BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-045H24
Chromosome12 (Build37)
Map Location 15,637,149 - 15,769,417
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC217409
Upstream geneMap1lc3-ps7, LOC668492, LOC100042426
Downstream geneTrib2, LOC100043268, EG432636, LOC100043273, Lpin1, Ntsr2, Greb1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-045H24.bB6Ng01-045H24.g
ACCDH870939DH870940
length1,016494
definitionDH870939|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-045H24, 5' end.DH870940|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-045H24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,768,374 - 15,769,417)(15,637,149 - 15,637,648)
sequence
gaattctttgtttagctctgtaccccacttttaatggggttatttgaatt
tctggagtccagagtcttgagctctttgtatatattggatattagtcccc
tatcagttttaggattggtaaaaattctttcccaatctgttggtgacctt
tttgtcttattgacagtgtctttgcaattttatgaggtcccatttgtcaa
ttcttgaccttacagcacaagccattgctgttccgtttaggatttttttt
ccccctgtgcccttatctttgaggtttttccccactttctcctctattaa
tttcagtgtctctggttttatgtggaggtctttgatccacttagacttga
gcttggtcacacacttcctaaatgataaaaccataacctgttgtaaagct
acctgactccccaccacatacctcttttgataatgaaagcaaatgaggct
aaaatcaaggacagaagaaatgcatccatttctaggggatgagttgtcta
ggaagagaggactgcacagcctacacttcctgcttgtttgggagacagac
cttccatcctcagaaggagagtgggccctgctcagctaccacgggagctg
attcactgcaagcctgactgtttgatcagaaagaatggcgtgggtggtcg
tgtcccagacagaagacacttgtccagatggagacgcgcctgtacacttg
gatctgcagcagacttggatctgctcagcttgtttccggatccttgggct
gctctcttgattgaatagactgctgagtggtggcagcctggagccctgcc
ttgaggagttcttggatctctgaagtagggccctggtgaagagtgtcaga
ggccatagccagtgtgttgagagaacagagactttctttgatgagagatt
tggacagagacatagtggcacggatgctattatacacaccatctgtgagc
atctggtgcttccctcagcacacactgaaccagcagttcagctagactgc
tgtcatgttgagcagc
tcagctgtgttaggagataactggggaaatggtaggcttaggaggacagc
agggaggatttctgtgtgtcctagaagaatgcacttctccctcccctctc
ccccccccccaagttcactttctccacctgtaaagcactgggcttcaaga
gatacttgtgttttctgagtcttctaatatgtaaacagccacacaaatca
aataaatgtaaatggttgataaataggcaaaggaataaaaccaaaattga
tggatgaacgtatagatagataaaagatgatatatgatacacatatatta
tagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagataatta
ggcagagaaataatatataggtagatgtatctctgtctctctttgtctct
aaagagaggcgatagacagacagatggacagatagatgatagacagatga
taggtagttagatagattgataggtgatatagatgaaagataga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_15768374_15769417
seq2: B6Ng01-045H24.b_39_1054 (reverse)

seq1  GCTGCTCAACACTGGCAGACAGTCCTTAGCCTGAAAACCTGCTGTGTTTC  50
      ||||||||||| || ||| |||||  ||| |||||   ||||  || |||
seq2  GCTGCTCAACA-TGACAG-CAGTC--TAG-CTGAA---CTGC--TGGTTC  40

seq1  AGTGTGTGCCTGAAGGGAAGCACCCAGAATGCTCACCAGATGGGTGTTGT  100
      |||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||| ||||| |||| |||
seq2  AGTGTGTG-CTG-AGGGAAGCA-CCAG-ATGCTCA-CAGAT-GGTG-TGT  83

seq1  ATAAATAGCATCCGTTGCCCACTATTGTCTCTGTCCAAATCTCTTCATCA  150
      || ||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  AT-AATAGCATCCGT--GCCACTA-TGTCTCTGTCCAAATCTC-TCATCA  128

seq1  AAGAAAGGTCTTCTGTTTCTCTCAACACAACTGGCTATGGCCTCTGGACA  200
      |||||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  AAGAAA-GTC-TCTG-TTCTCTCAACAC-ACTGGCTATGGCCTCT-GACA  173

seq1  CTCTTCACCAGGGCCCTACTTCAGAGATCCAAGAACTCCTCAAGGCAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCACCAGGGCCCTACTTCAGAGATCCAAGAACTCCTCAAGGCAGGG  223

seq1  CTCCAGGCTGCCACCACCTCAGCAGTCTATTCAATCAAGAGAGCAGCCCA  300
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGGCTGCCACCA-CTCAGCAGTCTATTCAATCAAGAGAGCAGCCCA  272

seq1  AGGATCCGGAAACAAGCTGAGCAGATCCAAGTCTGCTGCAGATCCAAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCCGGAAACAAGCTGAGCAGATCCAAGTCTGCTGCAGATCCAAGTG  322

seq1  TACAGGCGCGTCTCCATCTGGACAAGTGTCTTCTGTCTGGGACACGACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGCGCGTCTCCATCTGGACAAGTGTCTTCTGTCTGGGACACGACCA  372

