BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-034E12
Chromosome12 (Build37)
Map Location 28,508,549 - 28,666,877
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC669327
Upstream geneSox11, LOC100043009
Downstream gene1110015M06Rik, Allc, Colec11, Rps7, Rnaseh1, Adi1, Ttc15, Tssc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-034E12.bB6Ng01-034E12.g
ACCDH863080DH863081
length980897
definitionDH863080|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-034E12, 5' end.DH863081|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-034E12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,665,885 - 28,666,877)(28,508,549 - 28,509,442)
sequence
gaattctttacccagcctactgaatcagtcgctgctggcggatgctggtg
attcttggggctcctaaaatgctatatgaagggaaaatgattgtagtgat
aatgagttttgttccccgaggttcaggcaacaagcagttgctttattatc
ctggaataaaatactttacactatgcatcccggaccattttaggtaagtg
atcattttcacagatgcaaagcattccctcagagcgatgtcattggttag
aactgatctcagaaaggcaggcagtgccagggagaccgaccaatgtttgt
gcattctgtgttaaatgacttcagtgctaatggcctctgtaagcacaaaa
aacctgtttgcaagaatcaaaagtgctttagatatgttcaaagacagctc
ttttttttttctgaccagaataaatcggtcaagttcactgtgaaactcca
tgcagaggtgtaaatttaaagagatggccactcaaaccatgatacttcag
tactttgaatgagaatggccataagatgaaatatttgaatgcttggtccc
tgaaactgtttgggaataattaagaggtgtggccttattggagaaggtgt
gtcagtgggaatgggttttgaagtttcaaaatccacgtcagacctgtctt
gctctgtctctctgcctgtatctaggggaacagatatgagctctcagcta
cttccctagtactatgcctgtctacctgtgaacatactccctgccatgat
gatcatggaccaacttcctgaaactgtaacaagctgcagtttatttgtgg
cctttgtcatggctgtcatcacagcaatagaatggttatctagacaagaa
ctctgtacaagacccatctaatgcttattaagcattcttttaagatacct
tattgggataaaattcatatccctgtcacccacttaatgactggctactc
tatttggtggtccttgttggttggtaccat
gaattcactcccaggaaagttaagggcaatatacacagagcagcgtttgc
tgtgatctaagaacagcagtgggtggcacttgtatttaaacaaattttag
taacactcctggagtgttgattctgtcagaaggcccgcaccccttggttt
ttgtaacttaaggagtaaaatgtttattgagcttacatgtcccaattaca
gtccatcaagagggaggtcatgttggaattcaagaaaggcaggaacatag
aggcagaaattgaagcagaggtcatgtggggacccagcttactgacttac
tccccatggattgctgagtctgctcacccaggaccaactgttcaaaggtg
acactgaccacagtaggccaggccttcccacactaatggataatcaagaa
aatacccttcagtcttgttgacagaccaacctgatataggcattttctca
ggtgagattctctcttcccaggtgaccttagctagtattaacttcacagc
agtaactccaccacctaagcagcacctatcagtagaaacaaagtgcccta
cttaaccttgtcaatctcacacagtgtagagtcacctgaaaagggagtct
caactgaaggctggcctgacttgactcctgattgatgtgagcccactgtg
gatagcattgtttcttgggcaggtggtctgcataagaaagataactgaac
acaagcctgggaatgaaccagcaaagagtcccctcacgctcactgcttca
gttcctgcttgaattcctgttctgatttccctcagtcatgaactgtgatc
tggaagcataaggcaaatgaattctttactccttccaggccaggtaagtt
gcttttggtcacagtgtcatggaaaactgaaaaggacttagaacaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_28665885_28666877
seq2: B6Ng01-034E12.b_48_1027 (reverse)

seq1  ATGGTAACAAAACCAACAAGGACCCACCAAATAGAAGTTAGCCAGTCATT  50
      |||||| |  |||||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||
seq2  ATGGTACC--AACCAACAAGGA-CCACCAAATAGA--GTAGCCAGTCATT  45

seq1  TAGTTGGGTTGACAGTGATTATGAACTTTTATCCCAATTAGTGTATCTTT  100
       |||  || |||||| || |||||| |||||||||||| || ||||| ||
seq2  AAGT--GGGTGACAGGGA-TATGAA-TTTTATCCCAATAAG-GTATC-TT  89

