatgcacacacacacatgcacatct
tgcctatacacatacacacacacatacacacatgcacacatacatacaaa
cacacatgcaaacatgcacacacacacatatatgctcaatttgcctata
gaattcatagacagcaggaagaagagagactctggacttggaatgggctt
tttgaaaccacaaccccctgcctccacctcagtgacatactttctttaac
aaggccacacgtttttaatcctttcaaataatgccaccccctggtgacca
agcatctaaatctataatcccatgggagctattctcattcaaaccaccat
actcaccaaggtattcatccatccatccatccatccatccatccatccat
cctccatccatccatccgtttgtccatccgtccgtctgtctgtccatcca
ttcatccatccacccacccaatctactcaacacatattctttttttagtc
ttctgcatggtgctgagaacatcatcatgatgaagatcatcctactccat
cctgccctcaaatgggccatggcctgattgtagaagcattaattctaaga
agcatttcgtatctgggtatggtgggacttgggactctaccagagcatgg
cacagaggaaagaacaggtagccccacatgttgggtcttgggaaaggctt
tccagataaaagacaactgatgatgaggaaattcttgtgggacagtctag
gtgagcgatggtccacagacctgccattggctttgtgatgcatttgttaa
attgtaaaaaggcacatcacattctgggaaacagcatatgcaatgttatt
tgctggccctttagaccaccccttctcctctgttttccctaagcacatgc
ctgaacctctctgtgaccttgatcaaagaggtcctcttggactgcacatc
acatgttcattctatgctagttcttgccagttagatggtgcccagctcta
atgacatgactgtagcctataccacgaagataccatatggggatgtcctg
aagaatcttgaaatatcctagcacctgagaagttcataacctgatggtga
ctcccattctaatccaagacccatactcagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_108818175_108818723
seq2: B6Ng01-030H06.b_41_589

seq1  GAATTCCAGGCCAGTAAGAGACCCTGTCTCAAAATAATAACTACTAACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCCAGTAAGAGACCCTGTCTCAAAATAATAACTACTAACAA  50

seq1  TAATAATAATTATTATTATTATCATTATGATAATGGTGAGTGAGAGCTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATAATTATTATTATTATCATTATGATAATGGTGAGTGAGAGCTAA  100

seq1  GGAACAATAGCCTCACGCATATATGCATACTCACACACCCATGCAAGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAATAGCCTCACGCATATATGCATACTCACACACCCATGCAAGCAT  150

seq1  GCACATACCTCCACACATATACACACATGCACATACACACACACATACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATACCTCCACACATATACACACATGCACATACACACACACATACAT  200

seq1  ACATGCACACACACATACCCACCCACACACATATACCCCCACACACATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCACACACACATACCCACCCACACACATATACCCCCACACACATAT  250

seq1  CCTACACACACACCCACATGCACATATACACACATGCACATCTTGCCTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACACACACACCCACATGCACATATACACACATGCACATCTTGCCTAT  300

seq1  ACACAAACCCACACACATACACACACGCACACACACACACACACACACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAACCCACACACATACACACACGCACACACACACACACACACACAC  350

seq1  ACACACACACACACACCACATGCACATATACACACATGCACATCTTGCCT  400
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACACACACACACACACCACATGCACATATACACACATGCACATCTTGCAT  400

seq1  ATACACATACTCACACACATGCACACATGCAGGCACACACATGCACATCT  450
      |||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||
seq2  ATACACATACACACACACATGCACACATGCACACACACACATGCACATCT  450

seq1  TGCCTATACACATACCCACACACATACACACATGCACACATACATACAAA  500
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTATACACATACACACACACATACACACATGCACACATACATACAAA  500

seq1  CACACATGCAAACATGCACACACACACATATATGCTCACCTTGCCTATA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||
seq2  CACACATGCAAACATGCACACACACACATATATGCTCAATTTGCCTATA  549

seq1: chr12_108957658_108958649
seq2: B6Ng01-030H06.g_67_1048 (reverse)

seq1  TTCTGAAGTAATGGGTCCTTGGATTTAGAATTGGGAAGTCACCATATGGT  50
      ||||| ||| |||||| |||||| |||||||  || |||||||||  || 
seq2  TTCTG-AGT-ATGGGT-CTTGGA-TTAGAAT--GGGAGTCACCATCAGG-  43

