BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-038A06
Chromosome12 (Build37)
Map Location 101,915,728 - 102,071,280
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRps6ka5, LOC100040123, 9030617O03Rik
Upstream gene2610021K21Rik, Tdp1, LOC100040041, Kcnk13, Psmc1, BC002230, Calm1, Ttc7b
Downstream geneEG667148, Gpr68, 0610010D24Rik, LOC100040184, Smek1, 4930463M05Rik, Mylf-ps, 4932415G16Rik, Mtac2d1, Fbln5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-038A06.bB6Ng01-038A06.g
ACCDH865711DH865712
length1,0871,149
definitionDH865711|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038A06, 5' end.DH865712|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038A06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,070,183 - 102,071,280)(101,915,728 - 101,916,902)
sequence
gaattctctagtttcctaaaccataaactaacgaaaactcttttttataa
tttacctactatgcgattaaccttgactaccaactagatgggatttaggg
tcaccttagggacaaatatctgggcaggcagatatttgtgtgtagcctgg
gttaatagaggtgggaagactccccctaaatatgggtgacaccattccac
aggctggggctcagggccaaataaaaaggagaaagtgggctgagcagcgc
atgcatctctctctgcttcctgacagctgacgccgtgtgaccatgtgacc
atgtgaccatgtgccttctgctcctgcagtcgtatcttcccacagtggac
tgtatcaccccgaactgtgagccagaacaaacccttgctctcataacttg
cttctgtcaggtatgttatcctagccacgagagataaccaacatgtccag
tatcccatggttttgctacaacaatgaaggcagagaccacaccacagaca
gacagacagagagctgtgctctcctggagaaacaacgtcagggacagttt
ttctaactgccagatggactccatcaacctgtggacatttctgctctgca
agaacactaccagcagacattgactgtgtgcttatggtgctccaggttgc
tctggctaagtgattcaagacctctctgtcatgcactgtatccatggggt
cacaggctctgggcctttgtatcatgggtccaagagttcctcagggaaga
gggatgcagtagacatgactatcttctgggtgaaccccaggaccagcaag
tgggtgaggcagtgctggcacccataatctggaagtgcggtgtctgccaa
ggtcacaggctttccaaaggaggatgctcgggcaagaggaggacgctgtt
gcgcttctcaagcctgcacagctatggggccaaaatgacctgcacctgca
gagaggtggggaggagaagccagcttaaaggccttccctctcttacctct
gtctctccctccaaagccattgggagaaaaattggattttaatgcataaa
tcagagagcatagggatacaagctctttgtttccttt
gaattcagaacttcttcaataggacttggtggaggagaaggagaacagca
agctcgcctggctgtggtaaggcagagcaggacattccagggccaggaac
tcattgataaaaccagctacaagactggcagggcccaatgcaaacgtgtg
gcttaatttgtgaattaactagagaagagtgacagtggagcgtcacactg
cacacaggctgagtgcaggatcttgatgctatgcctggaagaccagccgg
gcttctgaacaagagaagttgaggcagagaattttcaaaatacaagatca
cccagacatcatatcatgttactgtttgaggatacattccagaggttttt
ctccatgcaaatacaagtaggcattaatataattgtctctattatataat
tgtatagtatatgttctcctttatgactgctttaaatttatgacttggaa
aagctttctaaaatgttaatgaatacagatcatttcaatcttacatagag
gatggaacataaatagaactaggcttcaattagccagactcttaagtgtt
gggttaatgaagagaagaattctgacttgttcattattacaatgatgtgc
cctgaattacaacagtcttaaaaagaaggcttaattcaatcaacataaat
cactttataaggtgctggcatataataagctacctacctatgctagtgac
ttctaaagactaatttatattcccaacacataaaaaagatttaaaaggct
ttctttgttgttggcatgtttgtgggattaggtcctgctgtatagctcag
ctagcctgaaattctggttagtgttgccctggcatctcacatactgggac
tgtatcagcaaaagaaattcctgagttctcttaatggatgcctcatgctt
ctaaactgccaatgacttccacataaaggctatcaaccctatgtcacaga
ataacaagtgcgtgttgttctaaagggaataaacctgagatttacctcca
gttcctagacttcagcagctcaagtttcaatccccacctcttctgggtgt
ctgtaagtgctaagaaaaaaaagaaagaaattaagggttgcaccaaagga
gttactggagacttggaggatcagcaagttctgtttcttactgggcttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_102070183_102071280
seq2: B6Ng01-038A06.b_47_1133 (reverse)

