BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-050D11
Chromosome12 (Build37)
Map Location 40,380,645 - 40,503,089
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC668824, LOC100043142, Etv1, LOC100043145
Downstream geneLOC100043148, Arl4a, LOC100043606, Scin, Gm889, Ifrd1, EG629820, Zfp277, Dock4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-050D11.bB6Ng01-050D11.g
ACCDH874230DH874231
length1,001372
definitionDH874230|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-050D11, 5' end.DH874231|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-050D11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,380,645 - 40,381,653)(40,502,712 - 40,503,089)
sequence
gaattctaaatcttgtgccaaaggcaggcgaaggagactgtgttccacgc
taagcagagcttgaacttaagagaccttaaagcccaccctcacagcaaca
cactttcttcaacaaggccataacttctccagtaaagtcacacctcctga
tactgccactccctatggtcaagcattcaaacacatgaatttcaggaggc
cagacctactcaaaccaacacagtgtttttatatattttataataaaact
tcactatagagttaagtggaactagaaaaggaagcttaagcaaattcaaa
tctgaaggctcatattccaactggaattataaattcttcaaaagatggtt
ttagaacacagcttttcttttctttaaaaagtacaactaaattaaactac
ttaccaaataagcttaagacaattacaataaatatactgtatgcgtctag
aaggttgaatgcaaatagatgatagattagagagaggatagatgatagat
agatagatagatagatagatagatagatagatagacagacagatagacag
atagataacagatatttgatagataagtggataaatagataagatcatac
atacatacatacatacgtaaaaaagctgggtaaatgatagctacatagat
gatagttaagtaggtgatagagaataaacacatgataggtagataagttt
ggaaatataggctaattttcacacctctaattttctcatttactcaagcc
cctgtaatactagtgatgtattacgaaaactaattttccatatcctacat
gctttggtcctggaaatctgattgcagcatttaaaatgaagaactccaga
cactgaagaaatattagacacacagagaaacaatgggatcaaatggacca
tgctgtctctgatggagacacatactacataaagtacagagtagagagag
aatcgctgtagagccagagttggtattcttggtaggggagtggtcctgag
t
agattttaactgcaggtccggagccactgtgcaaaatcaaagaactcttg
ctaatggagctttctcctcactgttatcttgctcaggactccacctgccc
cagcttgcctgaactcttgtacccacacccttaactcacagatagcgttg
tgcgccctgtataatggccaggaatcagccatcaagtagatatgtaggat
aattagaaggctcattttgttttctttgagagattacagacctttgcagg
ctgttgcctgatatctacaacctaatgtttcaccttctttcagttttcta
gttgcatacaatgggaaggaaagtctgataggaggtgtcataggataagt
gtgtgtgtgtgtgtgggggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_40380645_40381653
seq2: B6Ng01-050D11.b_43_1043

seq1  GAATTCTAAATCTTGTGCCAAAGGCAGGCGAAGGAGACTGTGTTCCACGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAATCTTGTGCCAAAGGCAGGCGAAGGAGACTGTGTTCCACGC  50

seq1  TAAGCAGAGCTTGAACTTAAGAGACCTTAAAGCCCACCCTCACAGCAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAGAGCTTGAACTTAAGAGACCTTAAAGCCCACCCTCACAGCAACA  100

seq1  CACTTTCTTCAACAAGGCCATAACTTCTCCAGTAAAGTCACACCTCCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTCTTCAACAAGGCCATAACTTCTCCAGTAAAGTCACACCTCCTGA  150

seq1  TACTGCCACTCCCTATGGTCAAGCATTCAAACACATGAATTTCAGGAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCCACTCCCTATGGTCAAGCATTCAAACACATGAATTTCAGGAGGC  200

seq1  CAGACCTACTCAAACCAACACAGTGTTTTTATATATTTTATAATAAAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCTACTCAAACCAACACAGTGTTTTTATATATTTTATAATAAAACT  250

seq1  TCACTATAGAGTTAAGTGGAACTAGAAAAGGAAGCTTAAGCAAATTCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTATAGAGTTAAGTGGAACTAGAAAAGGAAGCTTAAGCAAATTCAAA  300

seq1  TCTGAAGGCTCATATTCCAACTGGAATTATAAATTCTTCAAAAGATGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGGCTCATATTCCAACTGGAATTATAAATTCTTCAAAAGATGGTT  350

seq1  TTAGAACACAGCTTTTCTTTTCTTTAAAAAGTACAACTAAATTAAACTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAACACAGCTTTTCTTTTCTTTAAAAAGTACAACTAAATTAAACTAC  400