seq1  AAAAGAATGCTTAATAAGGCATTAGATGGGTCTTTGTACAGAGTTCTTGT  150
      ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAAAGAATGCTTAATAA-GCATTAGATGGGTC-TTGTACAGAGTTCTTGT  137

seq1  CTTAGTTACCATTCTATTGCTGTGATGACAGCCATGACAAAGGCCACAAA  200
      ||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATAACCATTCTATTGCTGTGATGACAGCCATGACAAAGGCCACAAA  187

seq1  TAAACTGCAGCTTGTTACAGTTTCAGGAGGTTGGTCCATGATCATCATGG  250
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTGCAGCTTGTTACAGTTTCAGGAAGTTGGTCCATGATCATCATGG  237

seq1  CAGGGAGTATGTTCACAGGTAGACAGGCATAGTACTAGGGAAGTAGCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAGTATGTTCACAGGTAGACAGGCATAGTACTAGGGAAGTAGCTGA  287

seq1  GAGCTCATATCTGTTCCCCTAGATACAGGCAGAGAGACAGAGCAAGACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCATATCTGTTCCCCTAGATACAGGCAGAGAGACAGAGCAAGACAG  337

seq1  GTCTGACGTGGATTTTGAAACTTCAAAACCCATTCCCACTGACACACCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGACGTGGATTTTGAAACTTCAAAACCCATTCCCACTGACACACCTT  387

seq1  CTCCAATAAGGCCACACCTCTTAATTATTCCCAAACAGTTTCAGGGACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAATAAGGCCACACCTCTTAATTATTCCCAAACAGTTTCAGGGACCA  437

seq1  AGCATTCAAATATTTCATCTTATGGCCATTCTCATTCAAAGTACTGAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTCAAATATTTCATCTTATGGCCATTCTCATTCAAAGTACTGAAGT  487

seq1  ATCATGGTTTGAGTGGCCATCTCTTTAAATTTACACCTCTGCATGGAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGGTTTGAGTGGCCATCTCTTTAAATTTACACCTCTGCATGGAGTT  537

seq1  TCACAGTGAACTTGACCGATTTATTCTGGTCAGAAAAAAAAAAGAGCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTGAACTTGACCGATTTATTCTGGTCAGAAAAAAAAAAGAGCTGT  587

seq1  CTTTGAACATATCTAAAGCACTTTTGATTCTTGCAAACAGGTTTTTTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAACATATCTAAAGCACTTTTGATTCTTGCAAACAGGTTTTTTGTG  637

seq1  CTTACAGAGGCCATTAGCACTGAAGTCATTTAACACAGAATGCACAAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAGAGGCCATTAGCACTGAAGTCATTTAACACAGAATGCACAAACA  687

seq1  TTGGTCGGTCTCCCTGGCACTGCCTGCCTTTCTGAGATCAGTTCTAACCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCGGTCTCCCTGGCACTGCCTGCCTTTCTGAGATCAGTTCTAACCA  737

seq1  ATGACATCGCTCTGAGGGAATGCTTTGCATCTGTGAAAATGATCACTTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACATCGCTCTGAGGGAATGCTTTGCATCTGTGAAAATGATCACTTAC  787

seq1  CTAAAATGGTCCGGGATGCATAGTGTAAAGTATTTTATTCCAGGATAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAATGGTCCGGGATGCATAGTGTAAAGTATTTTATTCCAGGATAATA  837

seq1  AAGCAACTGCTTGTTGCCTGAACCTCGGGGAACAAAACTCATTATCACTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAACTGCTTGTTGCCTGAACCTCGGGGAACAAAACTCATTATCACTA  887

seq1  CAATCATTTTCCCTTCATATAGCATTTTAGGAGCCCCAAGAATCACCAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCATTTTCCCTTCATATAGCATTTTAGGAGCCCCAAGAATCACCAGC  937

seq1  ATCCGCCAGCAGCGACTGATTCAGTAGGCTGGGTAAAGAATTC  993
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCGCCAGCAGCGACTGATTCAGTAGGCTGGGTAAAGAATTC  980