seq1  AAAGGAAACAAAGAAGCTTTGTATCCCTAATGGCTCTCTGATTTATTGCA  50
      ||||||||||||| ||| |||||||||||   ||||||||||||| ||||
seq2  AAAGGAAACAAAG-AGC-TTGTATCCCTA--TGCTCTCTGATTTA-TGCA  45

seq1  TTAAAAATCCAATTTGTCCTCACAATGGGCTTTGGAGGGGAGAGACAGAG  100
      || |||||||||||| | ||| |||| ||||||||| |||||||||||||
seq2  TT-AAAATCCAATTT-TTCTCCCAAT-GGCTTTGGA-GGGAGAGACAGAG  91

seq1  GAGAGAGGAGGGAAGGCCTTTAAGCTGGCTTCCTCCTCCCCACCTCTCTG  150
      |  ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTAAGA-GAGGGAAGGCCTTTAAGCTGGCTT-CTCCTCCCCACCTCTCTG  139

seq1  CAGGTGCAGGTCATTTTGGCCCCATAGCTGTGCAGGCTTGAGAAGCGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGCAGGTCATTTTGGCCCCATAGCTGTGCAGGCTTGAGAAGCGCAA  189

seq1  CAGCGTCCTCCTCTTGCCCGAGCATCCTCCTTTGGAAAGCCTGTGACCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGTCCTCCTCTTGCCCGAGCATCCTCCTTTGGAAAGCCTGTGACCTT  239

seq1  GGCAGACACCGCACTTCCAGATTATGGGTGCCAGCACTGCCTCACCCACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGACACCGCACTTCCAGATTATGGGTGCCAGCACTGCCTCACCCACT  289

seq1  TGCTGGTCCTGGGGTTCACCCAGAAGATAGTCATGTCTACTGCATCCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGTCCTGGGGTTCACCCAGAAGATAGTCATGTCTACTGCATCCCTC  339

seq1  TTCCCTGAGGAACTCTTGGACCCATGATACAAAGGCCCAGAGCCTGTGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTGAGGAACTCTTGGACCCATGATACAAAGGCCCAGAGCCTGTGAC  389

seq1  CCCATGGATACAGTGCATGACAGAGAGGTCTTGAATCACTTAGCCAGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGGATACAGTGCATGACAGAGAGGTCTTGAATCACTTAGCCAGAGC  439

seq1  AACCTGGAGCACCATAAGCACACAGTCAATGTCTGCTGGTAGTGTTCTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGGAGCACCATAAGCACACAGTCAATGTCTGCTGGTAGTGTTCTTG  489

seq1  CAGAGCAGAAATGTCCACAGGTTGATGGAGTCCATCTGGCAGTTAGAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCAGAAATGTCCACAGGTTGATGGAGTCCATCTGGCAGTTAGAAAA  539

seq1  ACTGTCCCTGACGTTGTTTCTCCAGGAGAGCACAGCTCTCTGTCTGTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCCCTGACGTTGTTTCTCCAGGAGAGCACAGCTCTCTGTCTGTCTG  589

seq1  TCTGTGGTGTGGTCTCTGCCTTCATTGTTGTAGCAAAACCATGGGATACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGTGTGGTCTCTGCCTTCATTGTTGTAGCAAAACCATGGGATACT  639

