BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-039G09
Chromosome12 (Build37)
Map Location 83,934,244 - 84,057,975
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRgs6
Upstream genePcnx, Sipa1l1, LOC432675, EG666911
Downstream geneDpf3, Wdr21, Zfyve1, LOC626950, Rbm25, Psen1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-039G09.bB6Ng01-039G09.g
ACCDH866679DH866680
length4001,093
definitionDH866679|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039G09, 5' end.DH866680|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039G09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,934,244 - 83,934,643)(84,056,871 - 84,057,975)
sequence
gaattcactctgtagttgatccttctctctctaacttctgagtgctgaga
ttacaggtatgtgcccccgagtgctgagattacaggtatgtgcccccgag
tccagtttattcacaagacctagtctggatgtcaagggctcccttgaagc
ctccttaagtgactgcttgttgagtttatcaggtcttggggtagacatac
ggtcctgccagcaggatctttgggattctttgtcccagagtgtggcttag
aacttctgtacagactgagtggcacgttgccccaggttggtggggtgggg
tggtatcttatgggatttgccataaatgttaaatgcccaagggactgtga
ttttttatatcacaaattaaatatatcaaatggctcattaataattttat

gaattcagtctcccacaagagcaataaggactgttaatcgctgttaactt
tcctgctcctcctagatttcatacagttacatacaatcatgtatgtgtac
atgacatgaagtagaagtgaaactgtgtggggaacaaggaaccaacggga
atgactaggaatgagaatgaggaggtagggacagagggccgagggaagta
cttacataacaaatgctcgtgaaaatgccctcctgtaaccaggacaatga
agatgcccatggaatactttttaaacaaacatgaatcaaaatcaagagcc
cacactaaataaaaccagttgtacctgataaagaatccaacccctgaatc
tgaggctgcttgctctattaattcttactgagagagggtttttagagaga
gggactctgaagttaaatgaaaaaggcctgaaatggctggctgtcttcta
gtctgtctagatcgagaggcctgaggtgggtactcaggttaagttcttgg
tataaatggttttccctttcttatttccttgataacaatttctaggtaaa
tgtcacactgccttttagctagtgctaagcatataaacacatgtgcacgg
agagtttagctacaggagttctgtttattctttatggctaggggctctat
atgaaaatgcatgctttgcttggatagatacttacacttgtagcttctct
gagtagatatgaacagacattaattagttagttaataatcagctaagtag
aatcatgaggaacatttcatgtggccaagacagaacactgtttctccgag
ctagagaattttaggggactgtgaaaagcagcatcatagatcaataacta
taaaatggggtagcaaatagaaagcggcaggggtcttgaagttcagaggc
agcaaatccaacttctggggcttagacataggttggtggatcctagcatc
actctaaaccagcgtggtggtgcatacctctgatcccggcactggagtga
gcacagtggagacagactcaaggtatcctcagcgcacctgaaaggcagtc
agtcttagcttcacgattcctaccaaaataactaacttctgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_83934244_83934643
seq2: B6Ng01-039G09.b_41_440

seq1  GAATTCACTCTGTAGTTGATCCTTCTCTCTCTAACTTCTGAGTGCTGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGTAGTTGATCCTTCTCTCTCTAACTTCTGAGTGCTGAGA  50

seq1  TTACAGGTATGTGCCCCCGAGTGCTGAGATTACAGGTATGTGCCCCCGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGGTATGTGCCCCCGAGTGCTGAGATTACAGGTATGTGCCCCCGAG  100

seq1  TCCAGTTTATTCACAAGACCTAGTCTGGATGTCAAGGGCTCCCTTGAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTTTATTCACAAGACCTAGTCTGGATGTCAAGGGCTCCCTTGAAGC  150

seq1  CTCCTTAAGTGACTGCTTGTTGAGTTTATCAGGTCTTGGGGTAGACATAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTAAGTGACTGCTTGTTGAGTTTATCAGGTCTTGGGGTAGACATAC  200

seq1  GGTCCTGCCAGCAGGATCTTTGGGATTCTTTGTCCCAGAGTGTGGCTTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTGCCAGCAGGATCTTTGGGATTCTTTGTCCCAGAGTGTGGCTTAG  250

seq1  AACTTCTGTACAGACTGAGTGGCACGTTGCCCCAGGTTGGTGGGGTGGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCTGTACAGACTGAGTGGCACGTTGCCCCAGGTTGGTGGGGTGGGG  300

seq1  TGGTATCTTATGGGATTTGCCATAAATGTAAAATGCCCAAGGGACTGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATCTTATGGGATTTGCCATAAATGTTAAATGCCCAAGGGACTGTGA  350

seq1  TTTTTTATATCACAAATAAAATATACCAAATGGCTCATTAATAATTTTAT  400
      ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTATATCACAAATTAAATATATCAAATGGCTCATTAATAATTTTAT  400

seq1: chr12_84056871_84057975
seq2: B6Ng01-039G09.g_67_1159 (reverse)

