BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-041G01
Chromosome12 (Build37)
Map Location 41,248,055 - 41,373,466
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDock4
Upstream geneLOC100043148, Arl4a, LOC100043606, Scin, Gm889, Ifrd1, EG629820, Zfp277
Downstream geneLOC638487, LOC100043157, LOC100043162, Lrrn3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-041G01.bB6Ng01-041G01.g
ACCDH868059DH868060
length714939
definitionDH868059|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-041G01, 5' end.DH868060|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-041G01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,248,055 - 41,248,768)(41,372,521 - 41,373,466)
sequence
gaattcatgatatttaaccttcagactgagacttgcttatgactcttttc
tgtttcactgtgaagagattatttccaaagtgcatccaggatacaggtgc
ttggattatgtgcctgggttgctgtatcatgtgatctaataaatgtcagg
ttcttggacaatgtttaatgtgtctgaggcctttggacactactagtact
atagagcctaagagcatcctagaattttactgagacagtggcaacagggg
cttcaatcaggtgaatgcaagtgtctagccagcctcgaaaatctacagtt
aatcaaattcccagtttctctcctccctcttttctctatccatttatttc
ttctctgccttctacttattgcagcttgatggcttctatttctcttctct
ccaaaatgtcatatctctcctgcttcatttagttcctttgtagaattgca
taatcacttgagtattgtctaagggtgatttcaccaccaatagtagttga
aaatgaagctgaagtgagcaactctggtctcctttcccccttttcacatt
aggaaaacagaaagatgctaacacctatttgtaagcaaccaaacactcag
atctagggagagtggttaaagttgtgtaagtgctctgcatatttgtagaa
cctgggctggtgctctgtgtagaagagatggagagtttgggatgtgggag
cagagttgttggag
gaattcagtaattgccaaatgattagccaactttcagagcagatgagatt
tttacaatttacatgcaattacatgacatcatcagaaagtttatatgcat
cccttttattctgaactatgtaaagtgaaaagatcacaaacccactaaat
gaacgtttagttggcccctacttacatgggacacatctgtgaaagtgaat
atatacatcatatacacacatatacatacatatacacacatacatataca
tatacacacatacatatacacacatacatatacacacatacatatacata
tacacacatatacatatactttttttttttaaaaaggaaaagcttctgtg
agccttgctctattttgtgctttcaaaatctttcatatgctcataaaact
agtctctttaatccaaaagtaagaattccccccttagaattgctaactta
cttgctgagttacttaaaagcctctctacaaaggcatagtcaaaggtgta
gcacagcacaagctactccaaagaaatgatgggtaccaaaggccagagca
ggggccacagactcaaaggcctcctgtaaagaactgacctcaaggcggtg
tctgctcttggccttgcagagtacgaagtctccagcaccaatcgtggcag
gcaataggaactgacggggggaaaaatcagctccctgactcatgcaaata
atgtaatatatctagagcagtggttctcaaccttgactgcacttttagag
tcgccaagagagcttttaaaaatactacaccaggtcccgtcccagaacaa
ttaatgggaatttctagggggctaggaagggggctcatgagctgtatttt
taagggtccccaggtggctctaagggcatgagggctgataccattgatgg
agatcatatgcagagagatacaaatcacagcagactgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_41248055_41248768
seq2: B6Ng01-041G01.b_41_754

seq1  GAATTCATGATATTTAACCTTCAGACTGAGACTTGCTTATGACTCTTTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGATATTTAACCTTCAGACTGAGACTTGCTTATGACTCTTTTC  50

seq1  TGTTTCACTGTGAAGAGATTATTTCCAAAGTGCATCCAGGATACAGGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCACTGTGAAGAGATTATTTCCAAAGTGCATCCAGGATACAGGTGC  100

seq1  TTGGATTATGTGCCTGGGTTGCTGTATCATGTGATCTAATAAATGTCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATTATGTGCCTGGGTTGCTGTATCATGTGATCTAATAAATGTCAGG  150

seq1  TTCTTGGACAATGTTTAATGTGTCTGAGGCCTTTGGACACTACTAGTACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGACAATGTTTAATGTGTCTGAGGCCTTTGGACACTACTAGTACT  200

seq1  ATAGAGCCTAAGAGCATCCTAGAATTTTACTGAGACAGTGGCAACAGGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGCCTAAGAGCATCCTAGAATTTTACTGAGACAGTGGCAACAGGGG  250

seq1  CTTCAATCAGGTGAATGCAAGTGTCTAGCCAGCCTCGAAAATCTACAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAATCAGGTGAATGCAAGTGTCTAGCCAGCCTCGAAAATCTACAGTT  300

seq1  AATCAAATTCCCAGTTTCTCTCCTCCCTCTTTTCTCTATCCATTTATTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAATTCCCAGTTTCTCTCCTCCCTCTTTTCTCTATCCATTTATTTC  350

seq1  TTCTCTGCCTTCTACTTATTGCAGCTTGATGGCTTCTATTTCTCTTCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGCCTTCTACTTATTGCAGCTTGATGGCTTCTATTTCTCTTCTCT  400

seq1  CCAAAATGTCATATCTCTCCTGCTTCATTTAGTTCCTTTGTAGAATTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATGTCATATCTCTCCTGCTTCATTTAGTTCCTTTGTAGAATTGCA  450

seq1  TAATCACTTGAGTATTGTCTAAGGGTGATTTCACCACCAATAGTAGTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCACTTGAGTATTGTCTAAGGGTGATTTCACCACCAATAGTAGTTGA  500