seq1  GGACATGTTGGTTATCTCTCGTGGCTAGGATAACATACCTGACAGAAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATGTTGGTTATCTCTCGTGGCTAGGATAACATACCTGACAGAAGCA  689

seq1  AGTTATGAGAGCAAGGGTTTGTTCTGGCTCACAGTTCGGGGTGATACAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATGAGAGCAAGGGTTTGTTCTGGCTCACAGTTCGGGGTGATACAGT  739

seq1  CCACTGTGGGAAGATACGACTGCAGGAGCAGAAGGCACATGGTCACATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGTGGGAAGATACGACTGCAGGAGCAGAAGGCACATGGTCACATGG  789

seq1  TCACATGGTCACACGGCGTCAGCTGTCAGGAAGCAGAGAGAGATGCATGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGGTCACACGGCGTCAGCTGTCAGGAAGCAGAGAGAGATGCATGC  839

seq1  GCTGCTCAGCCCACTTTCTCCTTTTTATTTGGCCCTGAGCCCCAGCCTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTCAGCCCACTTTCTCCTTTTTATTTGGCCCTGAGCCCCAGCCTGT  889

seq1  GGAATGGTGTCACCCATATTTAGGGGGAGTCTTCCCACCTCTATTAACCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGTGTCACCCATATTTAGGGGGAGTCTTCCCACCTCTATTAACCC  939

seq1  AGGCTACACACAAATATCTGCCTGCCCAGATATTTGTCCCTAAGGTGACC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTACACACAAATATCTGCCTGCCCAGATATTTGTCCCTAAGGTGACC  989

seq1  CTAAATCCCATCTAGTTGGTAGTCAAGGTTAATCGCATAGTAGGTAAATT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATCCCATCTAGTTGGTAGTCAAGGTTAATCGCATAGTAGGTAAATT  1039

seq1  ATAAAAAAGAGTTTTCGTTAGTTTATGGTTTAGGAAACTAGAGAATTC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAAAGAGTTTTCGTTAGTTTATGGTTTAGGAAACTAGAGAATTC  1087

seq1: chr12_101915728_101916902
seq2: B6Ng01-038A06.g_68_1216

seq1  GAATTCAGAACTTCTTCAATAGGACTTGGTGGAGGAGAAGGAGAACAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAACTTCTTCAATAGGACTTGGTGGAGGAGAAGGAGAACAGCA  50

seq1  AGCTCGCCTGGCTGTGGTAAGGCAGAGCAGGACATTCCAGGGCCAGGAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCGCCTGGCTGTGGTAAGGCAGAGCAGGACATTCCAGGGCCAGGAAC  100

seq1  TCATTGATAAAACCAGCTACAAGACTGGCAGGGCCCAATGCAAACGTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGATAAAACCAGCTACAAGACTGGCAGGGCCCAATGCAAACGTGTG  150

seq1  GCTTAATTTGTGAATTAACTAGAGAAGAGTGACAGTGGAGCGTCACACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAATTTGTGAATTAACTAGAGAAGAGTGACAGTGGAGCGTCACACTG  200

seq1  CACACAGGCTGAGTGCAGGATCTTGATGCTATGCCTGGAAGACCAGCCGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGGCTGAGTGCAGGATCTTGATGCTATGCCTGGAAGACCAGCCGG  250

seq1  GCTTCTGAACAAGAGAAGTTGAGGCAGAGAATTTTCAAAATACAAGATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTGAACAAGAGAAGTTGAGGCAGAGAATTTTCAAAATACAAGATCA  300

seq1  CCCAGACATCATATCATGTTACTGTTTGAGGATACATTCCAGAGGTTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGACATCATATCATGTTACTGTTTGAGGATACATTCCAGAGGTTTTT  350

seq1  CTCCATGCAAATACAAGTAGGCATTAATATAATTGTCTCTATTATATAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGCAAATACAAGTAGGCATTAATATAATTGTCTCTATTATATAAT  400

