BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-037C13
Chromosome12 (Build37)
Map Location 106,499,253 - 106,678,091
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040310, 2810011L19Rik, LOC100040339, EG668081
Upstream geneEG628900, EG238395, Serpina3k, EG628916, Serpina3m, Serpina3n, Gsc, Dicer1, Clmn, 4831426I19Rik, Snhg10, Glrx5, LOC100040301, Tcl1b2, Tcl1b1, Tcl1b5, Tcl1b3, Tcl1b4, Tcl1
Downstream geneD430019H16Rik, Bdkrb2, Bdkrb1, 2410024A21Rik, 4933433P14Rik, Ak7, Papola, Vrk1, LOC100040386, LOC100040404, LOC100040420
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-037C13.bB6Ng01-037C13.g
ACCDH865119DH865120
length1,041920
definitionDH865119|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-037C13, 5' end.DH865120|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-037C13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,499,253 - 106,500,302)(106,677,496 - 106,678,091)
sequence
gaattcaccaatcttgtttgtgtgggaggaagagggctgtggaaatctaa
ggaagtgccccactcctgatcattaccgaagaatggagaatttgatgtct
tgcaacatcaaaggaggtaaattaggccaaccagatagtgtataaaaagc
aaatccttcctcccagctccagtaaagcaacacagcccttgggccccttg
atctcaactgcacatgagatccaagcccaacagagcctgcgtagcaacat
agccatgacattggaaggcactaaacttacagtaattgtcatgatggtca
aatggttgcctgaaggctcatgcttgcctggtcttaagtttctgtctcta
gtgatgcacagtaggcacacacagtaggtatctgtaggtaaatatctgtc
tcccaacaaaactgatgtgaataaatctagctaacctgccccccagagat
ggtgccttgttccgtttctcaccctccgtaccaggctctggatgagcgga
gctgacaatgcccagctcttcttggagctcagagccattgtttcttgcag
gagacgacacactgggatgcctgctctgtgatttgtggagactggctccg
gtttaaggagagaatgctgtgatttatcttgctaaggcctccttttcttc
tcccgatgatgatggatgcccacagccacatcagaagacttcaggagaca
cacggcacagagctatggcaggtaatgcctgacacccagcttaggaaggg
ggaggtggcatgtccactatgatctcagtgtaacgaatagatgccagaga
tgaaggcggggtgaggagcagggtaacatggagcatcatagactgggggg
tgaaaagcctagccttacctccacgttcctgttgttgacaagacagggtg
tcatgtagcccatgctggctttgaactagctacacagcggagctggtttt
gcgatctgatcatcctgccccacttctcagagctgggatacagggcacac
tgcttctcagctcctaggcccatcttgtcacatgactctga
gaattcacttcccgcagcagagtcccacagtgttaccgtgtactcctcag
ccagtcagtcacaccagggtcctgtgggctgggcccattccattatcaat
ggcgagctgattacagtgcctgtgtcccaggcttctgcatggcaaagctg
cccttttccctttaaccagacacctcagactagagaatgtaaacactaga
agtttctcataattcaagatccaggtatggctgaggtctgctgcgggctc
agtctgtgggttacagatgcccaccttctctctgtgttcctacatggctg
aaagagagagacagcccgcttcctgatgtcgtctcttacaaggagtcatg
aatcccatctttcagctcagcccccatgacctcactgaaacatgctcaga
aaggttccattgccagacaccctcacactaggggttgggcttccccacaa
gcctcagagggctgcatgcttcagtgaataactgctgtactattctggtt
ggctttggctttaaaagccccattaactgagttggtgccaacattgcttg
ctatactctcatattaagcaaggtttcccagaggaaccaaaccaactgac
tgcttctatcacaaaagcacagtcactgaacagcttaccagcggcgtcca
actttcatgaatgacactgtgacatgacatcaacttctacaaaattcaaa
ctctagaacacacaatttgagacataaaaaaaaataccttgtcctgtctt
tagtatgtttacaatttgatgttcgcccaaatcattgtgcttgagggact
gaaaacttgtgtctgccccaggcaatgaaagctgaaaccccagctattta
agtctgggtattgaaggccctcaaagatcccctggagaagtttcgggccc
attgaagttggagttttaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_106499253_106500302
seq2: B6Ng01-037C13.b_47_1087