seq1  TTACCAAATAAGCTTAAGACAATTACAATAAATATACTGTATGCGTCTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAAATAAGCTTAAGACAATTACAATAAATATACTGTATGCGTCTAG  450

seq1  AAGGTTGAATGCAAATAGATGATAGATTAGAGAGAGGATAGATGATAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTGAATGCAAATAGATGATAGATTAGAGAGAGGATAGATGATAGAT  500

seq1  AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACAGATAGACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACAGATAGACAG  550

seq1  ATAGATAACAGATATTTGATAGATAAGTGGATAAATAGATAAGATCATAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAACAGATATTTGATAGATAAGTGGATAAATAGATAAGATCATAC  600

seq1  ATACATACATACATACGTAAAAAAGCTGGGTAAATGATAGCTACATAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATACATACATACGTAAAAAAGCTGGGTAAATGATAGCTACATAGAT  650

seq1  GATAGTTAAGTAGGTGATAGAGAATAAACACATGATAGGTAGATAAGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTTAAGTAGGTGATAGAGAATAAACACATGATAGGTAGATAAGTTT  700

seq1  GGAAATATAGGCTAATTTTCACACCTCTAATTTTCTCATTTACTCAAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATATAGGCTAATTTTCACACCTCTAATTTTCTCATTTACTCAAGCC  750

seq1  CCTGTAATACTAGTGATGTATTACGAAAACTAATTTTCCATATCCTACAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCTGTAATACTAGTGATGTATTACGAAAACTAATTTTCCATATCCTACAT  800

seq1  GGCTTGGTCCTGGAAATCTGATTGCAGCAATTTAAAAATGAAGAAACTCC  850
      |  ||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||| ||||||
seq2  GCTTTGGTCCTGGAAATCTGATTGCAGCA--TTTAAAATGAAG-AACTCC  847

seq1  AGACACTGAAGAAATAATAGACACACAGAGAAACAATGGGATCAAATGGA  900
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACTGAAGAAATATTAGACACACAGAGAAACAATGGGATCAAATGGA  897

seq1  CCATGCTGTCTCTGATGGAGGACACATACTACAATAAAGTACAGAAGTAG  950
      ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| 
seq2  CCATGCTGTCTCTGATGGA-GACACATACTAC-ATAAAGTACAG-AGTA-  943

seq1  GAGAGAGAATCGCTGTAGAAGCAGAGTTGGGTATTCTTGGTAGGGGAGTG  1000
      |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAATCGCTGTAGAGCCAGAGTT-GGTATTCTTGGTAGGGGAGTG  992

seq1  GTCTTGAGT  1009
      ||| |||||
seq2  GTCCTGAGT  1001

seq1: chr12_40502712_40503089
seq2: B6Ng01-050D11.g_67_444 (reverse)

seq1  CCCCCCCCACACACACACACACACTTATCCTATGACACCTCCTATCAGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCACACACACACACACACTTATCCTATGACACCTCCTATCAGAC  50

seq1  TTTCCTTCCCATTGTATGCAACTAGAAAACTGAAAGAAGGTGAAACATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTCCCATTGTATGCAACTAGAAAACTGAAAGAAGGTGAAACATTA  100

seq1  GGTTGTAGATATCAGGCAACAGCCTGCAAAGGTCTGTAATCTCTCAAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTAGATATCAGGCAACAGCCTGCAAAGGTCTGTAATCTCTCAAAGA  150

seq1  AAACAAAATGAGCCTTCTAATTATCCTACATATCTACTTGATGGCTGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAATGAGCCTTCTAATTATCCTACATATCTACTTGATGGCTGATT  200

seq1  CCTGGCCATTATACAGGGCGCACAACGCTATCTGTGAGTTAAGGGTGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCCATTATACAGGGCGCACAACGCTATCTGTGAGTTAAGGGTGTGG  250

seq1  GTACAAGAGTTCAGGCAAGCTGGGGCAGGTGGAGTCCTGAGCAAGATAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAAGAGTTCAGGCAAGCTGGGGCAGGTGGAGTCCTGAGCAAGATAAC  300

seq1  AGTGAGGAGAAAGCTCCATTAGCAAGAGTTCTTTGATTTTGCACAGTGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGGAGAAAGCTCCATTAGCAAGAGTTCTTTGATTTTGCACAGTGGC  350

seq1  TCCGGACCTGCAGTTAAAATCTGAATTC  378
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGACCTGCAGTTAAAATCTGAATTC  378