seq1  TGTATAGTATATGTTCTCCTTTATGACTGCTTTAAATTTATGACTTGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAGTATATGTTCTCCTTTATGACTGCTTTAAATTTATGACTTGGAA  450

seq1  AAGCTTTCTAAAATGTTAATGAATACAGATCATTTCAATCTTACATAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTCTAAAATGTTAATGAATACAGATCATTTCAATCTTACATAGAG  500

seq1  GATGGAACATAAATAGAACTAGGCTTCAATTAGCCAGACTCTTAAGTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAACATAAATAGAACTAGGCTTCAATTAGCCAGACTCTTAAGTGTT  550

seq1  GGGTTAATGAAGAGAAGAATTCTGACTTGTTCATTATTACAATGATGTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTAATGAAGAGAAGAATTCTGACTTGTTCATTATTACAATGATGTGC  600

seq1  CCTGAATTACAACAGTCTTAAAAAGAAGGCTTAATTCAATCAACATAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAATTACAACAGTCTTAAAAAGAAGGCTTAATTCAATCAACATAAAT  650

seq1  CACTTTATAAGGTGCTGGCATATAATAAGCTACCTACCTATGCTAGTGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTATAAGGTGCTGGCATATAATAAGCTACCTACCTATGCTAGTGAC  700

seq1  TTCTAAAGACTAATTTATATTCCCAACACATAAAAAAGATTTAAAAGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAAGACTAATTTATATTCCCAACACATAAAAAAGATTTAAAAGGCT  750

seq1  TTCTTTGTTGTTGGCATGTTTGTGGGATTAGGTCCTGCTGTATAGCTCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTCTTTGTTGTTGGCATGTTTGTGGGATTAGGTCCTGCTGTATAGCTCA-  799

seq1  GCTAGCCTGAAATTCTGGTTAGTGTTGCCCTGGCATCTCACATACTGGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCCTGAAATTCTGGTTAGTGTTGCCCTGGCATCTCACATACTGGGA  849

seq1  CTGTATCAGGCAAAAGAAATTCCTGAGTTCTCTTAATGGATGCCTCATGC  900
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATCA-GCAAAAGAAATTCCTGAGTTCTCTTAATGGATGCCTCATGC  898

seq1  TTCTAAAACTGCCAATGACTTCCACATAAAGGCTATCAACCCTATGTCAC  950
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCT-AAACTGCCAATGACTTCCACATAAAGGCTATCAACCCTATGTCAC  947

seq1  AGAATAACAAGTGCGTGTTGTTCTTAAAGGGGAATAAACCTGAGATTTAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAACAAGTGCGTGTTGTTCT--AAAGGGAATAAACCTGAGATTTAC  995

seq1  CTCCAGTTCCTAGGACCTTCAGCAGCTCAAAGTTTTCAATCCCCACCTTC  1050
      |||||||||||||   ||||||||||||||   |||||||||||||||  
seq2  CTCCAGTTCCTAG--ACTTCAGCAGCTCAA--GTTTCAATCCCCACCTCT  1041

seq1  TCTGCGTGTCCTGTTAAGTTGGCTAAAGAGAAAAAAAAGAAAGAAAATTA  1100
      |||| |||| ||| |||||  ||||   ||||||||||||||||||  | 
seq2  TCTGGGTGT-CTG-TAAGT--GCTA---AGAAAAAAAAGAAAGAAA--TT  1082

seq1  AAGGGTTTGGCAACAAGAGGAGTCACTGAGGACTTTGAGAGGATCAGCAA  1150
      |||||||  ||| ||| |||||| ||||  |||||   |||||||||| |
seq2  AAGGGTT--GCACCAA-AGGAGTTACTGGAGACTT--GGAGGATCAGC-A  1126

seq1  AGTTCTGTTTCTTAACCTGGGCTTT  1175
      ||||||||||||||  |||||||||
seq2  AGTTCTGTTTCTTA--CTGGGCTTT  1149