BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-044D08
Chromosome12 (Build37)
Map Location 28,889,465 - 29,001,202
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSox11, LOC100043009, LOC669327
Downstream gene1110015M06Rik, Allc, Colec11, Rps7, Rnaseh1, Adi1, Ttc15, Tssc1, 4833405L11Rik, LOC629608
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-044D08.bB6Ng01-044D08.g
ACCDH870030DH870031
length1,103484
definitionDH870030|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044D08, 5' end.DH870031|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044D08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,000,079 - 29,001,202)(28,889,465 - 28,889,954)
sequence
gaattcctgtcctaggttcttttaatgatggtccccatgtggacatatag
gtcaaataaaccctttcctcctcgagttgctttggtaatagtttttcatc
accacaacagtatccctatgtaaacatacctccaatccctggtgcctacc
cttaagcaaattctactttaacagagaacttttgtatcatgccttgtttc
cctctactgaatattttaattacttctctagaatttatgtggtttgaaag
ttgtcactatcacaggcaacatctgtccacacacatgccatccacataga
tatctacatatagaaagctacacataaaaataataataacaaaatgagct
gagggtggtagttccagcaccctggaggcagacacaccaagttccacaga
gcctggaaatggaccatgcatggggcacattccatcagtaccctgaggac
tcagtggttttatgtctgaagccttgcctcactcactggatggtgaagca
cccagcccaagcactgctcatgaccacagcaggctacatgtccaactcac
atgaggcaaagttttctgagcctaaattacctccagcagtggggcagaga
tgtttccacacagactcatgaagactagtctagctttagaaagcagaacc
caaaactagctgctgatcagagactgctttttaataagtcaattgtattt
tagcatataagtgtttttgcctctatgcatgtctgtgcactatgtgtgtg
actgttacatgtagaggtcagaagagggcatcagatcctctggaactaga
gatacagacagttgtgagatagtatgtagatactgagaagtgaacgcgga
tgaacagcaatgctcttgactgttgtgctatctctccagccctaggaatt
gccctttcaaaccatgaaaatttgggttggttttgtctaatagcagactg
aaaaccctacacattaatttagcatatttactgatgcagtaatcttttgt
agatgtccagctcatatactcacttcatagtggctctgttttcttgtaat
ctgttggtaatgtaatttgattcatacatcagtaatattttttgtagaat
aaa
ttatggcttaaggatattagcaacctagttctagcattctggtatctggt
gaggcaaaacacagtggcaaaaacatgaaaaaaaaattagcccagccctt
agcaaccagaaaacaggcatgcctggaaaaaggagcgcaatgtctctttc
aaaggcttgcctccaatgacctacttcctctacatagacgccacactaaa
aaacttcttcacacccttagaaataaatgacattataagtaatcaagctt
tgacacgtgagttctgagggctacataagaaccaacccatgtgaagccta
actaaagagctgttaacaattcatagatttttggggagcagtaaagtcgg
ttcccctaatggttgaagcctctggtaggtcagtcggtgaggattacaca
ttcaagagtatatggatagcgcaaattggacttgatgggtttggagaaag
gagtagtggagttgtttttgaggggtgtggatct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_29000079_29001202
seq2: B6Ng01-044D08.b_43_1145 (reverse)

seq1  TTTA-TCTACAAAAAATATATATACTGATTGGTATGGAAATCAAAATTAC  49
      |||| ||||||||||||||   |||||||  |||||  |||| |||||||
seq2  TTTATTCTACAAAAAATAT---TACTGAT--GTATG--AATC-AAATTAC  42

seq1  ATTTACCAAACAGATTACAGAGAAAACAGAGCCAACTAATTGAAGTGAGT  99
      | ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||
seq2  A-TTACC-AACAGATTACA-AGAAAACAGAGCC-ACTA--TGAAGTGAGT  86

seq1  AATATGAGCTGGACATCTTACAAAAGATATACTGCATCAGTAAAATATGC  149
       |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  -ATATGAGCTGGACATC-TACAAAAGAT-TACTGCATCAGT-AAATATGC  132

seq1  TAAAATTAATGTGTAGGGTTTTTTCAGTCTGCTATTAGACAAAACCAACC  199
      | ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-AAATTAATGTGTAGGG--TTTTCAGTCTGCTATTAGACAAAACCAACC  179

seq1  CAAATTTTCATGGTTTGAAAGGGCAATTCCTAGGGCTGGAGAGATAGCAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTTTCATGGTTTGAAAGGGCAATTCCTAGGGCTGGAGAGATAGCAC  229

seq1  AACAGTCAAGAGCATTTGCTGTTCATCCGCGTTCACTTCTCAGTATCTAC  299
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTCAAGAGCA-TTGCTGTTCATCCGCGTTCACTTCTCAGTATCTAC  278

seq1  ATACTATCTCACAACTGTCTGTATCTCTAGTTCCAGAGGATCTGATGCCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTATCTCACAACTGTCTGTATCTCTAGTTCCAGAGGATCTGATGCCC  328

seq1  TCTTCTGACCTCTACATGTAACAGTCACACACATAGTGCACAGACATGCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGACCTCTACATGTAACAGTCACACACATAGTGCACAGACATGCA  378

seq1  TAGAGGCAAAAACACTTATATGCTAAAATACAATTGACTTATTAAAAAGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGCAAAAACACTTATATGCTAAAATACAATTGACTTATTAAAAAGC  428