seq1  TTATGAACTTCTCAGGTGCTAGGAATATTTCAAGATTTCTTCAGGACAT-  99
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  TTATGAACTTCTCAGGTGCTAGG-ATATTTCAAGA-TTCTTCAGGACATC  91

seq1  CCCATATGGTATCTTCGTGGTATAGGCTAACAGTCTTGTCCTTAGAGCTG  149
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| 
seq2  CCCATATGGTATCTTCGTGGTATAGGCT-ACAGTCATGTCATTAGAGCT-  139

seq1  GGGCACCATCTAACTGGCAAGAACTAGCATAGAATGAACATGTGATGTGC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACCATCTAACTGGCAAGAACTAGCATAGAATGAACATGTGATGTGC  189

seq1  AGTCCAAGAGGACCTCTTTGATCAAGGTCACAGAGAGGTTCAGGCATGTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCAAGAGGACCTCTTTGATCAAGGTCACAGAGAGGTTCAGGCATGTG  239

seq1  CTTAGGGAAAACAGAGGAGAAGGGGTGGTCTAAAGGGCCAGCAAATAACA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGGAAAACAGAGGAGAAGGGGTGGTCTAAAGGGCCAGCAAATAACA  289

seq1  TTGCATATGCTGTTTCCCAGAATGTGATGTGCCTTTTTACAATTTAACAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATATGCTGTTTCCCAGAATGTGATGTGCCTTTTTACAATTTAACAA  339

seq1  ATGCATCACAAAGCCAATGGCAGGTCTGTGGACCATCGCTCACCTAGACT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATCACAAAGCCAATGGCAGGTCTGTGGACCATCGCTCACCTAGACT  389

seq1  GTCCCACAAGAATTTCCTCATCATCAGTTGTCTTTTATCTGGAAAGCCTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCACAAGAATTTCCTCATCATCAGTTGTCTTTTATCTGGAAAGCCTT  439

seq1  TCCCAAGACCCAACATGTGGGGCTACCTGTTCTTTCCTCTGTGCCATGCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAGACCCAACATGTGGGGCTACCTGTTCTTTCCTCTGTGCCATGCT  489

seq1  CTGGTAGAGTCCCAAGTCCCACCATACCCAGATACGAAATGCTTCTTAGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAGAGTCCCAAGTCCCACCATACCCAGATACGAAATGCTTCTTAGA  539

seq1  ATTAATGCTTCTACAATCAGGCCATGGCCCATTTGAGGGCAGGATGGAGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATGCTTCTACAATCAGGCCATGGCCCATTTGAGGGCAGGATGGAGT  589

seq1  AGGATGATCTTCATCATGATGATGTTCTCAGCACCATGCAGAAGACTAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGATCTTCATCATGATGATGTTCTCAGCACCATGCAGAAGACTAAA  639

seq1  AAAAGAATATGTGTTGAGTAGATTGGGTGGGTGGATGGATGAATGGATGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAATATGTGTTGAGTAGATTGGGTGGGTGGATGGATGAATGGATGG  689

seq1  ACAGACAGACGGACGGATGGACAAACGGATGGATGGATGGAGGATGGATG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACAGACGGACGGATGGACAAACGGATGGATGGATGGAGGATGGATG  739

seq1  GATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGAATACCTTGGTGAGTATGGTGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGAATACCTTGGTGAGTATGGTGG  789

seq1  TTTGAATGAGAATAGCTCCCATGGGATTATAGATTTAGATGCTTGGTCAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATGAGAATAGCTCCCATGGGATTATAGATTTAGATGCTTGGTCAC  839

seq1  CAGGGGGTGGCATTATTTGAAAGGATTAAAAACGTGTGGCCTTGTTAAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGGTGGCATTATTTGAAAGGATTAAAAACGTGTGGCCTTGTTAAAG  889

seq1  AAAGTATGTCACTGAGGTGGAGGCAGGGGGTTGTGGTTTCAAAAAGCCCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATGTCACTGAGGTGGAGGCAGGGGGTTGTGGTTTCAAAAAGCCCA  939

seq1  TTCCAAGTCCAGAGTCTCTCTTCTTCCTGCTGTCTATGAATTC  992
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAGTCCAGAGTCTCTCTTCTTCCTGCTGTCTATGAATTC  982