seq1  GAATTCACCAATCTTGTTTGTGTGGGAGGATGAGGGCTGTGGAAATCTAA  50
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCAATCTTGTTTGTGTGGGAGGAAGAGGGCTGTGGAAATCTAA  50

seq1  GGAAGTGCCCCACTCCTGATCATTACCGAAGAATGGAGAATTTGATGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTGCCCCACTCCTGATCATTACCGAAGAATGGAGAATTTGATGTCT  100

seq1  TGCAACATCAAAGGAGGTAAATTAGGCCAACCAGATAGTGTATAAAAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACATCAAAGGAGGTAAATTAGGCCAACCAGATAGTGTATAAAAAGC  150

seq1  AAATCCTTCCTCCCAGCTCCAGTAAAGCAACACAGCCCTTGGGCCCCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCTTCCTCCCAGCTCCAGTAAAGCAACACAGCCCTTGGGCCCCTTG  200

seq1  ATCTCAACTGCACATGAGATCCAAGCCCAACAGAGCCTGCGTAGCAACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAACTGCACATGAGATCCAAGCCCAACAGAGCCTGCGTAGCAACAT  250

seq1  AGCCATGACATTGGAAGGCACTAAACTTACAGTAATTGTCATGATGGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATGACATTGGAAGGCACTAAACTTACAGTAATTGTCATGATGGTCA  300

seq1  AATGGTTGCCTGAAGGCTCATGCTTGCCTGGTCTTAAGTTTCTGTCTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTTGCCTGAAGGCTCATGCTTGCCTGGTCTTAAGTTTCTGTCTCTA  350

seq1  GTGATGCACAGTAGGCACACACAGTAGGTATCTGTAGGTAAATATCTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGCACAGTAGGCACACACAGTAGGTATCTGTAGGTAAATATCTGTC  400

seq1  TCCCAACAAAACTGATGTGAATAAATCTAGCTAACCTGCCCCCCAGAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAACAAAACTGATGTGAATAAATCTAGCTAACCTGCCCCCCAGAGAT  450

seq1  GGTGCCTTGTTCCGTTTCTCACCCTCCGTACCAGGCTCTGGATGAGCGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCTTGTTCCGTTTCTCACCCTCCGTACCAGGCTCTGGATGAGCGGA  500

seq1  GCTGACAATGCCCAGCTCTTCTTGGAGCTCAGAGCCATTGTTTCTTGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACAATGCCCAGCTCTTCTTGGAGCTCAGAGCCATTGTTTCTTGCAG  550

seq1  GAGACGACACACTGGGATGCCTGCTCTGTGATTTGTGGAGACTGGCTCCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACGACACACTGGGATGCCTGCTCTGTGATTTGTGGAGACTGGCTCCG  600

seq1  GTTTAAGGAGAGAATGCTGTGATTTATCTTGCTAAGGCCTCCTTTTCTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAGGAGAGAATGCTGTGATTTATCTTGCTAAGGCCTCCTTTTCTTC  650

seq1  TCCCGATGATGATGGATGCCCACAGCCACATCAGAAGACTTCAGGAGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGATGATGATGGATGCCCACAGCCACATCAGAAGACTTCAGGAGACA  700

seq1  CACGGCACAGAGCTATGGCAGGTAATGCCTGACACCCAGCTTAGGAAGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGCACAGAGCTATGGCAGGTAATGCCTGACACCCAGCTTAGGAAGGG  750

seq1  GGAGGTGGCATGTCCACTATGATCTCAGTGTAACGAAGAGATGCCAGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GGAGGTGGCATGTCCACTATGATCTCAGTGTAACGAATAGATGCCAGAGA  800

seq1  TGAAGGCGGGGTGAGGAGCAGGGTAGCATGGAGCATCATAGACTTGGGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  TGAAGGCGGGGTGAGGAGCAGGGTAACATGGAGCATCATAGACTGGGGGG  850