seq1  AGTCTCTGATCAGCAGCTAGTTTTGGGTTCTGCTTTCTAAAGCTAGACTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCTGATCAGCAGCTAGTTTTGGGTTCTGCTTTCTAAAGCTAGACTA  478

seq1  GTCTTCATGAGTCTGTGTGGAAACATCTCTGCCCCACTGCTGGAGGTAAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCATGAGTCTGTGTGGAAACATCTCTGCCCCACTGCTGGAGGTAAT  528

seq1  TTAGGCTCAGAAAACTTTGCCTCATGTGAGTTGGACATGTAGCCTGCTGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCTCAGAAAACTTTGCCTCATGTGAGTTGGACATGTAGCCTGCTGT  578

seq1  GGTCATGAGCAGTGCTTGGGCTGGGTGCTTCACCATCCAGTGAGTGAGGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATGAGCAGTGCTTGGGCTGGGTGCTTCACCATCCAGTGAGTGAGGC  628

seq1  AAGGCTTCAGACATAAAACCACTGAGTCCTCAGGGTACTGATGGAATGTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTTCAGACATAAAACCACTGAGTCCTCAGGGTACTGATGGAATGTG  678

seq1  CCCCATGCATGGTCCATTTCCAGGCTCTGTGGAACTTGGTGTGTCTGCCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATGCATGGTCCATTTCCAGGCTCTGTGGAACTTGGTGTGTCTGCCT  728

seq1  CCAGGGTGCTGGAACTACCACCCTCAGCTCATTTTGTTATTATTATTTTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGTGCTGGAACTACCACCCTCAGCTCATTTTGTTATTATTATTTTT  778

seq1  ATGTGTAGCTTTCTATATGTAGATATCTATGTGGATGGCATGTGTGTGGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTAGCTTTCTATATGTAGATATCTATGTGGATGGCATGTGTGTGGA  828

seq1  CAGATGTTGCCTGTGATAGTGACAACTTTCAAACCACATAAATTCTAGAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTTGCCTGTGATAGTGACAACTTTCAAACCACATAAATTCTAGAG  878

seq1  AAGTAATTAAAATATTCAGTAGAGGGAAACAAGGCATGATACAAAAGTTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATTAAAATATTCAGTAGAGGGAAACAAGGCATGATACAAAAGTTC  928

seq1  TCTGTTAAAGTAGAATTTGCTTAAGGGTAGGCACCAGGGATTGGAGGTAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTAAAGTAGAATTTGCTTAAGGGTAGGCACCAGGGATTGGAGGTAT  978

seq1  GTTTACATAGGGATACTGTTGTGGTGATGAAAAACTATTACCAAAGCAAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACATAGGGATACTGTTGTGGTGATGAAAAACTATTACCAAAGCAAC  1028

seq1  TCGAGGAGGAAAGGGTTTATTTGACCTATATGTCCACATGGGGACCATCA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGGAGGAAAGGGTTTATTTGACCTATATGTCCACATGGGGACCATCA  1078

seq1  TTAAAAGAACCTAGGACAGGAATTC  1124
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGAACCTAGGACAGGAATTC  1103

seq1: chr12_28889465_28889954
seq2: B6Ng01-044D08.g_70_559

seq1  GAATTCTTATGGCTTAAGGATATTAGCAACCTAGTTCTAGCATTCTGGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATGGCTTAAGGATATTAGCAACCTAGTTCTAGCATTCTGGTA  50

seq1  TCTGGTGAGGCAAAACACAGTGGCAAAAACATGAAAAAAAAATTAGCCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTGAGGCAAAACACAGTGGCAAAAACATGAAAAAAAAATTAGCCCA  100

seq1  GCCCTTAGCAACCAGAAAACAGGCATGCCTGGAAAAAGGAGCGCAATGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTAGCAACCAGAAAACAGGCATGCCTGGAAAAAGGAGCGCAATGTC  150

seq1  TCTTTCAAAGGCTTGCCTCCAATGACCTACTTCCTCTACATAGACGCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCAAAGGCTTGCCTCCAATGACCTACTTCCTCTACATAGACGCCAC  200

seq1  ACTAAAAAACTTCTTCACACCCTTAGAAATAAATGACATTATAAGTAATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAAAACTTCTTCACACCCTTAGAAATAAATGACATTATAAGTAATC  250

seq1  AAGCTTTGACACGTGAGTTCTGAGGGCTACATAAGAACCAACCCATGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTGACACGTGAGTTCTGAGGGCTACATAAGAACCAACCCATGTGA  300

seq1  AGCCTAACTAAAGAGCTGTTAACAATTCATAGATTTTTGGGGAGCAGTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTAACTAAAGAGCTGTTAACAATTCATAGATTTTTGGGGAGCAGTAA  350

seq1  AGTCGGTTCCCCTAATGGTTGAAGCCTCTGGTAGGTCAGTCGGTGAGGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGGTTCCCCTAATGGTTGAAGCCTCTGGTAGGTCAGTCGGTGAGGAT  400

seq1  TACACATTCAAGAGTATATGGATAGCGCAAATTGGACTTGATGGGTTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATTCAAGAGTATATGGATAGCGCAAATTGGACTTGATGGGTTTGG  450

seq1  AGAAAGGAGTAGTGGAGTTGTTTTTGAGGGGTGTGGATCT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGAGTAGTGGAGTTGTTTTTGAGGGGTGTGGATCT  490