seq1  AACAGAAGTTAGTTTATTTTGGTAGGGATTCGTGGAGCTTAGACTGACTG  50
      |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| |||| ||||||||| 
seq2  AACAGAAGTTAG-TTATTTTGGTA-GGAATCGTGAAGCTAAGACTGACT-  47

seq1  GCCTTTCAGGGTGCCGCTGAGGATAACCTTGAAGTCCTGTCTCCACTGTG  100
      |||||||| |||| |||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||
seq2  GCCTTTCA-GGTG-CGCTGAGGAT-ACCTTG-AGT-CTGTCTCCACTGTG  92

seq1  CTCCACTCCAGTGCCGGGATCAGAGGTATGCACCACCACGCCTGGTTTAG  150
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CT-CACTCCAGTGCCGGGATCAGAGGTATGCACCACCACG-CTGGTTTAG  140

seq1  AGTGATGCTAAGGATCCACCAACCTATGTCCTAAGCCCCAGAAGTTGGAT  200
      ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATGCT-AGGATCCACCAACCTATGT-CTAAGCCCCAGAAGTTGGAT  188

seq1  TTGCTGCCTCTGAACTTCAAGACCCCTGCCGCTTTCTATTTGCTACCCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCCTCTGAACTTCAAGACCCCTGCCGCTTTCTATTTGCTACCCCA  238

seq1  TTTTATAGTTATTGATCTATGATGCTGCTTTTCACAGTCCCCTAAAATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATAGTTATTGATCTATGATGCTGCTTTTCACAGTCCCCTAAAATTC  288

seq1  TCTAGCTCGGAGAAACAGTGTTCTGTCTTGGCCACATGAAATGTTCCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCTCGGAGAAACAGTGTTCTGTCTTGGCCACATGAAATGTTCCTCA  338

seq1  TGATTCTACTTAGCTGATTATTAACTAACTAATTAATGTCTGTTCATATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTACTTAGCTGATTATTAACTAACTAATTAATGTCTGTTCATATC  388

seq1  TACTCAGAGAAGCTACAAGTGTAAGTATCTATCCAAGCAAAGCATGCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAGAGAAGCTACAAGTGTAAGTATCTATCCAAGCAAAGCATGCATT  438

seq1  TTCATATAGAGCCCCTAGCCATAAAGAATAAACAGAACTCCTGTAGCTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATAGAGCCCCTAGCCATAAAGAATAAACAGAACTCCTGTAGCTAA  488

seq1  ACTCTCCGTGCACATGTGTTTATATGCTTAGCACTAGCTAAAAGGCAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCCGTGCACATGTGTTTATATGCTTAGCACTAGCTAAAAGGCAGTG  538

seq1  TGACATTTACCTAGAAATTGTTATCAAGGAAATAAGAAAGGGAAAACCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTTACCTAGAAATTGTTATCAAGGAAATAAGAAAGGGAAAACCAT  588

seq1  TTATACCAAGAACTTAACCTGAGTACCCACCTCAGGCCTCTCGATCTAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACCAAGAACTTAACCTGAGTACCCACCTCAGGCCTCTCGATCTAGA  638

seq1  CAGACTAGAAGACAGCCAGCCATTTCAGGCCTTTTTCATTTAACTTCAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTAGAAGACAGCCAGCCATTTCAGGCCTTTTTCATTTAACTTCAGA  688

seq1  GTCCCTCTCTCTAAAAACCCTCTCTCAGTAAGAATTAATAGAGCAAGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTCTCTCTAAAAACCCTCTCTCAGTAAGAATTAATAGAGCAAGCAG  738

seq1  CCTCAGATTCAGGGGTTGGATTCTTTATCAGGTACAACTGGTTTTATTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGATTCAGGGGTTGGATTCTTTATCAGGTACAACTGGTTTTATTTA  788

seq1  GTGTGGGCTCTTGATTTTGATTCATGTTTGTTTAAAAAGTATTCCATGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGGCTCTTGATTTTGATTCATGTTTGTTTAAAAAGTATTCCATGGG  838

seq1  CATCTTCATTGTCCTGGTTACAGGAGGGCATTTTCACGAGCATTTGTTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTCATTGTCCTGGTTACAGGAGGGCATTTTCACGAGCATTTGTTAT  888

seq1  GTAAGTACTTCCCTCGGCCCTCTGTCCCTACCTCCTCATTCTCATTCCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTACTTCCCTCGGCCCTCTGTCCCTACCTCCTCATTCTCATTCCTA  938

seq1  GTCATTCCCGTTGGTTCCTTGTTCCCCACACAGTTTCACTTCTACTTCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTCCCGTTGGTTCCTTGTTCCCCACACAGTTTCACTTCTACTTCAT  988

seq1  GTCATGTACACATACATGATTGTATGTAACTGTATGAAATCTAGGAGGAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGTACACATACATGATTGTATGTAACTGTATGAAATCTAGGAGGAG  1038

seq1  CAGGAAAGTTAACAGCGATTAACAGTCCTTATTGCTCTTGTGGGAGACTG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAGTTAACAGCGATTAACAGTCCTTATTGCTCTTGTGGGAGACTG  1088

seq1  AATTC  1105
      |||||
seq2  AATTC  1093