seq1  AAATGAAGCTGAAGTGAGCAACTCTGGTCTCCTTTCCCCCTTTTCACATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAGCTGAAGTGAGCAACTCTGGTCTCCTTTCCCCCTTTTCACATT  550

seq1  AGGAAAACAGAAAGATGCTAACACCTATTTGTAAGCAACCAAACACTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAACAGAAAGATGCTAACACCTATTTGTAAGCAACCAAACACTCAG  600

seq1  ATCTAGGGAGAGTGGTTAAAGTTGTGTAAGTGCTCTGCATATTTGTAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGGGAGAGTGGTTAAAGTTGTGTAAGTGCTCTGCATATTTGTAGAA  650

seq1  CCTGGGCTGGTGCTCTGTGTAGAAGAGATGGAGAGTTTGGGATGTGGGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGCTGGTGCTCTGTGTAGAAGAGATGGAGAGTTTGGGATGTGGGAG  700

seq1  CAGAGTTGTTGGAG  714
      ||||||||||||||
seq2  CAGAGTTGTTGGAG  714

seq1: chr12_41372521_41373466
seq2: B6Ng01-041G01.g_69_1007 (reverse)

seq1  TTCAGTCTGCTGTGATTTGTATCTCTCTGCATATGATCTCCATCAATGGC  50
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCCAGTCTGCTGTGATTTGTATCTCTCTGCATATGATCTCCATCAATGG-  49

seq1  TATCAGCCCTCATTGCCCATTAGAGCCACCTGGGGAGCCTTTAAAACTAC  100
      |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||| |||
seq2  TATCAGCCCTCA-TGCCC-TTAGAGCCACCTGGGGA-CCCTTAAAAATAC  96

seq1  AGCTCATGAGACCCCCTTCCTAGCCCCCTAGAAATTCCCATTTAATTGTT  150
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGCTCATGAG-CCCCCTTCCTAGCCCCCTAGAAATTCCCA-TTAATTGTT  144

seq1  CTGGGACGGGACCTGGTGTAAGTATTTTTTAAAAGCTCTCTTGGCGACTC  200
      ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGACGGGACCTGGTGT-AGTA-TTTTTAAAAGCTCTCTTGGCGACTC  192

seq1  T-AAAGTGCAGTCAAGGTTGAGAACCACTGCTCTAGATATATTACATTAT  249
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTGCAGTCAAGGTTGAGAACCACTGCTCTAGATATATTACATTAT  242

seq1  TTGCATGAGTCAGGGAGCTGATTTTTCCCCCCGTCAGTTCCTATTGCCTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATGAGTCAGGGAGCTGATTTTTCCCCCCGTCAGTTCCTATTGCCTG  292

seq1  CCACGATTGGTGCTGGAGACTTCGTACTCTGCAAGGCCAAGAGCAGACAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGATTGGTGCTGGAGACTTCGTACTCTGCAAGGCCAAGAGCAGACAC  342

seq1  CGCCTTGAGGTCAGTTCTTTACAGGAGGCCTTTGAGTCTGTGGCCCCTGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCTTGAGGTCAGTTCTTTACAGGAGGCCTTTGAGTCTGTGGCCCCTGC  392

seq1  TCTGGCCTTTGGTACCCATCATTTCTTTGGAGTAGCTTGTGCTGTGCTAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCCTTTGGTACCCATCATTTCTTTGGAGTAGCTTGTGCTGTGCTAC  442

seq1  ACCTTTGACTATGCCTTTGTAGAGAGGCTTTTAAGTAACTCAGCAAGTAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTGACTATGCCTTTGTAGAGAGGCTTTTAAGTAACTCAGCAAGTAA  492

seq1  GTTAGCAATTCTAAGGGGGGAATTCTTACTTTTGGATTAAAGAGACTAGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCAATTCTAAGGGGGGAATTCTTACTTTTGGATTAAAGAGACTAGT  542

seq1  TTTATGAGCATATGAAAGATTTTGAAAGCACAAAATAGAGCAAGGCTCAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGAGCATATGAAAGATTTTGAAAGCACAAAATAGAGCAAGGCTCAC  592

seq1  AGAAGCTTTTCCTTTTTAAAAAAAAAAAGTATATGTATATGTGTGTATAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTTTTCCTTTTTAAAAAAAAAAAGTATATGTATATGTGTGTATAT  642

seq1  GTATATGTATGTGTGTATATGTATGTGTGTATATGTATGTGTGTATATGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGTATGTGTGTATATGTATGTGTGTATATGTATGTGTGTATATGT  692

seq1  ATATGTATGTGTGTATATGTATGTATATGTGTGTATATGATGTATATATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATGTGTGTATATGTATGTATATGTGTGTATATGATGTATATATT  742

seq1  CACTTTCACAGATGTGTCCCATGTAAGTAGGGGCCAACTAAACGTTCATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTCACAGATGTGTCCCATGTAAGTAGGGGCCAACTAAACGTTCATT  792

seq1  TAGTGGGTTTGTGATCTTTTCACTTTACATAGTTCAGAATAAAAGGGATG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGGTTTGTGATCTTTTCACTTTACATAGTTCAGAATAAAAGGGATG  842

seq1  CATATAAACTTTCTGATGATGTCATGTAATTGCATGTAAATTGTAAAAAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAAACTTTCTGATGATGTCATGTAATTGCATGTAAATTGTAAAAAT  892

seq1  CTCATCTGCTCTGAAAGTTGGCTAATCATTTGGCAATTACTGAATTC  946
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTGCTCTGAAAGTTGGCTAATCATTTGGCAATTACTGAATTC  939