seq1  TGGAAAGCCTAGCCTTACCTCCACGTTCCTGTTGTTTGACAAGACAGGGT  900
      || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGAAAAGCCTAGCCTTACCTCCACGTTCCTGTTG-TTGACAAGACAGGGT  899

seq1  GTCATGTAGCCCAGGCTGGCTTTGAACTTGCTACACAGCTGAAGCTGGTT  950
      ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| | ||||||||
seq2  GTCATGTAGCCCATGCTGGCTTTGAACTAGCTACACAGC-GGAGCTGGTT  948

seq1  TTGCGCATCTGATCATCCTGCCCCCACTTCTCTAGTGCTGGGATTACAGG  1000
      ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||
seq2  TTGCG-ATCTGATCATCCTG-CCCCACTTCTC-AGAGCTGGGA-TACAGG  994

seq1  TGCACACTGCCTTCTACAGCT-CTAGCCCCATCTTGTCACATGACCTCTG  1049
       |||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  -GCACACTG-CTTCT-CAGCTCCTAGGCCCATCTTGTCACATGA-CTCTG  1040

seq1  A  1050
      |
seq2  A  1041

seq1: chr12_106677496_106678091
seq2: B6Ng01-037C13.g_71_666 (reverse)

seq1  GTTGGTTTGGTTCCTCTGGGAAACCTTGCTTAATATGAGAGTATAGCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTTTGGTTCCTCTGGGAAACCTTGCTTAATATGAGAGTATAGCAAG  50

seq1  CAATGTTGGCACCAACTCAGTTAATGGGGCTTTTAAAGCCAAAGCCAACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTTGGCACCAACTCAGTTAATGGGGCTTTTAAAGCCAAAGCCAACC  100

seq1  AGAATAGTACAGCAGTTATTCACTGAAGCATGCAGCCCTCTGAGGCTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAGTACAGCAGTTATTCACTGAAGCATGCAGCCCTCTGAGGCTTGT  150

seq1  GGGGAAGCCCAACCCCTAGTGTGAGGGTGTCTGGCAATGGAACCTTTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAGCCCAACCCCTAGTGTGAGGGTGTCTGGCAATGGAACCTTTCTG  200

seq1  AGCATGTTTCAGTGAGGTCATGGGGGCTGAGCTGAAAGATGGGATTCATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGTTTCAGTGAGGTCATGGGGGCTGAGCTGAAAGATGGGATTCATG  250

seq1  ACTCCTTGTAAGAGACGACATCAGGAAGCGGGCTGTCTCTCTCTTTCAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTTGTAAGAGACGACATCAGGAAGCGGGCTGTCTCTCTCTTTCAGC  300

seq1  CATGTAGGAACACAGAGAGAAGGTGGGCATCTGTAACCCACAGACTGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAGGAACACAGAGAGAAGGTGGGCATCTGTAACCCACAGACTGAGC  350

seq1  CCGCAGCAGACCTCAGCCATACCTGGATCTTGAATTATGAGAAACTTCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCAGCAGACCTCAGCCATACCTGGATCTTGAATTATGAGAAACTTCTA  400

seq1  GTGTTTACATTCTCTAGTCTGAGGTGTCTGGTTAAAGGGAAAAGGGCAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTACATTCTCTAGTCTGAGGTGTCTGGTTAAAGGGAAAAGGGCAGC  450

seq1  TTTGCCATGCAGAAGCCTGGGACACAGGCACTGTAATCAGCTCGCCATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCATGCAGAAGCCTGGGACACAGGCACTGTAATCAGCTCGCCATTG  500

seq1  ATAATGGAATGGGCCCAGCCCACAGGACCCTGGTGTGACTGACTGGCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGGAATGGGCCCAGCCCACAGGACCCTGGTGTGACTGACTGGCTGA  550

seq1  GGAGTACACGGTAACACTGTGGGACTCTGCTGCGGGAAGTGAATTC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTACACGGTAACACTGTGGGACTCTGCTGCGGGAAGTGAATTC  596