seq1  CCCACGCCATTCTTTCTGATCAAACAGTCAGGCTTGCAGTGAATCAGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACGCCATTCTTTCTGATCAAACAGTCAGGCTTGCAGTGAATCAGCTC  422

seq1  CCGTGGTAGCTGAGCAGGGCCCACTCTCCTTCTGAGGATGGAAGGTCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGGTAGCTGAGCAGGGCCCACTCTCCTTCTGAGGATGGAAGGTCTGT  472

seq1  CTCCCAAACAAGCAGGAAGTGTAGGCTGTGCAGTCCTCTCTTCCTAGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAAACAAGCAGGAAGTGTAGGCTGTGCAGTCCTCTCTTCCTAGACA  522

seq1  ACTCATCCCCTAGAAATGGATGCATTTCTTCTGTCCTTGATTTTAGCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATCCCCTAGAAATGGATGCATTTCTTCTGTCCTTGATTTTAGCCTC  572

seq1  ATTTGCTTTCATTATCAAAAGAGGTATGTGGTGGGGAGTCAGGTAGCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTTTCATTATCAAAAGAGGTATGTGGTGGGGAGTCAGGTAGCTTT  622

seq1  ACAACAGGTTATGGTTTTATCATTTAGGAAGTGTGTGACCAAGCTCAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGGTTATGGTTTTATCATTTAGGAAGTGTGTGACCAAGCTCAAGT  672

seq1  CTAAGTGGATCAAAGACCTCCACATAAAACCAGAGACACTGAAATTAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTGGATCAAAGACCTCCACATAAAACCAGAGACACTGAAATTAATA  722

seq1  GAGGAGAAAGTGGGGAAAAACCTCAAAGATAAGGGCACAGGGGGAAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGAAAGTGGGGAAAAACCTCAAAGATAAGGGCACAGGGGGAAAAAA  772

seq1  AATCCTAAACGGAACAGCAATGGCTTGTGCTGTAAGGTCAAGAATTGACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTAAACGGAACAGCAATGGCTTGTGCTGTAAGGTCAAGAATTGACA  822

seq1  AATGGGACCTCATAAAATTGCAAAGACACTGTCAATAAGACAAAAAGGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGACCTCATAAAATTGCAAAGACACTGTCAATAAGACAAAAAGGTC  872

seq1  ACCAACAGATTGGGAAAGAATTTTTACCAATCCTAAAACTGATAGGGGAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACAGATTGGGAAAGAATTTTTACCAATCCTAAAACTGATAGGGGAC  922

seq1  TAATATCCAATATATACAAAGAGCTCAAGACTCTGGACTCCAGAAATTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATCCAATATATACAAAGAGCTCAAGACTCTGGACTCCAGAAATTCA  972

seq1  AATAACCCCATTAAAAGTGGGGTACAGAGCTAAACAAAGAATTC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACCCCATTAAAAGTGGGGTACAGAGCTAAACAAAGAATTC  1016

seq1: chr12_15637149_15637648
seq2: B6Ng01-045H24.g_68_567

seq1  GAATTCTCAGCTGTGTTAGGAGATAACTGGGGAAATGGTAGGCTTAGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGCTGTGTTAGGAGATAACTGGGGAAATGGTAGGCTTAGGAG  50

seq1  GACAGCAGGGAGGATTTCTGTGTGTCCTAGAAGAATGCACTTCTCCCTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCAGGGAGGATTTCTGTGTGTCCTAGAAGAATGCACTTCTCCCTCC  100

seq1  CCTCTCCCCCCCCCCCAAGTTCACTTTCTCCACCTGTAAAGCACTGGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCCCCCCCCCCAAGTTCACTTTCTCCACCTGTAAAGCACTGGGCT  150

seq1  TCAAGAGATACTTGTGTTTTCTGAGTCTTCTAATATGTAAACAGCCACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAGATACTTGTGTTTTCTGAGTCTTCTAATATGTAAACAGCCACAC  200

seq1  AAATCAAATAAATGTAAATGGTTGATAAATAGGCAAAGGAATAAAACCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAAATAAATGTAAATGGTTGATAAATAGGCAAAGGAATAAAACCAA  250

seq1  AATTGATGGATGAACGTATAGATAGATAAAAGATGATATATGATACACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGATGGATGAACGTATAGATAGATAAAAGATGATATATGATACACAT  300

seq1  ATATTATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  350

seq1  TAATTAGGCAGAGAAATAATATATAGGTAGATGTATCTCTGTCTCTCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAGGCAGAGAAATAATATATAGGTAGATGTATCTCTGTCTCTCTTT  400

seq1  GTCTCTAAAGAGAGGCGATAGACAGACAGATGGACAGATAGATGATAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTAAAGAGAGGCGATAGACAGACAGATGGACAGATAGATGATAGAC  450

seq1  AGATGATAGGTAGTTAGATAGATTGATAGGTGATATAGATGAAAGATAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGATAGGTAGTTAGATAGATTGATAGGTGATATAGATGAAAGATAGA  500