seq1: chr12_28508549_28509442
seq2: B6Ng01-034E12.g_68_964

seq1  GAATTCACTCCCAGGAAAGTTAAGGGCAATATACACAGAGCAGCGTTTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCCCAGGAAAGTTAAGGGCAATATACACAGAGCAGCGTTTGC  50

seq1  TGTGATCTAAGAACAGCAGTGGGTGGCACTTGTATTTAAACAAATTTTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATCTAAGAACAGCAGTGGGTGGCACTTGTATTTAAACAAATTTTAG  100

seq1  TAACACTCCTGGAGTGTTGATTCTGTCAGAAGGCCCGCACCCCTTGGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACTCCTGGAGTGTTGATTCTGTCAGAAGGCCCGCACCCCTTGGTTT  150

seq1  TTGTAACTTAAGGAGTAAAATGTTTATTGAGCTTACATGTCCCAATTACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAACTTAAGGAGTAAAATGTTTATTGAGCTTACATGTCCCAATTACA  200

seq1  GTCCATCAAGAGGGAGGTCATGTTGGAATTCAAGAAAGGCAGGAACATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATCAAGAGGGAGGTCATGTTGGAATTCAAGAAAGGCAGGAACATAG  250

seq1  AGGCAGAAATTGAAGCAGAGGTCATGTGGGGACCCAGCTTACTGACTTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAAATTGAAGCAGAGGTCATGTGGGGACCCAGCTTACTGACTTAC  300

seq1  TCCCCATGGATTGCTGAGTCTGCTCACCCAGGACCAACTGTTCAAAGGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCATGGATTGCTGAGTCTGCTCACCCAGGACCAACTGTTCAAAGGTG  350

seq1  ACACTGACCACAGTAGGCCAGGCCTTCCCACACTAATGGATAATCAAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGACCACAGTAGGCCAGGCCTTCCCACACTAATGGATAATCAAGAA  400

seq1  AATACCCTTCAGTCTTGTTGACAGACCAACCTGATATAGGCATTTTCTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCCTTCAGTCTTGTTGACAGACCAACCTGATATAGGCATTTTCTCA  450

seq1  GGTGAGATTCTCTCTTCCCAGGTGACCTTAGCTAGTATTAACTTCACAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGATTCTCTCTTCCCAGGTGACCTTAGCTAGTATTAACTTCACAGC  500

seq1  AGTAACTCCACCACCTAAGCAGCACCTATCAGTAGAAACAAAGTGCCCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACTCCACCACCTAAGCAGCACCTATCAGTAGAAACAAAGTGCCCTA  550

seq1  CTTAACCTTGTCAATCTCACACAGTGTAGAGTCACCTGAAAAGGGAGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACCTTGTCAATCTCACACAGTGTAGAGTCACCTGAAAAGGGAGTCT  600

seq1  CAACTGAAGGCTGGCCTGACTTGACTCCTGATTGATGTGAGCCCACTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGAAGGCTGGCCTGACTTGACTCCTGATTGATGTGAGCCCACTGTG  650

seq1  GATAGCATTGTTTCTTGGGCAGGTGGTCTGCATAAGAAAGATAACTGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCATTGTTTCTTGGGCAGGTGGTCTGCATAAGAAAGATAACTGAAC  700

seq1  ACAAGCCTGGGAATGAACCAGC-AAGAGTCCCCTCACGCTCACTGCTTCA  749
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCCTGGGAATGAACCAGCAAAGAGTCCCCTCACGCTCACTGCTTCA  750

seq1  GTTCCTGCTTGAATTCCTGTTCTGATTTCCCTCAGTCATGAACTGTGATC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGCTTGAATTCCTGTTCTGATTTCCCTCAGTCATGAACTGTGATC  800

seq1  TGGAAGCATAAGGCAAATGAATTCTTTACTCCTTCCAGGCCAGGTAAGTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGCATAAGGCAAATGAATTCTTTACTCCTTCCAGGCCAGGTAAGTT  850

seq1  GCTTTTGGTCACAGTGTCATGG-AAACTGAAAAGGAC-TAGAACACA  894
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  GCTTTTGGTCACAGTGTCATGGAAAACTGAAAAGGACTTAGAACACA  897